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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00240



RNA: SRP_00240
Rfam family: Plant_SRP

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((......))))))((((.(((....)))))))..(((((((((.....(((((((......(((((((((...(((((((((((((.((..(((((((((((((...((...(((....)))..(((((((((((..((((....))))..))))))).))))...))..)))))))..))))))..)).))..)))))).)).)))....(((((..........)))))..(((...(((((((.........)))))))..)))..)))))))))...))).))))...))))))))).
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((........))).......(((....))).........((((.(.....((((((((.((....(((.((.(((.((((((((...(((......((((((((....(((((.((((.(((((((((((.((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......))))))))..))).))))))))......))))).))))).))).))).))...).))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))((.(((....)))))....(((((((((..(..(((((((..(...(((((((((....(((((...((.(((((....((((((((.((.(((((.((((.(.((((.(((((((((((.(((((....))))).))))))).)))).......(((((...((((((((((....))))))......))))...))))))))).)))))..)))))))....)))))))))))))))..)))..))......))))))))))..))).))))..)))))))))).
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((....)))))).....(((((((.....((((.........((((....((((.(.(((.(......((.....((((((((.((.(((((.((((......(((((.(((((((.(((((....))))).)))))))))))).......(((((.......(.....(((......))).....).....)))))......))))..)))))))....)))))))).))....).))).)......))))...)))).......))))...)))))))...
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((....))))))...(((((((((.....((((.....(...(((((((((...((.(((.(.(((.((((.....(((((((.((.(((((.((((.(.((((.(((((((((((.(((((....))))).)))).)))))))(....).(((((....(.(((....(((......)))....))).)..))))))))).)))))..)))))))....))))))).)))))))).))).)).......)))))))))....)..))))...))))))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.((((((((......))))))))((.(((....))))))...(((((((((..(..(((((((..(...(((((((((..(.(((((.(.((.(((((....((((((((.((.(((((.((((.(.((((.(((((((((((.(((((....))))).))))))).)))).......(((((.(((((((((((((())))))))......)))).))))))))))).)))))..)))))))....)))))))))))))))).)))..))....).))))))))))..))).))))..)))))))))).
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))(...(((....)))..).....(((((((..(..((.............(((...(.((.(((((((.((((.((.....(.((((((.((.(((((.((((((.((.(((((.(.(((((((((((....))))))))))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....))))).)).)))))))))))))......)))...)))...........))..))))))))...
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Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......)).))))).((((.(((....)))))))..(((((((((((...(((((((......(((((((((....(((((...((((.(((....((((((((.((.(((((.((((..(((.(((((.(((((((.(((((....))))).)))))))))))))))((((((..((((((.(((....(((......)))....)))))))))..)))))).))))..)))))))....)))))))))))))))..)))..))......)))))))))...))).)))))).))))))))).
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Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......)).))))).((((.(((....)))))))..(((((((((.....(((((((......(((((((((....(((((...((.(((((....((((((((.((.(((((.((((..(((.(((((.(((((((.(((((....))))).)))))))))))))))(((((((.((((((.(((....(((......)))....)))))))))).)))))).))))..)))))))....)))))))))))))))..)))..))......)))))))))...))).))))...))))))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((([[[[[[.....)))))(((((.((((..))))))))).(((((((((.....(((((((......(((((((((...((((.........))))....((((((((((((((...........)))).((((((((((((..))))...(((..)))..)))))))).......))))))......(((((((..)))))))...((((((......(((((((((((....)))))).....)))))))))))...]]]]]]))))......)))))))))...))).))))...))))))))).
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.[[[[[))).....]]]]]((((.(((....)))))))..(((((((((.....(((((((......((((((.(((((.(((((...((..((((....((((((((.((.(((((.((((...((((.(((((((((((.(((((....))))).))))))).)))).......(((((...((((.((...(((......)))..))))))...)))))))))..))))..)))))))....))))))))))))..)).)))..))....)))))))))))...))).))))...))))))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......)).))))).((((.(((....)))))))..(((((((((((...(((((((......(((((((((.(....(((.(.((.(((((....((((((((.((.(((((.((((..(((.(((((.(((((((.(((((....))))).)))))))))))))))(((((((.((((((.((((...(((......)))..).)))))))))).)))))).))))..)))))))....))))))))))))))).)))).........))))))))))...))).)))))).))))))))).
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...................(((((((((.....((((.........(((((((((..((((((..((((.(((((...))))).))))............)))))).(((((.(((((((.(((((....))))).)))))))))))).......(((((((.....((((((....))))))...((((((......(((((((((((....)))))).....))))))))))).......))))))).....))))))))).......))))...))))))))).
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RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((..((......(((((.(((....))))))))..(((((........))))).))..)))).)))))).((((((...(((((...(((((..((((((((.((.(((((.((((...((((.(((((((((((.(((((....))))).))))))).)))).......(((((...((((.((...(((......)))..))))))...)))))))))..))))..)))))))....)))))))).........((((.......))))..)))))...)))))))))))..........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((....))))))...(((((((((..(..(((((((......(((((((((......(((.(.((.(((((....((((((((.((.(((((.((((.(.((((((((.(((((((.(((((....))))).)))))))))))).....(.(((((...((((.((...(((......)))..))))))...))))))))).)))))..)))))))....)))))))))))))))).)))(((....))))))))))))...))).))))..)))))))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((....))))...((..))(((((.((((..))))))))).(((((((((...(..((((((..(...(((((((((.((..((((((.(((.(((((...)((((((((((.((((((((((..(((.((((.(((((((.((((((...).))).)))))))))))))))).((((((((((..((((((((((..)))))))..).)))).(..)))))).)))..)))).))))))))..).))))))).)))))))))))..)).....))))))))))))..))).)))..).))))))))).
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Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......)).))))).((((.(((....)))))))..(((((((((..(..(((((((......(((((((((....(((((.(.(((.((((....((((((((.((.(((((.((((.(.(((..(((.(((((((.(((((....))))).)))))))..))).......(((((...((((.((...(((......)))..))))))...))))).))).)))))..)))))))....)))))))))))))))).)))..))......)))))))))...))).))))..)))))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......)).))))).((((.(((....)))))))..(((((((((.....(((((((......(((((((((....(((((...((((.(((....((((((((.((.(((((.((((...((((.(((((((((((..((((....))))..))))))).)))).......(((((...((((.((...(((......)))..))))))...)))))))))..))))..)))))))....)))))))))))))))..)))..))......)))))))))...))).))))...))))))))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((......))))).(((.......))).((((.....(((..........))).((((((..((((.........))))...((((....)))).)))))).))))..........(((.....)))..(((((((..((((....))))..)))))))...((((........)))).....((((((....)))))).....((((.........))))......(((((.........((((.......)))).((((.......))))....((((......))))..)))))......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......)).))))).(((..((.....))..)))....(((((((.(((.....(((......((((...<<<...)))).(((.....)))))).((((>>>..)))).)))....(((..[[[)))..(((((((..((((....))))..)))))))...((((.....{{{))))(((..((((((....))))))......(((......}}}))).((((....))))..)))...((((]]]....)))).((((.......))))....((((......))))...)))))))...