CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00270



RNA: SRP_00270
Rfam family: Bacteria_small_SRP

GACUCGGACCCAUGCGGCCGCGACGCCUAAAUCUGGUCAGGACCGGAAGGGAGCAGCCACACGGGAUGCUCGUGACAGGCGUGGACUCCGGGUCACC
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((.((((((.(.((((((((((.....((((.....((....)).....))))...))).)).))))).)..))))))..))))))))...
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((((.((....(((...((((((....)))))))))..)).))).((((((...))))))....))))))..))))))))...
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((.....((....)).....))))......................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((...(((((..(((.....((((.....((....)).....))))...)))....)))))....))))))..))))))))...
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((((...............................................................)))))).............
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))))))..)))))......
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................(((((((((((....)))))))))))......................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((((.((....(((...((((((....)))))))))..)).))).((((((...))))))....))))))..))))))))...
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.(.(((((.((((.....((((.....((....)).....))))...)))...)))))).)..))))))..))))))))...
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.(.((((((((((.....((((.....((....)).....))))...))).)).))))).)..))))))..))))))))...
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((((.((....(((...((((((....)))))))))..)).))).((((((...))))))....))))))..))))))))...
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((((......)))....((((((....))))))............((((((...))))))....))))))..))))))))...
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))......................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((((.......(((...((((((....)))))).)))....))).((((((...))))))....))))))..))))))))...
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((((.((....(((...((((((....)))))))))..)).))).((((((...))))))....))))))..))))))))...
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((((.((..(.(((...((((((....)))))))))).)).))).((((((...))))))....))))))..))))))))...
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((((.((....(((...((((((....)))))))))..)).))).((((((...))))))....))))))..))))))))...
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(((.((((.(((.(((((.....((((....(((....)))....))))...))).))..))).)).)).))).).))))))))...
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((..................((((....(((....)))....))))...................))))))..))))))))...
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))......................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((((.((....(((...((((((....)))))))))..)).))).((((((...))))))....))))))..))))))))...
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....((((..))))((((((...(((((((..)))))))............((((((...))))))..))))))....))))))))...
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((.((((((...(((((..........((((.....((....)).....))))..........)))))....))))))..)))........
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))......................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).))))))..............
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))......................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).))))))..............
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))......................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................(((.(...(((....)))....))))......................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..(((....)))((((((...(((.....)))((....))(((((.((.....)).))))).....))))))))..))))))))...
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((((.((....(((...((((((....)))))).))).)).))).((((((...))))))....))))))..))))))))...
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((((.......(((...((((((....))))))))).....))).((((((...))))))....))))))..))))))))...
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((........(((.....((((((....))))))...(((((...........))))))))....))))))..))))))))...
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((................((((((....))))))...(((((...........))))).......))))))..))))))))...
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.................(((....................)))...................................)))).......
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................(((.....(((.....(((....))).....)))...)))................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))......................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((((.((....(((...((((((....)))))).))).)).))).((((((...))))))....))))))..))))))))...
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((((.((....(((...((((((....)))))).))).)).))).((((((...))))))....))))))..))))))))...
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((((.((....(((...((((((....)))))).))).)).))).((((((...))))))....))))))..))))))))...
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((..((((...).)))..)..(((.(((...(((..)))(((((...........))))).))))))...)).).))))))))...
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.....................((((.......((((.....(......).....)))).....................))).........)...)
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((......(((((...((.((..(((.....((((.....((....)).....))))...)))....)).))....))))).......)))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((((.((....(((...((((((....)))))))))..)).))).((((((...))))))....))))))..))))))))...
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((...((((((((((.....((((.....((....)).....))))...))).)).)))))....))))))..))))))))...
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((((.((....(((...((((((....)))))))))..)).))).((((((...))))))....))))))..))))))))...
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((................((((((....))))))...((((..((.....))..)))).......))))))..))))))))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..........(((([[[[[[...((((((....))))))....(((..((.....))..)))))))..]]]]]]....))))))))...