|
|
|
GCAAGCCGCAUCGGUCCCCUCGCAAUGAUACGCUGUGAACCCCGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACGGUAACAGCGGACUCGUGUGCCGGGGUGUGGCUGGUGCGGUGAGCCGCCCAUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((..((((((((((((.((((((.((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))...))))).)..)))))))))))..))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(.((((((.....((((..(((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).))).)))))))))).((.((((....)))))).)) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((..(.....(((....))).....)))................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).))).))))...))))))))))))..))........ |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................(((....)))........................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...)))))................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....))))................................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((((((.(((((((..((((((..(..(((.....(((....))).....)))).))))))...)))).))).))))...))))))))))))..))........ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).))).)))).).)))))))))............... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((.((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))))...)))))...))))))))))))..))........ |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((((((.((((((((.((((((..(..(((.....(((....))).....)))).)))))).).)))).))).))))...))))))))))))..))........ |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((..............((((((..{{{{{(.....(((....))).....{{{..))))))...........)}}}}}..))))))))))))...}}}...... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((.....(((....))).....)))................................................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((((((.(((((((..((((((..(((........(((....)))......))).))))))...)))).))).))))...))))))))))))............ |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).)))))...))))))))))))..))........ |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).))))).).))))))))))))..))........ |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((((((.(((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).))).))))...))))))))))))..))........ |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((((((((((((...((((((((((((..)))))))))))))))))))))).)))).))).)))).).))))))))))))))))........ |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((.......((((((((((((((((.(((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).).)))).))).)))).).)))).......))....))..... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((((((((((((..((((((..(..((((....(((....)))....))))).))))))...)))).))).)))).).))))))))................ |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(...........................((((....(((....)))....)))).............................)..................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((.(((((((((((..((((((..(((..(.....(((....))).....)))).))))))...)))).))).))))...))))))))))))..))........ |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((.(((((........((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...........)))))...))))))))))))............ |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((.....(((....))).....)))................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((a(((<<<(..bbb.bbbbb(..{{{{{(...[[..[[[.)))).))..a(((.)BBBBB.((]]])>>>.)]]}}}))))))))))))))..AA)).}}BBB |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((((((((.(((((.....((((..(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))............................ |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....))))................................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((((((((.(((((.....((((..(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))............................ |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....))))................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((.....(((....))).....)))................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((((((.(((((((..((((((..(((..((....(((....))).))...))).))))))...)))).))).))))...))))))))))))..))........ |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((.(((((((((((..((((((..(((........(((....)))......))).))))))...)))).))).))))...))))))))))))............ |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((.(((((..((((..((((((.................................))))))...))))....)))))...))))))))))))............ |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((..................................(((....)))....................................))))................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).............................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((.....(((....))).....)))................................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((((((((((((((..((((((..(((..((....(((....))).))...))).))))))...)))).)).))))).).))))))))))))..))........ |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((((((.(((((((..((((((..(((..((....(((....))).))...))).))))))...)))).))).))))...)))))))))))).....))..... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((((((((((((((..((((((..(((..((....(((....))).))...))).))))))...)))).))).)))).).))))))))))))..))........ |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((..(..)((((.......((((((((((....(((.((((((((..)))))))).))).))))))))))..((..)).))))))))))(((.(((((..)))))))).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.................................(((..(..((((...(.......(......(((....(.........)...)))...)......)....)))).).)))).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..........(((((.(((((..((((...(((((.....(((.(...(((....))).)...)))..)))))....))))....)))))...)))))..........)........ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((((((((((((((..((((((..(((........(((....)))......))).))))))...)))).))).)))).).))))))))))))..))........ |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).))).))))...))))))))))))..))........ |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).))).))))...))))))))))))..))........ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..(((((((((((((((..(((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)))..)))...))))))))))))..))........ |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((..((((.(((((.........)))))..................))))....(((((((.........)).))))).)))))))))...((((....))))..... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.....))).((((((((....{{{{{)))))...((((...........}}}....[[[......))))...]]]..<<<<<.}}))).>>>>>((((....))))..... |
