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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00255



RNA: SRP_00255
Rfam family: Archaea_SRP

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CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................(.((.....)).).......((((((.((((((((....)))))))).))))))......(((((....(((.....(((....))).....)))..)))))..........................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((((..(((((((..(((((((................))))))).....((((((((....))))).))).((((((((((((((((....((...(..(((((((((((((..(((((((..((((((((((((((((....))))))))))))))))....((((((....(((.....(((....))).....)))..)))))).))).))))...))))))..))))))))..))....))))))....)))))))))).))))))).....))))))..))))))).....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((((((((.......))))))....((((...........))))))))......(((((...((...((...((((((((((((((((((((.........(((((..((((((((((((.....(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))).))))))))....)))))......))))))))))....))))))))))...))))...)))))......)))))).....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.......(((((.......)))))((((.((((...........))))...))))(((((....((...(((((((.((((((((((((((((....((......(((((((((((((.((((((.(((((((((((((((((((....))))))))))))))))....((((((....(((.....(((....))).....)))..))))))))).))))).).)))))))..))))))...))....))))))....)))))))))).)))))))))....)))))..))))))).....
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((((((.......))))))....((((...........)))))))....(((((.....((...((((((.((((((((((((((((....((......(((((((((((((.((((((.((.((((((((((((((((....)))))))))))))))).)).((((((....(((.....(((....))).....)))..))))))....))))).).))))))..)))))))...))....))))))....)))))))))).)))))).))....)))))..))))))).....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......((((((.......))))))(((.((((...(......)))))...))).(((((....((...(((((((.((((((((((((((((....((......(((((((((((((.((((((.(((((((((((((((((((....))))))))))))))))....((((((..(.(((.....(((....))).....)))).))))))))).))))).).)))))))..))))))...))....))))))....)))))))))).)))))))))....)))))..))))))).....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((((((.......))))))....((((...........))))))).....(((((((..(.......((..((((((((..(((((.(((..(......((((((((((((((((((((((..((((((((.(((((((....))))))).))))))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))..)))))))...)..)).)))))).....).)))))))..)).)..))..).))))...))))))).....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((((.(((((((...........((((..[[[[.....))))(((....)))(((((....)))))]]]].((((((((((((((((............(((((((((((((..(((((.(((((((((((((((((((....))))))))))))))))....((((((..(((.......(((....)))......))).))))))))).)))))...))))))..))))))).........))))))....)))))))))).)))))))....)))))))..))))))).....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((((.(((....(((..(((((.(((...((......))..))).)))))..)))....))).(((((((.((((((((((((((.((....((.....(((((((((((((..(((((((..((((((((((((((((....))))))))))))))))....(((((.....(((((..((((.....)).))...)))))))))).)).)))))...))))))..)))))))....))....)).))))..)))))))))).)))))))....)))))))..))))))).....
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MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((((((.......))))))....((((...........))))))))...(.(((((((.(...(((((((.((((((((.((.((((((((((.....((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))))))))).....((((((.(.(((((....(((....)))....))))))))))))))).))))).))))))))..))))))))..)))))))))).))....).))))))).))))))))).).))))))..))))))).....
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((((.(((.....((..(((((.(((...((......))..))).)))))..)).....))).(((((((.((((((((((((((.((....((.....(((((((((((((..(((((.((.((((((((((((((((....))))))))))))))))....((((((.....((((...(((....)))......)))))))))).)).)))))...))))))..)))))))....))....)).))))..)))))))))).)))))))....)))))))..))))))).....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((((.(((((((.(((((((((........((((.....((((((..[[[[[(((((....)))))..)))))).))))(((((((((..((((..............(((((((((((((..((((((((((((((((....))))))))))))))))......(((.....))))))))(((....))).........]]]]]..)))))))))))).......))))))))).......)))))))))..((((...)))))))))))....)))))))..))))))).....
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((..............................(((.............))).........................................................((((((..(((((.(((........(((.....((((.((....)).)))).....))).....((((((....(((.....(((....))).....)))..)))))).......)).).)))))....))))))...................................................)))).......
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PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((..((((((((((.......))))))....((((....(.....))))))))).....(((((((..((...((...(((((((((((((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((..(((((((((....)))))))))..)))))....((((((....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))..)))))))...)))))))))))))....))))))))))...))))..)))))))....))))).......
