|
|
|
GGGCUAGGCCGGCGGGCUGGCGGUCCGCUGUAACCCGAAAUCCGCCUCAUGCGGGGGCCGAAGCCGAGGGGGCGGCCCGGUCCCCCGGAGUACCGGCCCCCCGGACCCGACCGAUGACCCUCCGGCCCCCCGGGGGCCCGGGGUGGCGGGGCCGCCGCCGGAGGGCGGCGCGCCACCGCCUUUGCCGGGGCACCGGGUCAGGCCCGAGAGGGAGCAGCCCACCCCGGACCCGCGGCCGCUCGGGGGUCGCCGGAGGCAGGUCGGCCGGGGGAGUACCGGGCUCCGGGGGCCGGGUCCACCCCUCGGCGCGCCC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((..(((((((((((.....)))))))....((((.(..........).))))))))...(((((((((..(((((((((..(((((((.((((.(.(((....((((((......((((((((((.(((.(.(((..(((.((((((..(((((((....)))))))..)..))))).)..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..))..))))...))))))...)))))))..))))))....))).)..))))))))))).)))))))))..)))))))))..))))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((..((((...((((....))))..))))....((((.....)))).))))...(((((((((..(((((((.((((((((((.((((((((((((..((((((......((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))).)))).))))))))..))))))))..))))))))))))).)..)))))))))))))))))))))..)))))))))..)))) |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((((((.....)))))).....((((..............)))))))).............(((.........))).....................................((((.....))))..(.((.((((((((.((((((....))))))..))).))))).)).).(((.....((((....(((....)))....))))..)))........................................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((..((((...((((....))))..))))...(((((.....)))))))))...(((((((((..(((((((.((((((((((.((((((((((((..((((((..((..((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))).)))).))))))))..))))))))))))))))))))))).)..)))))))))))))))))))))..)))))))))..)))) |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((...((((((((((.......))))))....((((..............))))))))......(((((...(((..(((....((((((.((((.(((((((..(((.........(((((...((((((((((((......(((((.(((((((((....))))))).))..)))))....(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))......)))).)))))))).....))))).....))))))))))....))))))))))....))).)))...)))))......))) |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((......(((((((((...)))))))))...))).....((((.....))))((((....(((((((((..(((((((.((((((((((.((((((((((((..((((((..((..((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).))))))))))).)))).))))))))..))))))))))))))))))))))).)..)))))))))))))))))))))..)))))))))..)))) |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((((.....))))))).................................(((((((((..(((((((....((((.........(((((((...............((((((..(((((((((((((((..(((((.(((((((((....))))))).))..)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))).)))).)))))))....)))))).........)))))))...........))))...)))))))..)))))))))...... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..(((((((((((.....)))))))....((((.(..........).))))))))...(((((((((..((((((((.(((((((((.((((.(((((((..((((((......((((((((((((.((.((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))).)))).)).))))))...))))))..)))))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))..)))) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((......(((((((((...)))))))))...))).....((((.....))))((((.(..(((((((((..(((((((.((((((((((.((((((((((((..((((((..((..((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).))))))))))).)))).))))))))..))))))))))))))))))))))).)..)))))))))))))))))))))..))))))))).))))) |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((...(((((((((.......))))))....((((..............)))))))......(((((((..(((((((..((.((((((.(((...((((((..(((..(......(((((((.((((((((((((.(((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)).).)))).))))))))...)))))))..)..)))))))))......))))))))).)).)))))))..)))))))....))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((...[[[[((((((((...))))))))....)))....(((((.....)))))]]]]...(((((((((..(((((((.((((((((((.((((.(((((((..((((((......((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))).)))).))))))))..))))))))..)))))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))...... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((....((.((((((((...))))))))))..))).....((((.....))))((((.(..(((((((((..(((((((.((((((((((.((((((((((((.((.((((......((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))).)))).))))))))..))))))))..))))))))))))).)..)))))))))))))))))))))..))))))))).))))) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..(((((((((((.....)))))))............((((.....)))).))))...(((((((((..(((((((.((((((((((.((((.(((((((..((((((..((..((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))).)))).))))))))..)))))))))))))))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))..)))) |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((..((((((((((.......))))))....((((..............))))))))...((((((((((.(((((((.((((((((((.((((.(((((((..((((((......(((((((.((((((((((((.((((..((((((((((((((....))))))).))).)))).....((((((...(((((....(((....)))....)))))))))))))))..)))).))))))))...)))))))..)))))))))))))....)))))))))))))))))))))).)))))))))..))). |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((....(.(((((((((...))))))))))..))).....((((.....))))((((.(..(((((((((..(((((((.((((((((((.((((((((((((..((((((...(..((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))).)))).))))))))..))))))))).))))))))))))).)..)))))))))))))))))))))