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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00287



RNA: SRP_00287
Rfam family: Fungi_SRP

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.....)))..(((((((..(((((((((....)))))))))(((((((.........(((.(((..(((.(((((..(((..(((((((.....)))))))..((..(((((((((...)))))))))..))))))))))..)))..((((((.((((((.(((((((((((((....)))).....((((((((..(((....)))..)))))))).)))))))))((((((((..((((((((((((............(((.((((((((((((((((((((((((((((((.((....)))))))..)))).)))))).)))))........((((....))))(((((((....((((((...(((......)))...)))))).)))))))))))))).)))..))))))))...)))).)))))))))))..........................)))))))))))).(((((.....)))))..))).)))..........)))))))..)))))))))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.....)))))(((((((..(((((((((....)))))))))(((((((.(((((((.((((...((((((.(((((........))))).)))))).....)))))))))))((((....((((((((.........(((((.....(((((.(((((((.(((((((((((((....)))).....(((((((((((((....))))))))))))).)))))))))((((((((..((((.(((((((((.....(((....))).((((((((((((((((((((((((((((.........)))))..)))).)))))).)))).........((((....)))).(((((.....((((((...(((......)))...))))))..))))))))))))))......))))))))).....)))))))))))).....((((...........))))..))))))))))))..))))).))))))))....))))...........)))))))..)))))))..
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................(((((.....(((((((.....................................................................................................................................................................((((((....))))))..............................(((.(((((((..............(((((.((((.........(((...(((((.((....))))))).....)))...............................((((((((....((((....(((......)))....))))).))))))))))).)).)))...)))))))....)))...............................................................................)))))))........)))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.......))).(((((((..(((((((((....)))))))))((((((.(((((((...........................)))))))..((((((((((.....))))))))))....((((((((............)......(((((.(((((((.(((((((((((((....)))).....(((((((((((((....))))))))))))).)))))))))((((((((.....(((((((((((..............(((((((((((((((.((((((((((((((.((....)))))))..)))))).)))...............((((....)))).....((....((((((...(((......)))...)))))).))))))))))))))).))...)))))))))...))....))))))))..........................)))))))))))).........)))))))....................))))))..)))))))..
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.......))).(((((((..(((((......((........((((((....(((((.(((((.((((((....).)))))..((((........))))....))))))))))...........(((((((..........))))))).((((..((((((((((((((((.((((....))))....((((((((((((((....))))))))))).))))))))))))(((((((..(..(((((((((((..............((((((((((((((((((((((((((((((.((....)))))))..)))).)))))).)))).........((((....))))..(((((....(((((....(((......)))....))))).))))).))))))).))))...)))))))...))))..).)))))))...........................))))))).)))).(((((.....)))))....)))))).....))...))).))..)))))))..
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.....)))).(((((((..(((((((((....)))))))))((((((((((((((........((((.......))))....))))))).(((((((((((.....)))))))))))...(((((((((..........))(.....(((((.(((((((.(((((((((((((....))))...(.(((((((((((((....)))))))))))))))))))))))((((((((..((((((((((((((...........(..((((((((((((((((((((((((((((((.((....)))))))..)))))).)))).(((((.(......(((((())))))...).))).))((((((.(.(((......)))..)))))))...))))))))))))).)))..)))))))))...)).)))))))))))..((........))............))))))))))))..)......)))))))...................)))))))..)))))))..
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((.......))............(.((..(....................................................................................................................((..........((.............................................................................(..((((((.(((((............(((.((((((((((.....(((.((.((((((((.((....))))))))..))..)).)))...........................(((((.....((((.....(((......))).....))))..))))).))))))).)))..))))))))....))).))))....................................)).......))..................................))).)............
