|
|
|
AGGCUGUAAUGGCUUUUAGUGGAACCAAGUAUUUUGGGAUAUUUGGCCUGGGAACGAAACUUCCUUACGGUCAGACAUGGAUUGCACGUUUCGUCUUUGGCGGAACAAGGGGUUUUGCCAAGUUUUGGUAGGGUUCUGCGCCAUGCCCUGUUGCUUCAACCGUCUUCCUGAACCCGCCUGUUAGGGCUUGUCUCGGCUGGUGUAGUUUUCUGUGCCAGUUGGAGGGUUUAGGGCUCUGAGUUAACGUGUCCCGGUUUAACAAUCAAUCGAUCUUCGCGGGUUGCUCGUUGGCAGACAGCGCGAGAAAUCCGUUGUUUCUGUCCGAUGCGGCAAUGUAAUCUGGUCAUGUGACCUCGCCUUGACCGCCAUUAGGGGAGAUUCAUCCAGCGAUGGCAAAGGCGACCCGUGAGAGAGGCGACUGGGAUGGCACUGUUCUUAGGGUUAACAAGUACAAGUUCGGUUUAUUAUGGACGGUGGAGUCUGGUAUUUCCUACCACAUGUUGGGUGUAAACUACUCUUAGGAACCACUAACU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((.......)))).((((((.....(((((((..((((((((((((..((...(....)...))..)))))))(((((.(.....(((((((.....)))))))..(((((((...............)))))))..)))))).............((((..(..((((((((.((................(((((((((((....))))))))))))).))))))))(((((((((..(..(((((((((((..............((((((((((((((((((((((((((((((.((....))))))))))..))).)))).)))))........(((((..)))))(((((((....(((((....(((......)))....))))).)))))))))))))).)))...)))))))...))))..).)))))))))...........)..)))).)))).)...(...)..(((((((((.(......).)))))))))..))).))))........))))))...
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.....)))..(((((((..(((((((((....)))))))))(((((((.........(((.(((..(((.(((((..(((..(((((((.....)))))))..((..(((((((((...)))))))))..))))))))))..)))..((((((.((((((.(((((((((((((....)))).....((((((((..(((....)))..)))))))).)))))))))((((((((..((((((((((((............(((.((((((((((((((((((((((((((((((.((....)))))))..)))).)))))).)))))........((((....))))(((((((....((((((...(((......)))...)))))).)))))))))))))).)))..))))))))...)))).)))))))))))..........................)))))))))))).(((((.....)))))..))).)))..........)))))))..))))))))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.....)))))(((((((..(((((((((....)))))))))(((((((.(((((((.((((...((((((.(((((........))))).)))))).....)))))))))))((((....((((((((.........(((((.....(((((.(((((((.(((((((((((((....)))).....(((((((((((((....))))))))))))).)))))))))((((((((..((((.(((((((((.....(((....))).((((((((((((((((((((((((((((.........)))))..)))).)))))).)))).........((((....)))).(((((.....((((((...(((......)))...))))))..))))))))))))))......))))))))).....)))))))))))).....((((...........))))..))))))))))))..))))).))))))))....))))...........)))))))..))))))).. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(((((.....(((((((.....................................................................................................................................................................((((((....))))))..............................(((.(((((((..............(((((.((((.........(((...(((((.((....))))))).....)))...............................((((((((....((((....(((......)))....))))).))))))))))).)).)))...)))))))....)))...............................................................................)))))))........))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.......))).(((((((..(((((((((....)))))))))((((((.(((((((...........................)))))))..((((((((((.....))))))))))....((((((((............)......(((((.(((((((.(((((((((((((....)))).....(((((((((((((....))))))))))))).)))))))))((((((((.....(((((((((((..............(((((((((((((((.((((((((((((((.((....)))))))..)))))).)))...............((((....)))).....((....((((((...(((......)))...)))))).))))))))))))))).))...)))))))))...))....))))))))..........................)))))))))))).........)))))))....................))))))..))))))).. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.......))).(((((((..(((((......((........((((((....(((((.(((((.((((((....).)))))..((((........))))....))))))))))...........(((((((..........))))))).((((..((((((((((((((((.((((....))))....((((((((((((((....))))))))))).))))))))))))(((((((..(..(((((((((((..............((((((((((((((((((((((((((((((.((....)))))))..)))).)))))).)))).........((((....))))..(((((....(((((....(((......)))....))))).))))).))))))).))))...)))))))...))))..).)))))))...........................))))))).)))).(((((.....)))))....)))))).....))...))).))..))))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.....)))).(((((((..(((((((((....)))))))))((((((((((((((........((((.......))))....))))))).(((((((((((.....)))))))))))...(((((((((..........))(.....(((((.(((((((.(((((((((((((....))))...(.(((((((((((((....)))))))))))))))))))))))((((((((..((((((((((((((...........(..((((((((((((((((((((((((((((((.((....)))))))..)))))).)))).(((((.(......(((((())))))...).))).))((((((.(.(((......)))..)))))))...))))))))))))).)))..)))))))))...)).)))))))))))..((........))............))))))))))))..)......)))))))...................)))))))..))))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.......))............