|
|
|
AUCGGCUGUAAUGGUCAUAUUGGUUAAGGAGACGCCUGAAAAUCUUCUCCCGACUCCAGUCUCAUAUCCAUGAGAACUUCCCCCGUGGCGCCCAGCGUGAAUCUUGCGGUGGCCACCCACUCGCACGGGUAACCUGCGAUGCUGCGCCGUGGCCCUAAGCAAUGAAGAUGAUACUUGAGGGAGGCUUCACUCUGCAGAGGCAUCUUCACCGUCCGAUGGCAGGCUGGAUCACGAUCGUGGGGGGAAUGUGAGAUGGAGCGGAGAGGUGGGGAUGUCGACUCCGAUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((.......))).....((((...........(.(.(.(.((.(((...((....((((((....)))))).....((((((((.(.(((((.((.(((..((((.((....(((.(((((.((....)))))))))..)..))......(...)...(((((((....(((....(((......)))....)))..)))))))))))..)))..)).)))))....)..))))))))............))...)).).))....).).)..)....))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..((((.....))))..(((((...((..(((((((.(....(((((((.(.(((((.((((((((..........(((((((((((((.(((((.((.(((..((((.(((((((((((((((.((....))))))).).)).)..))))))........((((((((....(((..((((......)))).)))...))))))))))))..)))..)).)))))....)).))))))))))))))))))))))))))))))))).))).))))..)))))))..) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.......((((((((.(((.........)))......((((((((((.(((((.((((((....))))))..(((((((.((((((..(((((......(((((.....((((........))))...)))))))))))))))).((((((..((..((((((((....(((..((((......)))).)))...))))))))..)).....))..)))).(((....)))...))))))).......)))))))).)))).))).)))).)))))))))... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................(((......(((((((......................((((((....))))))............(((.(((((((..(((((((((....((((...(((((.((....)))))))...))))................((((((((..((((....(((......)))....)))))))))))))))))))))...)))))))....)))...................................)))))))...)))...... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................((((.((.........(((((((.(.(((((.((((((((...........(((((((((....(((((....(((...(((.((((((....(((((.((....))))))).........))))))........((((((((...(((...((((......))))...))).)))))))))))...))).....)))))........)))))))).)))))))))))))))))))))).........)).))))...... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................((((.(..........(((((((.(.(((((.((((((((...........((((((.......(((((..............((((((....(((((.((....))))))).........))))))........((((((((.........((((......)))).......))))))))..............)))))...........))))).))))))))))))))))))))))..........).))))...... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((........))((((...........((((..((........(((((((...((((.(((((((....))))).))..(((((((((.(.(((((....(((..((((((((((((((.(((((.((....)))))))...)).)..))))))(...)....((((((....(((....(((......)))....)))..)))))))))))..))).....)))))....)..)))))))))...........)))).))))))).......))...)))))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.......)))...........((((((((((......(((((((.(.(((((.((((((((..........(((((((((((((.(((((.((.(((..((((.((((((.(..(((((.((....))))))).).......))))))........((((((((...(((...((((......))))().))).))))))))))))..)))..)).)))))....)).))))))))))))))))))))))))))))))))..))).)))...))))...... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((.......)).......(...((..((((((..................((((.(((....................((((((((.((((((((.(((((((((....((((((((((((.((....))))))).).)))...)))............(((((.(...(((....(((......)))....))).).))))).)))))))))..))))))))....)).))))))..........)))))))............)).))))..)))....... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.....))))..(((((.......(((((((....((((....(((.(((((.((((((((...........((((((.......(((((....(((..(((((((((((....(((((.........))))).........)))))).........(((((((...(((...((((......))))...))).))))))))))))..))).....)))))..(((....)))))))))))))))))))))))))..)))).))).))))....)))))... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.....))))..(((((...((..(((((((......(((((((.(.(((((.((((((((..........(((((((((((((.(((((.((.....(((((.((((((.((.(((((.((....)))))))...))....))))))))..))).((((((((...(((...((((......))))...))).))))))))((((...)))))).)))))....)).))))))))))))))))))))))))))))))))..))).))))..)))))))... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.......)))...........................((((((.((.(((((.((((((((..........((((((((((....(((((.((..((.(([[(({{{{{{..))(((((.((....))))))).........}}}}}}.....)).((((((((...(((...((((......))))...))).)))))))).]]...))...)).)))))........)))))))))))))))))))))))))))))))...................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.....)))).....((...((..((((((.......((.................(......).....(...((.(((((((((((((((((.(((((((((.((((((.((.(((((.((....)))))))...))....))))))........((((((((..(((((..((((......)))).).)))))))))))))))))))))..)))))))))...)))).)))).)))......................)).)).))))..))))...... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.....))))..(((((...((..(((((((......((((((.((.(((((.((((((((..........(((((((((((((.(((((.((.(((..((((.((((((....(((((.((....))))))).((...)).)))))).........(((((((...(((...((((......))))...))).))))))).))))..)))..)).)))))....)).))))))))))))))))))))))))))))))))..))).))))..)))))))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.......((((..............((((((((.....[[[[[[[...[[[[[.[[[[[[[[..........[[[[[[[[[[[.......[[[[[......(((.