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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00241



RNA: SRP_00241
Rfam family: Plant_SRP

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (....((((((....)))))).........((((((((((..((((.(((((..((((((((((....(((((....((((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((..(((..(((....)))..)))..))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))))))..)))))))))).)))))....))))).)))))...))))).))))..)))).))).))).......)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((....))))))(((.....(((....((((..((((..((((.((((((....((((((((((.....(((((((((....(((((((((.(((((..((((((((((((.(((..(((..(((....)))..)))..))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))))...)))))))...)))))))..)))))))))..)))))..)))))...)))).)).))))..))))..))))...)))...)))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((........))......(((.)))......((((.(...((((((((.((.(.((((((((((((.((...((((.......(((((((....(((((.(((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))..)...))).))))))..)).....)))))).)......)).))).))).)).....).))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((....))))))...............(((((.((((.(((((.(((((((((((.(..(((((....((((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).)))).......(((((......((.....(((....)))....)).....))))).)))))))))..))))))))...))))))..)))))))))).)))))..).))))).))))).).))))).)))).)))))................
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................((((((......((((((.((..((((.(((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....))))))....))))))..........................................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..((((((....))))))...............(((((.((((.(((((.((.(((.((((.....((((....(((((((((.....(((((((((.(((((..((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).))))........((((....(.(((....(((....)))....))).)..))))..))))))))...)))))))...)))))))...))))))))).)))).....))))..)))..)).))))).)))).))))).)))............
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((....))))))............((.(((((.((((.(((((.(((((((((((.(..(((((....((((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).)))).....(.(((((......(((....(((....)))...))).....)))))))))))))))..))))))))...))))))..)))))))))).)))))..).))))).))))).).))))).)))).)))))..))............
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(.((((......))))).......(((......)).)........((.((.((..(((.....(((.((....((((((((((.(.(((((((.((.(((((.((((((((.((((((.(((((((((((....))))))))))).)))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))))))))))))).)).))..)...)))...............................)).))))...
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((....))))))..........((((.((((..((((.(((((..((((((((((....(((((....((((((((((....(((((((...(((((.(((((((((((((.(((..(((..(((....)))..)))..))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..))))).....)))))))..)))))))))).)))))....))))).)))))...))))).))))..))))..........))))..
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((....((((.....))))..)).))))).(((((.((((.(((((.(((((((((((....(((((.....(((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).)))).......(((((......(((....(((....)))...))).....))))).)))))))))..)))))))...)))))))..)))))))))..)))))....))))).)))).)).))))).)))).))))).((........))...
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((....))))))...............(((((.((((.(((((..((((((((((....(((((....((((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))))))..)))))))))).)))))....))))).)))))...))))).)))).)))))................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(....(((((....)))))....(((....).)))..((..(...(....(((..((((((((((((((.(((((..(((((...(((..((((((.((.(((((.(((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))).)......(((((....(((.((...(((....)))..)))))....))).)))))))))))..)))))))....))))))))))...))))))))))).............).))).)).....)).))...))...)))...)))).
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((.......(.....).....)).))))).(((((.((((.(((((.(((((((((((....(((((.....(((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).)))).......(((((......(((....(((....)))...))).....))))).)))))))))..))))))))...))))))..)))))))))..)))))....))))).))))).).))))).)))).))))).((........))...
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((........((((((......(((((((((((((((((......)))))))))......))))))))..[[[[[[[[[[....[[[[[[[...[[[[[.[[[[[[[[[((((.....(((((......)))))...........)))).......[[[[[....((((.......)))))))))).........]]]]].]]]]]]]]]..]]]]].....]]]]]]]..]]]]]]]]]]...............)))))....((((((((((....)))).....))))))...
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((((.....)))).))).......(((((.((((.(((((.((((((....((((((((((.....((((((((.....(((((((((.(((((...(((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))....)))))))...)))))))...))))))))..))))..))))))...))))).).))))).)))).)))))................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................(((...)))........................................................(((((((.((.(((((.((((((..................((......))......................(((((......(((....(((....)))....)))....)))))....))))))..)))))))....)))))))...................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((........))))(...(((.)))..)..((((((((..((((((((.(..(((((((.((((((.((...((((......((((((((.((.(((((.(((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)...))).))))))..))......))))))).......).))).))).))....))))))))...
