|
|
|
AUCCGGCUGUAUGCUCCUCGGGGUAUGCAGCUGUAACCGUAAGGGGAAAGCAAAGUAAUUUGCGCAGCCUUUAAGGGAUGUUACUCAUGCCACGAGAAAUUCAAUAUAUAAGAGCUCUCGUCUAUUGCAAGAUAUAAGUUACUGAGCAUGUUAUGUUGGAAAGAUAACAUGCUGUAGUAAUAAUGAAUUGCGGAACGCCUUAGGCUGGAAACAGAGCAGGGUUAGCAAUCGCUUGUAUACGGUGCAAAGUUUGCGAUGAGCGAUUAGUAUAUCUCGAAUCUCGUCAAGCAUGGUAAGCACACCAAUUGGUUGUUUUUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((..))))))))))))).....(.((((((....(((((....)))))....)))))).)))))(((((.(((((.((((((..(((.((((((.((.((((((((((.(((((..((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..))))(...)..(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))))....)))))))...)))).))))..)).))))))...)))))))))...)))))))).))......................
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..(((((((((((((....)))))))))))))(((((.((((((....(((((....)))))....)))))).((..((((((.(((((.((((((..(((.((((((((..((((((((((.(((((..(((((((((((((((((((((((.((....)))))))))))).))))).......(((((..(((.(((....(((....)))...)))))).))))).))))))))....)))))))...)))).))))..)).))))))...)))))))))...))))))).))))..))....))))).......) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((....)))))))))))))((((((((((((....(((((....)))))....)))))).((..((((..((((((.((((((......((((((((..((((((((...(((((..(((((((((((((((((((((((.........)))))))))).))))).......(((((.....(((((..(((........))))))))..))))).))))))))....))))).....)))).))))..))).)))))......))))))...))))))..))))..))...))))))........ |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((..............)))))......((....))...((.......(((((..(....(((((((((((((.(((((..(........................(((((((((.(((((.(.((((((((((((((((((((((((.....)))))))))))).))))).......(((((......(((....(((....)))....)))...))))).)))))))..)..)))))))...)))).))).).))))).......)))))))))))))).............)))))......))..... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((....)))))))))))))...((.((((((....(((((....)))))....)))))).))..(((((.((((((.((((((..(((.((((((((..((((((((...(((((..(((((((((((((((((((((((.........)))))))))).))))))).....(((((..(((.(((....(((....)))...)))))).)))))...))))))....))))).....)))).))))..)).))))))...)))))))))...)))))))).))).(((....))).......... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((....)))))))))))))................(((((....))))).(((((..........(.....(((((.(((((....((.(((((.....((((((((...(((((..(((((((.(((((((((((((((.........)))))))))).))))).......(((((......((((...(((....)))...))))...)))))..)))))))....))))).....)))).))))......)))))...))..)))))...))))).....).........)))))........ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((....)))))))))))).....(.((((((....(((((....)))))....)))))).))))).((((.(((((.(((((.......((((((.((.((((.(((((.(((((..((((((((((((.((((((((((.........))))))))))..)))).......(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))))....)))))))...)))..))))..)).)))))).......)))))...)))))))))(((.(((....))))))....... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((..))))))))))))))...((.((((((....(((((....)))))....)))))).))..(((((.((((((.((((((..(((.((((((((..((((((((((.(((((.((((((((((((((((((((((((.........)))))))))).)))))))...(.(((((..(((.(((....(((....)))...)))))).))))))..)))))).)..)))))))...)))).))))..)).))))))...)))))))))...)))))))).))).((((())))).......... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((..................))))..............((.(...............(((.(..(..(((.(((.((.((((..(((((...(..((((((......(.((((((((.((((.(.(((((((((((((((.((((((.........)))))).))).))))).......(((((......(((....(((....)))....)))...))))).)))))))..)..)))))))...)))))..).......)))))...)..))))))....))))))..)))).)))...).)))).)).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((....)))))))))))).......[[[[[)))..(((((....))))).....]]]]].......((((.(((((.((((((......((((((....((((((((...(((((..(((((((((((((((((((((((.........)))))))))).))))).......(((((..(((.(((....(((....)))...)))))).))))).))))))))....))))).....)))).)))).....))))))......))))))...)))))))))....(((....))).......