CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00252



RNA: SRP_00252
Rfam family: Metazoa_SRP

GCUGGGUUGGGUGGCGCCAACUUGUAACGGGUAUGCUUCUGCUCGGGUAGUAAGGUGUGAGGGUUGUGGCAUGCGUUGUGUUGUCACUAUCCCCAGGAUGUGGAAGGCGCGUCCAUCUCAAACCAGGAGUCGACAUUGGGACAUUGUCGUAAGACACUGUACCGAGGUCACUAAGGAAUGGUGAACUGCCCCAGGCUGGAUAACAGAGCAGGGAAAAGCCCUCGCUCUUGGUAGUGGGAGGAUCUCGUGCCAGAAUUCUGACGUGCUAACGCAUCGCUGCAAGCCGCAAUUCGAUCACCUUGCGAUUACAUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....((((((.(..).)))))))))......(..((.((((.((.(..((..(((((.((.......(....(((..(....((((((.((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((.((((....)))).))).)))).)))..(...).(.(((....(.(((....(((.....)))....))).)..))).).)))))))))..)))))))....))))))..)..)))...)...........)).)))))..)).....).)).))))..))..).......
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (...((((((......))))))(((((((((((......))))))....((((((((...((((((((((..(((.(((((((.(((..(((.(.....).))).(((((((((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((.((((....)))).))).)))).)))..........(((......(((....(((.....)))....)))....)))...)))))))))..))))))))...))))))...........))).))))))).))).....))))))))))...))))))))..)))))...)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((......))))))(((((((((((......))))))....((((((((...((((((((((..(((.((((((..(((.((((...))))..(((((((((((((.(((((..((((..(((((((.........))))....))).(((........(((((.......))))).......))).))))...(((((((((((.....)))).)))))..))..))))))))...))))))....))))...)))..)))))).))).....))))))))))...))))))))..)))))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((......))))).......((............))......((((......(((((...(((((((..((((((((...(((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((.....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...)))))))))))))))))).....)))))))...)))))......))))............
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......)))))))....((((((......)))))).((.((((((((...((((((((((.((((.(((((((.(((......((((((......(((((((((.(((((.(((((((((.(.(.((((.(((.((((....)))).))).)))).)(((((.......))))).....(((...(((.....)))....))).........))))))))))..))))))))...))))))...))))))..))).))))))).)))...).))))))))))...)))))))).))........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......))))))).....((............)).......((((((...((((((((((....(.(((((((.(((.......((((.......((((((.((.(((((.(((((((((.(((...((.(((.((((....)))).))).))...)))..........................(((.....))).................)))))))))..)))))))....))))))....))))...))).))))))).).......))))))))))...)))))).............
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((((......))))))(((.((((((((...((((((((((..(((.(((((.........(..((((((......((((((.((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((.((((....)))).))).)))).)))..........(((....(.(((....(((.....)))....))).)..)))...)))))))))..)))))))....))))))...))))))..).....))))).))).....))))))))))...)))))))).))).......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......)))))))....((((((......)))))).((.((((((((...((((((((((.((((.(((((((.(((......((((((......(((((((((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((.((((....)))).))).)))).)((((((.....)))))).....(((.(.(((.....)))..).)))........)))))))))))..))))))))...))))))...))))))..))).))))))).)))...).))))))))))...)))))))).))........
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((..........)))).......................((((.(..((((.(.((.(((.(.(..(...((.((((.(((.((...(..(((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).)))).......(((((......(((....(((.....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))..))).)))).))..).......)).))).))..)))))..)....))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......)))))))(((.[[[[[[)))...]]]]]]....((((((((...((((((((((.((((.(((((((.((((((((...))))).(((((((((((((.(((((.(((((((((..........(((.((((....)))).)))...((((((((((.....))))))....(((....(((.....)))....)))......)))))))))))))..))))))))...))))))....))))...))).)))))))....)))).))))))))))...))))))))...........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((......)))))).(((.((((((......))))))....((((((((...((((((((((..(((.(((((((.(((......((((((......(((((((((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((.((((....)))).))).)))).))).....((...(((.....)))))...(((.....)))...((((.....)))).)))))))))..))))))))...))))))...))))))..))).))))))).))).....))))))))))...))))))))...))).....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......)))))))....((((((......))))))....((((((((...((((((((((.((((.(((((((.(((.(((..[[[)))......(((((((((.(((((.(((((((((......(((.(((.((((....)))).))).)))...((((.........)))).........................((((.....)))).)))))))))..))))))))...))))))......]]]..))).))))))).))...)).))))))))))...))))))))...........
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))).....((..(........))).)))....(((.....(((.((.((.(((...(((((((.(((.....(.(((((.((..((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).))).....((((...(.....((((....(((.....)))....))))...))))).)))))))))..))))))))...)))))))))))))..)))).))))))))......))).)).)).))).....))..........)....
