|
|
|
GCUCAGGAGGAUUUAUUCUCUGUAACAUCGUGGGUUCGGUUCUGCGUGUGCUUGUAGGACUAAGAGUGAACCUGUUAUGACGCUGUGCUUUGGCUUGUCCAUUUCAAAUUAGGUGUCAACAAUGUGGGCUUAGAGUAGUCUUCGCUUUCAUGGUUGUCAAAGAAGUCGGGAAUGCCUCAGGCUGGCAACAGAGCAGGGAAAACGACUCGCACUUAAUAGUGAAAGGAUAGCAAGCCUUUAUAGCGUCGAAGGUUAUCGCUUGGCUCCUAACUGGUAUUCGCAUGGCUGUGGCAUCAAUACCUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
..((.(((((((..))))))).....(((...)))..)).......(((((((..((.(((..(..((..........(...(.(((((..(((((((((.(((...(((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).))))(...)..(((((....(.(((....(((....)))....))).)..))))).)))))))))...))).))...))))))).....))))).)....)..............))..)))).)).........).)))).))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....((((((....)))))).........((((((((((..((((.(((((..((((((((((....(((((....((((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((..(((..(((....)))..)))..))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))))))..)))))))))).)))))....))))).)))))...))))).))))..)))).))).))).......) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((....))))))(((.....(((....((((..((((..((((.((((((....((((((((((.....(((((((((....(((((((((.(((((..((((((((((((.(((..(((..(((....)))..)))..))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))))...)))))))...)))))))..)))))))))..)))))..)))))...)))).)).))))..))))..))))...)))...))).... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((........))......(((.)))......((((.(...((((((((.((.(.((((((((((((.((...((((.......(((((((....(((((.(((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))..)...))).))))))..)).....)))))).)......)).))).))).)).....).)))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((....))))))...............(((((.((((.(((((.(((((((((((.(..(((((....((((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).)))).......(((((......((.....(((....)))....)).....))))).)))))))))..))))))))...))))))..)))))))))).)))))..).))))).))))).).))))).)))).)))))................ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................................................((((((......((((((.((..((((.(((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....))))))....)))))).......................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..((((((....))))))...............(((((.((((.(((((.((.(((.((((.....((((....(((((((((.....(((((((((.(((((..((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).))))........((((....(.(((....(((....)))....))).)..))))..))))))))...)))))))...)))))))...))))))))).)))).....))))..)))..)).))))).)))).))))).)))............ |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((....))))))............((.(((((.((((.(((((.(((((((((((.(..(((((....((((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).)))).....(.(((((......(((....(((....)))...))).....)))))))))))))))..))))))))...))))))..)))))))))).)))))..).))))).))))).).))))).)))).)))))..))............ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(.((((......))))).......(((......)).)........((.((.((..(((.....(((.((....((((((((((.(.(((((((.((.(((((.((((((((.((((((.(((((((((((....))))))))))).)))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))))))))))))).)).))..)...)))...............................)).))))... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((....))))))..........((((.((((..((((.(((((..((((((((((....(((((....((((((((((....(((((((...(((((.(((((((((((((.(((..(((..(((....)))..)))..))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..))))).....)))))))..)))))))))).)))))....))))).)))))...))))).))))..))))..........)))).. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((....((((.....))))..)).))))).(((((.((((.(((((.(((((((((((....(((((.....(((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).)))).......(((((......(((....(((....)))...))).....))))).)))))))))..)))))))...)))))))..)))))))))..)))))....))))).)))).)).))))).)))).))))).((........))... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((....))))))...............(((((.((((.(((((..((((((((((....(((((....((((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))))))..)))))))))).)))))....))))).)))))...))))).)))).)))))................ |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(....(((((....)))))....(((....).)))..((..(...(....(((..((((((((((((((.(((((..(((((...(((..((((((.((.(((((.(((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))).)......(((((....(((.((...(((....)))..)))))....))).)))))))))))..)))))))....))))))))))...))))))))))).............).))).)).....)).))...))...)))...)))). |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((.......(.....).....)).))))).(((((.((((.(((((.(((((((((((....(((((.....(((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).)))).......(((((......(((....(((....)))...))).....))))).)))))))))..))))))))...))))))..)))))))))..)))))....))))).))))).).))))).)))).))))).((........))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((........((((((......(((((((((((((((((......)))))))))......))))))))..[[[[[[[[[[....[[[[[[[...[[[[[.[[[[[[[[[((((.....(((((......)))))...........)))).......[[[[[....((((.......)))))))))).........]]]]].]]]]]]]]]..]]]]].....]]]]]]]..]]]]]]]]]]...............)))))....((((((((((....)))).....))))))... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((.....)))).))).......(((((.((((.(((((.((((((....((((((((((.....((((((((.....(((((((((.(((((...(((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))....)))))))...)))))))...))))))))..))))..))))))...))))).).))))).)))).)))))................ |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................(((...)))........................................................(((((((.((.(((((.