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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00257



RNA: SRP_00257
Rfam family: Metazoa_SRP

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((....)))))))))))))((((((((((((....(((((....)))))....)))))).((..((((..((((((.((((((......((((((((..((((((((...(((((..(((((((((((((((((((((((.........)))))))))).))))).......(((((.....(((((..(((........))))))))..))))).))))))))....))))).....)))).))))..))).)))))......))))))...))))))..))))..))...))))))........
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((..............)))))......((....))...((.......(((((..(....(((((((((((((.(((((..(........................(((((((((.(((((.(.((((((((((((((((((((((((.....)))))))))))).))))).......(((((......(((....(((....)))....)))...))))).)))))))..)..)))))))...)))).))).).))))).......)))))))))))))).............)))))......)).....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((....)))))))))))))...((.((((((....(((((....)))))....)))))).))..(((((.((((((.((((((..(((.((((((((..((((((((...(((((..(((((((((((((((((((((((.........)))))))))).))))))).....(((((..(((.(((....(((....)))...)))))).)))))...))))))....))))).....)))).))))..)).))))))...)))))))))...)))))))).))).(((....)))..........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((....)))))))))))))................(((((....))))).(((((..........(.....(((((.(((((....((.(((((.....((((((((...(((((..(((((((.(((((((((((((((.........)))))))))).))))).......(((((......((((...(((....)))...))))...)))))..)))))))....))))).....)))).))))......)))))...))..)))))...))))).....).........)))))........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((....)))))))))))).....(.((((((....(((((....)))))....)))))).))))).((((.(((((.(((((.......((((((.((.((((.(((((.(((((..((((((((((((.((((((((((.........))))))))))..)))).......(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))))....)))))))...)))..))))..)).)))))).......)))))...)))))))))(((.(((....)))))).......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((((((..))))))))))))))...((.((((((....(((((....)))))....)))))).))..(((((.((((((.((((((..(((.((((((((..((((((((((.(((((.((((((((((((((((((((((((.........)))))))))).)))))))...(.(((((..(((.(((....(((....)))...)))))).))))))..)))))).)..)))))))...)))).))))..)).))))))...)))))))))...)))))))).))).((((()))))..........
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((..................))))..............((.(...............(((.(..(..(((.(((.((.((((..(((((...(..((((((......(.((((((((.((((.(.(((((((((((((((.((((((.........)))))).))).))))).......(((((......(((....(((....)))....)))...))))).)))))))..)..)))))))...)))))..).......)))))...)..))))))....))))))..)))).)))...).)))).))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((((....)))))))))))).......[[[[[)))..(((((....))))).....]]]]].......((((.(((((.((((((......((((((....((((((((...(((((..(((((((((((((((((((((((.........)))))))))).))))).......(((((..(((.(((....(((....)))...)))))).))))).))))))))....))))).....)))).)))).....))))))......))))))...)))))))))....(((....)))..........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((....)))))))))))))(((((.((((((....(((((....)))))....)))))).((..((((((.(((((.((((((..(((.((((((((..((((((((((.(((((..(((((((((((((((((((((((.((...)).)))))))))).))))).......(((((..(((.(((....(((....)))...)))))).))))).))))))))....)))))))...)))).))))..)).))))))...)))))))))...))))))).))))..))....)))))........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((....)))))))))))))...((....)).....(((((....)))))((((((.....((..((((((.(((((.((((((..(((.((((((((..((((((((...(((((..(((((((((((((((((((((((.........)))))))))).))))))......(((((.....(((((...(((....)))...)))))..)))))..)))))))....))))).....)))).))))..)).))))))...)))))))))...)))))))).)))..))....)))))).......
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Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((....))))))))))))).((((.((((((....(((((....)))))....)))))).((..((((((.(((((.((((((..(((.((((((((..((((((((...(((((..(((((((((((((((((((((((.((...)).)))))))))).))))).......(((((..(((.(((....(((....)))...)))))).))))).))))))))....))))).....)))).))))..)).))))))...)))))))))...)))))))).)))..))....)))).........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((((((..))))))))))))))..((((((........(((((....)))))[[[[[[...............[[[[[[.[[[[[[................(((((......((((((.......(((((((((((((((((.........)))))))))).)))))))......))))))...(((...))).......))))).........[[[[[[[[[[.))))))((((...)))).]]]]]]]]]].............]]]]]]...]]]]]]..............]]]]]].......
