|
|
|
GUGGCUAGGCUGGGAAGUUAGGCGUUUCCUGUAACUCGAAAUCGCCUUUGCGAGAGCCGAAAACUUGAGGGCGGUUUUAAAUUCUGUCGCCCAUUCUCAAGUUUUGUGUAGACAUUUCGUCCUUUGGGGUAAGAUGGAGGAGGAACCUUUUUUGUAAGAAAAAGACAAACCUCCCUUAUCUUUCGAACCCCGUCAGGCCCGGAAGGGAGCAGCGGUAGAAAGAACUUCAACGCUCAGAGGGUUGCGGAAUCGAGCAGAACUUGAGGUACAAUGGGUUUCAGGAUUUUUCACCCACCUCAAGGAAGCCACUUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((.(((((((((((.....)))))))....((((............)))))))).....(((((((..(((...(((.((((..(((((((((((((((((((.(....(((((((((((((.(.(..((.((.(((((...(((((((....))))))).....))))).)..((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).).)).))...))))))...))))))).).))))))))))))....)))))))..))).).)))..)))..)))))))..)))))).....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((...((((.((..((.(((((((((.........)))).)))))..)).....)).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((...((..((((((((((((((((.....((.(((((...(((((((....))))))).....)))))))..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))......)).))))))))...))))))))..)))))))))))))....))))))..))))))))...)))..)))))))..))))....))) |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((.....)))))))....((((............)))))))).............(((.........)))..................................((.....))...(((((.(((((...(((((((....))))))).....))))).))))).........((((....(((....)))....))))................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((........(((((((((.........)))).))))).......)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((...((..(((((((((((.((((....(((((((((...(((((((....))))))).....)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))..)))).)))))..))))))))..)))))))))))))....))))))..))))))))...)))..)))))))..))))))..... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...((((((((((.......))))))....((((............))))))))......(((((...(((.(((....((((((((((.((((((((((..(......(((((..((((((((((.(......(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).....))).)))))))).....)))))...)..)))))))))).....))))))))))....))).)))...))))).....))))..... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((.....((.(((((((((.........)))).)))))..))...)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((...((..(((((((((((((((((((((((.(((((...(((((((....))))))).....))))).)))))))....))))(((....(((....)))....)))...((.......))......))))))...))))))))..))))))))))))....)))))))..))))))))...)))..)))))))..))))))..... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................................(((((((..(((...((((((((...(((((.((((((((((((.......(((((.((((((((..................(((((((....)))))))...............(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..........))))))))....)))))....)))))))))))).....)))))...))))))))...)))..)))))))............. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..(((((((((((.....)))))))....((((............)))))))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((.(....(((((((((((((((..(((((((.(((((...(((((((....))))))).....))))).))))))).......((((....(((....)))....)))).................))))))))...))))))).).))))))))))))....)))))))..))))))))...)))..)))))))...)))))..... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((.....((.(((((((((.........)))).)))))..))...)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((.(.((..(((((((((((((((((((((((.(((((...(((((((....))))))).....))))).)))))))....)))((((....(((....)))....))))..(((.....))).....)))))))...))))))))).))))))))))))....)))))))..))))))))...)))..)))))))..))))))..... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...(((((((((.......))))))....((((............)))))))......(((.(((..((....(((.((((..((((((.((((((.((..(......(((((((((((((((((.(((((..(((((((((((((((....)))))))))..))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))))))).))))))))...)))))))...)..)).)))))).....))))))..)))).)))....))..)).))))...)))))..... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((........(((((((((.........)))).))))).......)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((.......(((((((((((((((((((((((.(((((...(((((((....))))))).....))))).)))))))....)))))......(((....)))...((((...(((.....)))..))))..)))))..))))))....))))))))))))....)))))))..))))))))...)))..)))))))..))))))..... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((.....((.(((((((((.........)))).)))))..))...)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((...((..(((((((((((((((((((((((.(((((...(((((((....))))))).....))))).)))))))....)))))......(((....)))...((((...(((.....)))..)))).)))))...))))))))..)))))))))))))....))))))..))))))))...)))..)))))))..))))))..... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((........(((((((((.........)))).))))).......)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((......(((((((((((((((...((((((.(((((...(((((((....))))))).....))))).))))))(((.....((((....(((....)))....))))..)))............))))))))...)))))))...))))))))))))....)))))))..))))))))...)))..)))))))..))))))..... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((((((((.......))))))....((((............))))))))...(.((((((((.((((((((((((((((((.((.(((((((((((((.....((((((((((((((((((.(((((..(((((((.(((((((....)))))))))...)))))....((((((....(((((....(((....)))....))))).)))))).))))))).))))))))...))))))))..))))))))))))).....))).)))))))))))))))))).))))))))..)))..))... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((.....((.(((((((((.........)))).)))))..))...)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((...((..(((((((((((((((((((((((.(((((...(((((((....))))))).....))))).)))))))....)))))......(((....)))...((((...(((.....)))..)))).)))))...))))))))..)))))))))))))....))))))..))))))))...)))..)))))))..))))))..... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((........(((((...[[[[...........))))).......)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((......(((((((((((((((..........(((((...(((((((....))))))).....)))))....((((((.....((((]]]](((....)))....))))..)))))).........)))))))))...))))))...))))))))))))....)))))))..))))))))...)))..)))))))..))))))..... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((((((((.......))))))....((((.......(...))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((.(..((..(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..))).))))))))...)))))))...))))))))))))).....))))))))))....)))))))..)))))))...)))))..... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((((((((.......))))))....((((.......(...))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((.(..((..(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..))).))))))))...)))))))...))))))))))))).....))))))))))....)))))))..)))))))...)))))..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((.....((.(((((((((.........)))).)))))..))...)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((...((..((((((((((((((((.....((.(((((...(((((((....))))))).....)))))))..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))......)).))))))))...))))))))..)))))))))))))....))))))..))))))))...)))..)))))))..))))))..... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((........(((((((((.........)))).))))).......)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((.......(((((((((((((((((((((((.(((((...(((((((....))))))).....))))).)))))))....)))))......(((....)))...((((...(((.....)))..)))).)))))...))))))....)))))))))))))....))))))..))))))))...)))..)))))))..))))))..... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((....((((....((((.....))))...))))...((((....))))..........(((((((........((((((((..(((((((((((((((((((......(((((((....(((((((((((((.(((((...(((((((....))))))).....))))).)))))))....))))))...(((((......((((.....................))))...))))))))))))...)))))))))))))....))))))..))))))))........)))))))..))))))..... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((....(((((((((.......))))))....((((............)))))))........((((.......((.....((((((.(((.((((((.............(((((....(((((.((....((..(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))...)).).))))(.....))))))..........)))))).....))).)))))).....)).......))))......))))..... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((.....((.(((((((((.........)))).)))))..))...)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((...((..((((((((((((((((.....((.(((((...(((((((....))))))).....)))))))..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))......)).))))))))...))))))))..)))))))))))))....))))))..))))))))...)))..)))))))..))))))..... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((....)))).((((..................)))).((((....)).))...(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((......(((((((((((((((((.....((.(((((...(((((((....))))))).....)))))))..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))......)).))))))))...)))))))...))))))))))))....)))))))..))))))))...)))..)))))))..))))))..... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((.....((.(((((((((.........)))).)))))..))...)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((...((..((((((((((((((((((((((..(((((...(((((((....))))))).....)))))..))))))....)))))......(((....))).(.((((...(((.....)))..))))).)))))..))))))))..)))))))))))))....))))))..))))))))...)))..)))))))..))))))..... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((...........))))....(((((((......)))))))).))))...(((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((((....((((((((.((...)).).)))))))(((((((((((((((......))))))..)))))))))...(((((((....((((((((((((..)))))))))))).)))))))(((((........)))))...(..).....))))))))))))(..)))))))))))))))))))))))).)))))))).)..))))..... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................(........(.)...................(((((((..(((......((....(.......((................((((((((((.((((((..((.(..(((((....((((((.....)))))).....)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).).)).)).))))).))...))))))).....))................).....))........)))..)))))))...........). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((.....((.(((((((((.........)))).)))))..))...)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((...((..((((((((((((((((((((((..(((((...(((((((....))))))).....)))))..))))))....)))))......(((....)))....((..................))..)))))...))))))))..)))))))))))))....))))))..))))))))...)))..)))))))..))))))..... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((.....((.(((((((((.........)))).)))))..))...)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((...((..((((((((((((((((((((((..(((((...(((((((....))))))).....)))))..))))))....)))))......(((....)))...((((...(((.....)))..))))..)))))..))))))))..)))))))))))))....))))))..))))))))...)))..)))))))..))))))..... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.((((....))))......(((.........))).((((....)))).)))).....(((..((((((............))))))........((((.....))))......(((....))).)))...(((.......))).(((((.........)))))...(((((.(((((((..((......))..)))))))....((((................))))..))))).(((........))).....((((((.....(((...............)))))))))..(((.....))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((....)))).((((((((.........)))).))))....((((...aaaaa.)))).((((((........[[[[))))))........((((.....)))).]]]]A((((..bbbbb......bbb.))))..BBB...(((.........))).BBBBB.....(((((((..((......))..)))))))....((((.AAAA....<<<....))))..((((..(((....{{{{)))....}}}}>>>.....(((...............))).)))).....))))))..... |