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((....)))))))))))))(((((.((((((....(((((....)))))....)))))).((..((((((.(((((.((((((..(((.((((((((..((((((((((.(((((..(((((((((((((((((((((((.((...)).)))))))))).))))).......(((((..(((.(((....(((....)))...)))))).))))).))))))))....)))))))...)))).))))..)).))))))...)))))))))...))))))).))))..))....)))))........ |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((....)))))))))))))...((....)).....(((((....)))))((((((.....((..((((((.(((((.((((((..(((.((((((((..((((((((...(((((..(((((((((((((((((((((((.........)))))))))).))))))......(((((.....(((((...(((....)))...)))))..)))))..)))))))....))))).....)))).))))..)).))))))...)))))))))...)))))))).)))..))....))))))....... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((......)..........)))))(......)..)))..(((.............((.........(((((((....(.(((.(((((...((((((.((.....((((((((((.(((((.(((((((...(((.((((((((((.((....))))))))))))..))).....((((...(.....((((....(((....)))....))))..))..))).)))))).)..))))))))...))).)))......))).))))..))))).)))...))).....)))))))........))))).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((....))))))))))))).((((.((((((....(((((....)))))....)))))).((..((((((.(((((.((((((..(((.((((((((..((((((((...(((((..(((((((((((((((((((((((.((...)).)))))))))).))))).......(((((..(((.(((....(((....)))...)))))).))))).))))))))....))))).....)))).))))..)).))))))...)))))))))...)))))))).)))..))....))))......... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((..))))))))))))))..((((((........(((((....)))))[[[[[[...............[[[[[[.[[[[[[................(((((......((((((.......(((((((((((((((((.........)))))))))).)))))))......))))))...(((...))).......))))).........[[[[[[[[[[.))))))((((...)))).]]]]]]]]]].............]]]]]]...]]]]]]..............]]]]]]....... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((..............)))))))....((....)))))(((((....(((((..(....(((((((((((((.(((((...........................(((((((((.(((((.(((((((((((((.((((((((((((.....))))))))))))..)))).....(.(((((......(((...((((....)))..).)))...))))))))))))).))..))))))))...))).)))...))))).......)))))))))))))).............)))))...)))))..... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((..............)))))))....((....)))))(((((....(((((..(....(((((((((((((.(((((...........................(((((((((.(((((.(((((((((((((.((((((((((((.....))))))))))))..)))).....(.((((((...).(((...((((....)))..).)))...))))))))))))).))..))))))))...))).)))...))))).......)))))))))))))).............)))))...)))))..... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.((((.(..............).)))).....((....)))))((.((....(((((..(....(((.((((((((...((((...........................(((((((((.(((((.(.((((((.((((.(((.((((((((.....)))))))).)))..)))).....(.(((((......(((...((((....)))..).)))...)))))).))))))..)..))))))))...))).)))...)))).........)))))))).)))).............)))))...)).))..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((....)))))))))))))(((((.((((((....(((((....)))))....)))))).((..((((((.(((((.((((((..(((.((((((((..((((((((((.(((((..(((((((((((((((((((((((.((....)))))))))))).))))).......(((((..(((.(((....(((....)))...)))))).))))).))))))))....)))))))...)))).))))..))).)))))...)))))))))...))))))))).))..))....)))))........ |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((....)))))))))))))((((((((((((....(((((....)))))....)))))).....((((((.(((((.((((((..(((.((((((((..((((((((((.(((((..(((((((((((((((((((((((.........)))))))))).))))).....(.(((((..(((.(((....(((....)))...)))))).))))))))))))))....)))))))...)))).))))..)).))))))...)))))))))...)))))))).))).......))))))........ |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((....)))))))))))))......((((((....(((((....)))))....)))))).....((((..((((((.((((((......((((((....(((((..((((((((((.......(((((((((((((((((.........)))))))))).)))))))......))))))............))))...))))).........((((((((((......(((((...))))))))))))))).))))))......))))))...))))))..))))