..))))))))).))))) |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((((((((((...)))))))))..........(((((.....))))).)))...(((((((((..(((((((.((((((((((.((((.(((((((..((((((......((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((...(((((...)))))...(((.....))).)))))).)))).)))).))))))))..))))))))..)))))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))..)))) |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..((((.(((....((((((.((((.(((((((..((((((......(((((((.((((((((((((..((..(((((.(((((((((....))))))).))..)))))....(((((.....((((...((((....)))..).))))..))))).))...)))).))))))))...)))))))..)))))))))))))....))))))))))....)))))))..)))))))....)))) |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..((((.(((....((((((.((((.(((((((..((((((......(((((((.((((((((((((..((..(((((..((((((((....))))))).)...)))))....(((((.....((((...((((....)))..).))))..))))).))...)))).))))))))...)))))))..)))))))))))))....))))))))))....)))))))..)))))))....)))) |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((..((((...((((....))))..))))....((((.....)))).))))...(((((((((..(((((((.((((((((((.((((.(((((((..((((((......((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))).)))).))))))))..))))))))..)))))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))..)))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((....(.(((((((((...))))))))))..))).....((((.....))))((((.(..(((((((((..(((((((.((((((((((.((((((((((((..((((((......((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).))))))))))).)))).))))))))..))))))))..))))))))))))).)..)))))))))))))))))))))..))))))))).))))) |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((..((((...((((....))))..))))...(((((.....)))))))))...(((((((((..((((((((((((.......((((.(((((((..((((((......((((((((((((((((((((((((..(((((...(((((((....))))))).....)))))....((((((...(((((...)))))...............)))))).)))).)))).))))))))..))))))))..)))))))))))))....)))).....))))))))))))..)))))))))..)))) |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((....(((((((((.......))))))....((((..............)))))))........((((........((.....((((((..(((.((((((...............(((((.....(((((.(((...((..(((((..((((((((....))))))).)...)))))....(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))....))).).))))(.....)))))).........))))))....))).)))))).....)).......)))).......))) |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((..((((...((((....))))..))))....((((.....)))).))))...(((((((((..(((((((.((((((((((.((((((((((((..((((((......((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))).)))).))))))))..))))))))..))))))))))))).)..)))))))))))))))))))))..)))))))))..)))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((....((((...((((....))))..))))....)).((((....)))).....)))).(((((..(((((((.((((((((((.((((.(((((((..((((((......((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))).)))).))))))))..))))))))..)))))))))))))....)))))))))))))))))))))..))))).((....)). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..(((((((((((.....)))))))...........(((((.....)))))))))...(((((((((..(((((((.((((((((((.((((.(((((((..((((((......((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))).)))).))))))))..))))))))..)))))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))..)))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..(((((((((((((...))))))))).).))(((((.(((.(....)))).)))))(((((((((((.((((((((.((((((((((.((((.(((((((..((((((..((..(((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((..)..)))))).))).))))).....(((((..(.((((((((((((..)))))))))))))))))).))))).)))).))))))))..)))))))))))))))))))))))(..)))))))))))))))))))))).)))))))))))))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................(.................(........).........((((.((....((((....((((.(.(((.(.((...........((((.(.(..((.((....(..(((.(((((.(((((((((....))))))).).).)))))....(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).)))..)..).)...)))....).)).))......)).)..)))......)....))))...)))).......))..))).).).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((.((((((.....)))))).............((((.....)))).))))...(((((((((..(((((((.((((((((((.((((((((((((..((((((......((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))).)))).))))))))..))))))))..))))))))))))).)..)))))))))))))))))))))..)))))))))..)))) |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((..((((...((((....))))..))))....((((.....)))).))))...(((((((((..(((((((.((((((((((.((((((((((((..((((((......((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))).)))).))))))))..))))))))..))))))))))))).)..)))))))))))))))))))))..)))))))))..)))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((..((((...((((....))))..))))....((((.....)))).))))...(((((((((..((.((((....))))....((((....)))).(((.........(((((((((.((((((....)))))).(((((.(((((((((....))))))).))..)))))...))))).....((((.....))))..))))....((((..(((((.(((((....))..)))..(((((.......)).))))))))(((((.....)))))..)))).))).)).)))))))))..)))) |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((..((((...((((....))))..))))....((((.....)))).))))...((((..aaaa))))((((AAAA))))....((((((..(((((...<<<......<<<)))))..((((((>>>.)))))).(((((.(((((((((....))))))).))..)))))....((((>>>.))))))).((((((..........{{{{.......{{{)).))))..((((}}}}..)))).....}}}.....((((((((..[[[)))))..(((]]]..)))..))).)))...)))) |