RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00292

RNA: SRP_00292
Rfam family: Fungi_SRP

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....))).....(((((..((((((((..(((((..(((((((((((((.......))))))..))))))).((((..(((..((((...))))..(((((((.....))))))))))))))..((((..((((..((((((..(((((((((...((.....)).(((((((....)))))))...))))))))).............((((((((((........((.(((...(((((..((((((..((((((((((.((....)))))))).))).)..))).)))..........((((((((...))))).)))...(((((((((.....(((......))).....))))...))))))))))))).))...))))))))))((((..((((......)))).))))......(((((....))))).......)))))).))))))))......)))))......(.(((((((....))))))).)..))))))))..)))))...))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))))...(((((..(((((((((.(((((..(((((((((((((.......)))))..))))))))(((((..(((..((((...))))..((((((((...)))))))))))))))).((((..((((...(((((..(((((((((...((....))(((((((((....))))))))).)))))))))(((((((......((((((((((...(((..((((((...((((...(((....))).(((((((.((....)))))))))))))..))).)))...)))..(((((((((((((.((((((((.(((...........))))))))....))).((....)).)))).)))))).....)))..))))))))))..........))))))).........((((((((((....)))))..))))))))))..))))))))......)))))........(((((((....)))))))...)))))))))..))))).....
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................(((((..(((((((.............................................................................................................................................((((((....)))))).........................(((.(((((((............(((((.((((.........(((...(((((.((....)))))))....)))....................................((((((((....((((....(((......)))....))))).))))))))))).)).)))...)))))))....))).........................................................................................................)))))))..))))).....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.......))).....((((..((((((((.........(((((((((((((.......)))))..)))))))).((((.((((.(((.....(((((.((.((.((((....).))))).)).)))))....)))))))))))...(((((((((.........((.((((((((....)))))))))))))))))))((((((.((((.(((((((((((............((((((((((..(((....(((((((((((.((....)))))))).)))))((((((..............(((((((...)))))))..(((...........)))(((......))).)))))).....)))..))))))).)))...)))))))))...))...))))))))))......................................................((.((((((((..((.....))....)))))))).))))))))))..))))......
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.......)))....(((((..((((((((((........(((((((.((...(.....)...)).))))))).(((((.......((((...))))..((((((.......))))))...))))).((((..((((...(((((..(((((((((.........(((.(((((((....)))))))))))))))))))(((((((.(((.(((((((((((............(((.((((((..((((((((((.(((((((.((....)))))))))..))).)))).)))...........(((((((...)))))))((((((....((((.....(((......))).....)))).)))))).))))).).)))...)))))))...))))...)))))))))).((((................))))..........)))))..)))))))).......(((((((((.((......))..))))))))).))))))))))..))))).....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....))))....(((((..((((((((.........(((((((((((((.......)))))..)))))))).((((.((((.(((.....(((((.((.((.((((....).))))).)).)))))....)))))))))))...(((((((((.........(((.(((((((....)))))))))))))))))))((((((.((((.(((((((((((........((..((((((((((..(((..(((((((((((((.((....)))))))).)))))((((((.............((((((((...))))))).)(((.((....))..)))(((......))).))))))..)).)))..))))))).))))).)))))))))...))...)))))))))).............(((((((...............)))))))............((.(((((((((.((.....))..).)))))))).))))))))))..))))).....
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.......)).............(.((((....................................................................................................((..........((...............................................................(.((((((.(((((..........(((.((((((((((.....((((...((((((((.((....)))))))).))....))))................................(((((.....((((.....(((......))).....))))..))))).))))))).)))..))))))))....)))..))).)...........................................)).......))............................................)))).).............
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))))...(((((..((((((((..(((((..(((((((((((((.......))))))..)))))))(((((..(((..((((...))))..((((((((...)))))))))))))))).((((..((((..((((((..(((((((((...........(((((((((....))))))))).)))))))))((((((.......((((((((((...........(((...(((((..((((((...(((((((((.........)))))).)))....))).)))...........(((((((...))))))).....(((((((((.....(((......))).....))))...)))))))))))))......))))))))))...........)))))).........((((((((((....))))..)))))))))))).))))))))......)))))........(((((((....)))))))....))))))))..))))).....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))))...(((((..(((((((((.(((((..(((((((((((((.......))))))..))))))).((((.((((.(((.....(((((.((.((.((((....)))).)).)).)))))....)))))))))))...(((((((((.........(((.(((((((....))))))))))))))))))).(((((.((((.(((((((((((........((.(((...(((((..((((((((((((((((((.((....)))))))).))))).)))).)))...........(((((((...)))))))((((((....((((.....(((......))).....)))).)))))).)))))))).))...)))))))...))))...)))))))))..(((((........(((((....)))))........))))).((....))......)))))......(.(((((((....))))))).).)))))))))..))))).....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.......))))...(((((..((((((((.........(((((((((((((.......))))))..))))))).((<<.<<<<.<<<.....<<<<..(((((({{.....))))}}...))))>>>>((..>>>>>>>>>(((..(((((((((...((.....))((((((((....))))))))..)))))))))((((((.((((.(((((((((((...............(((((((..((((((((((((((((((.((....)))))))).))).)))))).)))...........(((((((...))))).))....(((((((((.....(((......))).....))))...)))))))))))).......))))))))...)))...))))))))))..[[.....((((((((((....)))))..))))))))]]......))......((.(((((((((.((.....))...))))))))).))))))))))..))))).....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....))))......(((..((((((((((((.....(((((((.(((((.......)))))...)))))))....(..(((..((((...))))..(((((((.....)))))))))))((........................................................................................((((((.(..........(((.((((((((((..((((.....(((((((((.((....)))))))).....)))))))..............................(((((((.(..((((.(..((((......)))).)..))))))))))))))))))).)))..))).)))))...)))).....................................................................))..............................))))))))))..))).......
