|
|
|
GCUCAGGAGGAUUUAUUCUCUGUAACAUCGUGGGUUCGGUUCUGCGUGUGCUUGUAGGACUAAGAGUGAACCUGUUAUGACGCUGUGCUUUGGCUUGUCCAUUUCAAAUUAGGUGUCAACAAUGUGGGCUUAGAGUAGUCUUCGCUUUCAUGGUUGUCAAAGAAGUCGGGAAUGCCUCAGGCUGGCAACAGAGCAGGGAAAACGACUCGCACUUAAUAGUGAAAGGAUAGCAAGCCUUUAUAGCGUCGAAGGUUAUCGCUUGGCUCCUAACUGGUAUUCGCAUGGCUGUGGCAUCAAUACCUUU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
..((.(((((((..))))))).....(((...)))..)).......(((((((..((.(((..(..((..........(...(.(((((..(((((((((.(((...(((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).))))(...)..(((((....(.(((....(((....)))....))).)..))))).)))))))))...))).))...))))))).....))))).)....)..............))..)))).)).........).)))).))........
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....((((((....)))))).........((((((((((..((((.(((((..((((((((((....(((((....((((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((..(((..(((....)))..)))..))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))))))..)))))))))).)))))....))))).)))))...))))).))))..)))).))).))).......) |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((....))))))(((.....(((....((((..((((..((((.((((((....((((((((((.....(((((((((....(((((((((.(((((..((((((((((((.(((..(((..(((....)))..)))..))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))))...)))))))...)))))))..)))))))))..)))))..)))))...)))).)).))))..))))..))))...)))...))).... |
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((........))......(((.)))......((((.(...((((((((.((.(.((((((((((((.((...((((.......(((((((....(((((.(((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))..)...))).))))))..)).....)))))).)......)).))).))).)).....).)))).... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((....))))))...............(((((.((((.(((((.(((((((((((.(..(((((....((((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).)))).......(((((......((.....(((....)))....)).....))))).)))))))))..))))))))...))))))..)))))))))).)))))..).))))).))))).).))))).)))).)))))................ |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................................................((((((......((((((.((..((((.(((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....))))))....)))))).......................................................... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..((((((....))))))...............(((((.((((.(((((.((.(((.((((.....((((....(((((((((.....(((((((((.(((((..((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).))))........((((....(.(((....(((....)))....))).)..))))..))))))))...)))))))...)))))))...))))))))).)))).....))))..)))..)).))))).)))).))))).)))............ |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((....))))))............((.(((((.((((.(((((.(((((((((((.(..(((((....((((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).)))).....(.(((((......(((....(((....)))...))).....)))))))))))))))..))))))))...))))))..)))))))))).)))))..).))))).))))).).))))).)))).)))))..))............ |
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(.((((......))))).......(((......)).)........((.((.((..(((.....(((.((....((((((((((.(.(((((((.((.(((((.((((((((.((((((.(((((((((((....))))))))))).)))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))))))))))))).)).))..)...)))...............................)).))))... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((....))))))..........((((.((((..((((.(((((..((((((((((....(((((....((((((((((....(((((((...(((((.(((((((((((((.(((..(((..(((....)))..)))..))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..))))).....)))))))..)))))))))).)))))....))))).)))))...))))).))))..))))..........)))).. |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((....((((.....))))..)).))))).(((((.((((.(((((.(((((((((((....(((((.....(((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).)))).......(((((......(((....(((....)))...))).....))))).)))))))))..)))))))...)))))))..)))))))))..)))))....))))).)))).)).))))).)))).))))).((........))... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((....))))))...............(((((.((((.(((((..((((((((((....(((((....((((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))))))..)))))))))).)))))....))))).)))))...))))).)))).)))))................ |
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(....(((((....)))))....(((....).)))..((..(...(....(((..((((((((((((((.(((((..(((((...(((..((((((.((.(((((.(((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))).)......(((((....(((.((...(((....)))..)))))....))).)))))))))))..)))))))....))))))))))...))))))))))).............).))).)).....)).))...))...)))...)))). |
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((.......(.....).....)).))))).(((((.((((.(((((.(((((((((((....(((((.....(((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).)))).......(((((......(((....(((....)))...))).....))))).)))))))))..))))))))...))))))..)))))))))..)))))....))))).))))).).))))).)))).))))).((........))... |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((........((((((......(((((((((((((((((......)))))))))......))))))))..[[[[[[[[[[....[[[[[[[...[[[[[.[[[[[[[[[((((.....(((((......)))))...........)))).......[[[[[....((((.......)))))))))).........]]]]].]]]]]]]]]..]]]]].....]]]]]]]..]]]]]]]]]]...............)))))....((((((((((....)))).....))))))... |
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((.....)))).))).......(((((.((((.(((((.((((((....((((((((((.....((((((((.....(((((((((.(((((...(((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))....)))))))...)))))))...))))))))..))))..))))))...))))).).))))).)))).)))))................ |
