|
|
|
AUACGUGCUAAGCGGGGAGGUAGCGGUGCCCUGUACUCGCAAUCCGCUAUAGCGGGGCCGAAUUCCCACUCGAGGUGGGACGACUUUAUGGUCUGACUUAAGGGAUUGGUGUUGACGCCCGGGUCCUGCGCAACAGGAACCCACGAAUCCUGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCAGUAAGUGGUUAUUCUUGUGUGCCGCAGGGAAGCCUAGGCCGAGCCAUGAACUUAUGUAGCGCAUAGGGUCGUUUCAUCGACAGUGGGUGCACGUAU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((...((((((.(.(...).).))))...(((((...........)))))))......((((((...((((((.((((((((((..(((...((((...(.(((......(((.((((((((((((.((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)..)))))))...))))))...)))).)))...)))..)..))))..)))..)))))))))).))))))...)))))).))))))))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....(((.......(((((((...)))).)))..(((((....))))).)))....((((((...((((..((((((((((((.(((...((((....((((.(((..(((..((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).))))))...)))..))))))))))....))))..)))).)))))))))))..))))...)))))).)))))))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................(((....)))....................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...((((((...........))))))..(((...(((((....)))))..)))...((((((...(((((((((((((((((..(((...((((....((((.(((..(((..((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).))).))))))...))..))))))))))....))))..)))..)))))))))))))))))...)))))).)))))))) |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....))))......))))....))))))))......................................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................((((((((((((((((((((((.(((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))......................................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...(((((...................)))))..(((((....)))))........((((((...(((((((((((((((((..((.((.((((....((((.(((..(((.(((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).))))))...)))).))))))))))....)))).))))..)))))))))))))))))...)))))).)))))))) |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................(((.((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))).)))......................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...((((((.(.(...).).)))))).(((((...........)))))........((((((...(((((((((((((((((..(((...((((....((((......(((.((((((((((((.((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)..)))))))...))))))...)))).)))...))))....))))..)))..)))))))))))))))))...)))))).)))))))) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...(((((..(((......))).....)))))..((((((()))))))........((((((...((((((((((((((((((.((.((.((((....((((.(((..(((.(((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).))))))...)))).))))))))))....)))).))))).)))))))))))))))))...)))))).)))))))) |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(.......................................................................(...((((((.........(((((..............((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...........)))))........))))))...)................)...... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(..............................................................................................(..............((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...........)......................................)...... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...(((((..[[[.((((....)))).)))))..(((((....)))))]]].....((((((...(((((((((((((((((.((((((....((((((((((....)))).((((((((.....)))).))))...))))))))))))(((....))).......((((((((((.((((((((...))))))))))))..(((...)))....))))))......)))))))))))))))))...)))))).)))))))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...((((((...........))))))..(((...(((((....)))))..)))...((((((...(((((((((((((((((..(((.(.((((....((((.(((..(((.(((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).))))))...)))).))))))))))....)))).))))..)))))))))))))))))...)))))).)))))))) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...((((((...........))))......))..(((((....)))))........((((((...((((((((((((((((((.((.((.((((....((((......(((.(((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).))))))...)))).)))...))))....)))).))))).)))))))))))))))))...)))))).)))))))) |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(..((((........................................................((((((...(((((((.(((((((((((.((.((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))).))))))))))))).)))))))))).))))))...)))))).))))..). |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(..((((....((((.((((.((((....))))))))....))))..................((((((...(((((((.(((((((((.(....((((((((..((((...(..((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..))))..))))))))....)))))))))))).)))))...)))))).))))..). |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((...(((((...((......)))......))))..(((((....)))))........((((((...(((((((((((((((((..((.((.((((....((((.(((..(((.(((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).))))))...)))).))))))))))....)))).))))..)))))))))))))))))...)))))).))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...(((((..((((....)))).....)))))..((((((..))))))........((((((...((((((((((((((((((((((((....(((((((((((..))))).((((((((.....))))).)))...))))))))))))))...................((((((.((((((((...)))))))).(((..)))..))))))...............))))))))))))))))...)))))).)))))))) |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((..........(((.((((..........)))).))).(((.......)))......((((((...(((((((((((((((((..(((.(.((((....((((.(((..(((.(((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).))))))