|
|
|
GCUGAUGAGCUAGUCCGGGUAGCCCGGCGUUACCUGUAACCCGAGAUCGCCGAUACGCGGGGGACGAAGCCAAGGGAAGAUGCGUCGAAGGGACUCCAGCCUGGAAUCUCAACGGAGAAGCCCCGUCCUGCUUGGAUGGUGCAGGUAUGCGGGUUUGCUGGAGAGCAGGUCUUCAUACCAUAACUGCGGAAACCGGUCGAGGCCCGGAAGGGAGCAGACUUACUGUGGGCAACUAUCGCUUGCGGGGCUGCGGGGUGGAGAAGAGGUCCCAGUCUCCUGGUAUCUCCAAGAUUCAACGACCCGAGGCGUGCUCAUCGCUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(.((((((((..(((((((((((.....)))))))....((((.(..........).))))))))...(((..(((..(.((.(((...((((..((((.((((.(((((..(......((((((((((((.((.((((((..((((((.(((((((((....))))))))).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))))...)))))...)))))))...)..))))).))))....))))..))))...))).)).)..)))..)))..)))))))).).
|
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((((.......))))))....((((..............))))))))...........................................................((((.....))))(((...((((((.(((((.(((....))).))))).))))))...)))(((......((((....(((....)))....))))...))).............................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((..((((((((....(((.((((....))))))).((((...(((((.((((((((...((...........))......((((((((.((((....((((....))))((((((((...((...((((((((.((((((..((((((((....))))))))..))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))))).))))))))..))))))))...)))))))......))))).))))))))))))).....)))).....))))).)))..))))))))... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((...((((((((((.......))))))....((((..............))))))))......(((((...(((.(((...((((((((((.((((((((((.........(((((..((((((((((((.....(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))).)))))))).....)))))......))))))))))....))))))))))...))).)))...)))))......)))))))... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((((..((((((((.(.(((((...........((((..............)))).......)))..)).........((........(((.........((((....))))((((((((........((((((((.((((((.(((((((((....))))))))).))))))................(((....(((....)))....))).........)).))))))....)))))))).......)))...(((((.((((....)))).)))))...)).....).))))).)))..))))))))).. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................(((((((.....))))))).......................................................................((((.........((((((((((((..((((((.(..((((((.(((((((((....))))))))).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)..))))).)..)))))...)))))))......))))...................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((..(((((((((((.....)))))))....((((.(..........).))))))))...(((..(((..(....(((...(((...((((.((((.(((((.........((((((((((((...((((((...((((((.(((((((((....))))))))).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...))))))....)))))...)))))))......))))).))))....))))....)))..)))....)..)))..)))..))))))))... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((((..((((((((.((((((((((........((((.(..........).)))).)))...)))..)))....((.(((.......(((((.((((...((((....))))((((((((...((...((((((((.((((((.(((((((((....))))))))).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))))).))))))))..)))))))).)))).)))))..(((((.((((....)))).)))))...))).)).).))))).)))..))))))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((...(((((((((.......)))))).....(((..............))).)))....((((.(((..((((.(((...((((((((....(((((((....(......((((((((((((((((((((((..(((((..(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))...)....)))))))(.....)))))))))...))).))))..))).))))..))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((..(((((((((((.....)))))))....((((..(((...)))...))))))))...(((..(((......(((.(((....(((((.((((...((((....))))((((((((........((((((...((((((.(((.(((((....))))).))).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...))))))....)))))))).)))).)))))..(((((.((((....)))).))))).....))).))).)))..)))..))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((((..((((((((....(((.((((....))))))).((((...(((((.((((((((((.((.(........))).))...(((((((((.((((...((((....)))).((.((((((.....)))))).)).((((((.(((((((((....))))))))).)))))).......(((...)))....((.((((.(((.((((..((.....))..)).....)).))).)))).)).)))).))))......))))).))))))))))))).....)))).....))))).)))..))))))))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((((..((((((((.....((((..................)))).((((.((((((((..................[[[....(((..((....<<...<<((....))..(({{{{.((((((...((((((((.((((((.(((((((((....))))))))).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))))).))))))....))))))))..}}}}.))......>>)))>>))))))))))))......]]]......))))).)))..))))))))).. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((..((((((((((.......))))))....((((..............))))))))...((((((.((.((((((((..(((((((((((.(((((((((((((.....((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))))))))).....((((((....(((((....(((....)))....))))).))))))))).))))).))))))))...))))))))..)))))))))))..))..)))))))..))))))))))))).).))))))..))))))).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((((..((((((((....(((.((((....))))))).((((...(((((.((((((((........................(((((((((.((((...((((....)))).((.((((((.....)))))).)).((((((.(((((((((....))))))))).)))))).......(((...)))....((.((((.(((.((....((.....)).........)).))).)))).)).)))).))))......))))).))))))))))))).....)))).....))))).)))..))))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((....(((((...))))).(((((..))))).......((((......((((.((((................)))).......(((((((...[[[[[[.........[[[[[[[[(((((.........)))))...[[[[[[[[))))))).((((...............))))..]]]]].......((((........((((.....))))))))......]]]..]]]]]]]]......((((((.......((((....))))..))))))]]]]]].....)))).)))).))))))))... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................((((((..(((((.