|
|
|
GCUGGGUGAGUAGCGAUCGCCUGUAACCCAUGCGGGAGCUGGAUCUGUGUGAAUGGUCGGUCGUGCCUAGGGCUGAUCAGAGAUCGGCCGCCCGUCCCAAGGGGCCACCAGGUCUGGGUGGGAUGAUGGAAGUCGUCGCAUCCGGACAUCUGAAGAAGCGGGUACAGGCUAAGGCUGGGAACAGAGCAGGCAAUACCGCGCGGUGGAAUCAGUGAGGAUGGAAAGUGGUCGAGAGACUGGUAGCCUGGGCAAUAACAUCGACAUGCCAAACACAAAGAUCGUUUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.((((((((.(...).))))))....(.(()).))).(.(((.(.(((((.(........(..((((..(...(.(.....(((((....(((.(.....((..((((((.(((((((((.((((((....)))))).))))))))).).(...)..((((......(((....(((....)))....)))....))))..)))))..))...).))...)....))))).......).)...)..))....))..)......)....).))))..).))).)....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.......))))))....(((....))))))..(((((((((..(((.(((((..(((((.(((((.(((((...((((((((((((((.....(((((((..(((((((((.((((((....)))))).)))))))))..........((((.((...(((....(((....)))....)))..))))))..)))))..)).....))))))...))))))))....))))))))))))))).....)))))))).....))))..)))))....... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((....)).....))))).))...(((..(((((.((((..((((..(((((((((.(((((.(((((...((((((((((((((((.((..(((((..(((((((((.((((((....)))))).)))))))))..........(((((((...(((....(((....)))....)))..)))).))))))))..))..)).))))))...))))))))....))))))))))))))).......))))..))))..)))).)))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((.......)))))))...(.(......).)...(((((.((((..(((....(((.((...((.(((.((.....((((((((((((((((.((...(.....(((((((((.((.(((....))).)).))))))))).......)..(((.(((...(((....(((....)))....)))..)))))).........))..)).))))))...))))))))..)).)))...))...))........)))....)))..)))).)))))....... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.......))))))....(((....))))))..(((((.((((..((((..((((.(((((.((((.(((((...((((((((((((((.......(((((..(((((((((.((((((....)))))).)))))))))..........((((......(((....(((....)))....)))....))))..))))).........))))))...))))))))....))))))))))))))........))))..))))..)))).)))))....... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((()))).....))))).)).(((((..(((((.((((..((((..(((((((((.(((((.(((((...((((((((((((((((.((..(((((.((((((((((.((((((....)))))).)))))))))..).......(((((((...(((....(((....)))....)))..)))).))))))))..))..)).))))))...))))))))....))))))))))))))).......))))..))))..)))).)))))))))).. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.[[[[..))))))....(((....))).]]]](((((.((((..((((..((((((((((((....(((((...((((((((((((((.......(((((..(((((((((.((((((....)))))).)))))))))..........(((((((...(((....(((....)))....)))..)))).)))))))).........))))))...))))))))....)))))..)))))))).......))))..))))..)))).)))))....... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((....)).....))))).)).(((((..(((((.((((..((((..((((((((((((.((.(((((...((((((((((((((((..((.(((((..(((((((((.((((((....)))))).)))))))))..........(((((((...(((....(((....)))....)))..)))).))))))))..))..)).))))))...))))))))....))))))))))))))).......))))..))))..)))).)))))))))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..................))))).)).(((((..(((((.((((..((((..((((((((((.((((.(((((...((((((((((((((((.....(((((..(((((((((.((((((....)))))).)))))))))..........(((((((...(((....(((....)))....)))..)))).))))))))......)).))))))...))))))))....))))))))))))))).......))))..))))..)))).)))))))))).. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((....)).....))))).))..((((..(((((.((((..((((..(((((((((((.(((.(((((...((((((((((((((((..((.(((((..(((((((((.((((((....)))))).)))))))))..........(((((((...(((....(((....)))....)))..)))).))))))))..))..)).))))))...))))))))....))))))))))))))).......))))..))))..)))).)))))))))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((((((.(((....))).........[[[[[.....[[[[[[..[[[[[[[[....[[[[[...[[[[[[[[[[[[[[.......[[[[[..(((((((((.((((((....)))))).)))))))))