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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00199



RNA: SRP_00199
Rfam family: Archaea_SRP

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Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((..((((((((((.......))))))....((((.(..........).))))))))...(((...((..(((((.(((..((.(((((((.((((((((((..((.....((((((((((((.((.((((((..(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((......(((....(((....)))....)))...)))))).))).)))))...)))))...)))))))..))..))))))))))....))))))).))...))))))))..))...)))..)))))))))...
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(((((((((.(.(((((.((((((.((((....)))))))...(((((...........))))).))).......(((((((.(.(((((((((((.(((..(((((..((.....((((((((((((..(((..(....(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((......(((....(((....)))....)))...))))))....)..)).)..)))))...)))))))..))..)))))..)))....)))))))..)))))))))))).))))).).)).))))))....))
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((((((((.......))))))....((((..............))))))))..........(..(.........)..)................................((((.....))))..((..(((((.((((((.(((....))).)))))).)))))..))..(((.......(((....(((....)))....)))....)))...............................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..((((((((((.......))))))....((((..............))))))))...(((...((..(((((.(((.((((((((((..((((((((((..((.....(((((((.(((((....((((..((((....(((((((((....)))))))))((((((.......))))))))))))))...(((....)))))))).(((((...((((....))))...)))))...)))))))..))..)))))))))).....))))))..))))))))))))..))...)))..)))))))))...
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((...((((((((((.......))))))....((((..............))))))))......(((((...(((.(((...((((((((((.((((((((((.........(((((..((((((((((((.....(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))).)))))))).....)))))......))))))))))....))))))))))...))).)))...)))))......)))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.......(((...........)))............(((((...........)))))..........(((((((.((.(((((((((((.((((((((((..((.....((((((..................(((((.((((((((((....)))))))))).))))).......................(((....)))..(((.(((((.(.((((....)))).).))))).)))))))))..))..))))))))))....)))))))..))))))...)))))))........)))))))))...
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .................(((.........)))...................................................................(((....(((..(......((((((((((((..((((((.(..(((((..(((((((((....)))))))))..)))))....((((((......(((....(((....)))....)))...)))))).)..))))).)..)))))...)))))))...)..)))....))).................................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..(((((((((.........)))))....((((.(..........).))))))))...(((......(((((((.(...((.(((((((.((((((((((..((.....((((((((((((.(((....(((.(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((......(((....(((....)))....)))...)))))))))....)))...)))))...)))))))...)).))))))))))....))))))).))......).)))))))...)))..)))))))))...
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..(...((((((((())).))))))...........(((((...........)))))..((....(.((((((((((.(((((((((((.((((((((((..((.....(((((((((((((........(..(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....))))))))...........(((....)))..(((.(((((.(.((((....)))).).))))).)))))))))..))..))))))))))....)))))))..)))))))..))))))))..)))..)))))))))...
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((...(((((((((.......))))))....((((..............)))))))......((.(((..(((....(((.((((((((((..(((((((((..(......((((((((((((((((((((((..(((((..(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))...)..))))))))).....)))))))))))..))...)))..))).))....))))))).....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..(((.[[[[[)))......]]]]]....((((......[[[.....))))...]]].....((((.[[[[[))))(((((((........))))))).]]]]]......((((((((.....))))).(((.(((((.((((((((((....)))))))))).)))))...)))..)))..((((((....(((....)))....)))((((...((((....))))...)))).[[[[[[[[.))).......((((((((((.....)))))))))).........]]]]]]]]..)))))))))...
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..((((....))))(((.((((....)))))))...(((((...........))))).(((....((.(((((((((.(((((((((((.((((((((((..((.....((((((((((((...((((((((((((((...((((((((....)))))))).((((((.......))))))....(((....(((....)))....)))))))))...))).)))))....)))))...)))))))..))..))))))))))....)))))))..))))))))..)))))))..)))..)))))))))...
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((.....(({{..............((((..............))))........))......(((((..(((..((.(((((((.((((((((((..((.....((((((((((((...((((((((((((((.((((..((((....))))[[))))((((.........))))..]].(((....(((....)))....)))))))))...)))).))))....))))))...))))))..))..))))))))))....))))))).))...)))..}})))))...))...)))))))))...
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((..((((((((((.......)))))).....(((..............))).))))....(((((.((.((((((((..(((((((((((.(((((((((((.((....((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))))))))).....((((((.(...((((....(((....)))....)))).))))))))))).)))).))))))))...)))))))).)).)))))))))))....)))))))..))))))))))))).).)))))...))))))))....
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((.((((((.((((....)))))))...(((((...........))))).))).......(((((.(((.(((((((((((.((((((((((..((.....((((((((((((...(((.((((((((((..(((((((((....)))))))))((((((.......))))))....(((....(((....)))....)))))))))...))))..)))....)))))...)))))))..))..))))))))))....)))))))..)))))))))))).))))).)....)))))))))...