..................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................((....))...((.......(((((..(...(....)..........................................((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..(((((.....)))))..)))))..)))).....(.(((((......(((....(((....)))....)))...))))))))))))).....)))))))...)))).)).............................).............)))))......))..... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((....)))))))))))))(((((.((((((....(((((....)))))....)))))).((..((((((.(((((.((((((..(((.((((((((..((((((((((.(((((..(((((((((((((((((((((((.((....)))))))))))).))))).......(((((..(((.(((....(((....)))...)))))).))))).))))))))....)))))))...)))).))))..)).))))))...)))))))))...))))))).))))..))....)))))........ |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.(((((((((((....))))))))))).((..((....)).....(((((....)))))...)).......))).(((((.(((((.((((((..(((.((((((((..((((((((((.(((((..(((((((((((((((((((((((.((....)))))))))))).))))).......(((((..(((.(((....(((....)))...)))))).))))).))))))))....)))))))...)))).))))..)).))))))...)))))))))...))))))).)))..(((....))).......... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((....))))))))))))....((....)))))..(((((....)))))((((((.....((..((((((.(((((.((((((..(((.((((((((..((((((((((.(((((..(((((((((((((((((((((((.((....)))))))))))).))))).....(.(((((..(((.(((....(((....)))...)))))).))))))))))))))....)))))))...)))).))))..))).)))))...)))))))))...))))))))).))..))....))))))....... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((((((..)))))))))))))).).((........)).(((((....)))))((((((.(((.((..((((((.((((((((((((((...(((((((((((((((((((((.(((((((.(((((.(((((((((((((((((((...)))))))))))))).)))))......((((((.(((.(((.(((((((..))))))))))))))))))).....))))).)))))))))...)))).))))))))).))))))...)))))))).).))))))))).))..)).)))))))))....... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................(............)....((..........))....(.((...(.(.....((((.(....(..(....(.(........(..........(....((.(((................)))...))........(...(((..........(((....)))......)))..).).............)...).).......)..).).).)))......).)....)).)........ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((....)))))))))))))(((((..(((((....(((((....)))))....)))))..((..((((((.(((((.((((((..(((.((((((((..((((((((...(((((..(((((((((((((((((((((((.(.....).)))))))))).))))).......(((((..(((.(((....(((....)))...)))))).))))).))))))))....))))).....)))).))))..)).))))))...)))))))))...)))))))).)))..))....)))))........ |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((....)))))))))))))....(......)..................((((((.....((..(((.((.(((((.((((((.......(((((((..((((((((...(((((..(((((((((((((((((((((((.........)))))))))).))))).......(((((.....(((((...(((....)))...)))))..))))).))))))))....))))).....)))).))))..))).)))).......))))))...)))))))..)))..))....))))))....... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((....)))))))))))))(((((.((((((....(((((....)))))....)))))).((..((((((.(((((.((((((..(((.((((((((..((((((((((.(((((..(((((((((((((((((((((((.((....)))))))))))).))))).......(((((..(((.(((....(((....)))...)))))).))))).))))))))....)))))))...)))).))))..)).))))))...)))))))))...))))))).))))..))....)))))........ |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.....(((((....((((..........)))).)))))..(((((....))))).)))))................(((((((.((((..................)))).(((......)))..........)).)))))...(((((......))))).(((...(((((.....))))).....((((..................))))..((((....))))..((((.(((.....)))..((((............))))....))))..))).((((......))))................ |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((....)))))))))))).................(((((....))))).aaaaaa.....((((............[[[[[[.)))).............]]]]]].((((....))))..........((((((((((.((....))))))))))))...(((((.....)))))))).......AAAAAA........(((((......{{{{{)))))..((((.(((.....)))..((((}}}}}.......))))....))))......((((.<<<<<))))....>>.>>>...... |