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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00234



RNA: SRP_00234
Rfam family: Bacteria_large_SRP

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((...((((((.(.(...).).))))...(((((...........)))))))......((((((...((((((.((((((((((..(((...((((...(.(((......(((.((((((((((((.((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)..)))))))...))))))...)))).)))...)))..)..))))..)))..)))))))))).))))))...)))))).))))))))
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....(((.......(((((((...)))).)))..(((((....))))).)))....((((((...((((..((((((((((((.(((...((((....((((.(((..(((..((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).))))))...)))..))))))))))....))))..)))).)))))))))))..))))...)))))).))))))))
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................(((....))).......................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...((((((...........))))))..(((...(((((....)))))..)))...((((((...(((((((((((((((((..(((...((((....((((.(((..(((..((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).))).))))))...))..))))))))))....))))..)))..)))))))))))))))))...)))))).))))))))
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....))))......))))....)))))))).........................................................
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................((((((((((((((((((((((.(((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))).........................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((((...................)))))..(((((....)))))........((((((...(((((((((((((((((..((.((.((((....((((.(((..(((.(((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).))))))...)))).))))))))))....)))).))))..)))))))))))))))))...)))))).))))))))
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................(((.((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))).))).........................................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...((((((.(.(...).).)))))).(((((...........)))))........((((((...(((((((((((((((((..(((...((((....((((......(((.((((((((((((.((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)..)))))))...))))))...)))).)))...))))....))))..)))..)))))))))))))))))...)))))).))))))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((((..(((......))).....)))))..((((((()))))))........((((((...((((((((((((((((((.((.((.((((....((((.(((..(((.(((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).))))))...)))).))))))))))....)))).))))).)))))))))))))))))...)))))).))))))))
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(.......................................................................(...((((((.........(((((..............((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...........)))))........))))))...)................)......
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(..............................................................................................(..............((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...........)......................................)......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((((..[[[.((((....)))).)))))..(((((....)))))]]].....((((((...(((((((((((((((((.((((((....((((((((((....)))).((((((((.....)))).))))...))))))))))))(((....))).......((((((((((.((((((((...))))))))))))..(((...)))....))))))......)))))))))))))))))...)))))).))))))))
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...((((((...........))))))..(((...(((((....)))))..)))...((((((...(((((((((((((((((..(((.(.((((....((((.(((..(((.(((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).))))))...)))).))))))))))....)))).))))..)))))))))))))))))...)))))).))))))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...((((((...........))))......))..(((((....)))))........((((((...((((((((((((((((((.((.((.((((....((((......(((.(((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).))))))...)))).)))...))))....)))).))))).)))))))))))))))))...)))))).))))))))
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(..((((........................................................((((((...(((((((.(((((((((((.((.((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))).))))))))))))).)))))))))).))))))...)))))).))))..).
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(..((((....((((.((((.((((....))))))))....))))..................((((((...(((((((.(((((((((.(....((((((((..((((...(..((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..))))..))))))))....)))))))))))).)))))...)))))).))))..).
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((...(((((...((......)))......))))..(((((....)))))........((((((...(((((((((((((((((..((.((.((((....((((.(((..(((.(((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).))))))...)))).))))))))))....)))).))))..)))))))))))))))))...)))))).))))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((((..((((....)))).....)))))..((((((..))))))........((((((...((((((((((((((((((((((((....(((((((((((..))))).((((((((.....))))).)))...))))))))))))))...................((((((.((((((((...)))))))).(((..)))..))))))...............))))))))))))))))...)))))).))))))))
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((..........(((.((((..........)))).))).(((.......)))......((((((...(((((((((((((((((..(((.(.((((....((((.(((..(((.(((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).))))))...)))).))))))))))....)))).))))..)))))))))))))))))...)))))).))))))..
