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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00267



RNA: SRP_00267
Rfam family: Metazoa_SRP

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((......)))))))))..(((........)))....((((((((..(((((.....(((((((......((((((...((((((......))))))(((((((.((((..(((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..)))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....))))))))).)).((((....)))))))))).......))))))).....)))))...))))))))..
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CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .(.(((((((......)))))))....(((........))).)...(((((((.(..(((((...(((((((....(((.((((....((((((((..((..((((((((((.((((.(((((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).)..))))))))...)))))))).))))))))..)))).)))))))))).....)))))..))))))))...
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((........)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((........((((((((.......((((((((((.((((.(.(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))..)..)))))))...)))))))....))))))))......)))))))))).....)))))...))))))))..
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((....(((.(((.(((.(....).))).))).)..)))))).((((((((.(..((((((..(((((((....(((.((((...(((((((((..((..((((((((((.((((.(((((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((...(.(((..(.(((....)))..).))))...))))).)))))))).)..))))))))).))..))))).))))))))).)))).))))))))))...).)))))..)))))))))..
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((..........)))).........(((.......)))...(((.......(((((((.(((((((....(((((((((..(((((((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))..)..)))))))...)))))))...)))))))))))))))))))))))))..)).)))))......)))....
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Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......))))))).((.(((........)))))..(((((((((.(((((.(((.(((((((....(((.((((...(((((((((..((..((((((((((.((((..((((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((...((.((....(((....)))...)).))...))))).))))))))....)))))))...))))))))).))))))))).)))).))))))))))..)))))))).).))))))))..
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MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))).....(..........).))).((((((((.(..(((((((.(((((((....((((((((((((..((((((.((..((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).)))......((((...(....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))).)..))))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))..)).)))))..)))))))))..
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......))))))).((.(((........)))))..(((((((((.(((((.(((.(((((((....(((.((((...(((((((((..((..((((((((((.((((..((((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((...((.((....(((....)))...)).))...))))).))))))))....))))))))...)))))))).))))))))).)))).))))))))))..)))))))).)).)))))))..
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))..[[[[[[[.........)))).((((((((....(((((...(((((((....(((.((((...(((((((((......((((((((((.((((..((((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))).......(((((...]]]]]]]..(((....)))...........)))))..)))))))....))))))))...))))))...))))))))).)))).)))))))))).....)))))...))))))))..
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((b((gggggg({{{{{{([[[[[[[[[[(((((((dddd(..aaaaaaaa)))))..<<<(.eeeeeeeeeee(((((((..hhhhhhhhhhh..))))))))).))))).BGG..(((((((()>>>.ccccccc..((((((..EEEEEEEEEEE)))))).....ccc.((((()].]]]]]]].]]}}}.fffff.ffffff....))))).)))))))).}}})AAAA...(((.FFFFFF..HHHHHHHHHCCC..)G..FFFFF))).CCCCCCCGGG)AAAADDDDHH
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PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((.(...)..)))))).((((((((....(((((...(((((((....((((((((...(((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((.....(((...((((....)))..).)))....))))))))))))).))..))))))))...))))))...))))).))).))))))))))))))).....)))))...))))))))..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((.[[[[.)))))))....]]]](((....)))....(((((((((.(((((.(((.(((((((....(((.((((...(((((((((..((..((((((((((.((((..((((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....)))))))...))))))))).))))))))).)))).))))))))))..)))))))).))).))))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......))))))).((.(((((...)).)))))..(((((((((.(((((.(((.(((((((....(((.((((...(((((((((......((((((((((.((((..((((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((............(((....)))...........))))).))))))))....))))))))...))))))...))))))))).)))).))))))))))..)))))))).)).)))))))..
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.......((((............)))).........)))).((((((((..(((((.....(((((((......(((((...(((((((......))))))).(((((.((((..((((((((.....(((((..((((((....))))))..))))).............(((((.....((((............))))........))))).))))))))....)))))))))...(((((....)))))))))).......))))))).....)))))...))))))))..
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RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..((....(((.(((.(....).))).)))..))..)))).(((((((((.(((((.(((.(((((((....(((.((((...(((((((((..((..((((((((((.((((..((((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....)))))))...))))))))).))))))))).)))).))))))))))..)))))))).).))))))))..
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((........)))))).(((((((((.(((((.(((.(((((((....(((.((((...(((((((((..((..((((((((((.((((..((((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))......(.(((((.....(((....(((....)))....)))....))))))))))))))....)))))))...))))))))).))))))))).)))).))))))))))..)))))))).))).))))))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(..)..(..((((((..(((..)))))))).)..).(......)(((((((((..((((..((.(.(((((....((((((((..(((((.(((((.((..((((((((((.((((.((((..((((((((((((((((((((((..)))))))))))))))))))........((((((((((.((((((((((..)))))))))))))))))))).)))..))).)..))))))))...))))))))))))).))))))))))))))))))).))...))))..).))))))))..
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.............................................(.(........).)......(...........)))....(.(.....(((.......(...(.((......((((((.(..(((...((((.(....((.....))....)......).......(.(((((.....(((....(((....)))....)))....)))))))..)..).....)))..)....)))).))...)).)..)..........................))).....).)....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((........(((.(((........))).)))......)))).(((((((((.(((((.(((.(((((((....(((.((((...(((((((((..((..((((((((((.((((..((((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....))))))))...)))))))).))))))))).)))).))))))))))..)))))))).)).)))))))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..((....(((.(((........))).)))..))..)))).(((((((((.(((((.(((.(((((((....(((.((((...(((((((((..((..((((((((((.((((..(((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..)))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....)))))))...))))))))).))))))))).)))).))))))))))..)))))))).))).))))))..
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......)))))))........((((((..(((((.....)))))..))).))).(((((....))))).((((......((((......)))).((((....))))...))))..((((...(((((..((((((....))))))..)))))...(((..........)))....((((............))))..((((....))))......)))).((((..(((.....))).((((.((..........................))))))..))))......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..(((((.aaaa.))))).)))..AAAA........(((((.....)))))...((((....((((....)))).((((((....(((((......))))).(((((.((.....))))))).<<<<(.(((((..((((((....))))))..)))))...(((..........)))....((((........[[[[))))..((((....)))).{{{......]]]]).......}}}.(((....))).))))))........>>>>........)))).............