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((((.(((...((((..((((..(((...((......))..)))..))))..)).))..))).(((((((.((((((((((((((((....((......(((((((((((((..(((((((..((((((((((((((((....))))))))))))))))....((((((..(((.((....(((....))).))...))).)))))).))).))))...))))))..)))))))...))....))))))....)))))))))).)))))))....)))))))..))))))).....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((((.(((....(((..(((((.(((...............))).)))))..)))....))).(((((((.((((((((((((((.......((.(...(((((((((((((.((((((.(((((((((((((((((((....))))))))))))))))....((((((............(((....)))..........))))))))).)))))..)))))))..)))))))...))).......))))..)))))))))).)))))))....)))))))..))))))).....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((((.(((((((.(((((((((.((((..((((......(((((.(((((..(((((....))))).....((((((((...))))))))............))))))))))...((((((..((((((((((((((((....))))))))))))))))....(((((.....(((((...................))))))))))..........)))))))))).))))..........)))))))))..((((...)))))))))))....)))))))..))))))).....
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RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((((.(((...((((..((((..(((...((......))..)))..))))..)).))..))).(((((((.((((((((((((((((....((......(((((((((((((..(((((((..((((((((((((((((....))))))))))))))))....((((((..(((.((....(((....))).))...))).)))))).)).)))))...))))))..)))))))...))....))))))....)))))))))).)))))))....)))))))..))))))).....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((......(((((((.(((.(((.....)))))).))))..)))........)).(((((((((((....((...(((((((.((((((((((((((((....((......(((((((((((((..(((((((..((((((((((((((((....))))))))))))))))....((((((..(((.((....(((....))).))...))).)))))).)).)))))...))))))..)))))))...))....))))))....)))))))))).)))))))))....))))).))))..)).....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((((.(((...((((..((((..(((...((......))..)))..))))..))).)..))).(((((((.((((((((((((((((....((......(((((((((((((..(((((.(((((((((((((((((((....))))))))))))))))....((((((..(((.((....(((....))).))...))).))))))))).)))))...))))))..)))))))...))....))))))....)))))))))).)))))))....)))))))..))))))).....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((.(((((((....((((...(((((((((..........((((..)))))))))))))....))))...(((((((((((((((.(((((..(....((((((((((((.((((((....(((((((.((((((((..)..))))))).))))))).(.((((((..((.(((.((((((((..)))))))).))).)))))))).).))))..))))))))..))))))...)))))).)))))..)..)))))))))..)))))))....)))))))))))))))).....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((.(....(.(....................))..(.(..(.........(.......(........(...((((((((.(...(.(((....(.((((((((((((((((....))))))))))))))))....((((((....(((.....(((....))).....)))..)))))).)....))...).)).)...))))))).).............).............)......)........)...)).....)....)
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((((.(((...((((..((((..(((...((......))..)))..))))..))).)..))).(((((((.((((((((((((((((............(((((((((((((..(((((.((.((((((((((((((((....))))))))))))))))....((((((............(((....)))..........)))))).)).)))))...))))))..))))))).........))))))....)))))))))).)))))))....)))))))..))))))).....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((((.(((...((((..((((..(((...((......))..)))..))))..)).))..))).(((((((..(((((((((((((((....((......(((((((((((((..(((((.(((((((((((((((((((....))))))))))))))))....(((((.....(((((...(((....)))......))))))))))))).)))))...))))))..)))))))...))....))))))....)))))))))..)))))))....)))))))..))))))).....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((.(((....((((.....))))...)))...((((........))))....))).((((..(((......))).((((((.....))))))...))))........((((((((((((...(((((.(((((((((((((......))))))))))))))))))....((((....)))).((((((...........))..))))...)))))))..(((.....)))...)))))...(((((...((((....)))).(((((.....))))).)))))....))))))).....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((..aaaa)))).(((AAAA...)))..(((..((((...........))))..((((.....))))..(((.cccc.))).((((((..[[[)))))).........((((..(((((...)))).(((((((.((((((((((((((....))))))))))))))......{{{((((....)))).)))))))...}}}.......bbbb.)]]....]CCCCBBBB...))))....(((((..........((((....)))).(((((<<<..))))).....>>>.))))).)))....