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((((((((((((.ee(.[[[[[[[[[[[[))))))).<<<<<<<<...)))))..(((.ddddddddddddddddd.ddd(aaa...(((]]](((((ff))))){{>>>>>>>>{{.{{{{{{.))).))).}}}}}}.((((.)DDDbbb..(((}}AAA..cccccc.cccccccc)))CCCCCCCC.)))).)EE}}CCCCCC...BBB.)))))))DDDDDDDDDDDDDDDDD..FF]]]]]]]]])))))
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))).........................................................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))).........................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................(((((((.((((((((((((((..((((.....(((.....(((....))).....)))...))))....)))))).)).))))))....))))))).........................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....(((.......(((((((...)))).)))..(((((....))))).)))....((((((...((((..(((((((((((((...((.((((....((((.(((..(((..((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).))).)))))...)))..))))))))))....)))).)).)).)))))))))))..))))...)))))).))))))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(.(((((...................)))))..(((((....)))))........((((((...((((((((((((((((((.((.((.((((..(.((((.(((..(((.(((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).))))))...)))).)))))))))))...)))).))))).)))))))))))))))))...)))))))))))))))
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((((..((((....)))).....)))))..(((((....)))))........((((((...(((((((((((((((((........((((....((((.............(((((((..(((((((.((((.....((((...............))))......))))...)))))))....))))))).............))))....)))).......)))))))))))))))))...)))))).))))))))
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................((((((((..........................................((((((..((((.............(((....)))...........))))....))))))...........................................))))))))...........................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))......))))....)))))))).........................................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................((((((((.(((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).)))))....)))))))).........................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....(((.......(((((((...)))).)))..(((((....))))).)))....((((((...((((..((((((((((((.(((...((((....((((.(((..(((..((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).))))))...)))..))))))))))....))))..)))).)))))))))))..))))...)))))).))))))))
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((.(((..((..((.((..(((((((...)))).)))...)).))...))..))))).)).((((((...((((..(((((((((((((...((.((((....((((.(((..(((..((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).))))))...)))..))))))))))....)))).)).)).)))))))))))..))))...)))))).........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....(((.......(((((((...)))).)))..(((((....))))).)))....((((((...((((..(((((((((((.((((((....((((((((((....)))).((((((((.....))))).)))...))))))))))))(((....))).((.(((.(((((((((.((((((((...))))))))))))..(((...)))....)))))))).)).)))))))))))..))))...)))))).))))))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((....)).)))((((.(((..((...((.....))..))..)))))))....(((((((.(((.(((((((((((((((.((.((((((((....(((((..))(((((((((((((((((((((((.(((((((...(((((((((((..))))))))))).)))))))...))))))).)).))))))))..)).))))...)))...).)))))))))).)))))))))))))).)))).))))))..)))))))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(.(..........(((.((((((((.((.........))...)))))........)))...)))...((...((((((...((((((((......(.((((.(..(...(((...(((.((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).)))))...)))).)))..))).))...)))).).....))))))))..)).))))...)).....).).....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.....(((((.....((..........(..((...........)))....))..)))))(((...((((((..(((((((((.....((...(.((...(((......(((.((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).)))))...)))).)))...)))......)).)))....))))))))).).)))))...)))....)))))..)
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..............(((((((...)))).)))..(((((....)))))........((((((...((((..((((((((((((.(((...((((....((((..((..(((..((((((((.(((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).))..)))))...)))..))))).))))....))))..)))).)))))))))))..))))...)))))).))))))))
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((......(((((((...)))).)))..)))))).))))...........((((((...(((((((((((((((((..((.((.((((....((((......(((.(((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).))))))...)))).)))...))))....)))).))))..)))))))))))))))))...))))))...)))...
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....(((.......(((((((...)))).)))..(((((....))))).)))....((((((...((((..(((((..(((((.(((...((((....((((.(((..(((..((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).))))))...)))..))))))))))....))))..)))).))))..)))))..))))...)))))).))))))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((....(((((..((((....)))).....)))))...((((....))))((((....((((((.....)))))).((((....))))........(((((.((((....)))).((((((((.....)))).))))....)))))...((((.................(((....))).((((.((.....)))))).)))).))))...((((...((((((.....))))))((((......)))).))))...)))))).
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((...{{{{{.))).((((((}}}}}))).)))...((((....))))((((....((((((.....)))))).((((....))))........(((((.((((....)))).((((((((.....)))).))))....)))))...((((....................(((((...[[[[....))))).]]]].)))).))))...((((...((((((.....))))))((((......)))).))))..........