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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00204



RNA: SRP_00204
Rfam family: Archaea_SRP

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((.(((((((((((.....)))))))....((((............)))))))).....(((((((..(((...(((.((((..(((((((((((((((((((.(....(((((((((((((.(.(..((.((.(((((...(((((((....))))))).....))))).)..((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).).)).))...))))))...))))))).).))))))))))))....)))))))..))).).)))..)))..)))))))..)))))).....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.((...((((.((..((.(((((((((.........)))).)))))..)).....)).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((...((..((((((((((((((((.....((.(((((...(((((((....))))))).....)))))))..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))......)).))))))))...))))))))..)))))))))))))....))))))..))))))))...)))..)))))))..))))....)))
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((((((.....)))))))....((((............)))))))).............(((.........)))..................................((.....))...(((((.(((((...(((((((....))))))).....))))).))))).........((((....(((....)))....))))...................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((........(((((((((.........)))).))))).......)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((...((..(((((((((((.((((....(((((((((...(((((((....))))))).....)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))..)))).)))))..))))))))..)))))))))))))....))))))..))))))))...)))..)))))))..)))))).....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((...((((((((((.......))))))....((((............))))))))......(((((...(((.(((....((((((((((.((((((((((..(......(((((..((((((((((.(......(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).....))).)))))))).....)))))...)..)))))))))).....))))))))))....))).)))...))))).....)))).....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((.....((.(((((((((.........)))).)))))..))...)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((...((..(((((((((((((((((((((((.(((((...(((((((....))))))).....))))).)))))))....))))(((....(((....)))....)))...((.......))......))))))...))))))))..))))))))))))....)))))))..))))))))...)))..)))))))..)))))).....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................(((((((..(((...((((((((...(((((.((((((((((((.......(((((.((((((((..................(((((((....)))))))...............(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..........))))))))....)))))....)))))))))))).....)))))...))))))))...)))..))))))).............
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..(((((((((((.....)))))))....((((............)))))))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((.(....(((((((((((((((..(((((((.(((((...(((((((....))))))).....))))).))))))).......((((....(((....)))....)))).................))))))))...))))))).).))))))))))))....)))))))..))))))))...)))..)))))))...))))).....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((.....((.(((((((((.........)))).)))))..))...)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((.(.((..(((((((((((((((((((((((.(((((...(((((((....))))))).....))))).)))))))....)))((((....(((....)))....))))..(((.....))).....)))))))...))))))))).))))))))))))....)))))))..))))))))...)))..)))))))..)))))).....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((...(((((((((.......))))))....((((............)))))))......(((.(((..((....(((.((((..((((((.((((((.((..(......(((((((((((((((((.(((((..(((((((((((((((....)))))))))..))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))))))).))))))))...)))))))...)..)).)))))).....))))))..)))).)))....))..)).))))...))))).....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((........(((((((((.........)))).))))).......)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((.......(((((((((((((((((((((((.(((((...(((((((....))))))).....))))).)))))))....)))))......(((....)))...((((...(((.....)))..))))..)))))..))))))....))))))))))))....)))))))..))))))))...)))..)))))))..)))))).....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((.....((.(((((((((.........)))).)))))..))...)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((...((..(((((((((((((((((((((((.(((((...(((((((....))))))).....))))).)))))))....)))))......(((....)))...((((...(((.....)))..)))).)))))...))))))))..)))))))))))))....))))))..))))))))...)))..)))))))..)))))).....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((........(((((((((.........)))).))))).......)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((......(((((((((((((((...((((((.(((((...(((((((....))))))).....))))).))))))(((.....((((....(((....)))....))))..)))............))))))))...)))))))...))))))))))))....)))))))..))))))))...)))..)))))))..)))))).....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..((((((((((.......))))))....((((............))))))))...(.((((((((.((((((((((((((((((.((.(((((((((((((.....((((((((((((((((((.(((((..(((((((.(((((((....)))))))))...)))))....((((((....(((((....(((....)))....))))).)))))).))))))).))))))))...))))))))..))))))))))))).....))).)))))))))))))))))).))))))))..)))..))...
