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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00278



RNA: SRP_00278
Rfam family: Archaea_SRP

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Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((....(((((((((........)))))....((((..............))))))))........(((((...(((.(((...((((((((((.((((((((........(((((..((((((((((((.....((((.(((((((((....)))))).)))..)))).....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))).)))))))).....))))).......))))))))....))))))))))...))).)))...))))).....))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((..((((.....)))).))...(((((.((((......))))......)))))(((.....((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((..((...(((((.(((((((((((((((((..((((((((((((((....)))))).)))).)))).....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)).))))).))))))))))...)))))..))...))))))))....)))))))))))).)))))))))))))))))))))...
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................(((((.(((((((((((((((....(.....((((((....)))))).......).......((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)).))))).))))))))....))))).........................................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((...((((((((((........)))))).)))).......(((...........))).....((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((..((.(...((((((((((((.(.(((((.(.((((.(((((((((....)))))).)))..)))).)...((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..)).))))...))))))...)))))).).))...))))))))....)))))))))))).))))))))))))))))))..))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.(((((...)))))))))..(((((.((((......))))......)))))(((.....((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((..((.(.(((((.((((((((((((((((((.((((((((((((((....)))))).)))).)))).)...((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)).))))).))))))))))...))))).)))...))))))))....)))))))))))).)))))))))))))))))))))...
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((....((((((((.......))).))....((((..............)))))))......(((((.((............(((((..(.(..((((((((..(....(((((.(((((((((((((((((.((((((((.((((((....))))))..))).)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))..)....)))))))).....)..)))))).............)).))))).)))..
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Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.(((((...))))))))).((((((.(((((.....))).))....)))))).......((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((..((...(((((.(((((((((((((((((..((((((((((((((....)))))).)))).)))).....((((((...((.(((...))).)).(((......)))..)))))).))).)))).))))))))))...)))))..))...))))))))....)))))))))))).))))))))))))))))))......
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((....(((((((((..[[[[[.))))))..(((((....]]]]].....)))))))).....((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((.......(((((.(((((((((((((((....((((((((((((((....)))))).)))).)))).....((((((......(((...)))....(((......)))..))))))....))))).))))))))))...))))).......))))))))....)))))))))))).))))))))))))))))))..))).
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................(((................))).........................................................((((((..(((((.(((........((........(((....)))..........))......((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).......)).).))))).....))))))........................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.bbbbbbbbbbbbb))))(((((((.[[[[[[...[[[[[[[..[[(((((<...((..aaaaaaaaaaaaaaaaaa.aaaaaaaaaaaa.aaaaaaaa.aaa.aa.)>)))eeeeeeeee({{(.ddddddd.BBBBBBBB.ddddddd(((((.cccc....)))))..)))))))))AACCCC.BBBBB((..AAA.)DD.DDD....DDDDEEEEEEEEE.)]]]]]]]]]..]]]]]]..)DD..AAAAAAAA))..AAAAAAAAAAAA.AAAAAAAAAAAAAAAAAA.DDD}}
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PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((....(((((((((........)))))....((((.......(.....))))))))).......(((((((..(((((((...((((((((((.((((((((.(((....(((((((((((((((((((.((..((((.(((((((((....)))))).)))..)))).....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...))).))))))))....))))))))))...)))))))..)))))))....))).
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ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.(((((...))))))))).((((((.(.((((...)))))......)))))).......((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((.....(.(((((.((((((((((((((((((.((((((((((((((....)))))).)))).)))))....((((((......(((...)))....(((......)))..)))))).))).)))).))))))))))...))))))......))))))))....)))))))))))).))))))))))))))))))......
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.(((((...))))))))).((((((.((((......))))......)))))).......((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((.......(((((.(((((((((((((((....((((((((((((((....)))))).)))).)))).....((((((.................................))))))....))))).))))))))))...))))).......))))))))....)))))))))))).))))))))))))))))))......
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RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.(((((...))))))))).((((((.((((......))))......)))))).......((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((..((.(.(((((.(((((((((((((((.((.((((((((((((((....)))))).)))).))))))...((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))....))))).))))))))))...))))).)))...))))))))....)))))))))))).))))))))))))))))))......
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.(((((...))))).(((((......((((......)))).......)))))......)))).((((((((((((((.((((((((((((.((((((((..((...(((((.(((((((((((((((.((.((((((((((((((....)))))).)))).))))))...((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))....))))).))))))))))...)))))..))...))))))))....)))))))))))).))))))))))))))..........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((((....))).((((((.((((......))))......)))))))).....((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((..((.(.(((((.((((((((((((((((((.((((((((((((((....)))))).)))).))))))...((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..))).))).))))))))))...))))).)))...))))))))....)))))))))))).))))))))))))))))))))))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(.....((((((........))))))(((((((((........))..)))))))((..))((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((((((.(.((((((((((((((((((((..(((((((((((((((((..)..))))).)))).))).(((......)))((.((((.((((((((..)))))))).))).).))(..))))))))).)))))))))).).))))).))).))))))))))....)))))))))))).)))))))))))))))))).)))).
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Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((..((.(.(((((.(((((((((((((((((..((((((((((((((....)))))).)))).)))).....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).))).)))).))))))))))...))))).)))...))))))))....)))))))))))).))))))))))))))))))......
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((..((((.((((((((........)))))))).......((.....))...)))).....((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((..((...(((((.((((((((..(((((.((.((((((((((((((....)))))).)))).))))))...((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))....)))))...))))))))...)))))..))...))))))))....)))))))))))).)))))))))))))))))).)))..
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((.((((((........)))))).((((......))))....((((((.........)))))).((((((((....((((.......)))))))))))).......(((((.....)))))(((((.((.(((((((((((((....)))))).)))).)))(((((.(((((..............)))))))))).........((((((...((((..........))))..))))))...))....)))))...))))))))..((((((((((.....)))..)))))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((...(((.[[[[))).((((.]]]]...aaa.......))))....((((((AAA......)))))).((((((((....((((.......)))))))))))).......(((((..bbb)))))....BBB..(((((((((((((....)))))).)))).))))))...(((((.........<<<..))))).((((.........((((((...{{{{{{{{{{.{{{{{{{{.))))))...}}}}}.}}}}}}}......)))).}}}.}}}(((..>>>)))(((.....)))