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..(((((((((((.(((((..................)))))....(((((................(((((....(((((((........))))))).))))).......)))))))))))))))).....((((((................((((((((((.............)))))))))).....(((....))).......)))))).......(((((((((((((..))))..............((((((((((.....)))))))))))))))))))..........)))))))))...
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................((((((...................(((.....(((((((...)).))))).....))).....((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))......................)))))).................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..(((((((...((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....))))))))))...)))))))..)))))))....))))).......
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..(((((((...((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....))))))))))...)))))))..)))))))....))))).......
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..(((..((((((.(((.(((........((((..(((...)))...))))................(((((....(((((((........))))))).)))))....))).))).))))))..)))......(((((.((((((((((....)))))))))).)))))..(((.(((((..(((.((....(((....))).((((.(((((...((((....))))...))))).)))).)).))).......((..((((((.....))))))..)).........))))).))).)))))))))...
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...((((((.((((((.((((....)))))))...(((((...........))))).))).......((((..(((.(((((((((((.((((((((((.........((((((((((((...((((((((((((((..(((((((((....)))))))))((((((.(....)))))))....(((....(((....)))....)))))))))...)))).))))....)))))...)))))))......))))))))))....)))))))..))))))).)))).))))).)..).)))))))))...
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...(((((((....((((....(((((........((((((.....((((((...............(((((....(((((((........))))))).)))))...........))))))...))))))...(((((.((((((((((....)))))))))).)))))......))))).....))))..))))))).....((((.(((((...((((....))))...))))).))))..............((((((((((.....))))))))))..((((....)))).....)))))))))...
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((....(((((((((.......))))))....((((..............)))))))........((((...((........((((((.(((.((((((.............(((((....((((.((((..((..(((((..(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))...))).).))))(.....))))))..........))))))....))).))))))........))...)))).......)))).......
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(.(((((..((((.(....(((....((((..((((((.(...((((((..((..((.......(((((....(((((((........))))))).))))).....))..)))))))).).))))))((.(((((.((((((((((....)))))))))).)))))...))..))))..(((.((....(((....))).((((.(((((...((((....))))...))))).)))).)).))))))....((..((((((.....))))))..))..))))).))))).).)).)))))))))...
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((((((((((.(((.(((........((((..(((...)))...))))................(((((....(((((((........))))))).)))))....))).))).))))))))))))(((..(((((.((((((((((....)))))))))).)))))......(((((..(((.((....(((....))).((((.(((((...((((....))))...))))).)))).)).))).......((..((((((.....))))))..)).........)))))..))))))))))))...
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(.(((((..(((.((....(((....((((..((((((.(...((((((..((..((.......(((((....(((((((........))))))).))))).....))..)))))))).).))))))((.(((((.((((((((((....)))))))))).)))))...))..))))..(((.((....(((....))).((((.(((((...((((....))))...))))).)))).)).))))))....((..((((((.....))))))..))..))))).))))).).)).)))))))))...
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((.((((.(((.((((....))))))).((((((((.........)))))).))(((((.(...).)))))(((........)))((((.((((....)))))..((((((((...))))...((((((((((((((((((........)))))))))))).))).)))(((((..((......))))).)))))).)))..)))))))..)))..(((((((((((((((((((..........)))))))((((((((..)).))))))))))))))))))(..)...)).)))))))))...
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................(..(...(.(....).....((........))...)...(((((..(.....(.(.......(.(..(((...(......((((((((((((..((..(..((.(((((..(((((((((....)))))))))..)))))....((((((......(((....(((....)))....)))...))))))..)).)..).)..)))))...))))))).)...)).....)..........).)..........).)...)...)))))...)..).......
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((.(((............................................))).......(((((.(((.((((.((((((.(((..(((((..((.....((((((((((((..((((.(((..(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((......(((....(((....)))....)))...)))))).)).).))).)..)))))...)))))))..))..)))))..)))....))))))...)))))))))))).)))))......)))))))))...
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((....((((((.((((....)))))))...(((((...........))))).)))....(.((((((((((.(((((((((((.(((..(((((..((.....((((((((((((..((.((((...(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((......(((....(((....)))....)))...))))))......)))))).)))))...)))))))..))..)))))..)))....)))))))..))))))))..))))))).)))...)))))))))...
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((.....)))).((((....))))......(((((...........)))))...(((((.......))))).(((((........)))))((((....)))).(((((((.(((((.((((...((((((......)))))).((((((....)))))).))))......((((............))))......))))).(((((...((((....))))...)))))...))))))).........((((((((((.....))))))))))..((((....)))).....)))))))))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..((((..(((((.aaaaa...)))))..((((....AAAAA.....)))))))).....(((((.......))))).(((((....[[[[)))))((((....)))).(((((((((.....))))).(((bbbbbb...((((((((....)))))))).((((..((((((...{{{.....)).))))}}}....)))))))...BBBBBB..(((....)))<<<<...))))....>>>>........]]]](((((((.....))))))).....((((....)))).....)))))))))...