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PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.((((.(..............).)))).....((....)))))((.((....(((((..(....(((.((((((((...((((...........................(((((((((.(((((.(.((((((.((((.(((.((((((((.....)))))))).)))..)))).....(.(((((......(((...((((....)))..).)))...)))))).))))))..)..))))))))...))).)))...)))).........)))))))).)))).............)))))...)).)).....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((....)))))))))))))(((((.((((((....(((((....)))))....)))))).((..((((((.(((((.((((((..(((.((((((((..((((((((((.(((((..(((((((((((((((((((((((.((....)))))))))))).))))).......(((((..(((.(((....(((....)))...)))))).))))).))))))))....)))))))...)))).))))..))).)))))...)))))))))...))))))))).))..))....)))))........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((....)))))))))))))((((((((((((....(((((....)))))....)))))).....((((((.(((((.((((((..(((.((((((((..((((((((((.(((((..(((((((((((((((((((((((.........)))))))))).))))).....(.(((((..(((.(((....(((....)))...)))))).))))))))))))))....)))))))...)))).))))..)).))))))...)))))))))...)))))))).))).......))))))........
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((....)))))))))))))......((((((....(((((....)))))....)))))).....((((..((((((.((((((......((((((....(((((..((((((((((.......(((((((((((((((((.........)))))))))).)))))))......))))))............))))...))))).........((((((((((......(((((...))))))))))))))).))))))......))))))...))))))..)))).....................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................((....))...((.......(((((..(...(....)..........................................((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..(((((.....)))))..)))))..)))).....(.(((((......(((....(((....)))....)))...))))))))))))).....)))))))...)))).)).............................).............)))))......)).....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((....)))))))))))))(((((.((((((....(((((....)))))....)))))).((..((((((.(((((.((((((..(((.((((((((..((((((((((.(((((..(((((((((((((((((((((((.((....)))))))))))).))))).......(((((..(((.(((....(((....)))...)))))).))))).))))))))....)))))))...)))).))))..)).))))))...)))))))))...))))))).))))..))....)))))........
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.(((((((((((....))))))))))).((..((....)).....(((((....)))))...)).......))).(((((.(((((.((((((..(((.((((((((..((((((((((.(((((..(((((((((((((((((((((((.((....)))))))))))).))))).......(((((..(((.(((....(((....)))...)))))).))))).))))))))....)))))))...)))).))))..)).))))))...)))))))))...))))))).)))..(((....)))..........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((((....))))))))))))....((....)))))..(((((....)))))((((((.....((..((((((.(((((.((((((..(((.((((((((..((((((((((.(((((..(((((((((((((((((((((((.((....)))))))))))).))))).....(.(((((..(((.(((....(((....)))...)))))).))))))))))))))....)))))))...)))).))))..))).)))))...)))))))))...))))))))).))..))....)))))).......
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((((((((..)))))))))))))).).((........)).(((((....)))))((((((.(((.((..((((((.((((((((((((((...(((((((((((((((((((((.(((((((.(((((.(((((((((((((((((((...)))))))))))))).)))))......((((((.(((.(((.(((((((..))))))))))))))))))).....))))).)))))))))...)))).))))))))).))))))...)))))))).).))))))))).))..)).))))))))).......
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................(............)....((..........))....(.((...(.(.....((((.(....(..(....(.(........(..........(....((.(((................)))...))........(...(((..........(((....)))......)))..).).............)...).).......)..).).).)))......).)....)).)........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((....)))))))))))))(((((..(((((....(((((....)))))....)))))..((..((((((.(((((.((((((..(((.((((((((..((((((((...(((((..(((((((((((((((((((((((.(.....).)))))))))).))))).......(((((..(((.(((....(((....)))...)))))).))))).))))))))....))))).....)))).))))..)).))))))...)))))))))...)))))))).)))..))....)))))........
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((....)))))))))))))....(......)..................((((((.....((..(((.((.(((((.((((((.......(((((((..((((((((...(((((..(((((((((((((((((((((((.........)))))))))).))))).......(((((.....(((((...(((....)))...)))))..))))).))))))))....))))).....)))).))))..))).)))).......))))))...)))))))..)))..))....)))))).......
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((....)))))))))))))(((((.((((((....(((((....)))))....)))))).((..((((((.(((((.((((((..(((.((((((((..((((((((((.(((((..(((((((((((((((((((((((.((....)))))))))))).))))).......(((((..(((.(((....(((....)))...)))))).))))).))))))))....)))))))...)))).))))..)).))))))...)))))))))...))))))).))))..))....)))))........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((.....(((((....((((..........)))).)))))..(((((....))))).)))))................(((((((.((((..................)))).(((......)))..........)).)))))...(((((......))))).(((...(((((.....))))).....((((..................))))..((((....))))..((((.(((.....)))..((((............))))....))))..))).((((......))))................
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((((....)))))))))))).................(((((....))))).aaaaaa.....((((............[[[[[[.)))).............]]]]]].((((....))))..........((((((((((.((....))))))))))))...(((((.....)))))))).......AAAAAA........(((((......{{{{{)))))..((((.(((.....)))..((((}}}}}.......))))....))))......((((.<<<<<))))....>>.>>>......