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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00265



RNA: SRP_00265
Rfam family: Fungi_SRP

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.......((((((((.(((.........)))......((((((((((.(((((.((((((....))))))..(((((((.((((((..(((((......(((((.....((((........))))...)))))))))))))))).((((((..((..((((((((....(((..((((......)))).)))...))))))))..)).....))..)))).(((....)))...))))))).......)))))))).)))).))).)))).)))))))))...
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................(((......(((((((......................((((((....))))))............(((.(((((((..(((((((((....((((...(((((.((....)))))))...))))................((((((((..((((....(((......)))....)))))))))))))))))))))...)))))))....)))...................................)))))))...)))......
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Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((.......)))...........((((((((((......(((((((.(.(((((.((((((((..........(((((((((((((.(((((.((.(((..((((.((((((.(..(((((.((....))))))).).......))))))........((((((((...(((...((((......))))().))).))))))))))))..)))..)).)))))....)).))))))))))))))))))))))))))))))))..))).)))...))))......
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((.......)).......(...((..((((((..................((((.(((....................((((((((.((((((((.(((((((((....((((((((((((.((....))))))).).)))...)))............(((((.(...(((....(((......)))....))).).))))).)))))))))..))))))))....)).))))))..........)))))))............)).))))..))).......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.....))))..(((((.......(((((((....((((....(((.(((((.((((((((...........((((((.......(((((....(((..(((((((((((....(((((.........))))).........)))))).........(((((((...(((...((((......))))...))).))))))))))))..))).....)))))..(((....)))))))))))))))))))))))))..)))).))).))))....)))))...
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MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.....)))).....((...((..((((((.......((.................(......).....(...((.(((((((((((((((((.(((((((((.((((((.((.(((((.((....)))))))...))....))))))........((((((((..(((((..((((......)))).).)))))))))))))))))))))..)))))))))...)))).)))).)))......................)).)).))))..))))......
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.....))))..(((((...((..(((((((......((((((.((.(((((.((((((((..........(((((((((((((.(((((.((.(((..((((.((((((....(((((.((....))))))).((...)).)))))).........(((((((...(((...((((......))))...))).))))))).))))..)))..)).)))))....)).))))))))))))))))))))))))))))))))..))).))))..)))))))...
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.......((((..............((((((((.....[[[[[[[...[[[[[.[[[[[[[[..........[[[[[[[[[[[.......[[[[[......(((.((((((.....((((((((...))))......))))..))))))........((((((((.....(((((....)))))((((..)))).)))))))))))[[[[....)))))]]]]]]]]].]]]]]]]]]]]]]]]]]]]]]]]].]]]]]]].......))))))))))))...
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.....)))......((((......(((((..........................((......))..........(((..(((.(((((((..(((((((((..(..(((...(((((.((....)))))))...))).)................((((((...((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))))))))...)))))))....)))...)))..............................)))))...))))......
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.....))))..(((((...((..(((((((......(((((.(((.(((((.((((((((..........(((((((((((((.(((((.((.(((..((((.((((((....(((((.((....))))))).((...)).))))))........((((((((...(((...((((......))))...))).))))))))))))..)))..)).)))))....)).))))))))))))))))))))))))))))))))..))).))))..)))))))...
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((((...)))))))(((((.......(((((((....(.((((((.((.(((((.((((((((..........(((((((((((((.(((((....(((..((((.((((((....(((((.((....))))))).........))))))........((((((((...((((..((((......)))).).))).))))))))))))..))).....)))))....)).))))))))))))))))))))))))))))))))).))).))))....)))))...
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((...(((((....)))))........((((((((.....(((((((...((((.(((((((((..........(((((((((((...(((((.......((((...((((((.....((((((((...))))......))))..))))))....))))....((((.....((((((..(((((........))))).)))))).)))).........))))).......)))))))))))))))))))))))).)))))))))))..))))....)))))...
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................(((((....))))).............(((.(((......(((((((((....((((...(((((.((....)))))))...)))).................(((((.....(((....(((......)))....)))...))))).)))))))))(.....))))....)))......................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.....))))..(((((...((..(((((((.(....(((((((.(.(((((.((((((((..........(((((((((((((.(((((.((.(((..((((.(((((((((((((((.((....))))))).).)).)..))))))........((((((((...(((...((((......))))...))).))))))))))))..)))..)).)))))....)).))))))))))))))))))))))))))))))))).))).))))..)))))))...
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.(((..((..((...))..)).....))).)))).((((.(((((((.(((((.((((((((..........(((((((((((((.(((((.((.(((..((((.((((((....(((((.((....))))))).((...)).))))))........((((((((...(((...((((......))))...))).))))))))))))..)))..)).)))))....)).))))))))))))))))))))))))))).)))).((((.......))))))))..
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.....))))..(((((...((..(((((((.(....(((((.(((.(((((.((((((((..........(((((((((((((.(((((.((.(((..(((((((((((.((((((((.((....))))))).).))....)))))).........(((((((...(((...((((......))))...))).))))))))))))..)))..)).)))))....)).))))))))))))))))))))))))))))))))).))).))))..)))))))...
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((....((...)).))))((((..((((..))).)..))))((((((((.(((((......)))))((((..(((((((((((((((((..)))))).)))).))))(((((((((...(((((((((((((((((.(((((.(((.(.((..((((((((..(((((((((........)))).)).)))))))))))..)).))..))))..).))).)))))))))))))))).)))))).))))..))..))))).))).)))))..)))))...
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................((.................................(...((......))...)...............................((........((......).).........).........................)...........)).......
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.....))))..(((((...((..(((((((.(....((((((.((.(((((.((((((((..........(((((((((((((.(((((.((.(((..((((.((((((.((((((((.((....))))))).).))....)))))).........(((((((.....((..((((......)))).))....))))))).))))..)))..)).)))))....)).))))))))))))))))))))))))))))))))).))).))))..)))))))...
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Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.....))))....(((....(((((.............))))).....))).((((((....))))))...(((((.(((((......(((.......))).(((....))).(((((.((....))))))).))))).((((..(((((((..............))).))))..(((((........))))).(((.(((..(((...((....))))).(((....)))........))))))....))))......))))).((((....))))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.....)))....((((...[[[[[[...))))...]]]]]]..))).((((.((((((....))))))...((((((..(((((....((((.....)))).(((....))).(((((.((....)))))))....)))))..((((.((((...{{{{{......))))...(((.}}}}})))....(((.....))).(((.....)))..))))....(((....)))))))))........)))).(((((...............))))).....