CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00260



RNA: SRP_00260
Rfam family: Metazoa_SRP

GUCCGGCUAUGUCCGUGCAAGUGCGGAUUUAGCUGUAACUUUCGAGGGGCAGCACUCUUGUGCAGAUAAAUGGGAUACUAUUAAGUUUAUGAGAAUUUCAAUAUUAUAUAUGUUCCCGUCUAUCACAAGACAUCAGUUACUGAGCAUAUUUUGCUGGAAAGGGAAUAUGCUGAAGUAAUGAUGAAUCAUGAACCGCCUCAGGCUGGAAACAGAGCAGGGUAAGUGGUCGCUGAUGUACGGUGUGAAGAUUACGGUUGAACAUUAAGAUAUUUCAGAAUUCUCGUAAACGUAAUAUGUACACCAUUUCUCC
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((.(((((((....))))))).)))))....(.((.(.....(.((((....)))).).).)).)))))(((((((.(((..((((((.(((.(.((..(...((.((((((((.(((((..((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..))))(...)..(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))))....)))))))...))))..))....)).)..)).)..))))))))).)).).))))).)).............
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.(((((((....))))))).))))))..........((((..((((....))))....((((((..(((((((..((((((((((((((..(((((....((((((((((...(((((..((((((((((((..(((((((((.........)))))))))...)))).......(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))))....))))).....))))..))))))...)))))....))))))))))))))..)))).)))..))))))))))
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((................))))).................................((((.......(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((.((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((.(((....))))))))))))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))...))))).)))))))..)..)))))))...))))...))))))))))))))))))......))))))).....)))))......))))..
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.(((((((....))))))).))))))................((((....)))).((.((((((..((((((((.((((((((((((((.((((((.((.((((((((((((.(((((.(((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..))))).......((((...((..((....(((....)))))..))....))))...))))))).)..)))))))...))))..)))))))).))))))...)))))))))))))).))))).)))..)))))).)).
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((.((((((......)))))).))))).................((((....))))....((((((...(((((((.((((((((((((((.((((((....(((((((((.((.(((((..(((((((((.(..((((((((((.((....))))))))))))...).).......(((((......(((....(((....)))....)))...))))).))))))))....)))))))....)))..))))))...))))))...)))))))))))))).))))).))...))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(((((((....))))))).)))))....((....)))))).((((....)))).((.((((((..((((((((.((((((((((((((....(((....(((((((((....(((((..((((((((((((.(((((((((...........)))))))))..))))((((....))))....(((((....(((....)))....))))..).....))))))))....)))))......)))..))))))...)))......)))))))))))))).))))).)))..)))))).)).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.(((((((....))))))).))))))..........(.....((((....)))).((.((((((..((((((((.((((((((((((((.((((((.((.((((((((((((.(((((.(((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..)))))......(((((..(((..((....(((....)))))..)).)..)))))..))))))).)..)))))))...))))..)))))))).))))))...)))))))))))))).))))).)))..)))))).)))
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.....))).........(((...........)))..((.((..(....(((((((.((..........................((.(((((...((((((...(((.((((((.(((((.(.((((((((((((((((.(((((.((....))))))).))))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))...))))).)))))))..)..)))))))...))))...)))..))...)))).))).)).))))..))...)).))).....)..))))..
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((.(((((((....))))))).))))).........(((.....[[[)))...]]]....((((((...........((((((((((((((.((((((....((((((((((...(((((..((((((((((((.((((((((((.........))))))))))..))))((((....))))..((((((((...(((....)))....)))...))))).))))))))....))))).....))))..))))))...))))))...))))))))))))))............))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((((......)))))).)))))............)))).((((....)))).((.((((((..((((((((.((((((((((((((.((((((.((.((((((((((((.(((((..((((((((.(((.((((((((.(.((....)).)))))))))..))).((((....))))..((((((((..(((........))).)))...))))).))))))))....))))))))...)))..)))))))).))))))...)))))))))))))).))))).)))..)))))).)).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.(((((((....))))))).))))))................((((....))))....((((((..((((((((.((((((((((((((.((((((....((((((((((((.(((((..((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..)))).................((((....(((....)))....))))........))))))))....)))))))...))))..))))))...))))))...)))))))))))))).))))).)))..))))))....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.........)))))...........((.........)).))).................((((((..(((.(((....(((....((((((((((((((((.((.((((((((.(((((.((((((.((.(((.(((((((((.(((....))))))))))))..))).....((((...(.....((((....(((....)))....))))..))))).)).)))).))..))))))))...)))..)).)))))))))))))..)))))....)))....)))..)).).))))))....
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.((((((......)))))).))))))................((((....)))).((.((((((..((((((((.((((((((((((((.((((((.(..((((((((((((.(((((..((((((((.(((.(((((((((..((....)).)))))))))..))).((((....))))..((((((((..(((........))).)))...))))).))))))))....))))))))...)))..)))))).).))))))...)))))))))))))).))))).)))..)))))).)).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.((((((((..)))))))).))))))..........((((..((((....))))....((((((...........((((((((((((((...........((((((((((...(((((..((((((((.....((((((((((.........))))))))))......(((((..)))))..((((((((............)))........))))).))))))))....))))).....))))..))))))............))))))))))))))............))))))))))
