RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00290

RNA: SRP_00290
Rfam family: Fungi_SRP

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((.......)))))((((((..(.((((((((.(..((((((((((..((........))..)))))))((((((..........((((((.....))))))..))))))...................((((....)))).((((((...(.((.(((((((((.(........((((((((((....(((((((((((((.((....)))))))).))))))).............(((((((((((((...))).)))))))))).........(((((....((((....(((......)))....)))).)))))..))))))))))...).)))))...)))))))..))))))...)))...)..(((((.((((((((..((((..))))..)))))))))))))))))))))..)...)))))).............
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....))).((((((((..(((((((((.(((....(((((((((((.......)))).)))))))...(((((........((((((.....))))))..(((.(((((((.((((.((((...(((((....)))))((((((.....((((((((((((......(((.((((..((((..(((((((((((((((.((....)))))).))))))))).))......((.((((((((((((((...))).)))))))))))..))....((((((...((((....(((......)))....))))))))))..))))..))))..))))))))))).....)))))))))).............))))))))))))).......)).)))...)))))....))))))))))..))..))))))))........)))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.....)))))(((((((..((((((((((.((((..(((((((((((.......)))).)))))))((((((..(((((.(((((....))))))))))..))))))(((.(((((.(((((...(((((....)))))((((((.....((((((((((((.((....(..((((((((((....(((((((((((((.((....)))))).)))))))))...((((.((..((((((((((((((...))).))))))))))).....))))))..((((((((....(((......)))....)))).))))...)))))))))))..)))))))))).....)))))))))).............))))))))))))).))))...(((((.....)))))....))))))))..))..)))))))............
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................(((......(((((((...............................................................................................((((((....)))))).............(((.(((((((........(((((.((((.....((((...(((((.((....)))))))....))))...................................................((((((((...((((....(((......)))....)))))))))))))))).)))))...)))))))....)))............................................................................)))))))....))).......
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.......)))((((((((..((((((((((.(((...((((((((((((....).)))).)))))))((((((..(((((.(((((....))))))))))..))))))......(((((((.(((((((((....)))))((((((.....((((((((((((......((..((((((((((..(((((((((((((((.((....)))))).))))))))).)).((......((((((((((((((...))).)))))))))))........))((((...((((....(((......)))....))))))))....))))))))))))...)))))))).....))))))))))...............))))))))))).....)))(((((.....)))))....))))))))..))..))))))))...........
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............((((((((..((((((((((.......(((((((.(((.......)))..)))))))((((((..((((..(((((....))))).))))..))))))......(((((((.(((((((((....)))))((((((.......(..(((((((..........((((((((((..(.(((((((((((((.........)))).)))))))))..).........(((((((((((((.....)).))))))))))).................(((......................)))........)))))))))).....))))))).......)..))))))...............))))))))))).........((((.....)))).....))))))))..))..))))))))...........
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.......)))))((((((..(.((((((((...(((.(((((((.(((.......)))..)))))).((((((..........((((((.....))))))..))))))((((.(((....(((....((((....)))).((((((...(.((.(((((((((.(........((((((((((....(((((((((((((.((....)))))).)))))))))............((((((((((((((...))).)))))))))))........(((((....((((....(((......)))....)))).)))))..))))))))))...).)))))...)))))))..))))))........))).)))..))))...((..(((....)))..))..).)))....))))))))..)...)))))).............
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.....))))((((((((..((((((((((.(((...(((((((((((((())).)))).)))))))((((((.((((((.(((((....)))))))))).)))))))......(((((((.(((((((((....)))))((((((.....((((((((((((......(((.(((((((((((((((((((((((((((.((....)))))).))))))))).)).(((.((..((((((((((((((...))).))))))))))).....)))))((((...((((....(((......)))....)))))))).)).))))))))))..))))))))))).....))))))))))...............))))))))))).....)))(((((.....)))))....))))))))..))..))))))))...........