(.((..(....................................................................................................................((..........((.............................................................................(..((((((.(((((............(((.((((((((((.....(((.((.((((((((.((....))))))))..))..)).)))...........................(((((.....((((.....(((......))).....))))..))))).))))))).)))..))))))))....))).))))....................................)).......))..................................))).)............ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.....)))))(((((((.((((........(((...(((((((.(((((......)))))...)))))))(((((..(((..((((((((...))))))))...((((((((((((...)))))))))))).)))))))))))....((((((.((((((.(((((((((((((....))))......(((((((..(((....)))..)))))))..)))))))))((((((((.....((((...((((....))))..(((...((((((((((((((((((((((((((((.........)))))..)))).)))))).)))))........((((....))))(((((((....((((((...(((......)))...)))))).))))))))))))))).....)))........))))....)))))))).(((........)))...........)))))))))))).))))..(((((((((.....)))..(((...)))...))))))))))))).. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.....))))).((((((..(((((((((....)))))))))(((((((.(((((((.((((...((((((.(((((........))))).)))))).....)))))))))))((((....((((((((.........(((((.....((((((.((((((.(((((((((((((....)))).....(((((((((((((....))))))))))))).)))))))))((((((((..((((((((((((((..........((..(((.(((((((.((((((((((((((((((.((....)))))))..)))).)))))).)))..........((((....)))).((((((....((((((...(((......)))...)))))).))))))))))))))))..)).)))))))...)))).))))))))))).(((........)))...........))))))))))))..))))).))))))))....))))((....))...)))))))..))))))... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.......))))(((((((..(((((((((....)))))))))(({{((((......))))....)).................((((((....<<<))))))...((((((((>>>......[[))))))))...(((((.....((((((aa.aaaaaaa((((((((((((((....))))......((((((((((((....))))))))))))..))))))))))aaaaaaa.....aa..aaaa....................(((((((((((((((((((((((((((.((....))))))))..))).)))))).)))))........((((....))))(((((((....((((((...(((......)))...)))))).))))))))))))))....))))))AAAA)))))AA....AAAAAAA...........................AAAAAAAAA................]].......................}}....))))))).. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.....)))).....(((..((((((((((((.....(((((((.(((((......)))))...)))))))....(..(((..((....((...))....))..(((((..........((.....)))))))))))((.......................................................................................................((((((.(............(((.((((((((((..((((.....(((((((((.((....)))))).)).....))))))).........................(((((((.(..((((.(..((((......)))).)..))))))))))))))))))).)))..))).)))))...)))).............................................................))..................))))))))))..)))...... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.....)))).(((((((..(((((((((....)))))))))(((((((...............(.((.......)...........((((...))))((((.....))))(((((.....)))))((((..........))))....(((((.(((((((.(((((((((((((....)))).....(((((((((((((....))))))))))))).)))))))))((((((((..((((((((((((((..............((((((((((.(((((((((((((((((((.((....)))))))..)))).)))))).)))).........((((....)))).((((((....((((((...(((......)))...)))))).)))))).)))))))).))...))))))))...))).))))))))))).(((........)))...........)))))))))))).(((((.....))))).......).).........)))))))..))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...))))))(((((((..((((((((((..))))))))))((((((((((((((.(((...[[[[[[.....)))......))))))).(((((((((((.....)))))))))))...((((((((.....(((({{{{{.....{{{{{.{{{{{{{.(((((((((((((....)))).....(((((((((((((....))))))))))))).))))))))){{{{{{{{......{{{{{{{{{.................(((((((((((((((((((.((((((((.........))))))))....(((...)))......((((((((((..)))))...(((]]]]]].....)))..)))))...)))))))........))))))))))))...))))}}}}}}}}}........}}}}}}}}..........................}}}}}}}}}}}}..}}}}}.))))))))...................)))))))..))))))).. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.....))).....((((......(((((..............................................................................................................................................................................................................((...((((.(((((((..............(((((.((((......((.(((...(((((.((....))))))).....)))..))............................((((((.....((((..(.(((......)))..).))))..)))))).)))).)).)))...)))))))....))))..))...........................................................................))))).........))))..... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.....))).....((((......