RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00202

RNA: SRP_00202
Rfam family: Archaea_SRP

			GGUGUGCAUGGCUAGGCCGGGGGGUUGGGCGUCCCCUGUAACCCGAAAUCGCCCUUAUGCGGGGGCCGAAAACUUGGGGGCGGCAUGUCCUCCAGUCCUUCCUUCCCAGACUCCUCGAUGAGGUCUCGUCCCGUGGGGCUCGGCGGUGGGGGAGCAUCUCCUGUAGGGGAGAUGUAACCCCCUUUACCUGCCGAACCCCGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACGGUAGGCAGGACGUCGGCGCUCACGGGGGUGCGGGACGGAGAAGGAAUCUGGGGGCGAGGGAGGACUGGAGGACAUGCCCACCCCAAGGAAGCCAUGCACACCACUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((((((((.(((((((((((.....)))))))....((((.(..........).)))))))).....(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((.((((...(...(((((((((((((.(.(.((((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).)..((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)))))))...))))))...))))))).)...)))).))))))...)))))))))))))))))))))))..)))))))..)))))))))))))......
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.((((.(((((.......))))).....((((..............)))))))).....(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((.(((((......(((((((((((((((((.(((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).))))))).))))))))...)))))))...).)))).))))))...)))))))))))))))))))))))..)))))))..)))))))))))......))
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................(.(.((.....)).)..)....(((((..((((((((....))))))))...)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.((.(((((((.......)))))))...)).....((((((((....)))))).))...(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((..((........(((((((((((((((..((((((..(((((..((((((((....))))))))...)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).))))))..)))))))))...))))))......))..)))))))...))))))))))))))))))))))..)))))))..)))))))))))))......
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((...((((((((((.......))))))....((((..............))))))))......(((((...(((.(((....((((((((((.((((((((((.........(((((..((((((((((.(......(((((((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).....))).)))))))).....))))).......))))))))))....))))))))))....))).)))...))))).....)))))))..........
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.(..((((((((.....))))))))............((((((....))))))).....(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((.((((.......(((((((((((((((..((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((......((.....(((....))).....))...)))))).))))))..))))))))...))))))).....)))).)))))))...))))))))))))))))))))))..)))))))..)))))))))))))......
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................((((((.......))))))...................................(((((((..(((..((((.((((...((((..(((((..(..((......(((((((((((((((((........(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))......)).))))))))...)))))))...))..)...))))).....))))...)))).))))..)))..))))))).....................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((..(((((((((((.....)))))))....((((.(..........).)))))))).....(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((.((((.......(((((((((((((((..(((((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).)..((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).))))))..))))))))...))))))).....)))).))))))...)))))))))))))))))))))))..)))))))...))))))))))))......
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.((.((((((((.....))))))))...)........((((((....))))))).....(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((.(((((......((((((((((((((((.((((((.((((((.(((((((((....)))))))))..)))))...)((((((..(..(((.....(((....))).....)))).)))))).))))))).))))))))...)))))))...).)))).)))))))...))))))))))))))))))))))..)))))))..)))))))))))))......
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((...(((((((((.......))))))....((((..............)))))))......(((((((........((...(((..(((((.((((((..((..(......(((((((((((((((((.(((((..(((((((((((((((....))))))))).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))))))).))))))))...)))))))...)...))..))))))....)))))..)))...))........)))))))...)))))))...........
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.(((((((.....(((....))).....))).......(((......))))))).....(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((.((((.......(((((((((((((((...(((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((..(((........(((....)))......))).)))))).)))))...))))))))...))))))).....)))).))))))...)))))))))))))))))))))))..)))))))..)))))))))))))......
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.((.(((((((.......)))))))...)).....((((((((....))))).)))...(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((.(((((......(((((((((((((((((.(((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).))))))).))))))))...)))))))...).)))).))))))...)))))))))))))))))))))))..)))))))..)))))))))))))......
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.(((((((((((.....)))))))....((((..............)))))))).....(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((.((((.......(((((((((((((((((.(((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).))))))).))))))))...))))))).....)))).)))))))...))))))))))))))))))))))..)))))))..)))))))))))))......
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((....((((..((((((((((.......))))))....((((..............))))))))...(.((((((((.((((((((((((((((((((.((((((((((((((.....((((((((((((((((((.((((((..((((((((((((((....)))))))))).)))).....((((((....(((((....(((....)))....))))).)))))))))))))).))))))))...))))))))..)).)))))))))))....)))))))))))))))))))))).))))))))..))))....))......).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.((.(((((((.......)))))))...)).....((((((((....)))))).))...(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((.(((((......(((((((((((((((((.(((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((..(((........(((....)))......))).)))))).))))))).))))))))...)))))))...).)))).))))))...)))))))))))))))))))))))..)))))))..)))))))))))))......
