RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00286

RNA: SRP_00286
Rfam family: Fungi_SRP

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((.......))))....((((...((.(((((((((((((((((((((.((...(.....)...)).))))))))(((((.......((((...))))..(((((((....)))))))...))))).((((..(((((.((((((....(((((((.........(((.(((((((....))))))))))))))).)).(((((((.(((.(((((((((((............((((((((((..((((((((((.(((((((.((....)))))))))..))).)))).))).....(((((((((...))).)))))).((((((....(((((....(((......)))....))))).)))))).))))))).)))...)))))))...))))...)))))))))).....((...((((.(((...))))))).))....)))))))))))))))))))..)))(((...))).(((((((....))))))))))))).)).....))))......
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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..((....))..))).((((...(((((((..((((...(((((((((((((.......)))))..))))))))(((((..(((..((((...))))..(((((((....))))))))))))))).((((..(((((.((((((..(((((((((((......)).(((((((((....))))))))).)))))))))((((((.((((..((((((((((........((..(((..(((((..(((((..(((((((((((.........)))))).)))))))).))....(((((((((((((....)))))))))..))))(((((((((((...(((......)))...))))))...))))))))))...))))).)))))))))).......))))))))))........(((((((((((....)))))).)))))))))))))))))))).....)))).((((.....(((((((....))))))))))))))))))...))))......
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................(((((....(((((((..........................................................................................................................................((((((....)))))).........................(((.(((((((............(((((.((((.........(((...(((((.((....)))))))....)))....................................((((((((....((((....(((......)))....))))).))))))))))).)).)))...)))))))....))).......................................................................................................)))))))....))))).....
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ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.......))))....((((..(((((((((((......((((((((.((...(.....)...)).))))))))....))).....((((...))))..(((((((....)))))))((((((.(.((((..((((((.(((((..(((((((((.........(((.(((((((....)))))))))))))))))))((((((.((((.(((((((((((............(((.((((((..((((((((((.(((((((.((....)))))))))..))).)))).))).....(((((((((...))).)))))).((((((....(((((....(((......)))....))))).)))))).))))).).)))...)))))))...))))...)))))))))).............((((((....))))))......))))))))))))))).....).))(((...))).(((((((....)))))))))))))))))))..))))......
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))))....((((..((((((((((.......(((((((((((((.......))))))..)))))))(((((..(((..((((...))))..(((((((....)))))))))))))))(((((..(((((.((((((..(((((((((.........(.(((((((((....)))))))))))))))))))((((((.((((.(((((((((((.........(..((((((((((..(((.((.(((((((((((.((....)))))))).)))))..)..))))...(.(((((((((....))))))))))((((((..((((((......((......)))))))).....)))))).))))))).))))..)))))))))...))...))))))))))........(((((((((((....)))))).))))))))))))))))))))........)........((((((((((..))))))))))))))))))))..))))......
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.......))......((((...(.((((((................................................................................................((............................................................................(.((((((.(((((..........(((.((((((((((.....((((...((((((((.((....)))))))).))....))))................................(((((.....((((.....(((......))).....))))..))))).))))))).)))..))))))))....)))..))).).....................................................)).........................................)))))).)...))))......
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))))......(((((((..((((..(((...(((((((((((((.......)))))..))))))))(((((..(((..((((...))))..(((((((....))))))))))))))))))...))))....)))))))(((((((((.....[[[[[.(((((((((....))))))))).)))))))))..((((...........)))).....]]]]]....((((((........[[[[.[[[[[[[[[[[))))))...]]]]]].]]]]]....]]]]...(((......(((((((...)))))))[[[[[[.)))((((((...(((......)))...)))))).]]]]]].((((..........[[[)))).............]]].....(((((.((((((((((((....)))))).)))))))))))....(((((((.(((.((((...))))((((((((....)))))))).))).)))))))...........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))))....((((..((((((((.........(((((((((((((.......))))))..)))))))(((((..(((..((((...))))..(((((((....))))))))))))))).((((..((((((.(((((....((((.(((((......(((.(((((((....))))))))))))))).))))(((((.((((.(((((((((((........((.(((...(((((..(((.((.(((((((((((.((....)))))))).)))))....))))).(((....)))(((((((...)))))))((((((....((((((.(((........)))))))))....)))))).)))))))).))...)))))))...))))...)))))))))..........((((((((((....)))))).)))).))))))))))))))).......((((...)))).(((((((....)))))))....))))))))..))))......
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.......))))....((((..((((((((.........(((((((((((((.......))))))..)))))))(((((..(((..((((...))))..(((((((....))))))))))))))).((((..((((((.(((((....(((((((...........(((((((((....))))))))).)))))))..((((((.((((.(((((((((((...............(((((((..((((((((((((((((((.((....)))))))).))))).)))).))).(((((((((((((....)))))))))..))))(((((((((((...(((......)))...))))))...)))))))))))).......))))))))...)))...))))))))))........(((((((((((....)))))).)))))))))))))))))))).................(((((((((....)))))))))..))))))))..))))......
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....))))......(((..((((((((((((.....(((((((.(((((.......)))))...)))))))....(..(((..((((...))))..(((((((....)))))))))))((........................................................................................((((((.(..........(((.((((((((((..((((.....(((((((((.((....)))))))).....)))))))..............................(((((((.(..((((.(..((((......)))).)..))))))))))))))))))).)))..))).)))))...)))).....................................................................))..............................))))))))))..))).......
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....)))).....((((..(((((((((.........((((((((((((.......))))))..)))))).(((((..(((..((((...))))..(((((((....))))))))))))))).((((..((((((.(((((....((((.(((((......(((.(((((((....))))))))))))))).))))(((((.((((.(((((((((((........((.(((...(((((..(((((..(((((((((((.((....)))))))).)))))...)).))).(((....)))(((((((...)))))))((((((....((((((.(((........)))))))))....)))))).)))))))).))...))))))))...)))...))))))))).........(((((((((((....)))))).)))))))))))))))))))).......(((.....))).(((((((....)))))))...)))))))))..))))......
