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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00276



RNA: SRP_00276
Rfam family: Archaea_SRP

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((..(((((((((((.....)))))))....((((.(..........).))))))))...(((((((((..((..(((...((((((((((...(((((((((.(.(.....((((((((((((((.(.(((((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).)..((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).))))...))))))...))))))))..).).)))))))))...))))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((..((.((((((((....(((....)))....)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...((((((((((...(((((((((.........(((((((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...))))))))......)))))))))...))))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............((((((((((.......))))))....((((..............))))))))............(((...........)))..................................((.....))..(((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).))))).........((((....(((....)))....))))..................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((....((((((((((..((.......))..)).)))))...)))..))))...(((((((((..((..(((...((((((((((...(((((((((.........(((((((((((((((((((((((..(((((..((((((((....))))))))...)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).)))))))))...)))))))......)))))))))...))))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((...((((((((((.......))))))....((((..............))))))))......(((((...(((.(((....(((((((((...((((((((((.........(((((..((((((((((((.....(((((((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))).)))))))).....)))))......))))))))))...)))))))))....))).)))...)))))......)))))))..
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((..((..(((((((...((.(....)))....)))))).)..))..))))...(((((((((..((..(((...((((((((((...(((((((((...(.....(((((((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((..(..((((....(((....)))....))))).)))))).))).)))).))))))))...))))))))..)...)))))))))...))))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................(((.........))).....................................(((((((..((..(((...(((((((((....((((((((...........(((((((((((((((((((.(...(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)..)))).))))))))...)))))))........))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))..............
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((.(((((........)))))....((((.(..........).))))))))...(((((((((..((..(((...((((((((((...(((((((((...(.....((((((((((((((.(.((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).))))...))))))...))))))))..)...)))))))))...))))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((..((.((((((((...((.(....)))....)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...((((((((((...(((((((((.(.(.....((((((((((((((((((((((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).)..((((((..(..((((..(.(((....)))..).))))).)))))).))).)))).))))))))...))))))))..).).)))))))))...))))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
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DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((.(((((.[[[[[[.)))))............]]]]]]........))))...(((((((((......(((...((((((((((...(((((((((.........(((((((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...))))))))......)))))))))...))))))))))...)))......)))))))))..))))))))))
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((..((.(((((((((..((.......))..).)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...((((((((((...(((((((((.........(((((((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...))))))))......)))))))))...))))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((((((((.[[[[[[))))))....((((....]]]]]]....))))))))...(((((((((..((..(((...((((((((((...(((((((((.........(((((((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...))))))))......)))))))))...))))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(..((((((..((((((((((.......))))))....((((..............))))))))...((((((((((.(((((((.(.((((((((((...(((((((((.(((.....((((((((((((((((((((((((..((((((((((((((....)))))))))).)))).....((((((....(((((....(((....)))....))))).)))))))))).)))).))))))))...))))))))...))))))))))))...))))))))))..))))))))).)))))))))..))))))..).
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((..((.(((((((((..((.......))..).)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...((((((((((...(((((((((.........(((((((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...))))))))......)))))))))...))))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((....(((([[[[[[[[[............)))).(((((((......(((((.......)))))..)))))))(((...((((((((((...(((((((((.........(((((((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))((((((((]]]]]]]]]....)))))))).........))).............)))).)))))))))...)))))))......)))))))))...)))))))))).((((((....)))))))))...))))))))))
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...(((((ffffffff(dddddddddd.ddd(..(((((e((.gg(bbbbbbbb(...aaaaaaaaa)))E))[[(...<<<<<<<<<<...(({{{{{(((..))))).))}}}}}[[[[[[[[[[[[[)))))(((((.(((((((((....)))))))))..)))))(((((((()]]]]]]]]ccc.)))))))).((((((..)]]]..)]]((>>>..>>>>.>>>]]DDDD.CCCDDDDDDD..)AA)AAAAAAAB...DDFFFFFFFF))...)))))).BBBBBBBGG..))))))))))
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PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..(((((((....(((((((((...(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...)))))))))))))...)))))))))....)))))))..)))))))....))))).....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((..((.((((((((....(((....)))....)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...((((((((((...(((((((((.........(((((((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...))))))))......)))))))))...))))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((((.....(((((((((..((.(....)))..).)))))).)).....))))...(((((((((......(((...((((((((((...(((((((((.........(((((((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))..(.((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))))))).)))).))))))))...))))))))......)))))))))...))))))))))...)))......))))))))).)))))))))))
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((....(((((((..((((((..................)))))).......((((....)))).((((((..((((....((((((((((...(((((((((.........((((((((((((((((((((.....(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((..................))))..)))))).....)))).)))))))))...)))))))......)))))))))...)))))))))))))).)))))).)))))))....))))))))))
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((....(((((((((.......))))))....((((..............)))))))........((((.......((.....((((((.((...((((((.............(((((....(((((.(((..((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))...))).).))))(.....))))))..........))))))...)).)))))).....)).......)))).......)))).....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((..((.((((((((....(((....)))....)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...((((((((((...(((((((((.........(((((((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...))))))))......)))))))))...))))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....((.((((((((.....))))))))...)).....)))).....)))).((((....(((((((((..((..(((...((((((((((...(((((((((.........(((((((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...))))))))......)))))))))...))))))))))...)))..))..)))))))))..))))......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((..((.((((((((....(((....)))....)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...((((((((((...(((((((((.........(((((((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...))))))))......)))))))))...))))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..(...((((((((...))..))))))....(((.((((((......).)))))))).((((((((((.(((..((((((((((((((((((((((((((((((((....).(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((..)..))))))))).)))))))))))(((((....((((((((((((..)))))))))))).)))))...(..).))).))))))))...)))))))....)))))))))))))))))))))))))))))))..)).))))))))))).))))))))))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................((............))..(((((((((..((..((.....((..((.((....(((((..(...(......(((((((((((((((((...(...(((((.(((((((((....)))))))))..))))).........(.....((((....(((....)))....))))..)..........).)).)))))).))..))))))).).....)..)))))....))))....).)..))...))..)))))))))............
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((..((.((((((((..................)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...((((((((((...(((((((((.........(((((((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...))))))))......)))))))))...))))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((..((...((((((....(((....)))....))))))....))..))))...(((((((((..((..(((...((((((((((...(((((((((.........(((((((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...))))))))......)))))))))...))))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((......(((....)))(((((((..((.......))..)).)))))..)))).((((....)))).(((((((((.......))))))))).......((((.............)))).(((....))).(((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))..)))))((((..((((((..(((((..................))))).........((((....)))))))))).((((......)))).....))))....((((.((((....))))..(((....))).)))).
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((..(((((.((((((((((.bbbbb.)))))))...((((.....BBBBB....)))).)))..))))).(((((((((.......))))))))).......((((.............)))).(((....))).(((....(((((.(((((((((....)))))))))..))))).[[[)))..]]].aaaaaaa.(((((..........{{{{{{..))))).....}}.}}}}))).....AAAAAAA..(((......))).((((.(((((((....<<<<))))))).>>>>(((....))).)))).