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((.......))................((((((....................................................................................((.((.((..................((((......(.((((.(((((......(((.((((((((((.......((((.(((((.((....)))))))..)))).......................................................(((((....((((....(((......)))....)))).)))))..))))))))))..))))))))....)))..)..)))))..............)).))))................)................)))))............................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............((((((((....((((((((.(((...(((((((((((.......)))).)))))))((((((..........((((((.....))))))..))))))(((((.((((.((((...(((((....)))))((((((.....((((((((((((......(((.((((((((((....(((((((((((((.........)))).)))))))))...((((.(((.((((((((((((((...))).)))))))))))..)))..))))..((((((((....(((......)))....)))).))))...))))))))))..))))))))))).....)))))))))).............))))))))))))).....)))(((((.....)))))....))))))))......))))))))...........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.....))))).((((((..(((((((((.(((.((.(((((((((((.......)))).)))))))((((((..((((..(((((....))))).))))..))))))((((.(((((.((((....((((....)))).((((((.....((((((((((((......(((.(((((((((((((((((((((((((((.((....)))))).))))))))).)).(((.((..((((((((((((((...))).))))))))))).....)))))....(((((((....(((......)))....)))).))).)).))))))))))..))))))))))).....)))))))))).............)))))))))))))....(....)(((.....))).)).))))))))))..))..)))))).............
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.......)))((((((((..((((((((((.......(((((((((((.......)))).)))))))((((((.((((...((((([[..)))))]])).))))))))((((.((((.(((((...(((((....)))))((((((....(({{.((((((((......(((.((((((((((..(((((((((((((((.........))))).)))))))).)).((......((((((((((((((...))).)))))))))))........))((((...((((....(((......)))....))))))))....))))))))))..)))))))))))...)).}}.)))))).............)))))))))))))........(((((.....)))))....))))))))..))..))))))))...........
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.....)))))....(((..((((((((((.......(((((((.(((......)))...)))))))....(.(((........................))))((.................................................((((((.(......(((.((((((((((..(((.....(((((((.((....))))))))......).)))...........................................((((((....(.(..(((((..((((......)))).).))))))))))))))))))))))..))).)))))...))))...............................................................)))).............))))..))..)))...
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.....))))).((((((..(((((((((.(((.(..(((((((((((.......)))).)))))))((((((..((((..(((((....))))).))))..))))))((((.((((.(((((...(((((....)))))((((((.....((((((((((((......(((.(((((((((((.(((((((((((((((.((....))))))).)))))))).)).((...(..((((((((((((((...))).))))))))))).....)..))((((...((((....(((......)))....))))))))..).))))))))))..))))))))))).....)))))))))).............)))))))))))))........(((((.....)))))).))))))))))..))..)))))).............
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((......[[[[[[[[[....[[[[[[[[.[[[...(((((((.(((((..)))))...)))))))((((((..........((((((.....))))))..))))))[[[[[.....[[[[[...(((((....)))))[[[[[[.....[[[[[[[[[[[[..........[[[[[[[[[[....(((((((((((((.........))))).))))))))............((((((((((((((...))).))))))))))).........(((((((....))))))).......[[[...))))).]]]....]]]]]]]]]].....]]]]]]]].....]]]]]]]]]].............]]]]]...]]]]].....]]](((((.....)))))....]]]]]]]]......]]]]]]]]]..........
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.....))).....((((......(((((...................................................................................................((......))..........((....(((.(((((((........(((((.((((....(.(((...(((((.((....)))))))....))).)...................................................((((((....((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))).)))))...)))))))....)))..)).........................................................................)))))....)))).......
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.....))).....((((......(((((...................................................................................................((......))..........((....(((.(((((((........(((((.((((....(.(((...(((((.((....)))))))....))).)...................................................((((((....((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))).)))))...)))))))....)))..)).........................................................................)))))....)))).......
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.....)))))(((((((..((((((((((.(((...(((((((((((.......)))).)))))))(((((.(((.......((((((.....))))))))))))))(((.(((((.(((((...(((((....)))))((((((.....((((.(((((((......(((.((((..((((..(((((((((((((((.((....))))))).)))))))).)).((......((((((((((((((...))).)))))))))))....))..((((((...((((....(((......)))....))))))))))..))))..))))..))))))))))......)))))))))).............))))))))))))).....)))(((((.....)))))....))))))))..))..)))))))............
