CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00209



RNA: SRP_00209
Rfam family: Bacteria_small_SRP

GGCCCCUACGUGGUGUCAUCUCGCUGAACUUCCCCCAGGACCGGAAGGUAGCAAGGGUAGGUGGGCUCUGGCAGGUGCGUGAGGGGUCUUCACGUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((.(((((..(((((.((((((......(((.....(((....))).....)))..))))))...))))).)..)))).))).)).........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((.((((((......(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))...)))).))))).........))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((....((((..(((((.........))))).))))..((((......)))))))))..))))).))))))).........
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((((...........................(((....)))..........................))))).)))))...........
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((.((((((......(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))..))))).))))))).........
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((................................(((....)))................................))))))).........
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((((((((((((..(((((......((((....(((....)))....))))..)))))....)))))).)))))))...))))........
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((((....(..((((((......(((.....(((....))).....)))..))))))....).....))))))))...)))........
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((....(((..(((.(((.....(((....))).....))).)).).)))..)))))..))))).))))))).........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((((.(((((.((((((......(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))..)))))).))).)).........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((.((((((......(((.....(((....))).....)))..))))))...))))).)..))).))))))).........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((....(((..(((((((...(.(((....)))..)..))).)))).)))..)))))..))))).))))))).........
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.............((((((....((((......{{{))))}}}....<<<<..))))))>>>>.......[[[[[.))))))..]]]]]..
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..((....(((((.......(((.....(((....))).....)))...)))))......))...)))).))))))).........
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((....(((..(((((((.....(((....))).....))).)))).)))..)))))..))))).))))))).........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((.((((((......(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))..))))).))))))).........
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((.((((((......(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))...)))).))))))).........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((..(([[....((.(((.....(((....))).....))).))..))]]..)))))..))))).))))))).........
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((((((((((((((((((((((((((((((((((..)))))))))))))))))))((((((..)))))))))))))))))))))))).
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((.(((((((.(((.((((((......((((....(((....)))....))))...)))))).)).).)).)))))..)).)...........
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((.((.(((......(((.....(((....))).....)))..))).))...)))).).)))))).)))))).........
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((..........................(((....)))..........................))))))))))))..........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((.((.(((......(((.....(((....))).....)))..))).))...)))))..))))).))))))).........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((([[[[[.(((((.((((((...(((((.........)))))............))))))...)))))........)))))))..]]]]]..
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((................((((...(((((.((.....................)).))))).)))))))).))))))).........
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((.((((....................(((.....(((....))).....)))........(((....))).)))).))..............
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((((((((..(((((......(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))....)))))).))))))................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................(((((......(((.....(((....))).....)))..)))))...(.............)...............
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((((((((..(((((......(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))....)))))).))))))................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................(((((......(((.....(((....))).....)))..)))))...(.............)...............
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................(((((......(((.....(((....))).....)))..))))).................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((......))))..((((((....))(((....))).((.(((((......))))).)))))))))).))))))).........
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......(((((.((((((......(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))...[[[[[)))))))..]]]]]..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((...........(((((.....(((....))).....))).))........)))))..))))).))))))).........
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...(((((.(((((....(((((.........))))).............)))))...)))))....))).))))))).........
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((.((((((...(((((.........)))))............))))))...)))))..)))))).)))))).........
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((................................(((....)))................................))))))).........
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................(((......(((.....(((....))).....)))..)))...................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((........((((.......(((.....(((....))).....)))...))))...........))))))))..............
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((.((((((......(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))...)))).))))))).........
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((.((((((......(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))...)))).))))))).........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((....(((..(((((((.....(((....))).....))).)))).)))..)))))...)))).))))))).........
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(.(((((((((((..((((((((..))...)))))).(........)))))))..)))))..).)))).))))))).........
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((........(.(.(.......(.....(.........)......)....)..)....).....))...........
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(((((..(((((.((((((......(((.(...(((....))).)...)))..))))))...)))).)..))))).)).)).....)....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((....(((..(((((((.....(((....))).....))).)))).)))..)))))...)))).))))))).........
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((.((((((......(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))..))))).))))))).........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((.((((((......(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))...)))).))))))).........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((....((((......))))...(((((.........)))))......)))).(((.....))).......(((((((.....)))))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..[[[[))))...(((((.........)))))......(((((..{{{{)))))...}}}})))).))))))).]]]]....