(((((..............................................................................................................................................................................................................((...((((.(((((((..............(((((.((((......((.(((...(((((.((....))))))).....)))..))............................((((((.....((((..(.(((......)))..).))))..)))))).)))).)).)))...)))))))....))))..))...........................................................................))))).........))))..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.....)))))(((((((..(((((((((....)))))))))(((((((.........(((.(((..(((.(((((...((..(((((((.....)))))))..((..((((((((.....))))))))..)))).)))))..)))..(((((.(((((((.(((((((((((((....)))).....((((((((..(((....)))..)))))))).)))))))))((((((((..((((((((((((............(((.((((((((((((((((((((((((((((((.((....)))))))..)))).)))))).)))))........((((....)))).((((((....((((((...(((......)))...)))))).)))))).))))))).)))..))))))))...)))).)))))))))))..........................)))))))))))).(((((.....)))))..))).)))..........)))))))..))))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...))))))(((((((..(((((((((....)))))))))(((((((..............(((((...[[[[)))))...((((((((...))))))))...........(((.....))).(((((..........)))))...(((((.(((((((.(((((((((((((....))))...(.(((((((((((((....)))))))))))))))))))))))((((((((..((((((((((((((..............((((((((((((((((((((((((((((((.((....)))))))..)))).)))))).)))).........((((....)))).((((((....((((((...(((......)))...)))))).))))))))))))))).))...))))))))...))).))))))))))).(((........)))...........)))))))))))).(((((.....)))))]]]]...............)))))))..))))))).. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................(((((....)))))...............................(((.(((..................(((((.((((.........(((...(((((.((....))))))).....)))................................(((((.......(((....(((......)))....)))....))))).)))).)).)))(.....))))....)))....................................................................................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.....)))))(((((((..(((((((((....)))))))))(((((((.........(((.(((..(((.(((((...((..(((((((.....)))))))..((..((((((((.....))))))))..)))).)))))..)))..((((((.((((((.(((((((((((((....)))).....((((((((..(((....)))..)))))))).)))))))))((((((((..((((((((((((............(((.((((((((((((((((((((((((((((((.((....)))))))..)))).)))))).)))))........((((....)))).((((((....((((((...(((......)))...)))))).)))))).))))))).)))..))))))))...)))).)))))))))))..........................)))))))))))).(((((.....)))))..))).)))..........)))))))..))))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.....)))))(((((((((((((((((......))))))))((((((.(((((((...(.((..(((((..)))))..))).)))))))))))))(..).((((((((((((((((...((((((((((((...(((((((.(((.(...)))((((((((((.(((((.........((((((((((((((((((............))))))).)))......((((.............))))((((((((((..((((((((((((((((((..((((..(((((.(((((.(((..))))))))...)))))))).).....((...))(((((((.............)))))((((((((((((......))))))))))))..))...)))))))).)))).))))))..((........))..)..))))))))).))))))))))))))..)))))))))..))))))))))))))))))))...))))).).))))..))))).).))))))))).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((...)))))........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((...........(((.................................)))..................(................................((.(................).))....................................).................).)....... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.....)))).(((((((..(((((((((....)))))))))(((((((..............................((..(((((((.....)))))))..((..(..(((((.....)))))..)..)))).............(((((..((((((.(((((((((((((....))))......(((((((..(((....)))..)))))))..)))))))))((((((((...(((((.((((((................(.((((((((.((((((((((((.(((((.((....)))))))...))).)))))).)))..........((((....)))).((((((....((((((...(((......)))...)))))).))))))))))))))..).....))))))....))).)).))))))))..........................)))))).)))))...................................)))))))..))))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.....)))))(((((((.((((........(((...(((((((.(((((......)))))...)))))))(((((..(((..(((((((.....)))))))..((..(..((((((...))))))..)..)))))))))))))....(((((.(((((((.(((((((((((((....)))).....((..((((..(((....)))..))))..)).)))))))))((((((((..((((((((((((............(((.((((((((((((((((((((((((((((((.((....)))))))..)))).)))))).)))))........((((....)))).((((((....((((((...(((......)))...)))))).)))))).))))))).)))..))))))))...)))).)))))))))))..........................)))))))))))).))))..((((((......(((.......)))......))))))))))))).. |