|
|
|
CGGGUAGGGCCGGGGGCUCGCCCUCCCCCGAGCCCCGAAAUGGGCGUAAUGCGGGGGCCAGUAACCCGCACGUCGGCCGUAGUGGUCCAGGGCAGACCCGGCCGACCCAUGACCCCCGUCCCGCGGGGCCGGCGGCGCGGAGCCCCCUCCGGAGGGAGGGAGGCUACCGCCCUUACCGGGGGAACCAGGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACCUAACCCCGGACGCCCGGCGUUCGCGGGGCCACGGGGUGAGGCAACGGCCGGGCCCCCUGCCCUGGGCCCCUACGGCUGGCGUGCGGGGGCCGC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((.(..(((((((((.......))))).....((((.(..........).)))))))).....((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((..((.(...((((((((((((.(.(((((((.((((((((((((((....)))))).)))).))))..)..((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)).)))))...))))))...)))))).).))...))))))))....)))))))))))).))))))))))))))))))).))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.(((((...))))))))).((((((.((((......))))......)))))).......((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((..((.(.(((((.(((((((((((((((.((.((((((((((((((....)))))).)))).))))))...((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))....))))).))))))))))...))))).)))...))))))))....)))))))))))).)))))))))))))))))).....) |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((.......))))).....((((..............))))))))..........((..(.......)..))...............................(.((.....)).)((....((((((((.(((((....)))))..)))).)))).....))(((......(((.....(((....))).....)))...)))...................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..((((.((((((((........)))))))).......(((...)))...)))).....((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((..((...(((((.(((((((((((((((((..((((((((((((((....)))))).)))).)))).....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)))).))).))))))))))...)))))..))...))))))))....)))))))))))).)))))))))))))))))).))).. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((....(((((((((........)))))....((((..............))))))))........(((((...(((.(((...((((((((((.((((((((........(((((..((((((((((((.....((((.(((((((((....)))))).)))..)))).....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))).)))))))).....))))).......))))))))....))))))))))...))).)))...))))).....))). |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((..((((.....)))).))...(((((.((((......))))......)))))(((.....((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((..((...(((((.(((((((((((((((((..((((((((((((((....)))))).)))).)))).....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)).))))).))))))))))...)))))..))...))))))))....)))))))))))).)))))))))))))))))))))... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................(((((.(((((((((((((((....(.....((((((....)))))).......).......((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)).))))).))))))))....)))))......................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((...((((((((((........)))))).)))).......(((...........))).....((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((..((.(...((((((((((((.(.(((((.(.((((.(((((((((....)))))).)))..)))).)...((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..)).))))...))))))...)))))).).))...))))))))....)))))))))))).))))))))))))))))))..))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((((...)))))))))..(((((.((((......))))......)))))(((.....((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((..((.(.(((((.((((((((((((((((((.((((((((((((((....)))))).)))).)))).)...((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)).))))).))))))))))...))))).)))...))))))))....)))))))))))).)))))))))))))))))))))... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....((((((((.......))).))....((((..............)))))))......(((((.((............(((((..(.(..((((((((..(....(((((.(((((((((((((((((.((((((((.((((((....))))))..))).)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))..)....)))))))).....)..)))))).............)).))))).))).. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..[[[[)))........]]]](((((..((((......))))....[[[)))))...]]].((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((.......(((((.(((((((((((((((....((((((((((((((....)))))).)))).)))).....((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))....))))).))))))))))...))))).......))))))))....)))))))))))).))))))))))))))))))...... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((((...))))))))).((((((.((((......))))......)))))).......((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((.((....(((((.(((((((((((((((((..((((((((((((((....)))))).)))).)))).....((((((...((.(((...))).)).(((......)))..)))))).)).))))).))))))))))...)))))..))...))))))))....)))))))))))).))))))))))))))))))...... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.....)))).....((((((.((((......))))......)))))).......((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((..((...(((((.((((((((((((((((((.((((((((((((((....)))))).)))).))))))...((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..)).)))).))))))))))...)))))..))...))))))))....)))))))))))).))))))))))))))))))...... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((....((((((((((......))))))...(((.(..............)))))))).......(((((.(.....((((.((((((((((((.((.((((((((....(((((((.((((((((((((((((.((((((((((((((....)))))).)))).)))).....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))))))).)))).))))))))..)).)))))...))).))))).))....)))))))))))).)))).....).))))).....)). |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((((...))))))))).((((((.(((((.....))).))....)))))).......((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((..((...(((((.(((((((((((((((((..((((((((((((((....)))))).)))).)))).....((((((...((.(((...))).)).(((......)))..)))))).))).)))).))))))))))...)))))..))...))))))))....)))))))))))).))))))))))))))))))...... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((....(((((((((..[[[[[.))))))..(((((....]]]]].....)))))))).....((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((.......(((((.(((((((((((((((....((((((((((((((....)))))).)))).)))).....((((((......(((...)))....(((......)))..))))))....))))).))))))))))...))))).......))))))))....)))))))))))).))))))))))))))))))