|
|
|
UGGGCUAGACCGGAGGGUUAGGGGUCCUCUGUAAGCGCAAAUCCCCUAUACGGCGCGGUCGAAGUUCAGGGGACGGCUGAUCGACUGUUUAUCGGCCCUGCUGAUUGGUGUCGAAGCCUCGUCCCGCAGGAUCAGUGGUGAUGGGGCCCUGACUGGAGGGUCAGGGUAAACCAUCUUAGUCAUGGGAACGGGUCAGGCCUGGAAAGGAGCAGCCCUACCAUGGACAGCUGAUGCUUGCGGAUUAACGGGGUGGAGCCAGUCAGCGGGAUCACCGGUAAAUGGAAGGUCUGUCAACCCCUGAACGUGCCCA |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((..(((((((((((.....)))))))....((((..............))))))))...(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((.(....(((((((.(((((.(.(((((((.(((((.(((((((((....)))))))))...))))).)..((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).)).)))))...)))))....))))))).).)))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..)))))))))..)))))
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((((.....((((((.....(((....)))...)))))).....).)))))...(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((......(((((((.(((((((((((((...(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...(((((((....((((....(((....)))....))))..)))).))).)))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..)))))))))..))))) |
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.((((((.....)))))).....((((..............))))))))............((((........))))................................(..(.....)..).((.(.(((((.(((((((((....)))))))))...))))).).)).(((.....((((....(((....)))....))))...)))......................................................................................... |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..(((((......((((((.....(((....)))...)))))).......)))))...(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((.((...(((((((.(((((((((((((...(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).)))))))....))))))).)))))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..)))))))))..))))) |
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...((((((((((.......))))))....((((..............))))))))......(((((...(((.(((....((((((((((.((((((((((.........(((((..((((((((((((.....(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))).)))))))).....)))))......))))))))))....))))))))))....))).)))...)))))......)))) |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..(((((....((((((((.....(((....)))...)))))).))....)))))...(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((.((...(((((((.(((((((((((((.(((((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))))).)))))).)))))))....))))))))).)))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..)))))))))..))))) |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((...........))......................................((((((...((...(....((..(.((((.(((((((............(((((((.((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).)))))))....))))))).........)))))))....)))).)..))....)...))...)))))).......... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..(((((....((((((((..................)))))).))....)))))...(((((((((..(((.((((...((((((((((.((((((((((((.......(((((((.(((((.(.(((((...(((((..((((((((....))))))))....)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..))))))...))))))...)))))....)))))))....))))))))))))....))))))))))...)))).)))..)))))))))..))))) |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..(((((..(.((((((((.....(((....)))...)))))).))..).)))))...(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((.((...(((((((.(((((((((((((.(((((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((....((((..(.(((....)))..).))))..)))))))).)))))).)))))))....))))))))).)))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..)))))))))..))))) |
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...(((((((((.......))))))....((((..............)))))))......(((((((..(((((((.(.((((((((((...(((((((((..(......((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....)))))))))..))))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))...)..)))))))))......)))))))))).).)))))))..)))))))....)))). |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..(((.[[[[[)))......]]]]]....(((.............[[[)))..]]]..(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((......(((((((.(((((((((((((...(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..)))))))))..))))) |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..(((((....((((((((.....(((....)))...)))))).))....)))))...(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((......(((((((.(((((((((((((.(((((((.(((((((((....)))))))))...))))).....(((((....((((....(((....)))....))))..))))).)).)))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..)))))))))..)))). |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..(((((......((((((..................)))))).......)))))...(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((......(((((((.(((((((((((((...(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..)))))))))..))))) |
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((((((((.......))))))....((((..............))))))))...((((((((((.(((((((.(((((((((((((.(((((((((((((.....((((((((((((((((((((((((..((((((((((((((....))))))))))..)))).....(((((((..(((((....(((....)))....)))))))))))))))).)))).))))))))...))))))))..)))))))))))))....))))))))))))).)))))))).)))))))))..)))). |
