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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00206



RNA: SRP_00206
Rfam family: Archaea_SRP

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Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((..(((((((((((.....)))))))....((((..............))))))))...(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((.(....(((((((.(((((.(.(((((((.(((((.(((((((((....)))))))))...))))).)..((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).)).)))))...)))))....))))))).).)))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..)))))))))..)))))
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..((((((.....((((((.....(((....)))...)))))).....).)))))...(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((......(((((((.(((((((((((((...(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...(((((((....((((....(((....)))....))))..)))).))).)))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..)))))))))..)))))
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((.((((((.....)))))).....((((..............))))))))............((((........))))................................(..(.....)..).((.(.(((((.(((((((((....)))))))))...))))).).)).(((.....((((....(((....)))....))))...))).........................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..(((((......((((((.....(((....)))...)))))).......)))))...(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((.((...(((((((.(((((((((((((...(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).)))))))....))))))).)))))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..)))))))))..)))))
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((...((((((((((.......))))))....((((..............))))))))......(((((...(((.(((....((((((((((.((((((((((.........(((((..((((((((((((.....(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))).)))))))).....)))))......))))))))))....))))))))))....))).)))...)))))......))))
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..(((((....((((((((.....(((....)))...)))))).))....)))))...(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((.((...(((((((.(((((((((((((.(((((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))))).)))))).)))))))....))))))))).)))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..)))))))))..)))))
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .............((...........))......................................((((((...((...(....((..(.((((.(((((((............(((((((.((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).)))))))....))))))).........)))))))....)))).)..))....)...))...))))))..........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..(((((....((((((((..................)))))).))....)))))...(((((((((..(((.((((...((((((((((.((((((((((((.......(((((((.(((((.(.(((((...(((((..((((((((....))))))))....)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..))))))...))))))...)))))....)))))))....))))))))))))....))))))))))...)))).)))..)))))))))..)))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..(((((..(.((((((((.....(((....)))...)))))).))..).)))))...(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((.((...(((((((.(((((((((((((.(((((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((....((((..(.(((....)))..).))))..)))))))).)))))).)))))))....))))))))).)))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..)))))))))..)))))
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((...(((((((((.......))))))....((((..............)))))))......(((((((..(((((((.(.((((((((((...(((((((((..(......((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....)))))))))..))))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))...)..)))))))))......)))))))))).).)))))))..)))))))....)))).
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..(((.[[[[[)))......]]]]]....(((.............[[[)))..]]]..(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((......(((((((.(((((((((((((...(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..)))))))))..)))))
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((..(((((....((((((((.....(((....)))...)))))).))....)))))...(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((......(((((((.(((((((((((((.(((((((.(((((((((....)))))))))...))))).....(((((....((((....(((....)))....))))..))))).)).)))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..)))))))))..)))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..(((((......((((((..................)))))).......)))))...(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((......(((((((.(((((((((((((...(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..)))))))))..)))))
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((..((((((((((.......))))))....((((..............))))))))...((((((((((.(((((((.(((((((((((((.(((((((((((((.....((((((((((((((((((((((((..((((((((((((((....))))))))))..)))).....(((((((..(((((....(((....)))....)))))))))))))))).)))).))))))))...))))))))..)))))))))))))....))))))))))))).)))))))).)))))))))..)))).
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((..(((((....((((((((.....(((....)))...)))))).))....)))))...(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((......(((((((.(((((((((((((...(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...(((((((....((((....(((....)))....))))..))))).)).)))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..)))))))))..)))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..(((((......((((((..................)))))).......)))))...(((((((((..(((((.....[[[[[[[[[[[.[[[[[[[[[[[[[......[[[[[[[.[[[[[[[[[[[[[...(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....[[[[[[...(((((...)))))........)))))...]]]]]]...]]]]]].]]]]]]]....]]]]]]]...]]]]]]]]]]]]]....]]]]]]]]]]]............)))))))))..)))))
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....))))))))))....)))))))..)))))))....)))))
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....))))))))))....)))))))..)))))))....)))))
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((..(((((....((((((((.....(((....)))...)))))).))....)))))...(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((......(((((((.(((((((((((((...(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...(((((((....((((....(((....)))....))))..))))).)).)))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..)))))))))..)))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(((((((((([[[[[[[[.))))(((....)))...]]]]]].]]....)))))...(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((.((...(((((((.(((((((((((((...(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...(((((((....((((....(((....)))....))))..))))).)).)))))).)))))))....))))))).)))))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..))))))))).))))))
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..(((((......((((((..................)))))).......)))))...(((((((((......((((..(((((((((((.(((((((((((((......(((((((.(((((((((((((...(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((....((((..................))))..))))))...)))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))....)))))))))))..))))......)))))))))..)))))
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((....(((((((((.......))))))....((((..............)))))))........((((.......((.....((((((.(((.((((((.............(((((....(((((.(((..((..(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).))...))).).))))(.....))))))..........))))))....))).)))))).....)).......)))).......))))
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((..((((((..(..((((((.....(((....)))...))))))..)..).)))))...(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((.((...(((((((.(((((((((((((...(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...(((((((....((((....(((....)))....))))..)))).))).)))))).)))))))....))))))).)))))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..)))))))))..)))).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.(((((......((((((.....(((....)))...)))))).......)))))..))))).((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((.((...(((((((.(((((((((((((...(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...(((((((....((((....(((....)))....))))..)))).))).)))))).)))))))....))))))).)))))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..))))............
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((..((((((..(..((((((.....(((....)))...))))))..)..).)))))...(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((......(((((((.(((((((((((((.(((((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))))).)))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..)))))))))..)))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((..((((((((..(..((((..)))))..))))))))..)).)))))))((((((((((.(...(((..((((.((((((((.(((((((((((((.((..(((((((..(((((((((((((((.(((((((((((((((..)..)))))))))..))))).....((((((...((((((((((((..)))))))))))).)))))).))).))))).))))))).....))))))))))))))))))))))....))))))))(..).))))..)))))))))))))).)))))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................(.((................(...........)...........(...(((.(.(.......(...((.((......(...(((((((.((((((((((...(..(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).)....))).)))))))....))))))).).....))....).)......)...........).).)))....)........)).).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((..((((((..(..((((((.....((......))...))))))..)..).)))))...(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((......(((((((.(((((((((((((...(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...(((((((....((((....(((....)))....))))..))))).)).)))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..)))))))))..)))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((..(((((....((((((((.....(((....)))...)))))).))....)))))...(((((((((..(((.((((..(..((((((((.(((((((((((((......(((((((.(((((((((((((...(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...(((((((....((((....(((....)))....))))..)))).))).)))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))....))))))))..)..)))).)))..)))))))))..)))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((..((((((((((.......))))))....((((..............))))))))...(((((((((..((((..(((((.....(((((.....)))))....))))).((((((((((((.......)))).))))))))(((((((....))))))).....((((.......))))...((((.....))))........((((.............))))..((((.((......))))))..))))........(((((..............))))).....)))))))))..)))).
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((..((((....)))).((((((((.((((.((((...((((...)))))))).<<<<........))))>>>>aaa..(((((....(((((((...[[[[[)).))))).........((((..]]]]])))).(((((.(((((((((....)))))))))...))))).)))))..)))..((((AAA..))))........((((.{{{{{.......)))).((((.((((........}}}}}..)).)).))))(((((..............)))))....))))).......)))).