|
|
|
GUGGCGGGCUAGUCUGGGUAGGCCGGCGUUACCUAUAACCCGAAAUCGUCGAUAUGCGGGAGACGAAGCCAAAAGAAGUUGUUUUGAUCAUAUCUAAACCUGUGAUCUCAACUGAGAAGCCCCGUCCUGCUUGGAUGAUGUUGGUAGAAGAACUAAUUGGAGAAUUGGUUUUCCUAUCUUUACAGUGGGAACCAGUCGAGGCCCGGAAGGGAGCAGACCUACCAUUGACAUUUGUCGCUUGUAGGGCUGCGGGGUGGAGGAGAGGUUGCAGAUCAUUUGGAUUUGUGACAAGCGGCAACUCGCGGUAUGCCCGCCACUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((..((((((((((.......))))))....((((.(..........).))))))))...(((...((..(((((.(((..((.(((((((.((((((((((..((.....((((((((((((.((.((((((..(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((......(((....(((....)))....)))...)))))).))).)))))...)))))...)))))))..))..))))))))))....))))))).))...))))))))..))...)))..)))))))))...
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((((((((.(.(((((.((((((.((((....)))))))...(((((...........))))).))).......(((((((.(.(((((((((((.(((..(((((..((.....((((((((((((..(((..(....(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((......(((....(((....)))....)))...))))))....)..)).)..)))))...)))))))..))..)))))..)))....)))))))..)))))))))))).))))).).)).))))))....)) |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((.......))))))....((((..............))))))))..........(..(.........)..)................................((((.....))))..((..(((((.((((((.(((....))).)))))).)))))..))..(((.......(((....(((....)))....)))....)))............................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..((((((((((.......))))))....((((..............))))))))...(((...((..(((((.(((.((((((((((..((((((((((..((.....(((((((.(((((....((((..((((....(((((((((....)))))))))((((((.......))))))))))))))...(((....)))))))).(((((...((((....))))...)))))...)))))))..))..)))))))))).....))))))..))))))))))))..))...)))..)))))))))... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((...((((((((((.......))))))....((((..............))))))))......(((((...(((.(((...((((((((((.((((((((((.........(((((..((((((((((((.....(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))).)))))))).....)))))......))))))))))....))))))))))...))).)))...)))))......))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.......(((...........)))............(((((...........)))))..........(((((((.((.(((((((((((.((((((((((..((.....((((((..................(((((.((((((((((....)))))))))).))))).......................(((....)))..(((.(((((.(.((((....)))).).))))).)))))))))..))..))))))))))....)))))))..))))))...)))))))........)))))))))... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(((.........)))...................................................................(((....(((..(......((((((((((((..((((((.(..(((((..(((((((((....)))))))))..)))))....((((((......(((....(((....)))....)))...)))))).)..))))).)..)))))...)))))))...)..)))....)))................................................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..(((((((((.........)))))....((((.(..........).))))))))...(((......(((((((.(...((.(((((((.((((((((((..((.....((((((((((((.(((....(((.(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((......(((....(((....)))....)))...)))))))))....)))...)))))...)))))))...)).))))))))))....))))))).))......).)))))))...)))..)))))))))... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..(...((((((((())).))))))...........(((((...........)))))..((....(.((((((((((.(((((((((((.((((((((((..((.....(((((((((((((........(..(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....))))))))...........(((....)))..(((.(((((.(.((((....)))).).))))).)))))))))..))..))))))))))....)))))))..)))))))..))))))))..)))..)))))))))... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((...(((((((((.......))))))....((((..............)))))))......((.(((..(((....(((.((((((((((..(((((((((..(......((((((((((((((((((((((..(((((..(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))...)..))))))))).....)))))))))))..))...)))..))).))....)))))))..... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..(((.[[[[[)))......]]]]]....((((......[[[.....))))...]]].....((((.[[[[[))))(((((((........))))))).]]]]]......((((((((.....))))).(((.(((((.((((((((((....)))))))))).)))))...)))..)))..((((((....(((....)))....)))((((...((((....))))...)))).[[[[[[[[.))).......((((((((((.....)))))))))).........]]]]]]]]..)))))))))... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..((((....))))(((.((((....)))))))...(((((...........))))).(((....((.(((((((((.(((((((((((.((((((((((..((.....((((((((((((...((((((((((((((...((((((((....)))))))).((((((.......))))))....(((....(((....)))....)))))))))...))).)))))....)))))...)))))))..))..))))))))))....)))))))..))))))))..)))))))..)))..)))))))))... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((.....(({{..............((((..............))))........))......(((((..(((..((.(((((((.((((((((((..((.....((((((((((((...((((((((((((((.((((..((((....))))[[))))((((.........))))..]].(((....(((....)))....)))))))))...)))).))))....))))))...))))))..))..))))))))))....))))))).))...)))..}})))))...))...)))))))))... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((..((((((((((.......)))))).....(((..............))).))))....(((((.((.((((((((..(((((((((((.(((((((((((.((....((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))))))))).....((((((.(...((((....(((....)))....)))).))))))))))).)))).))))))))...)))))))).)).)))))))))))....)))))))..))))))))))))).).)))))...)))))))).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((.((((((.((((....)))))))...(((((...........))))).))).......(((((.(((.(((((((((((.((((((((((..((.....((((((((((((...(((.((((((((((..(((((((((....)))))))))((((((.......))))))....(((....(((....)))....)))))))))...))))..)))....)))))...)))))))..))..))))))))))....)))))))..)))))))))))).))))).)....)))))))))