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................((((((.....................((.....))((((...(((........(((.((((.....(((((..(.((((....)))))..))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..)))........))).)))).............................).))))).........................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..(((((((................)))))))....(....................).)).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((.((((((.(((((.(((((((((((((((((((((((.(((....))))))))))))).)))).....(.(((((......(((...((((....)))..).)))...))))))))))))).))..))))))))...)))...))))))))))))))))))......))))))).....)))))...)))))))).
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..(((((((................)))))))....(....................).)).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((.((((((.(((((.(((((((((((((((((((((((.(((....))))))))))))).)))).....(.((((((...).(((...((((....)))..).)))...))))))))))))).))..))))))))...)))...))))))))))))))))))......))))))).....)))))...)))))))).
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((...((((.(................).)))).....(....................).)).(((((.((....(((((...(((((((....(((.((((((((...((((.((((((.(((((.(.((((((.((((((((((((((.(((....))))))))))))).)))).....(.(((((......(((...((((....)))..).)))...)))))).))))))..)..))))))))...)))...))))..)))))))).)))......))))))).....)))))...)).))))).
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.(((((((....))))))).))))))..........((((..((((....))))....((((((..((((((((.((((((((((((((.((((((.((.((((((((((((.(((((..((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..)))).......(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))))....))))))))...)))..)))))))).))))))...)))))))))))))).))))).)))..))))))))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(((((((....))))))).))))))........[[[.))).((((.]]]))))....((((((..((((((((.((((((((((((((.((((((.((.((((((((((((.(((((..((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..))))((((....))))(.((((((((..(((........))).)))...))))))))))))))....))))))))...)))..)))))))).))))))...)))))))))))))).))))).)))..))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.(((((((....))))))).))))))..........((((..((((....))))....((((((.....(((((.((((((((((((((.((((((....((((((((((...(((((..((((((((.....((((((((((.........)))))))))).............(((((.....((((..................))))..))))).))))))))....))))).....))))..))))))...))))))...)))))))))))))).)))))......))))))))))
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................(....................).....((((.......(((((....((((((....(((((.....((...((((.((((((.(((((...((((((((((.(((((..(((.(((....))))))..)))))..))).....(.(((((......(((....(((....)))....)))...))))))))))))).....)))))))...))))...))))..)).....)))))......))))))......)))))......))))..
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.(((((((....))))))).))))))..........((((..((((....))))....((((((..((((((((.((((((((((((((.((((((.((.((((((((((((.(((((..((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..)))).......(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))))....))))))))...)))..)))))))).))))))...)))))))))))))).))))).)))..))))))))))
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.(((((.(((((((....))))))).)))))((..((....))..))..(((....)))..)).((((((..((((((((.((((((((((((((.((((((....((((((((((((.(((((..((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..)))).......(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))))....))))))))...)))..))))))...))))))...)))))))))))))).))))).)))..))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(((((((....))))))).)))))....((....)))))).((((....)))).((.((((((..((((((((.((((((((((((((.((((((.((.((((((((((((.(((((..((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..))))((((....))))(.((((((((...(((....)))....)))...))))))))))))))....))))))))...)))..)))))))).))))))...)))))))))))))).))))).)))..)))))).)).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((((((((..))))))))))))(((((.((....)).)))))(((....)))...(.((((((..(((((((((((((((((((((((((((((..((.((((((((((((.(((((((.(((((((((.(..(((((((.............)))))))..)....(((((..)))))..(((((((((((((((..)))))))))))).)..)))))))))))...))))))))))...)))..))))))))..)))))..))))))))))))))))))))).)))..))))))).))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................(.......).................................(.(..(..(.(...((.((........(....(.....(.(.(......(.......)......).).)..........((............)).)....)..............))....))..)..).)).....)...........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.(((((((....))))))).))))))................((((....))))....((((((..((((((((.((((((((((((((.((((((.((.((((((((((((.(((((..((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..))))...............((........(((....)))............))..))))))))....)))))))...))))..)))))))).))))))...)))))))))))))).))))).)))..))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((..(((((......)))))..))))))..........((((..((((....))))....((((((..((((((((.((((((((((((((.((((((....((((((((((((.(((((..((((((((((((.((((((((...((....))..))))))))..)))).......(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))))....))))))))...)))..))))))...))))))...)))))))))))))).))))).)))..))))))))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((..(((((((....)))))))..)))))..........(((...((((....)))).....(((((....))))).(((((....)))))...((((.....)))).))).(((......))).((((((.(((.((((((((((.((....))))))))))))..))).((((....))))..(((((..........................))))).))))))....(((((...........(((((...........)))))......((((.......)))).)))))........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((..(((((((....)))))))...(((((.......<<<<<))))).>>>>>.........(((((....))))).)))...(((.....))).(((.....))).((((((((.{{{{.)))).(((.....)))(((.....)))......))))....(((......((((....)))).....((((....aaaaa.........)))).)))....((((.[[[.))))]]]A...(((((.bbb.))).BBB.....))AAA.......(((..A}}}})))...............