|
|
|
GUCUGGCUGUAUGCCCUCGGGUAUGCAGCUGUAACUUUUAGAGACACGCAAAUUCGUUUGCAAAGAUCAUGGGAUGCUACAAUGUGGAGAGGAUAUUCAACGCCUAAAGUUCGUUCCCGUCUAUCGCAAGACACCAGUUACUGAACAUGUCCUGUUGGAAAGAGAACAUGUUGAAGUAAUGAUGAACUGCAAACCGCCUCAGGCUGGAAACAGAGCAGGGUCAGUGGUCGCUGGUGUACGGUGCGAAGAUUACGGUUGAGCGGGCAAGGUGUCCGAAUCUCUCUGACAGGGUAUGUGCACCAUUGUUUUUGU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((((((((..)))))))))))).......(..((.....((((((..)))))).....))..)))))(((((..(((((((.(((..(((.((((((...((((((((((((((.(((((..((((((((((((.(((((((.((.((....)))).)))))))..))))(...)..(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))))....)))))))...))))..)))))))).))))))..))))))))))).))..))).))................
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(.(((((((((((....))))))))))).........(((((((.(((((....))))).......((((..((((((..(((((((((...((((.((((((...((((((((((((((.(((((..((((((((((((.(((((((.((.((....)))).)))))))..))))....(((.((((...((......))(((....))).))))..)))......))))))))....))))))))...)))..)))))))).))))))..)))))))))).)))..))).)))..))))))))))))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..(((((((((((....)))))))))))...))...((((((((.(((((....))))).......((((..((((((..(((((((((........((((((...((((((((((((...(((((..((((((((((((..((((((...............))))))...)))).......(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))))....))))).....))))..)))))))).))))))......)))))).)))..))).)))..)))))))))))). |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((....))))))))))))..................((......))((((((((.((((..((((((..((((((((((...(((.((((((...((((((((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((.((.........)).)))))))..))))..(((..((((....((..(((....((....)))))..))..)))).))))))))))).)..)))))))...))))..)))))))).))))))..)))))))))).)))..))).)))..)))).)))))))) |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((....))))))))))).............................((((((((.((((...(((((..(((((((((....(((.((((((...((((((((((((((.(((((..((((((((((((.(((((((.(...........).)))))))..)))).......(((((......(((....(((....)))....)))...))))).))))))))....)))))))...))))..)))))))).))))))..))).))))))).))..))).))...)))).)))))))) |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((....)))))))))))...........))))..(((((....)))))((((((.((((..((((((..((((((((((.......((((((...((((((((((((((.(((((..((((((((((((.(((((((.((.......))...)))))))..)))).......(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))))....)))))))...))))..)))))))).)))))).....)))))))).))..))).)))..)))).)))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((..)))))))))))))..................(((....)))((((((((.((((..((((((..((((((((((...(((.((((((...((((((((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((.((.........)).)))))))..))))..(((..((((....((..(((....((....)))))..))..)))).))))))))))).)..)))))))...))))..)))))))).))))))..)))))))))).)))..))).)))..)))).)))))))) |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((....)))))))))))..[[[......))))..........]]].((((((((.((((..(((........(((((((...(((.((((((...((((((((((((...(((((..((((((((((((.(((((((...............)))))))..)))).((((...((((.............(((....))).)))).))))......))))))))....))))).....))))..)))))))).))))))..))))))))))............))))))).)))))))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((....)))))))))))...........))))..............((((((((.((((..((((((..(((((((((...((((.((((((...((((((((((((((.(((((..((((((((((((.(((((((.((.((...)).)).)))))))..))))..............((((((((..(((........))).)))...))))).))))))))....))))))))...)))..)))))))).))))))..)))))))))).)))..))).)))..)))).)))))))) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((....))))))))))))............................((((((((.((((...(((((..(((((((((...((((.((((((...((((((((((((((.(((((..((((((((((((.(((((((...............)))))))..))))..................((.....(((....))).....)).........))))))))....)))))))...))))..)))))))).))))))..))))))))))).))..))).))...)))).)))))))) |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((....)))))))))))...........))))...(..........)(((((((.((((..((((((..((((((((((...(((.((((((...((((((((((((((.(((((..((((((((.(((.(((((((.((.(.....).)).)))))))..)))................((((.....((((....))..)).......))))..))))))))....))))))))...)))..)))))))).))))))..)))))))))).)))