|
|
|
UGGCUAGGCUGGGAGGUUAGGCGUCUCCUGUAACUUGAAAUCGCCUUUGCGAGAGCCGAAAACUUGGGGGCGGCAUAAGUUCCCAAAUUUCAUUCUUAAUUAGUAUGUCGACGUUUCGUCCUUUGGGGUAAGAUGGUAAGAGACUCUCUUUCUUAAGAAAGAGUCAAACUCUUUUCGUAUUUCGAAACCCGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACGGUAGAAUUUACUUCGACGCUCAAGGGGUAGCGGGGCUGAGUACUAAUUAAGGCAAAAUGAGAUUUGGUGCUUUUGUCCACCCCAAGGAAGCCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((.(((((((((((.....)))))))....((((............)))))))).....(((((((..((((.((((..((((((((((((((((((((((((.(....(((((((((((((.(.(..((.((.(((((...(((((((....))))))).....))))).)...(.(((.....(((.....(((....))).....)))..))).)..).)).))...))))))...))))))).).))))))))))))....)))))))))))).)))).))))..)))))))..)))))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((((((.......))))))...........((((....)))).)))).....(((((((..((((.((((..((((((((((((((((((((((((.(((..((..(((((((((((.....((((.(((((...(((((((....))))))).....))))).))))...(((((..(((.....(((....))).....)))..........)))))..))))))))...)))..))))))))))))))))))....))))))))))).)))).))))..)))))))..))))) |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((((((.....)))))).....((((............))))))))..............((.........))...................................((.....))....((((.(((((...(((((((....))))))).....))))).))))..........(((.....(((....))).....)))............................................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((((((.......))))))...........((((....)))).)))).....(((((((..((((.(((...((((((((((((((((((((((((.(((..(((((((((((((((.....((((..((((...(((((((....))))))).....))))..))))...(((((..(((.....(((....))).....)))..........)))))..)))))))))...))))))))))))))))))))))....)))))))))))..))).))))..)))))))..))))) |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((...((((((((((.......))))))....((((............))))))))......(((((...(((.(((....((((((((((.((((((((((.........(((((..((((((((((.(......(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).....))).)))))))).....)))))......)))))))))).....))))))))))...))).)))...))))).....))) |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.(((((((((((.....)))))))...........((((....)))).)))).....(((((((..((((.((((..((((((((((((((((((((((((.((...(((((((((((((((....((.((((((((...(((((((....))))))).....))))(((((.....))))).(((.....(((....))).....))).......))))))....)))))))))...)))))).))))))))))))))....)))))))))))).)))).))))..)))))))..))))) |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((.........))))..................................(((((((..(((...((....((..((((((.((((((((((((......(((((((((((((((.............((...(((((((....))))))).....))..........(((.....(((.....(((....))).....)))..)))............))))))))...)))))))...)))))))))))).....))))))..))...))...)))..)))))))....... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((..(((((((((((.....)))))))...........((((....)))).)))).....(((((((..((((.((((..((((((((((((((((((((((((.(....(((((((((((((((..........(((((...(((((((....))))))).....)))))((((.....))))..(((.....(((....))).....))).................))))))))...))))))).).))))))))))))....)))))))))))).)))).))))..)))))))...))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.(((((((((((.....)))))))...........((((....)))).)))).....(((((((..((((.((((..((((((((((((((((((((((((.(((..(((((((((((((((((..((.(((((((((..((((((((())))))))))....))))(((((.....))))).(((.....(((....))).....))).......)))))).)).)))))))))...)))))))))))))))))))))....)))))))))))).)))).))))..)))))))..))))) |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...(((((((((.......))))))....((((............)))))))......(((((((..(((((((.(..(((..((((((.(((((((((..(......(((((((((((((((((.(((((..(((((((((((((((....)))))))))..))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))))))).))))))))...)))))))...)..))))))))).....))))))..))).).)))))))..)))))))...)))) |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((((((.......))))))...........((((....)))).)))).....(((((((..((((.((((..(((((((((((((((((((((((((((.......((((((((.((((....(((((((((...(((((((....))))))).....))))).................)))).)))).)))))((((..(((...........)))..))))........))).)))...))))))))))))....)))))))))))).)))).))))..)))))))..))))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((((((((((.......))))))...........((((....)))).)))).....(((((((..((((.((((..((((((((((((((((((((((((.(((.(((((..(((....)))..)))))..(((((...(((((((....))))))).....))))).(((.....)))..(((((...((((......((((..(((.((......)))))..))))...)))).)))))..))))))))))))))))....))))))))))).)))).))))..)))))))..)))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.(((((((((((.....)))))))...........((((....)))).)))).....(((((((..((((.((((..((((((((((((((((((((((((......(((((((((((((((.......((((((((...(((((((....))))))).....))))(((((.....))))).(((.....(((....))).....))).......))))......))))))))...)))))))...))))))))))))....)))))))))))).)))).))))..)))))))..))))) |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((..((((((((((.......))))))....((((............))))))))...(.((((((((.((((((((((..((((((.((.(((((((((((((.....((((((((((((((((((.((((((..((((((.(((((((....)))))))))...)))).....((((((.(..(((((....(((....)))....)))))))))))))))))))).))))))))...))))))))..))))))))))))).....))).))))).))))))))))).))))))))..))). |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((((.(((((.......)))))............((((....)))).)))).....(((((((..((((.((((..((((((((((((((((((((((((.((..((.....(((....))).....))..(((((...(((((((....))))))).....)))))((((.....)))).(((((...((((......((((..(((.((......)))))..))))...)))).)))))...)))))))))))))))