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..(((((....((((((((.....(((....)))...)))))).))....)))))...(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((......(((((((.(((((((((((((...(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...(((((((....((((....(((....)))....))))..))))).)).)))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..)))))))))..)))). |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..(((((......((((((..................)))))).......)))))...(((((((((..(((((.....[[[[[[[[[[[.[[[[[[[[[[[[[......[[[[[[[.[[[[[[[[[[[[[...(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....[[[[[[...(((((...)))))........)))))...]]]]]]...]]]]]].]]]]]]]....]]]]]]]...]]]]]]]]]]]]]....]]]]]]]]]]]............)))))))))..))))) |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....))))))))))....)))))))..)))))))....))))) |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....))))))))))....)))))))..)))))))....))))) |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..(((((....((((((((.....(((....)))...)))))).))....)))))...(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((......(((((((.(((((((((((((...(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...(((((((....((((....(((....)))....))))..))))).)).)))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..)))))))))..)))). |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.(((((((((([[[[[[[[.))))(((....)))...]]]]]].]]....)))))...(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((.((...(((((((.(((((((((((((...(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...(((((((....((((....(((....)))....))))..))))).)).)))))).)))))))....))))))).)))))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..))))))))).)))))) |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..(((((......((((((..................)))))).......)))))...(((((((((......((((..(((((((((((.(((((((((((((......(((((((.(((((((((((((...(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((....((((..................))))..))))))...)))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))....)))))))))))..))))......)))))))))..))))) |
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((....(((((((((.......))))))....((((..............)))))))........((((.......((.....((((((.(((.((((((.............(((((....(((((.(((..((..(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).))...))).).))))(.....))))))..........))))))....))).)))))).....)).......)))).......)))) |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((((..(..((((((.....(((....)))...))))))..)..).)))))...(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((.((...(((((((.(((((((((((((...(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...(((((((....((((....(((....)))....))))..)))).))).)))))).)))))))....))))))).)))))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..)))))))))..)))). |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.(((((......((((((.....(((....)))...)))))).......)))))..))))).((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((.((...(((((((.(((((((((((((...(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...(((((((....((((....(((....)))....))))..)))).))).)))))).)))))))....))))))).)))))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..))))............ |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((((..(..((((((.....(((....)))...))))))..)..).)))))...(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((......(((((((.(((((((((((((.(((((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))))).)))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..)))))))))..)))). |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..((((((((..(..((((..)))))..))))))))..)).)))))))((((((((((.(...(((..((((.((((((((.(((((((((((((.((..(((((((..(((((((((((((((.(((((((((((((((..)..)))))))))..))))).....((((((...((((((((((((..)))))))))))).)))))).))).))))).))))))).....))))))))))))))))))))))....))))))))(..).))))..)))))))))))))).))))) |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................(.((................(...........)...........(...(((.(.(.......(...((.((......(...(((((((.((((((((((...(..(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).)....))).)))))))....))))))).).....))....).)......)...........).).)))....)........)).). |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((((..(..((((((.....((......))...))))))..)..).)))))...(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((......(((((((.(((((((((((((...(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...(((((((....((((....(((....)))....))))..))))).)).)))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..)))))))))..)))). |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..(((((....((((((((.....(((....)))...)))))).))....)))))...(((((((((..(((.((((..(..((((((((.(((((((((((((......(((((((.(((((((((((((...(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...(((((((....((((....(((....)))....))))..)))).))).)))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))....))))))))..)..)))).)))..)))))))))..)))). |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((((((((.......))))))....((((..............))))))))...(((((((((..((((..(((((.....(((((.....)))))....))))).((((((((((((.......)))).))))))))(((((((....))))))).....((((.......))))...((((.....))))........((((.............))))..((((.((......))))))..))))........(((((..............))))).....)))))))))..)))). |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((....)))).((((((((.((((.((((...((((...)))))))).<<<<........))))>>>>aaa..(((((....(((((((...[[[[[)).))))).........((((..]]]]])))).(((((.(((((((((....)))))))))...))))).)))))..)))..((((AAA..))))........((((.{{{{{.......)))).((((.((((........}}}}}..)).)).))))(((((..............)))))....))))).......)))). |