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......)))))))....((((((......))))))....((((((((...((((((((((.((((.(((((((.(((.((((...))))......(((((((((.(((((.((((((((.((...((((.(((.((((....)))).))).))))..((((((.....))))))...........(((.....)))...((((.....))))))))))))))..))))))))...))))))...........))).)))))))...).))).))))))))))...))))))))...........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((......))))))(((((((((((......))))))....((((((((...((((((((((((((((((...(((((.(((((...))))).....(((((((((.(((((.((((((((.(((((.........))))).............(((((((((((.....)))))).((((......(((.....))).))))........)))))))))))))..))))))))...)))))).......)))))...))))))))........))))))))))...))))))))..)))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((....(...)...)))))).((((((((...((((((..(((((((..((((((((...(((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).....(.(((((......(((...((((.....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...)))))))))))))))))).....))))))))..)))))...))))))))...........
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((....(...)...)))))).((((((((...((((((..(((((((..((((((((...(((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).....(.(((((......(((...((((.....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...)))))))))))))))))).....))))))))..)))))...))))))))...........
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((.(......).)))).....(((....(...)...)))))).(((((.((...((((((..((.((((..(((.((((...((((...((((......(((((((((.(((((.((((((((.((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).....(.(((((......(((...((((.....)))..).)))....)))))).))))))))..))))))))...))))))...))))..)))))))).))).....)))).)))..)))))...)).)))))...........
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((((((......)))))))....[[[[[[.))...]]]]]]....((((((((...((((((((((..(((.(((((((.(((..(((.((...)).))).(((((((((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((.((((....)))).))).)))).)))..........(((......(((....(((.....)))....)))....)))...)))))))))..))))))))...))))))...........))).))))))).))).....))))))))))...))))))))...........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((..[[[[)))))))....((((((]]]]..)))))).(((((((((((...((((((((((.(((..(((((((.(((.((((...))))..(((((((((((((.(((((.((((((((.((...((((.(((.((((....)))).))).))))..((((((.....))))))...........(((.....)))...((((.....))))))))))))))..))))))))...))))))....))))...))).))))))).....))).))))))))))...))))))))...))).....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((((......))))))....((((((((...((((((((((.((((..................((((((......((((((....(((((.(((((((((.....(((((....((((....))))...........((((((.....)))))).....)))))...............((((.....)))).)))))))))..)))))......))))))...))))))..((((....))))...)))).))))))))))...))))))))...........
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((............))).....((((......(((((....((((((..(((((........((...((((......(((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..))).....(.(((((......(((....(((.....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...)))))))...))))..)).....))))).....))))))....)))))......))))............
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((......))))))(((((((((((......))))))....((((((((...((((((((((.((((.(((((((.(((..(((.(.....).))).(((((((((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((.((((....)))).))).)))).)))..........(((......(((....(((.....)))....)))....)))...)))))))))..))))))))...))))))...........))).)))))))....)))).))))))))))...))))))))..)))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.(((((......)))))......((((((......))))))..))).((((((...((((((((((..(((.(((((((.(((..(((.((...)).))).(((((((((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((.((((....)))).))).)))).)))..........(((......(((....(((.....)))....)))....)))...)))))))))..))))))))...))))))...........))).))))))).))).....))))))))))...)))))).............
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......)))))))((((((((((......))))))....((((((((...((((((((((..(((.(((((((.((((((((...))))).....(((((((((.(((((.(((((((((.......((.(((.((((....)))).))).))((((((((((.....)))))).((.(((....(((.....)))....)))...)).)))))))))))))..))))))))...))))))...........))).))))))).))).....))))))))))...))))))))..)))).....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((..)..))))))(((((((((((((((........))))).((.((..)).))..((((((..........)))))).).)))(((((((((..(((((..(((.(((((..(((((((((((..)))(((((((((((..))))))))).))(((((((((((..)).)))))))).)((((((((((...))))))).)))(((..)))..))))))))...))))))))........((((..)))).))).))..)))))).)))((((((........)..).))))..))))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(................................................................................................................(((.......))))..............((((......(.(.......(....(.((......((......(............((..((..((((.(......))).)))...).........((...............))....))......)......))..))..))...)...)......)))).........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((......)))))).(((.((((((......))))))....((((((((...((((((((((.(((..(((((((.((..(((.....)))......(((((((((.(((((.((((((((..(((.((((.(((.((((....)))).))).)))).)))..........................(((.....)))..................))))))))..))))))))...))))))............)).))))))).....))).))))))))))...))))))))...))).....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((......)))))).((((((((((......))))))....((((((((...(..(((((((..(((.(((((((.(((.((((...)))))))...(((((((((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((.((((....)))).))).)))).)))..........(((......(((....(((.....)))....)))....)))...)))))))))..))))))))...))))))...............))))))).))).....)))))))..)...))))))))..)))).....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......)))))))........((((((.((((....))))...)))))).((((.((((((.((.....)))))))).(((.....))).((((.......)))).(((...((((.........)))).....((((....)))).......))).((((((.....))))))...))))..((((.......(((((((((.....)))).)))))..((((((..(((((.((......)))))))....(((....))).)))))).)))).......((((.......)))).......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((..bbbb)))))).....((((((..[[[[))))))...))).......]]]]...((((((..BBBB....)))))).(((.....))).((((.{{{{..)))).(((...((((..aaa....)))).....((((....)))).......))).((((((.....))))))..AAA}...(((((((.....((((((((.....)))).)))).(((((.((((.....)))))))))....)))}}}((((....))))....<<<)))).......((((....>>>)))).......