..........[[[[.))))))).....(((.........)))......]]]]..]]]]].........]]]]]]...]]]]]]]]....]]]]]..]]]]]]]].....]]]]]].......]]]]]..))))))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((.......))))))....(((....))).))..(((((.((((..((((..((((((((((.((((.(((((...((((((((((((((((.((..(((((..(((((((((.((((((....)))))).)))))))))..........(((((((...(((....(((....)))....)))..)))).))))))))..))..)).))))))...))))))))....))))))))))))))).......))))..))))..)))).)))))....... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((....)).))..))))).)).(((((..(((((.((((..((((.((((((((((((.(((.(((((...((((((((((((((((.....(((((..(((((((((.((((((....)))))).)))))))))..........(((((((...(((....(((....)))....)))..)))).))))))))......)).))))))...))))))))....))))))))))))))).......)))).)))))..)))).)))))))))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((......)))).....((((((.....)))))).....(((((.((((..((((..((((((((((((....(((((...((((((((((((((.......(((((..(((((((((.((((((....)))))).)))))))))..........((((..................................))))..))))).........))))))...))))))))....)))))..)))))))).......))))..))))..)))).)))))....... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((.......))))))....(((....))).))..(((((.((((..((((..((((((((((((.((.(((((...((((((((((((((((.((..(((((..(((((((((.((((((....)))))).)))))))))..........(((((((...(((....(((....)))....)))..)))).))))))))..))..)).))))))...))))))))....))))))))))))))).......))))..))))..)))).)))))....... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((.......)))((((((.....))))))..)))).(((.((((..((((..((((((((((((.((.(((((...((((((((((((((((.((..(((((..(((((((((.((((((....)))))).)))))))))..........(((((((...(((....(((....)))....)))..)))).))))))))..))..)).))))))...))))))))....))))))))))))))).......))))..))))..)))).)))......... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.......))))))....(((....))))))..(((((.((((..((((..((((((((((.((((.(((((...((((((((((((((((.((..(((((..(((((((((.((((((....)))))).)))))))))..........(((((((...(((....(((....)))....)))..)))).))))))))..))..)).))))))...))))))))....))))))))))))))).......))))..))))..)))).)))))....... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(...............)))))).))((((((..(((((((((((((((((.((((((((((((.((.(.((((...(((((((((...(((...(((((((((..))).))))))...))).(.(......).)(..)(((((.((((((((((((..(.((((((((((..)))))))))))..)))).))))))))..((...))))))).)).)))))))....)))).))))))))))).......))))).)))))))))))))))))))))). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.........))))....................(((((.((((..((((..(((((((((((.(((.(((((...((((((((((((((((..(..(((((..(((((((((.((((((....)))))).)))))))))..........(((((((...(((....(((....)))....)))..)))).))))))))..)...)).))))))...))))))))....))))))))))))))).......))))..))))..)))).)))))....... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((....)).....))))).))..((((..(((((.((((..((((..((((((((((.((((.(((((...((((((((((((((((.((..(((((..(((((((((.((((((....)))))).)))))))))..........(((((((...(((....(((....)))....)))..)))).))))))))..))..)).))))))...))))))))....))))))))))))))).......))))..))))..)))).)))))))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).(((.....)))........((((.........)))).(((..((((..(((((((.....)))))))....((((....))))......(((((((((.((((((....)))))).))))))))).((((......))))...))))...)))............((((..((((....)))).....................((((....))))....)))).((((............)))).(((.........))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....{{{{.)))))......(((((((..aaaaa..)))))))...)))...AAAA((((..(((((((.....))))))).(((((((....))))((((.[[[[[.)))).((((((....))))))..(((((..<<<<........)))))..>>>>]......)))........))))..((((....))))...]]]]A...}}}}......((((....)))).........((((............)))).(((.........))).... |