|
|
|
CGACUGUAAUGGUCAAGGUGGGUUUGAAGGCACUUGAUUUUCUCAAUGUCUCUAUUCCAUGUCCAAAUCUGGAAGCCCAGCGGCGCCCAGCACGAACCUUGCGGUGGUCACCCACUCGCACGGGUAGCCUGCGACUUGCUGCGCGUGGCCCUAAGCAAUGAAGAUGACACUUGAGAGAGGUUCCACUCUGCAGAGACAUCUUCACCGUCAGGUGGCGCGCUGGAUUACGAUCGCUGGGGGGUUGGGAUAGAGCGUUGAGAUGGAGAUGUCGACUCCUAUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.(((.......))).(((((((......(((((((.(...((((((((.(((((((.((..((((....))))..((((((((((.(((((.((.((((.((((.(..((.(.(.(((((.((....))))))).).).))..)......(...)...(((((((....(((....(((......)))....)))..))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))....)))).)))))))))))))).))).))))....))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.....)))).(((((((......(((((((.(...((((((((.((((((((((..((((....))))..((((((((((.(((((.((.((((.((((((.....((((.(((((((((.(....).))))).)))).))))............((((((...(((...((((......))))...))).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))....))))))))))))))))))).))).))))....)))))))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.....)))).(((((((.((((.....(((.....(((((((((.(((((((((..((((....))))..((((((((((.(((((....((((((((((((....)))).)))).)))).(((((((..(((((.............))))).(((((((....(((((((........)))).)))...)))))))..)).))))).....)))))....)).))))))))....))))))))))))))))))..)))...))))..))))))). |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((.......((((.............................((((....)))).........(((.(((((((..(((((((((....((((...(((((.((....)))))))...)))).................((((((((..((((....(((......)))....)))))))))))))))))))))...)))))))....)))....................................)))).....))))... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.......)))..((((((......((((........((((((((.((((((((((.(((((....))))..((((((((((.(((((.((.((((.(((((((....)))(.((((..((..........))...)))).).............((((((((.(.((..((((.(....).))))..)).).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))...)))))))))))))))))))......))))....)))))).. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................(((.........((((((((.((((((((((..((((....))))..((((((((...(((((.((.((((.(((((((....)))............................................((((((((.(.((..((((........))))..)).).)))))))))))).))))..)).))))).......))))))))....)))))))))))))))))).......)))............ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.......))).(((((((......(((((((.....((((((((.(((((((((.......(((((.....((((((((.(.(((((.((.((((.(((((......((((.(((((((((........))))).)))).))))..(...)....((((((....(((....(((......)))....)))..))))))))))).))))..)).)))))....)..))))))))))))))))))))))))))))))..))).))))....))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.....))))((((((((......(((((((...(.((((((((.((((((((((.(((((....))))..((((((((((.(((((.((.((((.(((((((....)))(.(((((((((.(....).))))).)))).).............((((((((.(.((.(((((.(....).)))).))).).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))...))))))))))))))))))).)))).))))....)))))))) |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.......))...............((((..................(.(..((.....................(((((((.((((((((.((((((((((...((((((((((((.((....)))))))...).)))..)))............(((((.(...(((....(((......)))....))).).)))))))))))))))..))))))))....)).))))).........))..).)...............))))............ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.....))))((((((((......((((........((((((((.((((((((((..((((....))))..((((((((...(((((....((((.(((((......((((.(((((((((........))))).)))).))))...........(((((((...(((....)))......(((....))).)))))))))))).)))).....))))).......))))))))....))))))))))))))))))......))))....)))))))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.....)))).(((((((......(((((((.(...((((((((.((((((((((..((((....))))..((((((((((.(((((.((.((((((((((((....)))).)))).((((.((.((((......)))).)).))))...((..((((((((...(((...((((......))))...))).))))))))..)).))))..)).)))))....)).))))))))....))))))))))))))))))).))).))))....))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.......)))((((((((......((((((......((((((((.((((((((((...((......))...((((((((((.(((((.((.((((((((((((....)))).))))......................................((((((((.........((((......)))).......)))))))).....))))..)).)))))....)).))))))))....))))))))))))))))))...)).))))....)))))))) |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.....)))).......(..((...(((((((.....................................((..(((((((((((((((((.(((((((((.((((((.((.(((((.((....))))))).....))...))))))........((((((((..(((((..((((......)))).).)))))))))))))))))))))..)))))))))...)))).)))))).......................)))).)))...)))....... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.....)))).(((((((......(((((((.(...((((((((.((((((((((..((((....))))..((((((((((.(((((.((.((((((((((((....)))).))))......((...((........))....)).....((..((((((((...(((...((((......))))...))).))))))))..)).))))..)).)))))....)).))))))))....))))))))))))))))))).))).))))....))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((([[[[[[.........))))))).((((((((.((((((((((..((((....))))..((((((((((((........((((.((((.((((]]]]]].((((((((...))))........))))