((((((..................((......))......................(((((......(((....(((....)))....)))....)))))....))))))..)))))))....)))))))................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((........))))(...(((.)))..)..((((((((..((((((((.(..(((((((.((((((.((...((((......((((((((.((.(((((.(((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)...))).))))))..))......))))))).......).))).))).))....))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((........))))((..(((.))).))..((((((((..((((((((....(((((((.((((((.((...((((......((((((((.((.(((((.(((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)...))).))))))..))......))))))).........))).))).))....))))))))... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((........)))(...)(((.)))..)..((((((((..((((((((....(((((((.((((((.(.....(((........((((((.((.(((((.((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......((....((((....)))..)..))....)))))).))))))))..)))))))....))))))...)...))...)))))..))......))))))).........))).))).))....))))))))... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..((((((....))))))..........[[[[.((((..((((.(((((..((((((((((....(((((....((((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((..(((..(((....)))..)))..))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))))))..)))))))))).)))))....))))).)))))...))))).))))..)))).)))......]]]].. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.......((((.....)))).....))))).(((((.((((.(((((.(((((((((((....(((((..(.((((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).)))).....(.(((((......(((....(((....)))...))).....)))))))))))))))..))))))))...))))))..))))))))))))))))....))))).))))).).))))).)))).)))))................ |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((....)))))).........))))).(((((.((((.(((((..((((((((((....(((((....((((((((((....(((((((...(((((.(((((((((.........(((((......)))))..(((((....(((((((.......................))))))))))))..............)))))))))..))))).....)))))))..)))))))))).)))))....))))).)))))...))))).)))).)))))................ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................(((.)))...................................((((((......(((........(((((((.((.(((((.((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))......)))...))))..))............................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((....)))))).........((((((((((..((((.(((((..((((((((((....(((((....((((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((..(((..(((....)))..)))..))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))))))..)))))))))).)))))....))))).)))))...))))).))))..)))).))).)))........ |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((....)))))).........)))).((((((.((((..((((..((((((((((....(((((.....(((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((..(((..(((....)))..)))..))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))))))..)))))))))..)))))....))))).)))))...))))..)))).)))..)))............. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((((....))))))...............((((..((((.(((((..((((((((((....(((((....((((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((..(((..(((....)))..)))..))).)))).....(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))))..)))))))...)))))))..)))))))))).)))))....))))).)))))...))))).))))..))))))))............ |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(..((((((((..))))))))(((((.(((....)))(((((..((..)).....)))))...(((..)))))))).((((((((...).(((((((((.(((((.((((((((((((((((((((((...(((..)))...)))))))))))))......((((((..(.(((((((((((((..))))))))))))).))))))))))))))))..))))))))...))))))...).)))))).)((((...........))))....((((((.(.(((.((..))))))))))))... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................(...............)(..........).....(........((.((((.(......((...(.(...........(.(((..((....((.....(..(......)..)....).).......((..(.....(...(((..........)))...)....)..)).)........).))))............)....).))..........).)..))).).)....)..... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((....))))))...............((((..((((.(((((..((((((((((....(((((....((((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((..(((..(((....)))..)))..))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..))))))))...))))))..)))))))))).)))))....))))).)))))...))))).))))..))))................ |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((......)))))...............((((..((((.(((((.(((((((((((....(((((.....(((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))))))..)))))))))..)))))....))))).))))).).))))).))))..))))................ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((....((((.....))))..)).))))).((((..((((..((((..((((((((((....(((((....((((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((..(((..(((....)))..)))..))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))))))..)))))))))).)))))....))))).)))))...))))..))))..))))................ |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((....))))))...(((.((((((......)))))))))...(((.((((.....((((.....))))...(((.......)))..)))).(((......))).....)))....(((((......)))))..((((...(((((........)))))....((((.......))))...)))).((((...((((...((((....)))).((((........))))......)))).((((....))))...))))....((((((((((....))))).....)))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((....)))))).....((((..aaa.))))...(((..<<<<)))(((>>>...>AAA..)))....(((((((.bbbbbb.....bbbbbb.........))))))).....BBBBBB...((((((((((((((((.............)))).)))...{{{{..)))))}}}}..BBBBBB.........)))).((((....))))..(((.(((..[[[[[))).((((....]]]]]..)))).....)))....((((((((((....))))).....)))))... |