|
|
|
GUCCGGCUAUGUCCGUGCAAGUGCGGAUUUAGCUGUAACUUUCGAGGGGCAGCACUCUUGUGCAGAUAAAUGGGAUACUAUUAAGUUUAUGAGAAUUUCAAUAUUAUAUAUGUUCCCGUCUAUCACAAGACAUCAGUUACUGAGCAUAUUUUGCUGGAAAGGGAAUAUGCUGAAGUAAUGAUGAAUCAUGAACCGCCUCAGGCUGGAAACAGAGCAGGGUAAGUGGUCGCUGAUGUACGGUGUGAAGAUUACGGUUGAACAUUAAGAUAUUUCAGAAUUCUCGUAAACGUAAUAUGUACACCAUUUCUCC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((.(((((((....))))))).)))))....(.((.(.....(.((((....)))).).).)).)))))(((((((.(((..((((((.(((.(.((..(...((.((((((((.(((((..((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..))))(...)..(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))))....)))))))...))))..))....)).)..)).)..))))))))).)).).))))).)).............
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.(((((((....))))))).))))))..........((((..((((....))))....((((((..(((((((..((((((((((((((..(((((....((((((((((...(((((..((((((((((((..(((((((((.........)))))))))...)))).......(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))))....))))).....))))..))))))...)))))....))))))))))))))..)))).)))..)))))))))) |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((................))))).................................((((.......(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((.((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((.(((....))))))))))))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))...))))).)))))))..)..)))))))...))))...))))))))))))))))))......))))))).....)))))......)))).. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.(((((((....))))))).))))))................((((....)))).((.((((((..((((((((.((((((((((((((.((((((.((.((((((((((((.(((((.(((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..))))).......((((...((..((....(((....)))))..))....))))...))))))).)..)))))))...))))..)))))))).))))))...)))))))))))))).))))).)))..)))))).)). |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.((((((......)))))).))))).................((((....))))....((((((...(((((((.((((((((((((((.((((((....(((((((((.((.(((((..(((((((((.(..((((((((((.((....))))))))))))...).).......(((((......(((....(((....)))....)))...))))).))))))))....)))))))....)))..))))))...))))))...)))))))))))))).))))).))...)))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.(((((((....))))))).)))))....((....)))))).((((....)))).((.((((((..((((((((.((((((((((((((....(((....(((((((((....(((((..((((((((((((.(((((((((...........)))))))))..))))((((....))))....(((((....(((....)))....))))..).....))))))))....)))))......)))..))))))...)))......)))))))))))))).))))).)))..)))))).)). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.(((((((....))))))).))))))..........(.....((((....)))).((.((((((..((((((((.((((((((((((((.((((((.((.((((((((((((.(((((.(((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..)))))......(((((..(((..((....(((....)))))..)).)..)))))..))))))).)..)))))))...))))..)))))))).))))))...)))))))))))))).))))).)))..)))))).))) |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.....))).........(((...........)))..((.((..(....(((((((.((..........................((.(((((...((((((...(((.((((((.(((((.(.((((((((((((((((.(((((.((....))))))).))))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))...))))).)))))))..)..)))))))...))))...)))..))...)))).))).)).))))..))...)).))).....)..)))).. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.(((((((....))))))).))))).........(((.....[[[)))...]]]....((((((...........((((((((((((((.((((((....((((((((((...(((((..((((((((((((.((((((((((.........))))))))))..))))((((....))))..((((((((...(((....)))....)))...))))).))))))))....))))).....))))..))))))...))))))...))))))))))))))............)))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.((((((......)))))).)))))............)))).((((....)))).((.((((((..((((((((.((((((((((((((.((((((.((.((((((((((((.(((((..((((((((.(((.((((((((.(.((....)).)))))))))..))).((((....))))..((((((((..(((........))).)))...))))).))))))))....))))))))...)))..)))))))).))))))...)))))))))))))).))))).)))..)))))).)). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.(((((((....))))))).))))))................((((....))))....((((((..((((((((.((((((((((((((.((((((....((((((((((((.(((((..((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..)))).................((((....(((....)))....))))........))))))))....)))))))...))))..))))))...))))))...)))))))))))))).))))).)))..)))))).... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.........)))))...........((.........)).))).................((((((..(((.(((....(((....((((((((((((((((.((.((((((((.(((((.((((((.((.(((.(((((((((.(((....))))))))))))..))).....((((...(.....((((....(((....)))....))))..))))).)).)))).))..))))))))...)))..)).)))))))))))))..)))))....)))....)))..)).).)))))).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.((((((......)))))).))))))................((((....)))).((.((((((..((((((((.((((((((((((((.((((((.(..((((((((((((.(((((..((((((((.(((.(((((((((..((....)).)))))))))..))).((((....))))..((((((((..(((........))).)))...))))).))))))))....))))))))...)))..)))))).).))))))...)))))))))))))).))))).)))..)))))).)). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.((((((((..)))))))).))))))..........((((..((((....))))....((((((...........((((((((((((((...........((((((((((...(((((..((((((((.....((((((((((.........))))))))))......(((((..)))))..((((((((............)))........))))).))))))))....))))).....))))..))))))............))))))))))))))............)))))))))) |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................................................................((((((.....................((.....))((((...(((........(((.((((.....(((((..(.((((....)))))..))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..)))........))).)))).............................).)))))