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.....)))))(((((((.((((........(((...(((((((.(((((......)))))...)))))))(((((..(((..((((((((...))))))))...((((((((((((...)))))))))))).)))))))))))....((((((.((((((.(((((((((((((....))))......(((((((..(((....)))..)))))))..)))))))))((((((((.....((((...((((....))))..(((...((((((((((((((((((((((((((((.........)))))..)))).)))))).)))))........((((....))))(((((((....((((((...(((......)))...)))))).))))))))))))))).....)))........))))....)))))))).(((........)))...........)))))))))))).))))..(((((((((.....)))..(((...)))...)))))))))))))..
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.....))))).((((((..(((((((((....)))))))))(((((((.(((((((.((((...((((((.(((((........))))).)))))).....)))))))))))((((....((((((((.........(((((.....((((((.((((((.(((((((((((((....)))).....(((((((((((((....))))))))))))).)))))))))((((((((..((((((((((((((..........((..(((.(((((((.((((((((((((((((((.((....)))))))..)))).)))))).)))..........((((....)))).((((((....((((((...(((......)))...)))))).))))))))))))))))..)).)))))))...)))).))))))))))).(((........)))...........))))))))))))..))))).))))))))....))))((....))...)))))))..))))))...
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.......))))(((((((..(((((((((....)))))))))(({{((((......))))....)).................((((((....<<<))))))...((((((((>>>......[[))))))))...(((((.....((((((aa.aaaaaaa((((((((((((((....))))......((((((((((((....))))))))))))..))))))))))aaaaaaa.....aa..aaaa....................(((((((((((((((((((((((((((.((....))))))))..))).)))))).)))))........((((....))))(((((((....((((((...(((......)))...)))))).))))))))))))))....))))))AAAA)))))AA....AAAAAAA...........................AAAAAAAAA................]].......................}}....)))))))..
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.....)))).....(((..((((((((((((.....(((((((.(((((......)))))...)))))))....(..(((..((....((...))....))..(((((..........((.....)))))))))))((.......................................................................................................((((((.(............(((.((((((((((..((((.....(((((((((.((....)))))).)).....))))))).........................(((((((.(..((((.(..((((......)))).)..))))))))))))))))))).)))..))).)))))...)))).............................................................))..................))))))))))..)))......
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.....)))).(((((((..(((((((((....)))))))))(((((((...............(.((.......)...........((((...))))((((.....))))(((((.....)))))((((..........))))....(((((.(((((((.(((((((((((((....)))).....(((((((((((((....))))))))))))).)))))))))((((((((..((((((((((((((..............((((((((((.(((((((((((((((((((.((....)))))))..)))).)))))).)))).........((((....)))).((((((....((((((...(((......)))...)))))).)))))).)))))))).))...))))))))...))).))))))))))).(((........)))...........)))))))))))).(((((.....))))).......).).........)))))))..)))))))..
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...))))))(((((((..((((((((((..))))))))))((((((((((((((.(((...[[[[[[.....)))......))))))).(((((((((((.....)))))))))))...((((((((.....(((({{{{{.....{{{{{.{{{{{{{.(((((((((((((....)))).....(((((((((((((....))))))))))))).))))))))){{{{{{{{......{{{{{{{{{.................(((((((((((((((((((.((((((((.........))))))))....(((...)))......((((((((((..)))))...(((]]]]]].....)))..)))))...)))))))........))))))))))))...))))}}}}}}}}}........}}}}}}}}..........................}}}}}}}}}}}}..}}}}}.))))))))...................)))))))..)))))))..
