RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00294

RNA: SRP_00294
Rfam family: Fungi_SRP

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....))).....(((((..((((((((((.((....((..(((((((((.......))))))..)))..))..((..((((...))))..(((((((....))))))))).))....((((..((((((.(((((..(((((((((.........(((.(((((((....)))))))))))))))))))..((((.((((.((((....((((..........(((((((..(((.((....(((((((((((.((....)))))))).))))).))))).)))))))...(((.(((((((((.(((...((((((....((((.....(((......))).....)))).)))))).))).)....)))).)))).))))))))))).))))))))..........(((((((((((....)))).))))))))))))))))))))))...............((((((....)))))).))))))))))..)))))..))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))))...(((((...(((((((((((((((...((((.((((((.......))))))((((.((((..((.((((((((....))))))))))..))))..))))...((((((((..(((((.((((((..(((((((((.((....))..(((((((((....))))))))).)))))))))((((((.((((..((((((.(((.......(((.(((((((((((((((....))).(((((((.((....))))))))).)))))......))))))).....((((((((((.((((((((.(((...........))))))))....))).((....)).)))).)))))).)))......))).)))))).......))))))))))........(((((((((((....)))))).))))))))))))))))))))........)))).)))))))))....).....)))))))))...)))))....
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.......)))....(((((..((((((((((..(....((((((((.((...(.....)...)).))))))))...)..((((...))))..(((((((....)))))))....((.(.((((..((((((.(((((..(((((((((.........(((.(((((((....)))))))))))))))))))((((((.((((.(((((((.((........(.(.((((((........((((.(((.(((((((.((....)))))))))..)))....)))))))))).).)....(((((....(((...((((((....((((.....(((......))).....)))).)))))).))).....)).))).)).)))...))))...))))))))))..............(((((....))))).......))))))))))))))).....).))......((((((....)))))).))))))))))..)))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....)))).....((((..(((((((((((......(((((((((((((.......))))))..)))))))..((((((((...))))..(((((((....))))))).....))))((((..(((((.((((((..(((((((((.........(((.(((((((....)))))))))))))))))))((((((.((((.(((((((.(((.........(.(((((((..((.(((....(((((((((((.((....)))))))).))))).))))).))))))).)....(((((((...))))))).....(((((((((.....(((......))).....))))...)))))..............))).)))).....))).))))))))))(((.............(((....))))))......)))))))))))))))...............((((((....)))))))))))))))))..)))).....
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.......))................((((((.................................................................................................((.............................................................((((((......(((.(((((..........(((.((((((((............(((.(((((.((....)))))))..)))......................................((......(((((((.....(((......))).....))))...))))).)))))).))...))))))))....))).......)))))).........................................)).......................................))))))...............
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))))...(((((..(((((((((((......(((((((((((((.......)))))..)))))))).(((..((((...))))..(((((((....))))))))))..((((((((..((((((.(((((..(((((((((.........(((.(((((((....)))))))))))))))))))((((((.((((.(((((((.(((.......(((((((((((..(((..(((..(((((((((((.........)))))).))))))))))).))))))).....((((((((((.((((((((.(((...........)))))))))))..............)))).))))))))))......))).))).....)))).))))))))))........(((((((((((....)))).))))))))))))))))))))))........))))...((((((....)))))))))))))))))..)))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((((..(((((((((.(.(((((((.((.(((...((((.(((((((.......))))))).(((.((.((((.(((.....(((((.((.((((.........)))).)).)))))....)))))))))))).((((((((((.........(((.(((((((....)))))))))))))))))))).))))))).))))))))).((((((.((((((.(((((((..(((..(((..(((((((((((.((....)))))))).))))))))))).))))))).(((((((((((((((.(((.((.(((((....((((.....(((......))).....)))).)))))))))).))).)).)))..))))))).((((.((((.....))))...))))..(((((.....))))))))))).))))))..).))))))))).....))))))))))......((.((((((....)))))).)).........
