CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00262



RNA: SRP_00262
Rfam family: -

GUCCGGCUACUGUUCUUUUUAAGUUCAGUAGCUGUUACAUUCUUGGGACUGCAUUUCGAUGCGAAGGAAUGGGAUGCUAUAAUAUUUCUGAGAAUUUUCAAUAUCUAAAAAUUCCCGCCUAUCACAAGACGUCAGUUACUGAACAUAUUCUUCUGGAGAGAGAAUAUGUUGAAGUAAUGAUGAAUCAUGAACCGCCUCAGGCUGGAAACAGAGCAGGGUUAGUGAUCGCUGACGUAUGGUGUGAAGAUUACGGUUGAAUAAAAGGAUAUUUCAGAAUCUCAUAAGUAUAAUAUGUACACCAUUUUUUUUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((((..(((...)))..))))))))....(((((((.....((((((..)))))).)))))))))))(((((.(((((..(((((...(((.(.((.(.....((((((.((.((((((.((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..))))(...)..(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).)))))))).)..)))))))....)))..)....))...).)).)..)))))))).)).))).))).)).................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((((((.............))))))).....((....)))))).((((....)))).(((((((((..(((....((((((.(((((.(((..(((((((....(((((((...((((((..((((((((((((..((((((((((.......))))))))))...)))).......(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))))....)))...)))..)))..))))....)))))))...)))))))).)))))).....)))..))))))))).....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((..(((...)))..)))))))))................((((....))))((((((((((..((((((.((((((.(((((.(((..(((((((....(((((((....((((((.((((((((((((.(((((((((((.......)))))))))))..)))))......(((((.((((..(((....((....)))))...)))).)))))..))))))).)..)))))......)))..))))....)))))))..))).))))).)))))).))).)))..))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((..((.....))..)))))))).................(((......))).(((((((((...((....((((((.(((((......(((((((....(((((((....(((((..((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..)))).......(((((...(..(((....(((....)))...))))...))))).))))))))....)))))......)))..))))....)))))))......))))).)))))).....))...))))))))).....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..(((...)))..))))))))....(((((((.....(((((....))))).)))))))))))..........(((((((........((((((....(((((((.((..((((..((((((((((((.(((((((((((.......)))))))))))..)))).......(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))))....)))).))....)))..))))....)))))))))))))........((((.....))))...............
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((..(((...)))..)))))))))................((((....))))((((((((((..((((((.((((((.(((((.(((..(((((((....(((((((.(..((((((.((((((((((((.(((((((((((.......)))))))))))..)))))....(.(((((.(((((.(((....((....))))))..)))).)))))).))))))).)..))))).)....)))..))))....)))))))..))).))))).)))))).))).)))..))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..(((...)))..))))))))....[[[[[[[.)))).((((....))))..]]]]]]]..........((((((.(((((......(((((((....(((((((....(((((..((((((((((((.(((((((((((.......)))))))))))..)))).......(((((.((((........(((....))).....)))).))))).))))))))....)))))......)))..))))....)))))))......))))).))))))........................