....))))))))))).)))).))))..)))))))..)))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.(((((((((((.....)))))))...........((((....)))).)))).....(((((((..((((.......((((((((((((((((((((((((...((((...)))).(((((((((.......(((((...((((((((..)))))))).....)))))....))))))))).(((((...((((......((((.....................))))...)))).))))).....))))))))))))....))))))))))))))))........)))))))..))))) |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((((((((.......))))))....((((.......(...))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((.(..((..(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..))).))))))))...)))))))...))))))))))))).....))))))))))...)))))))..)))))))...)))) |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((((((((.......))))))....((((.......(...))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((.(..((..(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..))).))))))))...)))))))...))))))))))))).....))))))))))...)))))))..)))))))...)))) |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((((((((((.......))))))...........((((....)))).)))).....(((((((..((((.((((..((((((((((((((((((((((((.(((..((..((((((((.((((....((((.((((...(((((((....))))))).....))))(((((.....)))))...)))).)))).)))))((((..(((.((......)))))..))))........)))..))))))))))))))))))....))))))))))).)))).))))..)))))))..)))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((((((.......))))))...........((((....)))).)))).....(((((((..((((.((((..((((((((((((((((((((((((.(((..((((...........[[[))))...(((((...(((((((....))))))).....)))))((((]]]..)))).(((((...((((......((((..(((.((......)))))..))))...)))).)))))..))))))))))))))))....))))))))))).)))).))))..)))))))..))))) |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((....(((((((((..................))))).......)))).....(((((((..((((.((((..((((((((((((((((((((((((.....((((...((((((.((((....((((........(((((((....))))))).........(((((.....)))))...)))).)))).))))))...))))..........(((((..((((...))))..)))))....)))))))))))))....))))))))))).)))).))))..)))))))..)))). |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((....(((((((((.......))))))....((((............)))))))........((((.......((.....((((((.(((.((((((.............(((((....(((((.((....((..(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))...)).).))))(.....))))))..........)))))).....))).))))))....)).......))))......))) |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((((((((((.......))))))...........((((....)))).)))).....(((((((..((((.((((..((((((((((((((((((((((((.(((..((..((((((((.((((....((((.((((...(((((((....))))))).....))))(((((.....)))))...)))).)))).)))))((((..(((.((......)))))..))))........)))..))))))))))))))))))....))))))))))).)))).))))..)))))))..)))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((...))).((......(((.((((..((((..((....))...))))))))))).....(((((((..((((.((((..((((((((((((((((((((((((.(((..((..((((((((.((((....((((.((((...(((((((....))))))).....))))(((((.....)))))...)))).)))).)))))((((..(((.((......)))))..))))........)))..))))))))))))))))))....))))))))))).)))).))))..)))))))....)). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((((((((((.......))))))...........((((....)))).)))).....(((((((..((((.((((..((((((((((((((((((((((((.(((..((..((((((((.((((....(((((((((...(((((((....))))))).....)))))((((.....))))....)))).)))).)))))((((..(((.((......)))))..))))........)))..))))))))))))))))))....))))))))))).)))).))))..)))))))..)))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.(((((((...))..)))))....((..)((......))...).).))))...(((((((.((((((((((.((((((((((((.((((((((((((..(.(.((((((((((((((((((((.((((((((((..((((((((..))))))))..)..))))))))....((((....(((.((((((((..)))))))).))).))))...))))..)).))))).)))..))))))).)))))))))))))).(..)))))))))))))))))))))).)))))))).)..))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................(.(...((....(...)....(((......)).))..)...(.........(........(.(.(.(.(.....(...((((((((((.(.(((...((.(..(((((...(((((........))))).....))))).....(.(((.....(((.....(((....))).....)))..))).)..).))....)))))))....))))))).)....).......)......).))..............)..........)...).) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((((((((((.......))))))...........((((....)))).)))).....(((((((..((((.((((..((((((((((((((((((((((((..(...(...(..(((((.(((..........((((...(((((((....))))))).....)))).((((.....))))..........))).))))).......................................)...).).)))))))))))))....))))))))))).)))).))))..)))))))..)))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((((((((((.......))))))...........((((....)))).)))).....(((((((..((((.((((..((((((((((((((((((((((((.(((..((..(((((((((((((...(((..(((((...(((((((....))))))).....)))))..)))..........(((.....(((....))).....)))..............)).))))))))...)))..))))))))))))))))))....))))))))))).)))).))))..)))))))..)))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((((((((((.......))))))...........((((....)))).))))..((((..((((((.......)))))).((((........))))...........))))..(((....)))......(((.((((...(((((((....))))))).....)))).((((.....))))....))).(((((.((((...................))))...(((........))).))))).((((((((.................)))))))).(((.......)))...)))). |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((((.(((((ccccc..))))).....CCCCC..((((....)))).))))........((((((.{{{{{.)))(((.((((....bbbb))))..BBBB).(((.....))).<<<))}..>>>.....}}}}..[[[((((....)))).((((.....)))).((((.....)))).)))....))))..((((.]]]...............))))..((((........)))).((((.(((.((.......aaaaaa..))))).((((.AAAAAA.)))).......)))). |
