|
|
|
GCUGGGUUGGGUGGCGCCAACUUGUAACGGGUAUGCUUCUGCUCGGGUAGUAAGGUGUGAGGGUUGUGGCAUGCGUUGUGUUGUCACUAUCCCCAGGAUGUGGAAGGCGCGUCCAUCUCAAACCAGGAGUCGACAUUGGGACAUUGUCGUAAGACACUGUACCGAGGUCACUAAGGAAUGGUGAACUGCCCCAGGCUGGAUAACAGAGCAGGGAAAAGCCCUCGCUCUUGGUAGUGGGAGGAUCUCGUGCCAGAAUUCUGACGUGCUAACGCAUCGCUGCAAGCCGCAAUUCGAUCACCUUGCGAUUACAUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....((((((.(..).)))))))))......(..((.((((.((.(..((..(((((.((.......(....(((..(....((((((.((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((.((((....)))).))).)))).)))..(...).(.(((....(.(((....(((.....)))....))).)..))).).)))))))))..)))))))....))))))..)..)))...)...........)).)))))..)).....).)).))))..))..).......
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(...((((((......))))))(((((((((((......))))))....((((((((...((((((((((..(((.(((((((.(((..(((.(.....).))).(((((((((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((.((((....)))).))).)))).)))..........(((......(((....(((.....)))....)))....)))...)))))))))..))))))))...))))))...........))).))))))).))).....))))))))))...))))))))..)))))...) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((......))))))(((((((((((......))))))....((((((((...((((((((((..(((.((((((..(((.((((...))))..(((((((((((((.(((((..((((..(((((((.........))))....))).(((........(((((.......))))).......))).))))...(((((((((((.....)))).)))))..))..))))))))...))))))....))))...)))..)))))).))).....))))))))))...))))))))..))))).... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((......))))).......((............))......((((......(((((...(((((((..((((((((...(((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((.....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...)))))))))))))))))).....)))))))...)))))......))))............ |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((......)))))))....((((((......)))))).((.((((((((...((((((((((.((((.(((((((.(((......((((((......(((((((((.(((((.(((((((((.(.(.((((.(((.((((....)))).))).)))).)(((((.......))))).....(((...(((.....)))....))).........))))))))))..))))))))...))))))...))))))..))).))))))).)))...).))))))))))...)))))))).))........ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((......))))))).....((............)).......((((((...((((((((((....(.(((((((.(((.......((((.......((((((.((.(((((.(((((((((.(((...((.(((.((((....)))).))).))...)))..........................(((.....))).................)))))))))..)))))))....))))))....))))...))).))))))).).......))))))))))...))))))............. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...((((((......))))))(((.((((((((...((((((((((..(((.(((((.........(..((((((......((((((.((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((.((((....)))).))).)))).)))..........(((....(.(((....(((.....)))....))).)..)))...)))))))))..)))))))....))))))...))))))..).....))))).))).....))))))))))...)))))))).)))....... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((......)))))))....((((((......)))))).((.((((((((...((((((((((.((((.(((((((.(((......((((((......(((((((((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((.((((....)))).))).)))).)((((((.....)))))).....(((.(.(((.....)))..).)))........)))))))))))..))))))))...))))))...))))))..))).))))))).)))...).))))))))))...)))))))).))........ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((..........)))).......................((((.(..((((.(.((.(((.(.(..(...((.((((.(((.((...(..(((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).)))).......(((((......(((....(((.....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))..))).)))).))..).......)).))).))..)))))..)....)))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((......)))))))(((.[[[[[[)))...]]]]]]....((((((((...((((((((((.((((.(((((((.((((((((...))))).(((((((((((((.(((((.(((((((((..........(((.((((....)))).)))...((((((((((.....))))))....(((....(((.....)))....)))......)))))))))))))..))))))))...))))))....))))...))).)))))))....)))).))))))))))...))))))))........... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((......)))))).(((.((((((......))))))....((((((((...((((((((((..(((.(((((((.(((......((((((......(((((((((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((.((((....)))).))).)))).))).....((...(((.....)))))...(((.....)))...((((.....)))).)))))))))..))))))))...))))))...))))))..))).))))))).))).....))))))))))...))))))))...)))..... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((......)))))))....((((((......))))))....((((((((...((((((((((.((((.(((((((.(((.(((..[[[)))......(((((((((.(((((.(((((((((......(((.(((.((((....)))).))).)))...((((.........)))).........................((((.....)))).)))))))))..))))))))...))))))......]]]..))).))))))).))...)).))))))))))...))))))))........... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......))))))).....((..(........))).)))....(((.....(((.((.((.(((...(((((((.(((.....(.(((((.((..((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).))).....((((...(.....((((....(((.....)))....))))...))))).)))))))))..))))))))...)))))))))))))..)))).))))))))......))).)).)).))).....))..........).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((......)))))))....((((((......))))))....((((((((...((((((((((.((((.(((((((.(((.((((...))))......(((((((((.(((((.((((((((.((...((((.(((.((((....)))).))).))))..((((((.....))))))...........(((.....)))...((((.....))))))))))))))..))))))))...))))))...........))).)))))))...).))).))))))))))...))))))))........... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((......))))))(((((((((((......))))))....((((((((...((((((((((((((((((...(((((.(((((...))))).....(((((((((.(((((.((((((((.(((((.........))))).............(((((((((((.....)))))).((((......(((.....))).))))........)))))))))))))..))))))))...)))))).......)))))...))))))))........))))))))))...))))))))..))