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..(((...)))..))))))))............)))).((((....)))).(((((((((..((((((.((((((.(((((.(((..(((((((....(((((((....(((((..((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..)))).......(((((.((((........(((....))).....)))).))))).))))))))....)))))......)))..))))....)))))))..))).))))).)))))).))).)))..))))))))).....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..((.....))..))))))))............)))).((((....))))((((((((((...(((((.((((((.(((((.((...(((((((....(((((((....(((((..((((((((((((.(((((((((((.......)))))))))))..)))).......(((((.((((..((....(((....)))...)))))).))))).))))))))....)))))......)))..))))....)))))))....))))))).)))))).))).))...))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((..(((...)))..)))))))))............))..((((....)))).(((((((((..((((((.((((((.(((((.(((..(((((((....(((((((....(((((..((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..)))).......(((((..(((........(((....))).....)))..))))).))))))))....)))))......)))..))))....)))))))..))).))))).)))))).))).)))..))))))))).....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.............)))))))))............))).(((((..)))))((((((((((.............(((((((((((((.........)))))))(((....(((((..((((((((.....(((((((((((.......)))))))))))......(((((..))))).(((((((...)))..............)))).......))))))))....)))))......))).................))))))........(((((...))))).))))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..((.....))..))))))))............)))).((((....)))).(((((((((..((((((.((((((.(((((.(((..(((((((....(((((((.((.(((((..((((((((((((.(((((((((.(((....))))))))))))..)))).......(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))))....)))))))....)))..))))....)))))))..))).))))).)))))).))).)))..))))))))).....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..(((...)))..)))))))))............))).((((....))))((((((((((..((((((.((((((.(((((.(((..(((((((....(((((((.((.(((((..((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..)))).....(.(((((.((((........(((....))).....)))).))))))))))))))....)))))))....)))..))))....)))))))..))).))))).)))))).))).)))..))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((.............)))))))))...(((((((.....(((((....))))).)))))))..(((((.......((((((((((((((.(((((......((((.((((.........((((.((((((.(((((((((((.......)))))))))))..))))))))))................)))).))))..........((((((....))))))....))))))))))))....................))))))).......)))))........................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..((.....))..))))))))............)))).((((....)))).(((((((((..((((((.((((((.(((((.(((..(((((((....(((((((.((.(((((..((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..)))).......(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))))....)))))))....)))..))))....)))))))..))).))))).)))))).))).)))..))))))))).....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((..(((...)))..))))))))....(((((((.....(((((....))))).)))))))))).(((((.((((((.(((((.(((..(((((((....(((((((....(((((..((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..)))).......(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))))....)))))......)))..))))....)))))))..))).))))).)))))).))).)).................
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..((.....))..))))))))....((....)))))).((((....))))((((((((((..((((((.((((((.(((((.(((..(((((((....(((((((.((.(((((..((((((((((((.(((((((((.(((....))))))))))))..)))).....(.(((((.(((((((...)))((....))......)))).))))))))))))))....)))))))....)))..))))....)))))))..))).))))).)))))).))).)))..))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((..(((...)))..)))))))))..(((((((..))))))(((....)))..(((((((((..((.((......(((((((((..)))((((((((((((((((((.((.(((((.(.(((((.(((((((((((((((((((..))).))))))))))).)))))..(((.((((.(.....(((((((((((..)))))))))))..).)))))))))))).)...)))))))....)))..)))))))))))))))))))))...(((((....)).)))))))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..(((...)))..))))))))............)))).((((....))))((((((((((..((((((.((((((.(((((.((...(((((((....(((((((....(((((..((((((((((((.((((((((((.........))))))))))..)))).......(((((.((((........(((....))).....)))).))))).))))))))....)))))......)))..))))....)))))))...)).))))).)))))).))).)))..))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..(((...)))..))))))))............)))).((((....)))).((..(((((..((((((.((((((.(((((.(((..(((((((....(((((((.((.(((((..((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..)))).......(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))))....)))))))....)))..))))....)))))))..))).))))).)))))).))).)))..)))))..)).....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((.............)))))))))..........((((.(((((....)))))..(((.(((....)))....((((....)))).))).............))))............((((((((.(((.(((((((((((.......)))))))))))..))).((((....)))).((((((.((............))))..)))).......)))))))).(((.(((.....)))..(((((...........)))))....)))...((((.....))))...............
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((....{{{{{{{..))))))))).......}}}}}}}.(((((....))))).(((((((aaaaa......)))))))..(((((((...AAAAA.)))))))........(((...[[[(((.....))).((((((((((....)).)))))))).[[[[[[.((((....)))).((((((.((.<<<<<......))))..)))).))).((((...>>>.....))))......>>]]]........((((]]]]]]..)))).....((((.....))))...............