|
|
|
AGGCUAGGCCGGGGGGUUAGGGGUCCCCUGUAAGCGCAAAUCCCCUAUAUGGCGCGGCCGAAGCCCAGGAGGCGGCAAGACCGCCAGACAUCGGCCUGAGGGUUAAACAAUGAAGCCUCGUCCCACAGGGCCACCGGUGGCGAGGGUCCAGCUGGAGGGCUGGACCUAAUCGCCUUUGCUGCGGGAACGGGUCAGGCCCGGAAGGGAGCAGCCCUACCGCAGACGGAUGGUGCUUGUGGGUCAACGGGGUGGAGUCUAUAACCCUCAGAUCACCGGUGUCUGGUGGUCUUGUCCACUCCUGGGCGUGCCU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((..(((((((((((.....)))))))....((((.(..........).))))))))...(((((((((..(((((((((.(((((((((((.((((((((((.((..(...(((((((((((((.(.(((((((.(((((((((((((((....))))))))))..))))).)..((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).))).))))...))))))...))))))).).)).)..)))))))))....))))))))))).)))))))))..)))))))))..))))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..(((((.(..((((((((.....(((....)))...)))))).))..).)))))...(((((((((..(((((((((((((((((((((.((((((((((....((...((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))...))...))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))..)))) |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((((((.....)))))).....((((..............)))))))).............(.(.........).)................................(.((.....)).)(.(((.(((((.(((((((((....)))))))))...))))).))).)(((.....((((....(((....)))....))))...))).......................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..(((((......((((((.....(((....)))...)))))).......)))))...(((((((((..(((((((((((((((((((((.((((((((((....((...((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))...))...))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))..)))) |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((...((((((((((.......))))))....((((..............))))))))......(((((...(((.(((....((((((((((.((((((((((.........(((((..((((((((((((.....(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))).)))))))).....)))))........))))))))))....))))))))))....))).)))...)))))......))) |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..(((((.(....((((((......((....))....)))))).....).)))))...(((((((((..(((((((((((((((((((((.((((((((((.....(...((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))...)....))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))..)))) |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.......)))))....................................(((((((..((.......................................(((((((((((((((((((.(...(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..))))))..)..)))).))))))))...))))))).........................................))..)))))))........ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((.(((((........)))))....((((.(..........).))))))))...(((((((((..(((((((((((((((((((((.((((((((((.........((((((((((((((((((((((..((((((((((((((......)))))))))..)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))........))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))..)))) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..(((((.(..(.((((((.....(((....)))...))))))..)..).)))))...(((((((((..(((((((((((((((((((((.((((((((((....((...(((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((....))))))))))..))))).)..((((((....((((..(.(((....)))..).))))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))...))...))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))..)))) |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((...(((((((((.......))))))....((((..............)))))))......(((((((..(((((((.((.(((((((((...(((((((((..(......((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))...)....)))))))))......))))))))).)).)))))))..)))))))....))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((.(((((.[[[[[[.)))))............]]]]]]........))))...(((((((((..(((((((((((((((((((((.((((((((((.........((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))........))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))..)))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..(((((((((((((((...))))).........)))))))....)))..))))...(((((((((..(((((((((((((((((((((.((((((((((....((...((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))...))...))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))...... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((.((((...[[[[[.)))).....((((....]]]]].....))))))))...(((((((((..(((((((((((((((((((((.((((((((((....((...((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))...))...))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))..)))) |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((..((((((((((.......))))))....((((..............))))))))...(((((((((.((((((((((((((((((((((.(((((((((((((.....((((((((((((((((((((((((..((((((((((((((....))))))))))..)))).....(((((((..(((((....(((....)))....)))))))))))))))).)))).))))))))...))))))))..)))..))))))))))....)))))))))))))))))))))).)))))))))..))). |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..(((((((((((((((...))))).........)))))))....)))..))))...(((((((((..(((((((((((((((((((((.((((((((((.........((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((....((((...))))....(((.....)))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))........))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))...... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((((((((((((((...)))).........))))))).........)))))...(((((((((..(((((((((((((((((((((.((((((((((.........(((((((((((((((..(((((..(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((...(((((...)))))..((((.....)))).)))))).....)))))))))))))...)))))))........))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))..)))) |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...))..)))))))))))....))))))))))....)))))))..)))))))....)))) |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...))..)))))))))))....))))))))))....)))))))..)))))))....)))) |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((...))).(((((.[[[[[[.)))))((....))....]]]]]]...(((((.......(((((((((..(((((((((((((((((((((.((((((((((.........((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))........))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..(((((((((((((((...)))).........))))))))....)))..))))...(((((((((..(((((((((((((((((((((.((((((((((.........((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((...((((.....))))..((((.....)))).)))))))))).)))).))))))))...)))))))........))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))...... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((((((((((((((...))))).........))))))).........))))...(((((((((..(((((((((((((((((((((.((((((((((.........(((((((((((((((..(((((..(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((...(((((...)))))..((((.....)))).)))))).....)))))))))))))...)))))))........))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))..)))) |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((....(((((((((.......))))))....((((..............)))))))........((((.......((.....((((((.(((.((((((.............(((((....(((((.(((..((..(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).))...))).).))))(.....))))))............))))))....))).)))))).....)).......)))).......))) |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..(((((.(..((((((((.....(((....)))...)))))).))..).)))))...(((((((((..(((((((((((((((((((((.((((((((((.........((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))........))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))..)))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((((.((((........))))...............((.....))..)))))..)).)).((((..(((((((((((((((((((((.((((((((((.........((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))........))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))).(((....))) |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((.(((((........)))))....((((..............))))))))...(((((((((..(((((((((((((((((((((.((((((((((.........((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))........))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))..)))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((...((((((((..(..((((..)))))..))))))))...).)))))))((((((((((.((((((((((((((((((((((.((((((((((...((.(((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((..)..)))))))))..))))).....((((((...((((((((((((..)))))))))))).))))))))))).)))).)))))))).).)..))))))).))..))))))))))....))))))))))))))))))))).))))))))))).)))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................(.((......((..(.....).)).....................(.(.(...(..((....(.(.(.(........(...((((((((((((((((((.(..(.(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).))...))).))))))))...))))))).).............)...)..).).........).)....)......)..)...))).) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..(((((.(....((((((..................)))))).....).)))))...(((((((((..(((((((((((((((((((((.((((((((((.........((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))........))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))..)))) |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((.(((((.......))))).....((((..............))))))))...(((((((((..(((((((((((((((((((((.((((((((((....((...((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))...))...))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))..)))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((..((((((.((((.(((.....)))....((((..............)))).......))))....(((((.....))))).....)))))).((((..............))))..((((((((((((....))))..((((((((((....))))))))))....(((((((((((((...((((.....))))..((((.....)))).)))))).)))).))).)))))))).....(((((..........))))).(((((((((.....))))))))).(((((....)))))..))). |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((..((((.(((((.[[[[[[.)))))....((((....]]]]]]....))))))))...(((((((((((((.....))))).(((...((((....)))).....((((....))))........((((....))))..((((((((((....))))))))))..((((..<<<<<))))...((((.....))))..((((>>>>>)))).((((((....{{{{.{{))))))......(((((...}}}}}}.))))).(((((((((.....))))))))).)))...))))))))..))). |