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((...))))))(((((((....(((((((.(((....((((((((((((....).)))).)))))))((((((.((((((.(((((....)))))))))).)))))))((((.((((.(((((...(((((....)))))((((((.....((((((((((((......(((.(((((((((((((((((((((((((((.((....))))))).)))))))).)).(((.((..((((((((((((((...))).))))))))))).....)))))((((...((((....(((......)))....)))))))).)).))))))))))..))))))))))).....)))))))))).............)))))))))))))........(((((.....)))))..))))))))))......)))))))............
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................(((((....)))))..............(((.(((............(((((.((((.....((((...(((((.((....)))))))....))))....................................................((((((.....(((....(((......)))....)))..)))))).)))).)))))(.....))))....))).................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.....)))))(((((((..((((((((((.(((...(((((((((((.......)))).)))))))((((((.((.......((((((.....))))))))))))))(((((.((((.((((...(((((....)))))((((((.....((((.(((((((......(((.((((..((((..(((((((((((((((.((....)))))).))))))))).)).((......((((((((((((((...))).)))))))))))....))..((((((...((((....(((......)))....))))))))))..))))..))))..))))))))))......)))))))))).............))))))))))))).....)))(((((.....)))))....))))))))..))..)))))))............
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.....)))))(((((((..(((((((((.((((((.(((((((((((.......)))).)))))))(((((.(((.......((((((.....))))))))))))))(((.(((((.(((((...(((((....)))))((((((.....((((.(((((((......(((.((((..(((((((((((((((((((((.((....))))))).)))))))).))(((.((((.((((((((((((((...))).)))))))))))...).)))))).((((.((((....(((......)))....)))).)))))).))))..))))..))))))))))......)))))))))).............))))))))))))).....)))(((((.....)))))..))))))))))..))..)))))))............
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((((.....))))(((((.(.(((((((...(((..))).)))))))........((((((..((.(..)((((((.((((((.((((......))))))))).))))))).((((...(((((.((((((((((..))))))..((......)).(((((.(((........))(((((((((((((.(((((..((((((...........))))..(((.......))).((((..(((((((((((((...))).))))))))))....).)))(((((((((....)))))))))..((......))))))))).)).)))))))))))..(((((((..(((....)))))))))..)....))))))..)))))))))(((..))).(((((........)))))))))...))..)))))).))))))....)......
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................((.......))............(.(...((......(................(((.............))).)................(.................((.(..........))).......................................(..((....)).)................((.....))................)..)))...................)..........
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.....)))))(((((((..((((((((((.......(((((((((((.......)))).)))))))(((((..((.......((((((.....)))))))).)))))((((.((((.(((((...(((((....)))))((((((..........(((((((......(((.((((..((((..(((((((((((((((.((....))))))).)))))))).)).........((((((((((((((...))).))))))))))).........(((((...((((....(((......)))....)))))))))...))))..))))..))))))))))..........)))))).............)))))))))))))........(((((.....)))))....))))))))..))..)))))))............
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.....)))))(((((((..((((((((((.(((...(((((((((((.......)))).)))))))((((((.((.......((((((.....))))))))))))))(((.(((((.(((((...(((((....)))))((((((.....((.(((((((((......(((.((((..((((..(((((..((((((((.((....)))))).))))..))).)).((......((((((((((((((...))).)))))))))))....))..((((((...((((....(((......)))....))))))))))..))))..))))..))))))))...))))))...)))))).............))))))))))))).....)))(((((.....)))))....))))))))..))..)))))))............
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............(((..(((.....))))))..((((.(((((((((((((((.......)))).)))))))...(((((........))))).....(((((((....)).))))).)))).........(((((....)))))..)))).......(((((...(((((.....)))))...((((....)))).((((((((.((....)))))).))))...(((((.......)))))..(((((((.....))))))).((((.......)))).((((((......))))))...(((.............))).....((((......))))..((((((.....))))))............)))))..(((((..((((.....)))).(((.....))).(((..........)))...))))).(((......))).

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