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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00230



RNA: SRP_00230
Rfam family: Fungi_SRP

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.....)))).(((((((.((((.....(((.....(((((((((.(((((((((..((((....))))..((((((((((.(((((....((((((((((((....)))).)))).)))).(((((((..(((((.............))))).(((((((....(((((((........)))).)))...)))))))..)).))))).....)))))....)).))))))))....))))))))))))))))))..)))...))))..))))))).
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................((((.......((((.............................((((....)))).........(((.(((((((..(((((((((....((((...(((((.((....)))))))...)))).................((((((((..((((....(((......)))....)))))))))))))))))))))...)))))))....)))....................................)))).....))))...
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.......))).(((((((......(((((((.....((((((((.(((((((((.......(((((.....((((((((.(.(((((.((.((((.(((((......((((.(((((((((........))))).)))).))))..(...)....((((((....(((....(((......)))....)))..))))))))))).))))..)).)))))....)..))))))))))))))))))))))))))))))..))).))))....))))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.....))))((((((((......(((((((...(.((((((((.((((((((((.(((((....))))..((((((((((.(((((.((.((((.(((((((....)))(.(((((((((.(....).))))).)))).).............((((((((.(.((.(((((.(....).)))).))).).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))...))))))))))))))))))).)))).))))....))))))))
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((.......))...............((((..................(.(..((.....................(((((((.((((((((.((((((((((...((((((((((((.((....)))))))...).)))..)))............(((((.(...(((....(((......)))....))).).)))))))))))))))..))))))))....)).))))).........))..).)...............))))............
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IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.......)))((((((((......((((((......((((((((.((((((((((...((......))...((((((((((.(((((.((.((((((((((((....)))).))))......................................((((((((.........((((......)))).......)))))))).....))))..)).)))))....)).))))))))....))))))))))))))))))...)).))))....))))))))
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Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.....)))).(((((((......(((((((.(...((((((((.((((((((((..((((....))))..((((((((((.(((((.((.((((((((((((....)))).))))......((...((........))....)).....((..((((((((...(((...((((......))))...))).))))))))..)).))))..)).)))))....)).))))))))....))))))))))))))))))).))).))))....))))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((((([[[[[[.........))))))).((((((((.((((((((((..((((....))))..((((((((((((........((((.((((.((((]]]]]].((((((((...))))........))))...))))........((((((((.........((((......)))).......)))))))))))).))))))))).............)))))))....)))))))))))))))))).((((.......))))......
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PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((.....)))....((((.......(((..............................................((...(((.(((((((..(((((((((.((..(((...(((((.((....)))))))...)))..))...............((((((...((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))))))))...)))))))....)))....))...............................))).....))))...
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.....)))).(((((((......(((((((.....((((((((.((((((((((..((((....))))..((((((((((.(((((.((.((((.((((((.....((((.(((((((((........))))).)))).))))............((((((...(((...((((......))))...))).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))....))))))))))))))))))..))).))))....))))))).
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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((...)))))((((((((......((((........((((((((.((((((((((..((((....))))..((((((((...(((((....((((.(((((((....((((.(((((((((........))))).)))).))))...........................((((......))))............))))))).)))).....))))).......))))))))....))))))))))))))))))......))))....))))))))
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................((((....)))).........(((.(((......(((((((((.....(((...(((((.((....)))))))...)))...................(((((.....(((....(((......)))....)))...))))).)))))))))(.....))))....)))....................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.....)))).(((((((...(..(((((((.(...((((((((.((((((((((..((((....))))..((((((((((.(((((.((.((((.((((((.....((((.(((((((((.(....).))))).)))).))))............((((((...(((...((((......))))...))).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))....))))))))))))))))))).))).))))..).))))))).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((........((((((....(((....))).)))))))).(((((((.((((((((((..((((....))))..((((((((((.(((((.((.((((.((((((.....((((.(((((((((........))))).)))).))))............((((((...(((...((((......))))...))).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))....)))))))))))))))))..((((.......))))......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.....))))((((((((...(..(((((((.(...((((((((.((((((((((..((((....))))..((((((((((.(((((.((.((((.(((((((....((((.(((((((((.(....).))))).)))).)))).))........(((((((...(((....)))......(((....))).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))....))))))))))))))))))).))).))))..).))))))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((......))(((((.(((((...))).)))))))...((((((((.((((((((((.((((......))))((((((((....(((((....(((..(((((((...).))).)))..))).((((((((((..)((......))..)......(((((((((.(.((((((((........)))).)).)))))))))))))).))))))....))))).((..)).))))))))...)))))))))))))))))).((((.(....)))))......
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((...)))))...............................................................................................(...........(....(................).)....................................................(((((.((.((..(....(........).......).)).))..................)).))).........)........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.....))))((((((((......(((((((.(...((((((((.((((((((((..((((....))))..((((((((((.(((((.((.((((.((((.......((((.(((((((((.(....).))))).)))).))))...........(((((((......(.................).....))))))).)))).))))..)).)))))....)).))))))))....))))))))))))))))))).))).))))....))))))))
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Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((...(((((.(((((((....(((((.((((.....))))))))).................((((....))))....)))).......((((((((((((....)))).)))).)))).))).(((........))).))))).((((..............))))...(((......))).)))).....(((.((((....))))..(((((......(((((.......)))))......)))))..))).((((.......))))......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.....))))...(((((.....(((((.((((.....)))))))))....)))))........((((....))))..(((([[[[[....((((((((((((....)))).)))).))))...((((.....((((....))))..((((......{{{{{...))))...(((......))).))))...}}}}}.((((....))))..)))).......(((((]]]]]..))))).......((((......<<<<))))...>>>>......