..))).)))..)))).))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((..))))))))))))...........))))..((((((..)))))).................((((((((((((((.......((((((...((((((((((((...(((((..((((((((((((((((((((...............)))))))..............((((.....(((...)))..........))))...))))))...)))))))....))))).....))))..)))))))).)))))).....))))))))...............))))))...... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((....)))))))))))...........))))..............((((((((.((((..((((((..(((((((((...((((.((((((...((((((((((((((.(((((..((((((((.(((.(((((((.((.((....)))).))))))).......((((...((((...((......))(((....))).)))).))))..))).))))))))....))))))))...)))..)))))))).))))))..)))))))))).)))..))).)))..)))).)))))))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((....)))))))))))...........))))...((((....))))(((((((.((((..((((((..((((((((((...(((.((((((...((((((((((((((.(((((..((((((((((((.(((((((...............)))))))..))))..............(((((......(((....)))..........))))).))))))))....))))))))...)))..)))))))).))))))..)))))))))).)))..))).)))..)))).))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((....))))))))))))............................((((((((.((((.(((((......((((((((.......((((((...((((((((((((...(((((..((((((((.....(((((((...............)))))))....................(((((....((((.............)))).))))).))))))))....))))).....))))..)))))))).)))))).....))))))))....))))).....)))).)))))))) |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((....)))))))))))...........))))..............((((((((.((((..((((((..(((((((((...((((.((((((...((((((((((((((.(((((..((((((((.(((.(((((((.((.((....)))).))))))).......((((...((((...((......))(((....))).)))).))))..))).))))))))....))))))))...)))..)))))))).))))))..)))))))))).)))..))).)))..)))).)))))))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.((((((((((....)))))))))).((..(((...)))..))(((((....)))))..))).(((((..((((((..((((((((((...(((.((((((...((((((((((((((.(((((..((((((((((((.(((((((.((.((....)))).)))))))..)))).((((...((((...((......))(((....))).)))).))))......))))))))....))))))))...)))..)))))))).))))))..)))))))))).)))..))).)))..))).))....... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((....)))))))))))....(.....)))))..(((((....)))))((((((.((((..((((((..(((((((((...((((.((((((...(..(((((((((((.(((((..((((((((((((.(((((((.((.((....)))).)))))))..)))).((((...((((...((......))(((....))).)))).))))......))))))))....))))))))...)))..)))))..).))))))..)))))))))).)))..))).)))..)))).)))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((((((((..))))))))))))((........)).).)).(((((..)))))((((((((((((..(((((((((((((((((...(((...(((((...((((((((((((((.(((((((.(((((.(((((((((((((.(((((...))))).)))))))).)))))..((..)).....(..((((((((((((..))))))))))))(...).)...)))))...))))))))))...)))..)))))))).)))))....))))))))).)))))))).)..)))))))))))))). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((((((((....)))))))))))............)))...............(((((((.((((..((((((..(((((((((....(((.((((((...(..(((((((((((.(((((..((((((((.((..(((((((.((.........)).)))))))...)).....(((.((((...((......))(((....))).))))..)))......))))))))....)))))))...))))..)))))..).))))))..))).)))))).)))..))).)))..)))).))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((....)))))))))))...........))))..............(((((((..((((...(((((..(((((((((...((((.((((((...(..(((((((((((.(((((..((((((((((((.(((((((.((.((....)))).)))))))..))))....(((.((((...((......))(((....))).))))..)))......))))))))....))))))))...)))..)))))..).))))))..)))))))))).)))..))).))...))))..))))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((....))))))))))).............(((.(((((....))))).....(((.((((...........(((.......))).(((.........)))))))((((......))))....((((((.((((((((((.......)).)).))))))..))))))..))).((((........................))))...((((....)))).)))..((((((...............(((((.....)))))...((((.....))))....))))))........... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((((....))))))))))).................(((((....)))))..)))....((((..(((.....)))...((((.....{{{{{....))))..))))((((......))))....((((((.((((((((((.......)).)).))))))..))))))......((((.[[[[[......[[[[[.......))))..]]]]]..((((.]]]]].....))))......}}}}}...(((((..<<<)))))...((((.....)))).......>>>........... |