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.((((((((((..[[[[[)))))))...((((....]]]]].....)))).))).....(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((((((........(((((((((((((((..((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).))))))..)))))))))...))))))))))......)))))))...))))))))))))))))))))))..)))))))..)))))))))))))......
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................((((((..(((((.(((.........(((........(((....))).........))).....((((((......((.....(((....))).....))...))))))......)).).))))).....))))))........................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((.(..((..(((((((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..))).))))))))...)))))))...)).)))))))))))....))))))))))....)))))))..)))))))...))))).............
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((.(..((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..))).))))))))...)))))))...)).)))))))))))....))))))))))....)))))))..)))))))...))))).............
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.((((...((((((((....)))...)))))....((((......)))).)))).....(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((.(((((......(((((((((((((((((.(((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((..(((..((....(((....))).))...))).)))))).))))))).))))))))...)))))))...)).))).))))))...)))))))))))))))))))))))..)))))))..)))))))))))))......
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((....((((((((.....))))))))..........((((((((....)))))).))...(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((.(((((......(((((((((((((((((.(((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((..(((........(((....)))......))).)))))).))))))).))))))))...)))))))...).)))).))))))...)))))))))))))))))))))))..)))))))..)))))))))))))......
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.....(((((........)))))..............((((((....))))))......(((((((..(((((((((((((((((((((((......(((((.(((((....)))))..((((((.(((((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).....))))))).))))))...........)))))...............((((.((((((....))))))..))))..................)))))))))))))))))))))))..)))))))..)))))))))))))......
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((....(((((((((.......))))))....((((..............)))))))........((((.......((.....((((((.(((.((((((.............(((((....(((((.((....((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).))...)).).))))(.....))))))...........))))))....))).)))))).....)).......))))......)))).............
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.((((...((((((((....)))...)))))....((((......)))).)))).....(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((.(((((......(((((((((((((((((.(((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((..(((..((....(((....))).))...))).)))))).))))))).))))))))...)))))))...).)))).))))))...)))))))))))))))))))))))..)))))))..)))))))))))))......
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.((((....)))).(((.((((.(((((..((....))...))))).))))))).....(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((.(((((......(((((((((((((((((.(((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((..(((..((....(((....))).))...))).)))))).))))))).))))))))...)))))))...)).))).))))))...)))))))))))))))))))))))..)))))))..)))))))))))......))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.(((((((..(..(((....)))..)..))).......(((......))))))).....(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((.(((((......(((((((((((((((((.(((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((..(((..((....(((....))).))...))).)))))).))))))).))))))))...)))))))...)).))).))))))...)))))))))))))))))))))))..)))))))..)))))))))))))......
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.(((((((((((...))..)))))).).))..((.(((((((......)))).))).))(((((((.((((((((((((((((((((((((((((((..(((((...))((((((((((((((((((.(((((.((((((((((((((((..))))))))))).)))))....(((((((....(((.((((((((..)))))))).))).))))))))))))))).))))))))...))))))).....)))..))))))...))))))))))))))))))))))).))))))))..)))))))))))))......
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................(....((((((.....))...(((......))).))))....(.(..(...((.((((..(((...((......(...((((((((((((((((((.(((.(.(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).))))))).)))))).))..))))))).)....)).......))).....).)))..))..)....).)..................)...........
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.....((((((.......))))))..............(((........))).......(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((.(((((......(((((((((((((((((.(((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.............(((....)))..........)))))).))))))).))))))))...)))))))...).)))).))))))...)))))))))))))))))))))))..)))))))..)))))))))))))......
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.((((.(((((.......))))).....((((..............)))))))).....(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((.(((((......(((((((((((((((((.(((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).))))))).))))))))...)))))))...).)))).))))))...)))))))))))))))))))))))..)))))))..)))))))))))))......
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.((((.(((((........)))))....((((..............)))))))).....(((((((..(((((((((((((((((((((((...((((((......)).)))).((((....)))).((((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).....))))))...(((((....((((.....((((..(((...........)))..)))).))))...))))).((((.......)))).....)))))))))))))))))))))))..)))))))..)))))))))))))......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.((((.(((((..[[[[[.)))))............]]]]].........)))).....(((((((..((((((((((((((((((((((((((.(((.....{{{{{.)))}}}}}aaaa)))((((.AAAA.....)))).((((((....)))))).....(((((....((((((....<<<<<....<<<<.....<<<<..<<<..))))))...>>>..>>>>.>>>>...>>>>>..(((.......)))))))).)))))))))))))))))))))))..)))))))..)))))))))))))......

---