CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00229



RNA: SRP_00229
Rfam family: Bacteria_small_SRP

GCCCAUAGAGGAGGAUCUUCAACGUUUUGAAGAUGUGUCAGGACUGAAAAGAAGCAGCACGCAAAACGCUUCGAAGUCGCCCCCAUUCUAUGGGUGCCGUACC
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((..((...((.((.((.((.....(((((.....((....)).....)))))...)).)))).)).......))..))))))))))........
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..((((((((....))))))))...))..((((.....(((((............)))))..)))).......))))))))))........
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.(((((((((((((.(((((......((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)))))))...)))))...........
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((((((((((....)))))))).......((((.....(((((.(.........))))))..)))).)).)..))))))))))........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((....((((((((....)))))))).......((((.....(((((............)))))..)))).......))))))))))........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((((((........))))))((((.....((....)).....)))).....................))..))))))))))........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((((((((((....)))))))).......((((.....(((((.(.........))))))..)))).)).)..))))))))))........
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((....((((((((....)))))))).......((((.....(((((............)))))..)))).......))))))))))........
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((.(((.((.(..............((((....(((....)))....)))).......)....))..)..)).))....)))))))........
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((....((((((((....)))))))).......((((.....(((((............)))))..)))).......))))))))))........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((((((((((....)))))))).......((((.....(((((............)))))..)))).)).))..)))))))))........
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((((((((....)))))))).......((((.....(((((............)))))..))))...))..))))))))))........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((..((((..(((((((.....((((.....((....)).....)))).)))))))....))))...)).))..)))))))))........
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (..((((((.((((((.(((((((((((......((((....(((....)))....))))..)))).)).))))).)).))...)))))).)).)........
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((((((((((....)))))))).......((((.....(((((............)))))..)))).)).))..)))))))))........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((....((((((((....))))))))...((((..))))...(((((............))))).............))))))))))........
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((((((((.[[[))))))))((((...{{{{.....{{{{{.))))<<..]]]}}}}}..}}}}<<))...))))))))))>>.>>...
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((((((((((.(((((......(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).))))))....................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((((((((((.(((((......(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).))))))....................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((((((((....)))))))).......((((.....(((((............)))))..))))...))..))))))))))........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....((((((((.[[[)))))))).......((((.....(((((.........]]])))))..))))........)))))))))........
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((....((((((((....)))))))).......((((.....(((((............)))))..)))).......))))))))))........
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................(((......(((.....(((....))).....)))..)))......................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((((((((....)))))))).......((((.....(((((............)))))..))))...))..))))))))))........
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((((((((....)))))))).......((((.....(((((............)))))..))))...))..))))))))))........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((((((((....)))))))).......((((.....(((((............)))))..))))...))..))))))))))........
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((.((..((((..(((((((.((.(((((...(......)....))).)))))))))))....))))....))))...))))))))........
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(....................(....(.(..(...(..............(................).......).)..).)......)..).......
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......(((((((....)))))))........((((.....(((((............)))))..))))........)))))))))........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((((((((....)))))))).......((((.....(((((............)))))..))))...))..))))))))))........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((.(((((((....)))))))........((((.....(((((............)))))..))))....)).))))))))))........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((.....))))...(((((((...[[[[))))))).......((((..]]]]......))))......(((((.........))))).......