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((.....))).....((((......(((((..............................................................................................................................................................................................................((...((((.(((((((..............(((((.((((......((.(((...(((((.((....))))))).....)))..))............................((((((.....((((..(.(((......)))..).))))..)))))).)))).)).)))...)))))))....))))..))...........................................................................))))).........)))).....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((.....))).....((((......(((((..............................................................................................................................................................................................................((...((((.(((((((..............(((((.((((......((.(((...(((((.((....))))))).....)))..))............................((((((.....((((..(.(((......)))..).))))..)))))).)))).)).)))...)))))))....))))..))...........................................................................))))).........)))).....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.....)))))(((((((..(((((((((....)))))))))(((((((.........(((.(((..(((.(((((...((..(((((((.....)))))))..((..((((((((.....))))))))..)))).)))))..)))..(((((.(((((((.(((((((((((((....)))).....((((((((..(((....)))..)))))))).)))))))))((((((((..((((((((((((............(((.((((((((((((((((((((((((((((((.((....)))))))..)))).)))))).)))))........((((....)))).((((((....((((((...(((......)))...)))))).)))))).))))))).)))..))))))))...)))).)))))))))))..........................)))))))))))).(((((.....)))))..))).)))..........)))))))..)))))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...))))))(((((((..(((((((((....)))))))))(((((((..............(((((...[[[[)))))...((((((((...))))))))...........(((.....))).(((((..........)))))...(((((.(((((((.(((((((((((((....))))...(.(((((((((((((....)))))))))))))))))))))))((((((((..((((((((((((((..............((((((((((((((((((((((((((((((.((....)))))))..)))).)))))).)))).........((((....)))).((((((....((((((...(((......)))...)))))).))))))))))))))).))...))))))))...))).))))))))))).(((........)))...........)))))))))))).(((((.....)))))]]]]...............)))))))..)))))))..
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................................................................................................................(((((....)))))...............................(((.(((..................(((((.((((.........(((...(((((.((....))))))).....)))................................(((((.......(((....(((......)))....)))....))))).)))).)).)))(.....))))....))).......................................................................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.....)))))(((((((..(((((((((....)))))))))(((((((.........(((.(((..(((.(((((...((..(((((((.....)))))))..((..((((((((.....))))))))..)))).)))))..)))..((((((.((((((.(((((((((((((....)))).....((((((((..(((....)))..)))))))).)))))))))((((((((..((((((((((((............(((.((((((((((((((((((((((((((((((.((....)))))))..)))).)))))).)))))........((((....)))).((((((....((((((...(((......)))...)))))).)))))).))))))).)))..))))))))...)))).)))))))))))..........................)))))))))))).(((((.....)))))..))).)))..........)))))))..)))))))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.....)))))(((((((((((((((((......))))))))((((((.(((((((...(.((..(((((..)))))..))).)))))))))))))(..).((((((((((((((((...((((((((((((...(((((((.(((.(...)))((((((((((.(((((.........((((((((((((((((((............))))))).)))......((((.............))))((((((((((..((((((((((((((((((..((((..(((((.(((((.(((..))))))))...)))))))).).....((...))(((((((.............)))))((((((((((((......))))))))))))..))...)))))))).)))).))))))..((........))..)..))))))))).))))))))))))))..)))))))))..))))))))))))))))))))...))))).).))))..))))).).)))))))))..
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((...)))))........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((...........(((.................................)))..................(................................((.(................).))....................................).................).).......
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.....)))).(((((((..(((((((((....)))))))))(((((((..............................((..(((((((.....)))))))..((..(..(((((.....)))))..)..)))).............(((((..((((((.(((((((((((((....))))......(((((((..(((....)))..)))))))..)))))))))((((((((...(((((.((((((................(.((((((((.((((((((((((.(((((.((....)))))))...))).)))))).)))..........((((....)))).((((((....((((((...(((......)))...)))))).))))))))))))))..).....))))))....))).)).))))))))..........................)))))).)))))...................................)))))))..)))))))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.....)))))(((((((.((((........(((...(((((((.(((((......)))))...)))))))(((((..(((..(((((((.....)))))))..((..(..((((((...))))))..)..)))))))))))))....(((((.(((((((.(((((((((((((....)))).....((..((((..(((....)))..))))..)).)))))))))((((((((..((((((((((((............(((.((((((((((((((((((((((((((((((.((....)))))))..)))).)))))).)))))........((((....)))).((((((....((((((...(((......)))...)))))).)))))).))))))).)))..))))))))...)))).)))))))))))..........................)))))))))))).))))..((((((......(((.......)))......)))))))))))))..