...))))........((((((((.........((((......)))).......)))))))))))).))))))))).............)))))))....)))))))))))))))))).((((.......))))...... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.....)))....((((.......(((..............................................((...(((.(((((((..(((((((((.((..(((...(((((.((....)))))))...)))..))...............((((((...((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))))))))...)))))))....)))....))...............................))).....))))... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.....)))....((((.......(((..............................................((...(((.(((((((..(((((((((.((..(((...(((((.((....)))))))...)))..))...............((((((...((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))))))))...)))))))....)))....))...............................))).....))))... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.....)))).(((((((......(((((((.....((((((((.((((((((((..((((....))))..((((((((((.(((((.((.((((.((((((.....((((.(((((((((........))))).)))).))))............((((((...(((...((((......))))...))).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))....))))))))))))))))))..))).))))....))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((...)))))((((((((......(((((((.....((((((((.(((((((((((.((((....))))..((((((((((.(((((....((((((((((((....)))).))))......(((((((..[[[[[.)))).)))....]]]]]((((((((...((((..((((.(...))))).).))).)))))))).....)))).....)))))....)).))))))))..).))))))))))))))))))..))).))))....)))))))) |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((...)))))((((((((......((((........((((((((.((((((((((..((((....))))..((((((((...(((((....((((.(((((((....((((.(((((((((........))))).)))).))))...........................((((......))))............))))))).)))).....))))).......))))))))....))))))))))))))))))......))))....)))))))) |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................((((....)))).........(((.(((......(((((((((.....(((...(((((.((....)))))))...)))...................(((((.....(((....(((......)))....)))...))))).)))))))))(.....))))....))).................................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.....)))).(((((((...(..(((((((.(...((((((((.((((((((((..((((....))))..((((((((((.(((((.((.((((.((((((.....((((.(((((((((.(....).))))).)))).))))............((((((...(((...((((......))))...))).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))....))))))))))))))))))).))).))))..).))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((........((((((....(((....))).)))))))).(((((((.((((((((((..((((....))))..((((((((((.(((((.((.((((.((((((.....((((.(((((((((........))))).)))).))))............((((((...(((...((((......))))...))).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))....)))))))))))))))))..((((.......))))...... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.....))))((((((((...(..(((((((.(...((((((((.((((((((((..((((....))))..((((((((((.(((((.((.((((.(((((((....((((.(((((((((.(....).))))).)))).)))).))........(((((((...(((....)))......(((....))).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))....))))))))))))))))))).))).))))..).)))))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((......))(((((.(((((...))).)))))))...((((((((.((((((((((.((((......))))((((((((....(((((....(((..(((((((...).))).)))..))).((((((((((..)((......))..)......(((((((((.(.((((((((........)))).)).)))))))))))))).))))))....))))).((..)).))))))))...)))))))))))))))))).((((.(....)))))...... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((...)))))...............................................................................................(...........(....(................).)....................................................(((((.((.((..(....(........).......).)).))..................)).))).........)........ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.....))))((((((((......(((((((.(...((((((((.((((((((((..((((....))))..((((((((((.(((((.((.((((.((((.......((((.(((((((((.(....).))))).)))).))))...........(((((((......(.................).....))))))).)))).))))..)).)))))....)).))))))))....))))))))))))))))))).))).))))....)))))))) |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.....))))...(((((......(((((((.....((((((((.((((((((((..((((....))))..((((((((((.(((((.((.((((((((((((....)))).)))).)))).(((((((..(((((((.....))....))))).(((((((...(((...((((......))))...))).)))))))..)).)))))..)).)))))....)).))))))))....))))))))))))))))))..))).))))....)))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((...(((((.(((((((....(((((.((((.....))))))))).................((((....))))....)))).......((((((((((((....)))).)))).)))).))).(((........))).))))).((((..............))))...(((......))).)))).....(((.((((....))))..(((((......(((((.......)))))......)))))..))).((((.......))))...... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.....))))...(((((.....(((((.((((.....)))))))))....)))))........((((....))))..(((([[[[[....((((((((((((....)))).)))).))))...((((.....((((....))))..((((......{{{{{...))))...(((......))).))))...}}}}}.((((....))))..)))).......(((((]]]]]..))))).......((((......<<<<))))...>>>>...... |