|
|
|
GGGGGCUCUGUUGGUUCUCCCGCAACGCUAACUUGUUAACUUGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCAUAGCAGGGGAUGUGUGUGCCGGGAUGUCGCUGGCAGAGCCCUCGCCAAUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((..(.((((((((.((((((.((((...((((((....((((....(((....)))....)))).))))))....)))))...))))).)..))))))))..))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..((.(((((((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))..).)))).)).))))).)..))..))))))))).......)) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((..((((...((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).....))))....)).................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..(((((((((((...(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))....)))).))).))))....)))))))))))))))....... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................(((....))).......................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.........(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...........))))).......... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((......(((((((((((....)))))))))))...))))........................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.((((((((((((...(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))....)))).)).))))).)..)))))))))))))))....... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((.((((((((((((...((((((....((((....(((....)))....)))).))))))....)))).)).))))).)..)))))))).............. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((((((.((((...((((((....((((....(((....)))....)))).))))))....)))))...))))).)..)))))))))))))))....... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.((((((((((((...(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))....)))).)).))))).)..)))))))))))))))....... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..(((((.........(((((((...........(((....)))........)))))))............)))))....)))))))))))))))....... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((..((((...((((...(((.......((((....(((....)))....))))....)))....)))).....))))....))))))................ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((......(((((..((((...(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))....))))....)))))........)))))))))))....... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..(((((((((((...(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))....)))).)).)))))....)))))))))))))))....... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..((.(((((((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))..).)))).)).))))).)..))..)))))))))))....... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..(((((((((((...(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))....)))).)).)))))....)))))))))))))))....... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.((((((((((((((((((((((...(((.((((((((..))))).)))))))))))))))).)))).))).)))).)..)))))))))))))))....... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((........((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)))))).)).))))).).))))))........))....... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((((((((((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))...))))).))).)))).).))))))))............... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((((((((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).)).))))).).))))))))............... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..(((((((((((...(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))....)))).)).)))))....)))))))))))))))....... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..(((((..((((...((((((((((((..))))).................)))))))......))))..)))))....)))))))))))))))....... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....)))).................................................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))........................... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....)))).................................................. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))........................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....)))).................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((.....(((....))).....))).................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..((..(((((((((((...(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))....)))).))).))))....))..)))))))))))....... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..(((((((((((.(.(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))...))))).)).)))))....)))))))))))))))....... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..(((((..((((...(((((((...((((..................)))))))))))....))))....)))))....)))))))))))))))....... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....)))).................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))............................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....)))).................................................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..((.(((((((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))..).)))).)).))))).)..))..)))))))))))....... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..(((((((((((...(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))....)))).)).)))))....)))))))))))))))....... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..((.(((((((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))..).)))).))).)))).)..))..)))))))))))....... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((((((((((((....(((((((((((..))))))))))).)))))))))).)))).)).))))).)).)))))))))))))))....... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((......................................(...........(....(..(..((..(.....((..........))..)..))...)..).....)...))).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(........(((((..(((((..((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....))))....)))))....))))))................ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..((.(((((((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))..).)))).)).))))).)..))..)))))))))))....... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..(((((((((((...(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))....)))).)).)))))....)))))))))))))))....... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..((..(((((((((((...(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))....)))).)).)))))....))..)))))))))))....... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...((((...((((((.((((.......))))..((((....))))..)).)))).)))).((((.((.....)))))).(((((.......)))))....))))........ |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((....[[[[[[.))))).....]]]]]].((((...........{{{{{{.....))))..((((.((.....))))))..}}.}}}}.....((((.((....))))))... |