..))). |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................(((................))).........................................................((((((..(((((.(((........((........(((....)))..........))......((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).......)).).))))).....))))))........................................................ |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.bbbbbbbbbbbbb))))(((((((.[[[[[[...[[[[[[[..[[(((((<...((..aaaaaaaaaaaaaaaaaa.aaaaaaaaaaaa.aaaaaaaa.aaa.aa.)>)))eeeeeeeee({{(.ddddddd.BBBBBBBB.ddddddd(((((.cccc....)))))..)))))))))AACCCC.BBBBB((..AAA.)DD.DDD....DDDDEEEEEEEEE.)]]]]]]]]]..]]]]]]..)DD..AAAAAAAA))..AAAAAAAAAAAA.AAAAAAAAAAAAAAAAAA.DDD}} |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((....(((((((((........)))))....((((.......(.....))))))))).......(((((((..(((((((...((((((((((.((((((((.(((....(((((((((((((((((((.((..((((.(((((((((....)))))).)))..)))).....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...))).))))))))....))))))))))...)))))))..)))))))....))). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((....(((((((((........)))))....((((.......(.....))))))))).......(((((((..(((((((...((((((((((.((((((((.(((....(((((((((((((((((((.((..((((.(((((((((....)))))).)))..)))).....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...))).))))))))....))))))))))...)))))))..)))))))....))). |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((((...))))))))).((((((.((((......))))......)))))).......((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((..((...(((((.(((((((((((((((.((.((((((((((((((....)))))).)))).))))))...((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))....))))).))))))))))...)))))..))...))))))))....)))))))))))).))))))))))))))))))...... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((((...))))))))).((((((.(.((((...)))))......)))))).......((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((.....(.(((((.((((((((((((((((((.((((((((((((((....)))))).)))).)))))....((((((......(((...)))....(((......)))..)))))).))).)))).))))))))))...))))))......))))))))....)))))))))))).))))))))))))))))))...... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((((...))))))))).((((((.((((......))))......)))))).......((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((.......(((((.(((((((((((((((....((((((((((((((....)))))).)))).)))).....((((((.................................))))))....))))).))))))))))...))))).......))))))))....)))))))))))).))))))))))))))))))...... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.....((((((((........)))))....((((..............)))))))..........((((.......(((...((((((.(((.((((((..........(((((....(((((.(((..((..((((..((((((((....)))))).))...)))).....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).))...))).).))))(.....)))))).........))))))....))).))))))...))).......))))......))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((((...))))))))).((((((.((((......))))......)))))).......((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((..((.(.(((((.(((((((((((((((.((.((((((((((((((....)))))).)))).))))))...((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))....))))).))))))))))...))))).)))...))))))))....)))))))))))).))))))))))))))))))...... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((((...))))).(((((......((((......)))).......)))))......)))).((((((((((((((.((((((((((((.((((((((..((...(((((.(((((((((((((((.((.((((((((((((((....)))))).)))).))))))...((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))....))))).))))))))))...)))))..))...))))))))....)))))))))))).)))))))))))))).......... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((....))).((((((.((((......))))......)))))))).....((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((..((.(.(((((.((((((((((((((((((.((((((((((((((....)))))).)))).))))))...((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..))).))).))))))))))...))))).)))...))))))))....)))))))))))).)))))))))))))))))))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(.....((((((........))))))(((((((((........))..)))))))((..))((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((((((.(.((((((((((((((((((((..(((((((((((((((((..)..))))).)))).))).(((......)))((.((((.((((((((..)))))))).))).).))(..))))))))).)))))))))).).))))).))).))))))))))....)))))))))))).)))))))))))))))))).)))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((.....(.......(........).............(.........)..)..(((..(.....((.((.((.........(((((.((((((((((((.((..((((.(.(((((((....))))))..).).)))).....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)).).))).))))))))....)))))...........)..).........)).))..........)........)).)...)) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((..((.(.(((((.(((((((((((((((((..((((((((((((((....)))))).)))).)))).....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).))).)))).))))))))))...))))).)))...))))))))....)))))))))))).))))))))))))))))))...... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..((((.((((((((........)))))))).......((.....))...)))).....((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((..((...(((((.((((((((..(((((.((.((((((((((((((....)))))).)))).))))))...((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))....)))))...))))))))...)))))..))...))))))))....)))))))))))).)))))))))))))))))).))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.((((((........)))))).((((......))))....((((((.........)))))).((((((((....((((.......)))))))))))).......(((((.....)))))(((((.((.(((((((((((((....)))))).)))).)))(((((.(((((..............)))))))))).........((((((...((((..........))))..))))))...))....)))))...))))))))..((((((((((.....)))..))))))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((...(((.[[[[))).((((.]]]]...aaa.......))))....((((((AAA......)))))).((((((((....((((.......)))))))))))).......(((((..bbb)))))....BBB..(((((((((((((....)))))).)))).))))))...(((((.........<<<..))))).((((.........((((((...{{{{{{{{{{.{{{{{{{{.))))))...}}}}}.}}}}}}}......)))).}}}.}}}(((..>>>)))(((.....))) |