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((....(...)...)))))).((((((((...((((((..(((((((..((((((((...(((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).....(.(((((......(((...((((.....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...)))))))))))))))))).....))))))))..)))))...))))))))........... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((....(...)...)))))).((((((((...((((((..(((((((..((((((((...(((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).....(.(((((......(((...((((.....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...)))))))))))))))))).....))))))))..)))))...))))))))........... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((.(......).)))).....(((....(...)...)))))).(((((.((...((((((..((.((((..(((.((((...((((...((((......(((((((((.(((((.((((((((.((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).....(.(((((......(((...((((.....)))..).)))....)))))).))))))))..))))))))...))))))...))))..)))))))).))).....)))).)))..)))))...)).)))))........... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((((......)))))))....[[[[[[.))...]]]]]]....((((((((...((((((((((..(((.(((((((.(((..(((.((...)).))).(((((((((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((.((((....)))).))).)))).)))..........(((......(((....(((.....)))....)))....)))...)))))))))..))))))))...))))))...........))).))))))).))).....))))))))))...))))))))........... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((..[[[[)))))))....((((((]]]]..)))))).(((((((((((...((((((((((.(((..(((((((.(((.((((...))))..(((((((((((((.(((((.((((((((.((...((((.(((.((((....)))).))).))))..((((((.....))))))...........(((.....)))...((((.....))))))))))))))..))))))))...))))))....))))...))).))))))).....))).))))))))))...))))))))...)))..... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...((((((......))))))....((((((((...((((((((((.((((..................((((((......((((((....(((((.(((((((((.....(((((....((((....))))...........((((((.....)))))).....)))))...............((((.....)))).)))))))))..)))))......))))))...))))))..((((....))))...)))).))))))))))...))))))))........... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................(((............))).....((((......(((((....((((((..(((((........((...((((......(((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..))).....(.(((((......(((....(((.....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...)))))))...))))..)).....))))).....))))))....)))))......))))............ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((......))))))(((((((((((......))))))....((((((((...((((((((((.((((.(((((((.(((..(((.(.....).))).(((((((((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((.((((....)))).))).)))).)))..........(((......(((....(((.....)))....)))....)))...)))))))))..))))))))...))))))...........))).)))))))....)))).))))))))))...))))))))..))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.(((((......)))))......((((((......))))))..))).((((((...((((((((((..(((.(((((((.(((..(((.((...)).))).(((((((((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((.((((....)))).))).)))).)))..........(((......(((....(((.....)))....)))....)))...)))))))))..))))))))...))))))...........))).))))))).))).....))))))))))...))))))............. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((......)))))))((((((((((......))))))....((((((((...((((((((((..(((.(((((((.((((((((...))))).....(((((((((.(((((.(((((((((.......((.(((.((((....)))).))).))((((((((((.....)))))).((.(((....(((.....)))....)))...)).)))))))))))))..))))))))...))))))...........))).))))))).))).....))))))))))...))))))))..))))..... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((..)..))))))(((((((((((((((........))))).((.((..)).))..((((((..........)))))).).)))(((((((((..(((((..(((.(((((..(((((((((((..)))(((((((((((..))))))))).))(((((((((((..)).)))))))).)((((((((((...))))))).)))(((..)))..))))))))...))))))))........((((..)))).))).))..)))))).)))((((((........)..).))))..)))))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(................................................................................................................(((.......))))..............((((......(.(.......(....(.((......((......(............((..((..((((.(......))).)))...).........((...............))....))......)......))..))..))...)...)......))))......... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((......)))))).(((.((((((......))))))....((((((((...((((((((((.(((..(((((((.((..(((.....)))......(((((((((.(((((.((((((((..(((.((((.(((.((((....)))).))).)))).)))..........................(((.....)))..................))))))))..))))))))...))))))............)).))))))).....))).))))))))))...))))))))...)))..... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((......)))))).((((((((((......))))))....((((((((...(..(((((((..(((.(((((((.(((.((((...)))))))...(((((((((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((.((((....)))).))).)))).)))..........(((......(((....(((.....)))....)))....)))...)))))))))..))))))))...))))))...............))))))).))).....)))))))..)...))))))))..))))..... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((......)))))))........((((((.((((....))))...)))))).((((.((((((.((.....)))))))).(((.....))).((((.......)))).(((...((((.........)))).....((((....)))).......))).((((((.....))))))...))))..((((.......(((((((((.....)))).)))))..((((((..(((((.((......)))))))....(((....))).)))))).)))).......((((.......))))....... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((..bbbb)))))).....((((((..[[[[))))))...))).......]]]]...((((((..BBBB....)))))).(((.....))).((((.{{{{..)))).(((...((((..aaa....)))).....((((....)))).......))).((((((.....))))))..AAA}...(((((((.....((((((((.....)))).)))).(((((.((((.....)))))))))....)))}}}((((....))))....<<<)))).......((((....>>>))))....... |