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................(((...)))........................................................(((((((.((.(((((.((((((..................((......))......................(((((......(((....(((....)))....)))....)))))....))))))..)))))))....)))))))................................................................... |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((........))))(...(((.)))..)..((((((((..((((((((.(..(((((((.((((((.((...((((......((((((((.((.(((((.(((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)...))).))))))..))......))))))).......).))).))).))....))))))))... |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((........))))((..(((.))).))..((((((((..((((((((....(((((((.((((((.((...((((......((((((((.((.(((((.(((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)...))).))))))..))......))))))).........))).))).))....))))))))... |
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((........)))(...)(((.)))..)..((((((((..((((((((....(((((((.((((((.(.....(((........((((((.((.(((((.((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......((....((((....)))..)..))....)))))).))))))))..)))))))....))))))...)...))...)))))..))......))))))).........))).))).))....))))))))... |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..((((((....))))))..........[[[[.((((..((((.(((((..((((((((((....(((((....((((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((..(((..(((....)))..)))..))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))))))..)))))))))).)))))....))))).)))))...))))).))))..)))).)))......]]]].. |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.......((((.....)))).....))))).(((((.((((.(((((.(((((((((((....(((((..(.((((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).)))).....(.(((((......(((....(((....)))...))).....)))))))))))))))..))))))))...))))))..))))))))))))))))....))))).))))).).))))).)))).)))))................ |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((....)))))).........))))).(((((.((((.(((((..((((((((((....(((((....((((((((((....(((((((...(((((.(((((((((.........(((((......)))))..(((((....(((((((.......................))))))))))))..............)))))))))..))))).....)))))))..)))))))))).)))))....))))).)))))...))))).)))).)))))................ |
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................(((.)))...................................((((((......(((........(((((((.((.(((((.((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))......)))...))))..))............................................... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((....)))))).........((((((((((..((((.(((((..((((((((((....(((((....((((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((..(((..(((....)))..)))..))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))))))..)))))))))).)))))....))))).)))))...))))).))))..)))).))).)))........ |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((....)))))).........)))).((((((.((((..((((..((((((((((....(((((.....(((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((..(((..(((....)))..)))..))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))))))..)))))))))..)))))....))))).)))))...))))..)))).)))..)))............. |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((((....))))))...............((((..((((.(((((..((((((((((....(((((....((((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((..(((..(((....)))..)))..))).)))).....(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))))..)))))))...)))))))..)))))))))).)))))....))))).)))))...))))).))))..))))))))............ |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(..((((((((..))))))))(((((.(((....)))(((((..((..)).....)))))...(((..)))))))).((((((((...).(((((((((.(((((.((((((((((((((((((((((...(((..)))...)))))))))))))......((((((..(.(((((((((((((..))))))))))))).))))))))))))))))..))))))))...))))))...).)))))).)((((...........))))....((((((.(.(((.((..))))))))))))... |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................(...............)(..........).....(........((.((((.(......((...(.(...........(.(((..((....((.....(..(......)..)....).).......((..(.....(...(((..........)))...)....)..)).)........).))))............)....).))..........).)..))).).)....)..... |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((....))))))...............((((..((((.(((((..((((((((((....(((((....((((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((..(((..(((....)))..)))..))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..))))))))...))))))..)))))))))).)))))....))))).)))))...))))).))))..))))................ |
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((......)))))...............((((..((((.(((((.(((((((((((....(((((.....(((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))))))..)))))))))..)))))....))))).))))).).))))).))))..))))................ |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((....((((.....))))..)).))))).((((..((((..((((..((((((((((....(((((....((((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((..(((..(((....)))..)))..))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))))))..)))))))))).)))))....))))).)))))...))))..))))..))))................ |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((....))))))...(((.((((((......)))))))))...(((.((((.....((((.....))))...(((.......)))..)))).(((......))).....)))....(((((......)))))..((((...(((((........)))))....((((.......))))...)))).((((...((((...((((....)))).((((........))))......)))).((((....))))...))))....((((((((((....))))).....)))))... |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((....)))))).....((((..aaa.))))...(((..<<<<)))(((>>>...>AAA..)))....(((((((.bbbbbb.....bbbbbb.........))))))).....BBBBBB...((((((((((((((((.............)))).)))...{{{{..)))))}}}}..BBBBBB.........)))).((((....))))..(((.(((..[[[[[))).((((....]]]]]..)))).....)))....((((((((((....))))).....)))))... |