((((((.....((((((((...))))......))))..))))))........((((((((.....(((((....)))))((((..)))).)))))))))))[[[[....)))))]]]]]]]]].]]]]]]]]]]]]]]]]]]]]]]]].]]]]]]].......))))))))))))... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.....)))......((((......(((((..........................((......))..........(((..(((.(((((((..(((((((((..(..(((...(((((.((....)))))))...))).)................((((((...((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))))))))...)))))))....)))...)))..............................)))))...))))...... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.....)))......((((......(((((..........................((......))..........(((..(((.(((((((..(((((((((..(..(((...(((((.((....)))))))...))).)................((((((...((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))))))))...)))))))....)))...)))..............................)))))...))))...... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.....))))..(((((...((..(((((((......(((((.(((.(((((.((((((((..........(((((((((((((.(((((.((.(((..((((.((((((....(((((.((....))))))).((...)).))))))........((((((((...(((...((((......))))...))).))))))))))))..)))..)).)))))....)).))))))))))))))))))))))))))))))))..))).))))..)))))))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((...)))))))(((((.......(((((((....(.((((((.((.(((((.((((((((..........(((((((((((((.(((((....(((..((((.((((((....(((((.((....))))))).........))))))........((((((((...((((..((((......)))).).))).))))))))))))..))).....)))))....)).))))))))))))))))))))))))))))))))).))).))))....)))))... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...(((((....)))))........((((((((.....(((((((...((((.(((((((((..........(((((((((((...(((((.......((((...((((((.....((((((((...))))......))))..))))))....))))....((((.....((((((..(((((........))))).)))))).)))).........))))).......)))))))))))))))))))))))).)))))))))))..))))....)))))... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................(((((....))))).............(((.(((......(((((((((....((((...(((((.((....)))))))...)))).................(((((.....(((....(((......)))....)))...))))).)))))))))(.....))))....)))...................................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.....))))..(((((...((..(((((((.(....(((((((.(.(((((.((((((((..........(((((((((((((.(((((.((.(((..((((.(((((((((((((((.((....))))))).).)).)..))))))........((((((((...(((...((((......))))...))).))))))))))))..)))..)).)))))....)).))))))))))))))))))))))))))))))))).))).))))..)))))))... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((..((..((...))..)).....))).)))).((((.(((((((.(((((.((((((((..........(((((((((((((.(((((.((.(((..((((.((((((....(((((.((....))))))).((...)).))))))........((((((((...(((...((((......))))...))).))))))))))))..)))..)).)))))....)).))))))))))))))))))))))))))).)))).((((.......)))))))).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.....))))..(((((...((..(((((((.(....(((((.(((.(((((.((((((((..........(((((((((((((.(((((.((.(((..(((((((((((.((((((((.((....))))))).).))....)))))).........(((((((...(((...((((......))))...))).))))))))))))..)))..)).)))))....)).))))))))))))))))))))))))))))))))).))).))))..)))))))... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((....((...)).))))((((..((((..))).)..))))((((((((.(((((......)))))((((..(((((((((((((((((..)))))).)))).))))(((((((((...(((((((((((((((((.(((((.(((.(.((..((((((((..(((((((((........)))).)).)))))))))))..)).))..))))..).))).)))))))))))))))).)))))).))))..))..))))).))).)))))..)))))... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................................................................................................((.................................(...((......))...)...............................((........((......).).........).........................)...........))....... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.....))))..(((((...((..(((((((.(....((((((.((.(((((.((((((((..........(((((((((((((.(((((.((.(((..((((.((((((.((((((((.((....))))))).).))....)))))).........(((((((.....((..((((......)))).))....))))))).))))..)))..)).)))))....)).))))))))))))))))))))))))))))))))).))).))))..)))))))... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.....))))..(((((...((..(((((((......(((((.(((.(((((.((((((((..........(((((((..((((.(((((.((.(((..((((.((((((....(((((.((....))))))).((...)).))))))........((((((((....(((..((((......)))).)))...))))))))))))..)))..)).)))))....)).))..))))))))))))))))))))))))))))..))).))))..)))))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.....))))....(((....(((((.............))))).....))).((((((....))))))...(((((.(((((......(((.......))).(((....))).(((((.((....))))))).))))).((((..(((((((..............))).))))..(((((........))))).(((.(((..(((...((....))))).(((....)))........))))))....))))......))))).((((....))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((.....)))....((((...[[[[[[...))))...]]]]]]..))).((((.((((((....))))))...((((((..(((((....((((.....)))).(((....))).(((((.((....)))))))....)))))..((((.((((...{{{{{......))))...(((.}}}}})))....(((.....))).(((.....)))..))))....(((....)))))))))........)))).(((((...............)))))..... |