(((........(((.....(((((((...)).))))).....))).....((((((.....((......(((....))).....))...)))))).......)).).))))).....))))))................................................................ |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((aaaaaaaa...(((((((.((((((((.{{{{{{{(.jjjj....))))).(c((<<<<<<<<.<<<<((hh.hhh((.eeeee...eeeeeeeeee((((iiiiiiii.)))...dddddddddddddd))hhhh()JJJJ}}}IIhhhhhh.)EEEEEEDDDDDD))HHH.)C[[[[[.[[[[.....[[))))H..)))))))..]].]]]].HHbbb]]]]]))..)HHHHHHHHDDDDDDDD.}}}}.((((((.fff.EEEE.H>>>>>>>BBB))))))IIIIII...>>>>>).EEEEEAAAAAAAAFFF |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..(((((((...((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....))))))))))...)))))))..)))))))....)))))...... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..(((((((...((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((..(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....))))))))))...)))))))..)))))))....)))))...... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((((..((((((((....(((.((((....))))))).((((...(((((.((((((((...((...........))......(((((((((.((((...((((....))))((((((((...((...((((((((.((((((.((..(((((....)))))..)).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))))).)))))))..)))))))).)))).))))......))))).))))))))))))).....)))).....))))).)))..))))))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((((.(((((((((....(((.((((....))))))).((((...(((((.((((((((...((.(........)))......(((((((((.((((...((((....))))....((((((.....))))))....((((((.(((((((((....))))))))).)))))).......(((...)))(((....[[[[.[[[......)))...................]]].]]]]....)))).))))......))))).))))))))))))).....)))).....))))).))).)))))))))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.....((((((((.....))))))))...........((((......((((.((((................)))).......(((((.((((...((((....))))......(((((((...((((((...((((((.(((((((((....))))))))).))))))....((((.....((((.......))))......))))..............))))))....)))))))..)))).)))))..(((((.((((....)))).))))).............)))).)))).))))))))... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((....(((((((((.......))))))....((((..............)))))))........((((.......((....((((((.(((.((((((.............(((((....((((.((((..((..(((((..(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))...))).).))))(.....))))))..........))))))....))).))))))....)).......)))).......))))...... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((((..((((.((((((.....)))))).....((((..(((...)))...))))))))...(((..(((..(.((.(((.......(((((.((((...((((....))))((((((((...((...((((((((.((((((.((..(((((....)))))..)).))))))....(..(((.....((((....(((....)))....))))..)))..))).))))))))..)))))))).)))).)))))..(((((.((((....)))).)))))...))).)).)..)))..)))..))))))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((..((.(((.(((((((((((.....)))))))....((((..(((...)))...))))))))..)))))..)).((.((((((...(((.(((((.((((...((((....))))((((((((...((...((((((((.((((((.((..(((((....)))))..)).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))))).))))))))..)))))))).)))).)))))..(((((.((((....)))).))))).............)))..))))))))........ |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((((..(((((((((((.....)))))))....((((..(((...)))...))))))))...(((..(((..(.((.(((.......(((((.((((...((((....))))((((((((...((...((((((((.((((((.((..(((((....)))))..)).))))))....(..(((.....((((....(((....)))....))))..)))..)))).)))))))..)))))))).)))).)))))..(((((.((((....)))).)))))...))).)).)..)))..)))..))))))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((((((((((((.((.((((.(((((..))))))))..(((((.(((((.(((((((((.((.((.(((((((.(((...((...))(((((..........((((((..))).(((((((((((......).)))))...))))).)))))))).)))...)))))...)).).))).(..)...(((((((((((((..)))))))))))).)((..))((((((...))))))((((((.(............)))))))))))))))))))))...)))))...))).)))).)))))))))))))).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................(((..((.....))...).((........))...)).....(((.....((......(((..(....(((..(......(((((((.((((..((...((((.(......(((((((((....)))))))))...).......((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))))).).....)).))))....))))))).)....)))..........)..)....))......)).......).)...)............. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((((..((((((((..........................................................................((((.((((...((((....))))((((((((...((...((((((((.((((((.((..(((((....)))))..)).))))))....(..(((.....((((....(((....)))....))))..)))..))).))))))))..)))))))).)))).)))).......................................))))).)))..))))))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((((..((((((((....(((.((((....))))))).((((...(((((.((((((((.........((........))...(((((((((.((((...((((....))))((((((((...((...((((((((.((((((..(..(((((....)))))..)..))))))....(..(((.....((((....(((....)))....))))..)))..))).))))))))..)))))))).)))).))))......))))).))))))))))))).....)))).....))))).)))..))))))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((......))).((((.....)))).((((....))))......((((......))))..((((................)))).......(((((((......((((....)))).(((((((((.....)))))).(((....))).)))..))))))).((((...............)))).....((((.......))))....(((((........((((....)))).(((.(((....)))(((.((((...((((..((((....))))..)))).....))))....)))..))).)))))....... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((......)))).((((((((..[[[))))))))...((((.....]]]......)))).(((({{{{{...........))))........(((.....))).((((....))))....((((((.....)))))).(((....))).}}}}}..(((((.<<<<..)))))........>>>>.....(((((....)).)))....(((((........((((....)))).(((.(((....)))....((((.....aaaa((((....)))).aa.))))..AA.....AAAA...))).)))))....... |