......................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..(((((((................)))))))....(....................).)).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((.((((((.(((((.(((((((((((((((((((((((.(((....))))))))))))).)))).....(.(((((......(((...((((....)))..).)))...))))))))))))).))..))))))))...)))...))))))))))))))))))......))))))).....)))))...)))))))). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..(((((((................)))))))....(....................).)).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((.((((((.(((((.(((((((((((((((((((((((.(((....))))))))))))).)))).....(.((((((...).(((...((((....)))..).)))...))))))))))))).))..))))))))...)))...))))))))))))))))))......))))))).....)))))...)))))))). |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((...((((.(................).)))).....(....................).)).(((((.((....(((((...(((((((....(((.((((((((...((((.((((((.(((((.(.((((((.((((((((((((((.(((....))))))))))))).)))).....(.(((((......(((...((((....)))..).)))...)))))).))))))..)..))))))))...)))...))))..)))))))).)))......))))))).....)))))...)).))))). |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.(((((((....))))))).))))))..........((((..((((....))))....((((((..((((((((.((((((((((((((.((((((.((.((((((((((((.(((((..((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..)))).......(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))))....))))))))...)))..)))))))).))))))...)))))))))))))).))))).)))..)))))))))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.(((((((....))))))).))))))........[[[.))).((((.]]]))))....((((((..((((((((.((((((((((((((.((((((.((.((((((((((((.(((((..((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..))))((((....))))(.((((((((..(((........))).)))...))))))))))))))....))))))))...)))..)))))))).))))))...)))))))))))))).))))).)))..)))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.(((((((....))))))).))))))..........((((..((((....))))....((((((.....(((((.((((((((((((((.((((((....((((((((((...(((((..((((((((.....((((((((((.........)))))))))).............(((((.....((((..................))))..))))).))))))))....))))).....))))..))))))...))))))...)))))))))))))).)))))......)))))))))) |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................(....................).....((((.......(((((....((((((....(((((.....((...((((.((((((.(((((...((((((((((.(((((..(((.(((....))))))..)))))..))).....(.(((((......(((....(((....)))....)))...))))))))))))).....)))))))...))))...))))..)).....)))))......))))))......)))))......)))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.(((((((....))))))).))))))..........((((..((((....))))....((((((..((((((((.((((((((((((((.((((((.((.((((((((((((.(((((..((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..)))).......(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))))....))))))))...)))..)))))))).))))))...)))))))))))))).))))).)))..)))))))))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.(((((.(((((((....))))))).)))))((..((....))..))..(((....)))..)).((((((..((((((((.((((((((((((((.((((((....((((((((((((.(((((..((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..)))).......(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))))....))))))))...)))..))))))...))))))...)))))))))))))).))))).)))..)))))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.(((((((....))))))).)))))....((....)))))).((((....)))).((.((((((..((((((((.((((((((((((((.((((((.((.((((((((((((.(((((..((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..))))((((....))))(.((((((((...(((....)))....)))...))))))))))))))....))))))))...)))..)))))))).))))))...)))))))))))))).))))).)))..)))))).)). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((((..))))))))))))(((((.((....)).)))))(((....)))...(.((((((..(((((((((((((((((((((((((((((..((.((((((((((((.(((((((.(((((((((.(..(((((((.............)))))))..)....(((((..)))))..(((((((((((((((..)))))))))))).)..)))))))))))...))))))))))...)))..))))))))..)))))..))))))))))))))))))))).)))..))))))).)) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................(.......).................................(.(..(..(.(...((.((........(....(.....(.(.(......(.......)......).).)..........((............)).)....)..............))....))..)..).)).....)........... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.(((((((....))))))).))))))................((((....))))....((((((..((((((((.((((((((((((((.((((((.((.((((((((((((.(((((..((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..))))...............((........(((....)))............))..))))))))....)))))))...))))..)))))))).))))))...)))))))))))))).))))).)))..)))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((..(((((......)))))..))))))..........((((..((((....))))....((((((..((((((((.((((((((((((((.((((((....((((((((((((.(((((..((((((((((((.((((((((...((....))..))))))))..)))).......(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))))....))))))))...)))..))))))...))))))...)))))))))))))).))))).)))..)))))))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((..(((((((....)))))))..)))))..........(((...((((....)))).....(((((....))))).(((((....)))))...((((.....)))).))).(((......))).((((((.(((.((((((((((.((....))))))))))))..))).((((....))))..(((((..........................))))).))))))....(((((...........(((((...........)))))......((((.......)))).)))))........ |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((..(((((((....)))))))...(((((.......<<<<<))))).>>>>>.........(((((....))))).)))...(((.....))).(((.....))).((((((((.{{{{.)))).(((.....)))(((.....)))......))))....(((......((((....)))).....((((....aaaaa.........)))).)))....((((.[[[.))))]]]A...(((((.bbb.))).BBB.....))AAA.......(((..A}}}})))............... |