|
|
|
GAUCCGUAACGCGAGCUUAUAACUCGAGCGGGGGCUAUAAAGGUGGUGUGGAACGAGCUGACUCGACCUGCCGGGUUGGGCCAGGGACUGCGGUGCUGGCUCGCCCGUUCCAAGUCGGGUAGUGGGCCAUGUGGCUUGGGCGAAGGCCUGGGUUUCUUGGCC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((.(..........).))....((((..))))............................................................................................(((((.(.(((((((((....))))))))).).)))))
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((..((.((((.......)))).(((((.(((((....)))))......((((....)))).)))))(((((.(((((((...........))))))))))))......)))))))....(((((...(((((((((....)))))))))...))))) |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.....((((.......))))..))).........................(((.(((((((.((.(((((.(((((((..((....)).))))))))))))...)).)))))))))).(((((.(.(((((((((....))))))))).).))))) |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((........)).)......(((....)))............................................................................................(((((.(.(((((((((....))))))))).).))))) |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((......((((.......))))....))).).....((.(.((.....)).).)).(((((((.((.(((((.(((((((...........))))))))))))...)).)))))))....(((((.(.(((((((((....))))))))).).))))) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((....((((.......)))).)))))..((........))..........(((.(((((((.((.(((((.(((((((..(((()))).))))))))))))...)).)))))))))).(((((.(.(((((((((....))))))))).).))))) |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((...((((.......)))).[[[[[.(((.....)))..)))))).((((....)))).]]]]](((((.(((((((.[[[[......)))))))))))).....]]]]........(((((...((((..(((....)))..))))...))))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((..((((.(((((((.(((......))).))))..)))..))))..))).((((.((((((.((.(((((.((((((.(.((....)).))))))))))))...)).)))))))))).(((((...(((((((((....)))))))))...))))) |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...((((.(.((((((.(((......))).))).))).).))))))).)..((((.((((((.((.(((((.(((((((.(.......).))))))))))))...)).)))))))))).(((((.(..(((..(((....)))..)))..).))))) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.....((((.......))))..))).........................(((.(((((((.((.(((((.(((((((..((....)).))))))))))))...)).)))))))))).(((((...(((((((((....)))))))))...))))) |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((..((((.(((((((.(((......))).))))..)))..))))..))).(((.(((((((.((.(((((.(((((((..((....)).))))))))))))...)).)))))))))).(((((...(((((((((....)))))))))...))))) |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....((((.......)))).(((((((((............[[[[[[[)))).......))))))))))).(((((((((.........((((((((.]]]]]]].........))))))))....((((((((....))))))))))))))))) |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((..((((.(((((((.(((......))).))))..)))..))))..))).(((.(((((((.((.((((.((((((((..((....)).))))))))))))...)).)))))))))).(((((...((((..(((....)))..))))...))))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((..((((.(((((((.(((......))).))))..)))..))))..))).(((.(((((((....(((((.(((((((...........))))))))))))......)))))))))).(((((...(((((((((....)))))))))...))))) |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((....((((.......)))).))))).(((((....))))).............(((((((....((((.((((((((...........))))))))))))......)))))))....(((((...(((((((((....)))))))))...))))) |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.((((.(.((((((.(((......))).))).))).).))))...))).((((.((((((.((.(((((.(((((((.(.(....)).))))))))))))...)).)))))))))).(((((.(..(((..(((....)))..)))..).))))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.(((..((((.(((((((.(((......))).))))..)))..))))..))).....(((((((.((.(((((.(((((((..((....)).))))))))))))...)).))))))).)).(((((...((((..(((....)))..))))...))))) |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((....((((.......)))).))))).(((((.....(((..(((((((.((.((((((......))))))(((((((.(.(....)).))))))))).)))))))..))).))))).(((((.(..(((..(((....)))..)))..).))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(.((((..(.((((.((..))))))))))).)((((..........((((((((.((((.((((((((...)))))))).)))).(((........))).....))))))))(...).)))).(((((((((((((((((...).)))))))))))))))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...((((.(.(.((((.(((......))).))))..).).)))))))....((((.((((((.((.((((.((((((((.(.......).))))))))))))...)).)))))))))).(((((.(..(((..(((....)))..)))..).))))) |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((..((((.(((((((.(((......))).))))..)))..))))..))).(((.(((((((.((.(((((.((((((.(.((....)).))))))))))))...)).)))))))))).(((((....(((..(((....)))..)))....))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((......((((.......)))).(((((.(((((....)))))......((((....)))).))))).)))...((((((...........)))))).(((((........)))))...(((((....))))).(((....)))...(((....))). |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((...((((.......)))).[[[...(((((....))))).[[(((((((....)))){{{)))..}}}[[[[[[[[....)))))..]]]]]]]]((((]]]]]...)))).....((((....)))).((((....)))).((((....)))) |