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((........))))((..(((.))).))..((((((((..((((((((....(((((((.((((((.((...((((......((((((((.((.(((((.(((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)...))).))))))..))......))))))).........))).))).))....))))))))...
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((........)))(...)(((.)))..)..((((((((..((((((((....(((((((.((((((.(.....(((........((((((.((.(((((.((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......((....((((....)))..)..))....)))))).))))))))..)))))))....))))))...)...))...)))))..))......))))))).........))).))).))....))))))))...
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..((((((....))))))..........[[[[.((((..((((.(((((..((((((((((....(((((....((((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((..(((..(((....)))..)))..))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))))))..)))))))))).)))))....))))).)))))...))))).))))..)))).)))......]]]]..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.......((((.....)))).....))))).(((((.((((.(((((.(((((((((((....(((((..(.((((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).)))).....(.(((((......(((....(((....)))...))).....)))))))))))))))..))))))))...))))))..))))))))))))))))....))))).))))).).))))).)))).)))))................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((....)))))).........))))).(((((.((((.(((((..((((((((((....(((((....((((((((((....(((((((...(((((.(((((((((.........(((((......)))))..(((((....(((((((.......................))))))))))))..............)))))))))..))))).....)))))))..)))))))))).)))))....))))).)))))...))))).)))).)))))................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................(((.)))...................................((((((......(((........(((((((.((.(((((.((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))......)))...))))..))...............................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((....)))))).........((((((((((..((((.(((((..((((((((((....(((((....((((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((..(((..(((....)))..)))..))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))))))..)))))))))).)))))....))))).)))))...))))).))))..)))).))).)))........
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((....)))))).........)))).((((((.((((..((((..((((((((((....(((((.....(((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((..(((..(((....)))..)))..))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))))))..)))))))))..)))))....))))).)))))...))))..)))).)))..))).............
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((((((((....))))))...............((((..((((.(((((..((((((((((....(((((....((((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((..(((..(((....)))..)))..))).)))).....(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))))..)))))))...)))))))..)))))))))).)))))....))))).)))))...))))).))))..))))))))............
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(..((((((((..))))))))(((((.(((....)))(((((..((..)).....)))))...(((..)))))))).((((((((...).(((((((((.(((((.((((((((((((((((((((((...(((..)))...)))))))))))))......((((((..(.(((((((((((((..))))))))))))).))))))))))))))))..))))))))...))))))...).)))))).)((((...........))))....((((((.(.(((.((..))))))))))))...
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................(...............)(..........).....(........((.((((.(......((...(.(...........(.(((..((....((.....(..(......)..)....).).......((..(.....(...(((..........)))...)....)..)).)........).))))............)....).))..........).)..))).).)....).....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((....))))))...............((((..((((.(((((..((((((((((....(((((....((((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((..(((..(((....)))..)))..))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..))))))))...))))))..)))))))))).)))))....))))).)))))...))))).))))..))))................
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((......)))))...............((((..((((.(((((.(((((((((((....(((((.....(((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))))))..)))))))))..)))))....))))).))))).).))))).))))..))))................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((....((((.....))))..)).))))).((((..((((..((((..((((((((((....(((((....((((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((..(((..(((....)))..)))..))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))))))..)))))))))).)))))....))))).)))))...))))..))))..))))................
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((....))))))...(((.((((((......)))))))))...(((.((((.....((((.....))))...(((.......)))..)))).(((......))).....)))....(((((......)))))..((((...(((((........)))))....((((.......))))...)))).((((...((((...((((....)))).((((........))))......)))).((((....))))...))))....((((((((((....))))).....)))))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((....)))))).....((((..aaa.))))...(((..<<<<)))(((>>>...>AAA..)))....(((((((.bbbbbb.....bbbbbb.........))))))).....BBBBBB...((((((((((((((((.............)))).)))...{{{{..)))))}}}}..BBBBBB.........)))).((((....))))..(((.(((..[[[[[))).((((....]]]]]..)))).....)))....((((((((((....))))).....)))))...