...)))).))))))))))....)))).))))..)))))))))))))))))...)))))).)))))).. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((((((((((.ee(.[[[[[[[[[[[[))))))).<<<<<<<<...)))))..(((.ddddddddddddddddd.ddd(aaa...(((]]](((((ff))))){{>>>>>>>>{{.{{{{{{.))).))).}}}}}}.((((.)DDDbbb..(((}}AAA..cccccc.cccccccc)))CCCCCCCC.)))).)EE}}CCCCCC...BBB.)))))))DDDDDDDDDDDDDDDDD..FF]]]]]]]]]))))) |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))......................................................... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))......................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................(((((((.((((((((((((((..((((.....(((.....(((....))).....)))...))))....)))))).)).))))))....)))))))......................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....(((.......(((((((...)))).)))..(((((....))))).)))....((((((...((((..(((((((((((((...((.((((....((((.(((..(((..((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).))).)))))...)))..))))))))))....)))).)).)).)))))))))))..))))...)))))).)))))))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(.(((((...................)))))..(((((....)))))........((((((...((((((((((((((((((.((.((.((((..(.((((.(((..(((.(((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).))))))...)))).)))))))))))...)))).))))).)))))))))))))))))...))))))))))))))) |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...(((((..((((....)))).....)))))..(((((....)))))........((((((...(((((((((((((((((........((((....((((.............(((((((..(((((((.((((.....((((...............))))......))))...)))))))....))))))).............))))....)))).......)))))))))))))))))...)))))).)))))))) |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................((((((((..........................................((((((..((((.............(((....)))...........))))....))))))...........................................))))))))........................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))......))))....))))))))......................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................((((((((.(((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).)))))....))))))))......................................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....(((.......(((((((...)))).)))..(((((....))))).)))....((((((...((((..((((((((((((.(((...((((....((((.(((..(((..((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).))))))...)))..))))))))))....))))..)))).)))))))))))..))))...)))))).)))))))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((.(((..((..((.((..(((((((...)))).)))...)).))...))..))))).)).((((((...((((..(((((((((((((...((.((((....((((.(((..(((..((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).))))))...)))..))))))))))....)))).)).)).)))))))))))..))))...))))))......... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....(((.......(((((((...)))).)))..(((((....))))).)))....((((((...((((..(((((((((((.((((((....((((((((((....)))).((((((((.....))))).)))...))))))))))))(((....))).((.(((.(((((((((.((((((((...))))))))))))..(((...)))....)))))))).)).)))))))))))..))))...)))))).)))))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((....)).)))((((.(((..((...((.....))..))..)))))))....(((((((.(((.(((((((((((((((.((.((((((((....(((((..))(((((((((((((((((((((((.(((((((...(((((((((((..))))))))))).)))))))...))))))).)).))))))))..)).))))...)))...).)))))))))).)))))))))))))).)))).))))))..))))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(.(..........(((.((((((((.((.........))...)))))........)))...)))...((...((((((...((((((((......(.((((.(..(...(((...(((.((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).)))))...)))).)))..))).))...)))).).....))))))))..)).))))...)).....).)..... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.....(((((.....((..........(..((...........)))....))..)))))(((...((((((..(((((((((.....((...(.((...(((......(((.((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).)))))...)))).)))...)))......)).)))....))))))))).).)))))...)))....)))))..) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..............(((((((...)))).)))..(((((....)))))........((((((...((((..((((((((((((.(((...((((....((((..((..(((..((((((((.(((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).))..)))))...)))..))))).))))....))))..)))).)))))))))))..))))...)))))).)))))))) |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((......(((((((...)))).)))..)))))).))))...........((((((...(((((((((((((((((..((.((.((((....((((......(((.(((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).))))))...)))).)))...))))....)))).))))..)))))))))))))))))...))))))...)))... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....(((.......(((((((...)))).)))..(((((....))))).)))....((((((...((((..(((((..(((((.(((...((((....((((.(((..(((..((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).))))))...)))..))))))))))....))))..)))).))))..)))))..))))...)))))).)))))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((....(((((..((((....)))).....)))))...((((....))))((((....((((((.....)))))).((((....))))........(((((.((((....)))).((((((((.....)))).))))....)))))...((((.................(((....))).((((.((.....)))))).)))).))))...((((...((((((.....))))))((((......)))).))))...)))))). |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((...{{{{{.))).((((((}}}}}))).)))...((((....))))((((....((((((.....)))))).((((....))))........(((((.((((....)))).((((((((.....)))).))))....)))))...((((....................(((((...[[[[....))))).]]]].)))).))))...((((...((((((.....))))))((((......)))).)))).......... |