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....))))....(((((..(((((((((.(((((..(((((((((((((.......))))))..))))))).((((.((((.(((.....(((((.((.((.(((......))).)).)).)))))....)))))))))))...(((((((((.........(((.(((((((....))))))))))))))))))).(((((.((((.(((((((((((........((.(((...(((((..((((((((((((((((((.((....)))))))).))))).)))).)))..........((((((((...))))).)))....((((((((.....(((......))).....))))...)))).)))))))).))...))))))))...)))...)))))))))..(((((....(((.(((((....)))))...)))..))))).((....))......)))))......(.(((((((....))))))).).)))))))))..))))).....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.[[[[[.............[[[[[[[[[[[[[[[..(((((((((((((.......))))))..)))))))(((((.......((((...))))..((((((((...))))))))...))))).[[[[..[[[[..[[[[[[.((((((((((...........(((((((((....))))))))).))))))))))............[[[[[[[[[[...............[[[[[[[)))))....(((((((((((.........)))))).))))).((((...............(((((((...))))))))))).(((((((((.....(((......))).....))))...)))))]]]]]]].......]]]]]]]]]]((((.................))))......((((((..)))))).......]]]]]].]]]]]]]]......]]]]]........(((((((....)))))))..]]]]]]]]]]..]]]]].....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.....)))......((((...(((((...................................................................................................................................................................................((.((((.(((((((............(((((.((((......((.(((...(((((.((....)))))))....)))..)).................................((((((.....((((..(.(((......)))..).))))..)))))).)))).)).)))...)))))))....))))...))....................................................................................................)))))...))))......
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.....)))......((((...(((((...................................................................................................................................................................................((.((((.(((((((............(((((.((((......((.(((...(((((.((....)))))))....)))..)).................................((((((.....((((..(.(((......)))..).))))..)))))).)))).)).)))...)))))))....))))...))....................................................................................................)))))...))))......
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ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...))))))...(((((..(((((((((.(((((..(((((((((((((.......))))))..))))))).((((.((((.(((.....(((((.....((((...))))..........)))))....)))))))))))...(((((((((.........(((.(((((((....)))))))))))))))))))((((((.((((.(((((((((((...........(((...(((((..((((((((((((((((((.((....)))))))).))))).)))).)))..........((((((((...)))))).))...(((((((((.....(((......))).....))))...)))))))))))))......))))))))...)))...)))))))))).........((((((((((....)))))..))))).....................)))))........(((((((....)))))))...)))))))))..))))).....
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................(((((....)))))..........................(((.(((................(((((.((((.........(((...(((((.((....)))))))....))).....................................(((((.......(((....(((......)))....)))....))))).)))).)).)))(.....))))....)))............................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))))...(((((..((((((((..(((((..(((((((((((((.......))))))..)))))))(((((...((..((((...))))..(((((((.....))))))))).))))).((((..((((..((((((..(((((((((...((.....)).(((((((....)))))))...)))))))))((((((.((((.(((((((((((........((.(((...(((((..((((((..((((((((((.((....)))))))).))).)..))).)))..........((((((((...))))).)))...(((((((((.....(((......))).....))))...))))))))))))).))...)))))))).....))).))))))))))..............(((((....))))).......)))))).))))))))......)))))......(.(((((((....))))))).)..))))))))..))))).....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((....((((((...)))).))..))))))....((((((.((....))))))))((((((((((((.(((((((((....(.((((...))))...)(((((((......))..(((.(.((((((..)).))))).)))(..(((((((((((..)......((((((((((..)))))))))))))))))))))..))))).)))))))))((((........))))(.((((..(((..(((((..(((((((((((.((....)))))))).)))))......(((......))).))))))))..)))).)..((((((..(.((((((((((((......)))))))))))))))))))).)))))).))))).((.((((((.(((((.....(..)(((((..........)))))(((..)))(((((((((((((((..))))))..)))))))))(((...))).((((((((..)))))))).)))))))))).).))..).....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...))))).................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(.........(.(((..........................................................(..(((.........((.....(....)))..............((.....((((..................))))).)....................))).)....))).)...............)...
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))))...(((((..((((((((..(((((..(((((((((((((.......))))))..)))))))(((((..(((..((((...))))..((((((((...)))))))))))))))).((((..((((..((((((..(((((((((....(.....)..(((((((....)))))))...)))))))))((((((.((((....((((((((........((.(((...(((((..((((((..((((((((((.((....)))))))).))).)..))).))).............((((.....))))........((((((((.....(((......))).....))))...)))).)))))))).))...)))))))).........))))))))))..........(((((((((....)))))..)))).)))))).))))))))......)))))......(.(((((((....))))))).)..))))))))..))))).....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))))....((((..((((((((..(((((.....((((((((((.......))))))..))))...(((((..(((..((((...))))..(((((((.....))))))))))))))).((((..((((..((((((..(((((((((...((.....)).(((((((....)))))))...)))))))))((((((.((((.(((((((((((........((.(((...(((((..((((((..((((((((((.((....)))))))).))).)..))).)))..........((((((((...))))).)))...(((((((((.....(((......))).....))))...))))))))))))).))...)))))))...))))...))))))))))..............(((((....))))).......)))))).))))))))......)))))........(((((((....)))))))....))))))))..))))......

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