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((((.(((((((((..........))))))))).(((((((((((((.......)))))))..))))))(((((..(((..((((...))))..(((((((....)))))))))))))))..)))))))))).((((((.((((((((((...........(((((((((....))))))))).))))))))))..(((((.....((((((((..............((((((((....(((....)))......))))))))..((((((((........(((((..(((....)))(((((((...)))))))((((((..((((((................)))))).....))))))..)))))..))))))))))))))))((((.................)))).....)))))....))))))......((((...))))(((((((.....(((((.......((((((((..))))))))))))).)))))))...........
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.....)))......((((.....(((((................................................................................................................................................................................((.((((.(((((((............(((((.((((......((.(((...(((((.((....)))))))....)))..)).................................((((((.....((((..(.(((......)))..).))))..)))))).)))).)).)))...)))))))....))))...))..................................................................................................))))).....))))......
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.....)))......((((.....(((((................................................................................................................................................................................((.((((.(((((((............(((((.((((......((.(((...(((((.((....)))))))....)))..)).................................((((((.....((((..(.(((......)))..).))))..)))))).)))).)).)))...)))))))....))))...))..................................................................................................))))).....))))......
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))))....((((..((((((((...(((...(((((((((((((.......))))))..)))))))(((((..(((..((((...))))..(((((((....))))))))))))))).((((..(((((.((((((....((((.(((((......(((.(((((((....))))))))))))))).))))(((((.((((.(((((((((((........((.(((...(((((..(((((..(((((((((((.((....)))))))).))).))..)).)))..((.(((((..((....))..)))))))....(((((((((((...(((......)))...))))))...))))))))))))).))...)))))))...))))...))))))))).........(((((((((((....)))))).)))))))))))))))))))).....)))..........((((((((....))))))))...))))))))..))))......
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...))))))....((((..((((((((((.......(((((((((((((.......))))))..)))))))(((((..(((..((((...))))..(((((((....))))))))))))))).((((..((((((.(((((....((((.(((((......(((.(((((((....))))))))))))))).))))(((((.((((.(((((((((((...........(((...(((((..(((((.((((((((((((.((....)))))))).))))).).)).))).(((....)))(((((((...)))))))((((((....((((((.(((........)))))))))....)))))).))))))))......))))))))...)))...))))))))).........(((((((((((....)))))).)))))))))))))))))))).......((((...))))((((((((....)))))))).))))))))))..))))......
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................(((((....)))))..........................(((.(((................(((((.((((.........(((...(((((.((....)))))))....))).....................................(((((.......(((....(((......)))....)))....))))).)))).)).)))(.....))))....)))............................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))))....((((..((((((((...(((...(((((((((((((.......))))))..)))))))(((((..(((..((((...))))..(((((((....))))))))))))))).((((..((((((.(((((....((((.(((((......(((.(((((((....))))))))))))))).))))(((((.((((.((((((((((..(......((.(((...(((((..(((((..(((((((((((.((....)))))))).))).))..)).)))..((.(((((..((....))..)))))))....(((((((((((...(((......)))...))))))...))))))))))))).)).)..))))))).....))).))))))))).........(((((((((((....)))))).)))))))))))))))))))).....))).......(..((((((((....))))))))..)))))))))..))))......
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((((.((........)).((.(......)))(((((((((((((.......))))))..)))))))(((((..(((..((((...))))..((((((((..))))))))))))))))..(((((..)))))((((((.....(((((((......)).((((((((((..))))))))))).))))((((..((......).)..))))(((((..((......))(((((((..((....(...((((((((((.((....)))))))).)))))...)))).))))))))))(.(((((((...)))))))((((((..(.((((((((((((......))))))))))))))))))))(((...).)))))))).....).))).)))))))))(..)....(((.(((((((((((((..))))))).)))))))))(((.(.(((((((((((((((((...)))......(((..)))..)))))).).)))))))).)))......
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...)))))..........................................................................................................................................................................................................................................................((...................(...............)....))................(.((..(...(.(.....(...(......)...)....))....)................................(.....(((.....(......(.....).)...)))...........................................)...........)).)............................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))))....((((..((((((((.........(((((((((((((.......))))))..)))))))(((((..(((..((((...))))..(((((((....))))))))))))))).((((..(((((..(((((....................(((.(((((((....)))))))))).........((((((.((((....((((((((.................(((((..(((((..(((((((((((.((....)))))))).))).))..)).))).....(((((..((....))..)))))...........((((((.(((........)))))))))...........))))).........)))))))).........))))))))))........(((((((((((....)))))).)))))))))).)))))))))...............(..((((((((....))))))))..)))))))))..))))......
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))))....((((...(((((((..((.((..(((((((((((((.......))))))..)))))))(((((..(((..((((...))))..(((((((....))))))))))))))).((((..(((((.((((((..(((((((((.(......)..(((((((((....))))))))).)))))))))((((((.((((.(((((((((((........((.(((...(((((..(((((..(((((((((((.((....)))))))).))).))..)).)))..((.((((((..(....)..))))))))....((((((((((....(((......)))....)))))...))))))))))))).))...)))))))...))))...))))))))))........(((((((((((....)))))).))))))))))))))))))))......)).))....(..((((((((....))))))))..))))))))...))))......

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