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..(((((((((((.(((((..................)))))....(((((................(((((....(((((((........))))))).))))).......)))))))))))))))).....((((((................((((((((((.............)))))))))).....(((....))).......)))))).......(((((((((((((..))))..............((((((((((.....)))))))))))))))))))..........)))))))))... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................((((((...................(((.....(((((((...)).))))).....))).....((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))......................))))))................................................................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..(((((((...((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....))))))))))...)))))))..)))))))....)))))....... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..(((((((...((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....))))))))))...)))))))..)))))))....)))))....... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..(((..((((((.(((.(((........((((..(((...)))...))))................(((((....(((((((........))))))).)))))....))).))).))))))..)))......(((((.((((((((((....)))))))))).)))))..(((.(((((..(((.((....(((....))).((((.(((((...((((....))))...))))).)))).)).))).......((..((((((.....))))))..)).........))))).))).)))))))))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((...((((((.((((((.((((....)))))))...(((((...........))))).))).......((((..(((.(((((((((((.((((((((((.........((((((((((((...((((((((((((((..(((((((((....)))))))))((((((.(....)))))))....(((....(((....)))....)))))))))...)))).))))....)))))...)))))))......))))))))))....)))))))..))))))).)))).))))).)..).)))))))))... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((...(((((((....((((....(((((........((((((.....((((((...............(((((....(((((((........))))))).)))))...........))))))...))))))...(((((.((((((((((....)))))))))).)))))......))))).....))))..))))))).....((((.(((((...((((....))))...))))).))))..............((((((((((.....))))))))))..((((....)))).....)))))))))... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((....(((((((((.......))))))....((((..............)))))))........((((...((........((((((.(((.((((((.............(((((....((((.((((..((..(((((..(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))...))).).))))(.....))))))..........))))))....))).))))))........))...)))).......))))....... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(.(((((..((((.(....(((....((((..((((((.(...((((((..((..((.......(((((....(((((((........))))))).))))).....))..)))))))).).))))))((.(((((.((((((((((....)))))))))).)))))...))..))))..(((.((....(((....))).((((.(((((...((((....))))...))))).)))).)).))))))....((..((((((.....))))))..))..))))).))))).).)).)))))))))... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((((((((((.(((.(((........((((..(((...)))...))))................(((((....(((((((........))))))).)))))....))).))).))))))))))))(((..(((((.((((((((((....)))))))))).)))))......(((((..(((.((....(((....))).((((.(((((...((((....))))...))))).)))).)).))).......((..((((((.....))))))..)).........)))))..))))))))))))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(.(((((..(((.((....(((....((((..((((((.(...((((((..((..((.......(((((....(((((((........))))))).))))).....))..)))))))).).))))))((.(((((.((((((((((....)))))))))).)))))...))..))))..(((.((....(((....))).((((.(((((...((((....))))...))))).)))).)).))))))....((..((((((.....))))))..))..))))).))))).).)).)))))))))... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((.((((.(((.((((....))))))).((((((((.........)))))).))(((((.(...).)))))(((........)))((((.((((....)))))..((((((((...))))...((((((((((((((((((........)))))))))))).))).)))(((((..((......))))).)))))).)))..)))))))..)))..(((((((((((((((((((..........)))))))((((((((..)).))))))))))))))))))(..)...)).)))))))))... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................(..(...(.(....).....((........))...)...(((((..(.....(.(.......(.(..(((...(......((((((((((((..((..(..((.(((((..(((((((((....)))))))))..)))))....((((((......(((....(((....)))....)))...))))))..)).)..).)..)))))...))))))).)...)).....)..........).)..........).)...)...)))))...)..)....... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.....(((((.(((............................................))).......(((((.(((.((((.((((((.(((..(((((..((.....((((((((((((..((((.(((..(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((......(((....(((....)))....)))...)))))).)).).))).)..)))))...)))))))..))..)))))..)))....))))))...)))))))))))).)))))......)))))))))... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....(((....((((((.((((....)))))))...(((((...........))))).)))....(.((((((((((.(((((((((((.(((..(((((..((.....((((((((((((..((.((((...(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((......(((....(((....)))....)))...))))))......)))))).)))))...)))))))..))..)))))..)))....)))))))..))))))))..))))))).)))...)))))))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((.....)))).((((....))))......(((((...........)))))...(((((.......))))).(((((........)))))((((....)))).(((((((.(((((.((((...((((((......)))))).((((((....)))))).))))......((((............))))......))))).(((((...((((....))))...)))))...))))))).........((((((((((.....))))))))))..((((....)))).....)))))))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..((((..(((((.aaaaa...)))))..((((....AAAAA.....)))))))).....(((((.......))))).(((((....[[[[)))))((((....)))).(((((((((.....))))).(((bbbbbb...((((((((....)))))))).((((..((((((...{{{.....)).))))}}}....)))))))...BBBBBB..(((....)))<<<<...))))....>>>>........]]]](((((((.....))))))).....((((....)))).....)))))))))... |