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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00203



RNA: SRP_00203
Rfam family: Archaea_SRP

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CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((.((((((.....)))))).....((((..............)))))))).............(((.........))).....................................((((.....))))..(.((.((((((((.((((((....))))))..))).))))).)).).(((.....((((....(((....)))....))))..)))........................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..((((..((((...((((....))))..))))...(((((.....)))))))))...(((((((((..(((((((.((((((((((.((((((((((((..((((((..((..((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))).)))).))))))))..))))))))))))))))))))))).)..)))))))))))))))))))))..)))))))))..))))
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((...((((((((((.......))))))....((((..............))))))))......(((((...(((..(((....((((((.((((.(((((((..(((.........(((((...((((((((((((......(((((.(((((((((....))))))).))..)))))....(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))......)))).)))))))).....))))).....))))))))))....))))))))))....))).)))...)))))......)))
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((......(((((((((...)))))))))...))).....((((.....))))((((....(((((((((..(((((((.((((((((((.((((((((((((..((((((..((..((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).))))))))))).)))).))))))))..))))))))))))))))))))))).)..)))))))))))))))))))))..)))))))))..))))
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..(((((((((((.....)))))))....((((.(..........).))))))))...(((((((((..((((((((.(((((((((.((((.(((((((..((((((......((((((((((((.((.((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))).)))).)).))))))...))))))..)))))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))..))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((......(((((((((...)))))))))...))).....((((.....))))((((.(..(((((((((..(((((((.((((((((((.((((((((((((..((((((..((..((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).))))))))))).)))).))))))))..))))))))))))))))))))))).)..)))))))))))))))))))))..))))))))).)))))
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((...(((((((((.......))))))....((((..............)))))))......(((((((..(((((((..((.((((((.(((...((((((..(((..(......(((((((.((((((((((((.(((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)).).)))).))))))))...)))))))..)..)))))))))......))))))))).)).)))))))..)))))))....))).
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((...[[[[((((((((...))))))))....)))....(((((.....)))))]]]]...(((((((((..(((((((.((((((((((.((((.(((((((..((((((......((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))).)))).))))))))..))))))))..)))))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))......
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((....((.((((((((...))))))))))..))).....((((.....))))((((.(..(((((((((..(((((((.((((((((((.((((((((((((.((.((((......((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))).)))).))))))))..))))))))..))))))))))))).)..)))))))))))))))))))))..))))))))).)))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..(((((((((((.....)))))))............((((.....)))).))))...(((((((((..(((((((.((((((((((.((((.(((((((..((((((..((..((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))).)))).))))))))..)))))))))))))))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))..))))
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Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((....(.(((((((((...))))))))))..))).....((((.....))))((((.(..(((((((((..(((((((.((((((((((.((((((((((((..((((((...(..((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))).)))).))))))))..))))))))).))))))))))))).)..)))))))))))))))))))))..))))))))).)))))
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..((((((((((((...)))))))))..........(((((.....))))).)))...(((((((((..(((((((.((((((((((.((((.(((((((..((((((......((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((...(((((...)))))...(((.....))).)))))).)))).)))).))))))))..))))))))..)))))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))..))))
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PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..((((.(((....((((((.((((.(((((((..((((((......(((((((.((((((((((((..((..(((((..((((((((....))))))).)...)))))....(((((.....((((...((((....)))..).))))..))))).))...)))).))))))))...)))))))..)))))))))))))....))))))))))....)))))))..)))))))....))))
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..((((..((((...((((....))))..))))....((((.....)))).))))...(((((((((..(((((((.((((((((((.((((.(((((((..((((((......((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))).)))).))))))))..))))))))..)))))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))..))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((....(.(((((((((...))))))))))..))).....((((.....))))((((.(..(((((((((..(((((((.((((((((((.((((((((((((..((((((......((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).))))))))))).)))).))))))))..))))))))..))))))))))))).)..)))))))))))))))))))))..))))))))).)))))
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..((((..((((...((((....))))..))))...(((((.....)))))))))...(((((((((..((((((((((((.......((((.(((((((..((((((......((((((((((((((((((((((((..(((((...(((((((....))))))).....)))))....((((((...(((((...)))))...............)))))).)))).)))).))))))))..))))))))..)))))))))))))....)))).....))))))))))))..)))))))))..))))
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((....(((((((((.......))))))....((((..............)))))))........((((........((.....((((((..(((.((((((...............(((((.....(((((.(((...((..(((((..((((((((....))))))).)...)))))....(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))....))).).))))(.....)))))).........))))))....))).)))))).....)).......)))).......)))
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..((((..((((...((((....))))..))))....((((.....)))).))))...(((((((((..(((((((.((((((((((.((((((((((((..((((((......((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))).)))).))))))))..))))))))..))))))))))))).)..)))))))))))))))))))))..)))))))))..))))
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.((....((((...((((....))))..))))....)).((((....)))).....)))).(((((..(((((((.((((((((((.((((.(((((((..((((((......((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))).)))).))))))))..))))))))..)))))))))))))....)))))))))))))))))))))..))))).((....)).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..(((((((((((.....)))))))...........(((((.....)))))))))...(((((((((..(((((((.((((((((((.((((.(((((((..((((((......((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))).)))).))))))))..))))))))..)))))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))..))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..(((((((((((((...))))))))).).))(((((.(((.(....)))).)))))(((((((((((.((((((((.((((((((((.((((.(((((((..((((((..((..(((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((..)..)))))).))).))))).....(((((..(.((((((((((((..)))))))))))))))))).))))).)))).))))))))..)))))))))))))))))))))))(..)))))))))))))))))))))).))))))))))))))))
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Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..((((.((((((.....)))))).............((((.....)))).))))...(((((((((..(((((((.((((((((((.((((((((((((..((((((......((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))).)))).))))))))..))))))))..))))))))))))).)..)))))))))))))))))))))..)))))))))..))))
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..((((..((((...((((....))))..))))....((((.....)))).))))...(((((((((..(((((((.((((((((((.((((((((((((..((((((......((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))).)))).))))))))..))))))))..))))))))))))).)..)))))))))))))))))))))..)))))))))..))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..((((..((((...((((....))))..))))....((((.....)))).))))...(((((((((..((.((((....))))....((((....)))).(((.........(((((((((.((((((....)))))).(((((.(((((((((....))))))).))..)))))...))))).....((((.....))))..))))....((((..(((((.(((((....))..)))..(((((.......)).))))))))(((((.....)))))..)))).))).)).)))))))))..))))
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..((((..((((...((((....))))..))))....((((.....)))).))))...((((..aaaa))))((((AAAA))))....((((((..(((((...<<<......<<<)))))..((((((>>>.)))))).(((((.(((((((((....))))))).))..)))))....((((>>>.))))))).((((((..........{{{{.......{{{)).))))..((((}}}}..)))).....}}}.....((((((((..[[[)))))..(((]]]..)))..))).)))...))))