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((.....((.(((((((((.........)))).)))))..))...)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((...((..(((((((((((((((((((((((.(((((...(((((((....))))))).....))))).)))))))....)))))......(((....)))...((((...(((.....)))..)))).)))))...))))))))..)))))))))))))....))))))..))))))))...)))..)))))))..)))))).....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((........(((((...[[[[...........))))).......)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((......(((((((((((((((..........(((((...(((((((....))))))).....)))))....((((((.....((((]]]](((....)))....))))..)))))).........)))))))))...))))))...))))))))))))....)))))))..))))))))...)))..)))))))..)))))).....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..((((((((((.......))))))....((((.......(...))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((.(..((..(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..))).))))))))...)))))))...))))))))))))).....))))))))))....)))))))..)))))))...))))).....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..((((((((((.......))))))....((((.......(...))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((.(..((..(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..))).))))))))...)))))))...))))))))))))).....))))))))))....)))))))..)))))))...))))).....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((.....((.(((((((((.........)))).)))))..))...)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((...((..((((((((((((((((.....((.(((((...(((((((....))))))).....)))))))..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))......)).))))))))...))))))))..)))))))))))))....))))))..))))))))...)))..)))))))..)))))).....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((........(((((((((.........)))).))))).......)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((.......(((((((((((((((((((((((.(((((...(((((((....))))))).....))))).)))))))....)))))......(((....)))...((((...(((.....)))..)))).)))))...))))))....)))))))))))))....))))))..))))))))...)))..)))))))..)))))).....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....((((....((((.....))))...))))...((((....))))..........(((((((........((((((((..(((((((((((((((((((......(((((((....(((((((((((((.(((((...(((((((....))))))).....))))).)))))))....))))))...(((((......((((.....................))))...))))))))))))...)))))))))))))....))))))..))))))))........)))))))..)))))).....
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((....(((((((((.......))))))....((((............)))))))........((((.......((.....((((((.(((.((((((.............(((((....(((((.((....((..(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))...)).).))))(.....))))))..........)))))).....))).)))))).....)).......))))......)))).....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((.....((.(((((((((.........)))).)))))..))...)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((...((..((((((((((((((((.....((.(((((...(((((((....))))))).....)))))))..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))......)).))))))))...))))))))..)))))))))))))....))))))..))))))))...)))..)))))))..)))))).....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((....)))).((((..................)))).((((....)).))...(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((......(((((((((((((((((.....((.(((((...(((((((....))))))).....)))))))..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))......)).))))))))...)))))))...))))))))))))....)))))))..))))))))...)))..)))))))..)))))).....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((.....((.(((((((((.........)))).)))))..))...)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((...((..((((((((((((((((((((((..(((((...(((((((....))))))).....)))))..))))))....)))))......(((....))).(.((((...(((.....)))..))))).)))))..))))))))..)))))))))))))....))))))..))))))))...)))..)))))))..)))))).....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((...........))))....(((((((......)))))))).))))...(((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((((....((((((((.((...)).).)))))))(((((((((((((((......))))))..)))))))))...(((((((....((((((((((((..)))))))))))).)))))))(((((........)))))...(..).....))))))))))))(..)))))))))))))))))))))))).)))))))).)..)))).....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................(........(.)...................(((((((..(((......((....(.......((................((((((((((.((((((..((.(..(((((....((((((.....)))))).....)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).).)).)).))))).))...))))))).....))................).....))........)))..)))))))...........).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((.....((.(((((((((.........)))).)))))..))...)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((...((..((((((((((((((((((((((..(((((...(((((((....))))))).....)))))..))))))....)))))......(((....)))....((..................))..)))))...))))))))..)))))))))))))....))))))..))))))))...)))..)))))))..)))))).....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((.....((.(((((((((.........)))).)))))..))...)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((...((..((((((((((((((((((((((..(((((...(((((((....))))))).....)))))..))))))....)))))......(((....)))...((((...(((.....)))..))))..)))))..))))))))..)))))))))))))....))))))..))))))))...)))..)))))))..)))))).....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.((((....))))......(((.........))).((((....)))).)))).....(((..((((((............))))))........((((.....))))......(((....))).)))...(((.......))).(((((.........)))))...(((((.(((((((..((......))..)))))))....((((................))))..))))).(((........))).....((((((.....(((...............)))))))))..(((.....)))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((....)))).((((((((.........)))).))))....((((...aaaaa.)))).((((((........[[[[))))))........((((.....)))).]]]]A((((..bbbbb......bbb.))))..BBB...(((.........))).BBBBB.....(((((((..((......))..)))))))....((((.AAAA....<<<....))))..((((..(((....{{{{)))....}}}}>>>.....(((...............))).)))).....)))))).....