|
|
|
GAGGCCCCCAUUGGUCCUCCCGCAACACUAACCUGUGAACUCGGCCAGACCCGGAAGGGAGCAACCGCAGCAGGUGACGUGUGUGCCGGGAUGUGGCUGGUGGGGGCUUCCACCCAUCU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((.(((.((((((((.((((((.((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))...))))).)..)))))))))).)))..........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..(((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).))))).).)))..)))))))))........).) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((.((((...((((...((((......(((.....(((....))).....)))...))))....)))).....))))...)))...................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).))).))))...))))))))))))))))......... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................(((....)))............................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...))))).................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((......(((((((((((....)))))))))))...))))............................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).))))).).))))))))))))))))......... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).))))).).)))))))))................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((((((.((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))...)))))...))))))))))))))))......... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).).)))).)).))))).).))))))))))))))))......... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((.........[[[[[(.............{{{{{..)))))....(((()]]]]]....))))..}}}}}....))))))))))))))))......... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((...(((.....((...((((......((((....(((....)))....))))...))))....)).......))).....)))))................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..(((.(((((..((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))))....)))))...)))..)))))))))))......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).)))))...))))))))))))))))......... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..(((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).))))).).)))..)))))))))))......... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).)))))...))))))))))))))))......... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((((((((((((....(((((.((((((..)))).)))))))).)))))))).)))).))).)))).).))))))))))))))))......... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((........((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)))))).)).)))))..))))))).............)).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((((((((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).)).))))).).))))))))................. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..((((((((.((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).))..)))).).)))..)))................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).)))))...))))))))))))))))......... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((..((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).....))))..)))))...))))))))))))))))......... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).)))))...))))..................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....)))).................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((((((((.(((((.....((((..(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))............................. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....)))).................................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((((((((.(((((.....((((..(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))............................. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....)))).................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((.....(((....))).....))).................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..(((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).))).))))...)))..)))))))))))......... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((((((((((((.(((((([...((((.....(((....))).....)))]))))))))..)))).)).)))))...))))))))))))))))......... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((..((((..((((((....((((......))))...............)))))).....))))..)))))...))))))))))))))))......... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((..................................(((....)))....................................)))).................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))............................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....)))).................................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..(((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).))))).).)))..)))))))))))......... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).)))))...))))))))))))))))......... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..(((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).))).)))).).)))..)))))))))))......... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.((((((((..(..((.(.((((((..))))).)).))))).))))))..)))).)).))))).).))))))))))))))))......... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.................................(......(..((..(.((...(..........(..................).....)..)).)...))..).......)).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((.(((((..((((...((((......(((.....(((....))).....)))...))))....))))....)))))...))))))).................. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..(((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).))))).).)))..)))))))))))......... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).)))))...))))))))))))))))......... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..(((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).)))))...)))..)))))))))))......... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((......))))....((((.........))))...((((......))))..((((((..(((((..........)))..(((((.......))))).)).))))))........ |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((......)))).(((((((......[[[)))....((((......))))..)))).....(((.((.]]]...))))).((((.....)))).((((((........)))))). |