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| Reference structure (ext) |
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[ sec struct ] |
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Afold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CMfinder(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Contrafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
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[ FASTA input ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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McQFold
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[ FASTA input ] |
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PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PknotsRG
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[ FASTA input ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASLOpt
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAshapes
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAsubopt
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RSpredict(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Vsfold5
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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