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.......))))...(((((..(((((((((((......(((((((((((((.......))))))..)))))))......(((.....)))..(((((((....))))))).....((((((((..(((((.((((((...((((([[[[.......((((((((((((....))))))))).))))))))(({{{{{.{{{{.....(((((.............(((((((..(((..((...(((((((((((.((....)))))))).))))).))))).)))))))....)))))...........))......(((((((((.....(((......))).....))))...))))).............]]]].......((((...}}}}}}}}}.....))))......(((((....))))).......)))))))))))))))........))))...((((((....)))))))))))))))))..)))))....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....))))......(((..((((((((((((........((((.(((((.......)))))...))))....(((...............(((((((....)))))))))).((........................(..(((((...........((((((((......)))))))).)))))..)...............(((((.(..........(((.(((((((((.(........((((((((((.((....)))))))).)))))....................................(((((((.(..((((.(..((((......)))).)..))))))))))))))))))..)))..))).)))))...).)).....................................................................)).......................))))))))))..)))......
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....)))).....((((...(((((((((.(.((..(((((((((((((.......))))))..))))))))).)..((((...))))..(((((((....))))))).....((((((((..((((((.(((((..(((((((((.........(((.(((((((....))))))))))))))))))).(((((.((((.((((((................(((((((..(((..((...(((((((((((.((....)))))))).))))).))))).))))))).....((((((((.((.(((.(.((((((....((((.....(((......))).....)))).)))))))))).))..)).)))..))))))...)))...)))))))))..........((((((((((....))))).))))).)))))))))))))))........))))...((((((....)))))).)))))))))...)))).....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((.......(((((((((..((((((((...............(((((((.......))))))).(((((((...[[[[[[....(((((.(((((((....)))))))......)))))....((((...))))..((((((((((...........(((((((((....))))))))).)))))))))))))))))....))))))))((((((.(((((((.(((((((((...))))....)))))]]]]]]......((((((((........(((((............(((((((...)))))))((((((...(((((................)))))......))))))..)))))..))))))))(((((((.((((.................)))).........)))))))))))))).))))))....))))))))).........)))))(((((((..)))))))......................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.....)))......((((.....(((((........................................................................................................................................((......))........................(((((((.(((((((............((((.((((......((.(((...(((((.((....)))))))....)))..)).................................((((((.....((((..(.(((......)))..).))))..)))))).)))).))..))...)))))))....))))..)))...........................................................................................))))).....)))).....
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.....)))......((((.....(((((........................................................................................................................................((......))........................(((((((.(((((((............((((.((((......((.(((...(((((.((....)))))))....)))..)).................................((((((.....((((..(.(((......)))..).))))..)))))).)))).))..))...)))))))....))))..)))...........................................................................................))))).....)))).....
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RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................(((((....)))))..........................(((.(((................((((.((((.........(((...(((((.((....)))))))....))).....................................(((((.......(((....(((......)))....)))....))))).)))).))..))(.....))))....)))....................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((((..(((((((((.(((((((((.(..(....((..(((((((((.......))))))..)))..))......((((...(((((.(((((((....)))))))......)))))....).))).((((...((((((((((.........(((.(((((((....))))))))))))))))))))..)))))..).))))))).((((((.(((((((...(..((((..(((((..(((((((((((.((....)))))))).))).))..)).))).((((.(....(((((((...))))))))))))(((((((((.....(((......))).....))))...)))))))))..)..((((((..(((..(.((((.((((.....))))...)))).).)))..))))))..))))))).)))))).)).))))))))).....)))))))))).((((....))))........................
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(......).((((...((...))...((((((((.....(((((((..(((((((.......))))))).((((((((((.((((((((((..))))))))))....(((..(((((...))..(((((..)))))((((((...((((((((...(..)...((((((((((..))))))))))))))))))((((((...((.(((...(((((((((.((......))((((((..((....(...((((((((((.((....)))))))).)))))...)))).))))))))..)))))...)))))))))))((((((..(.((((((((((((......))))))))))))))))))).(((...).)))))))).)))..)))..))))))))))((.(.(.(((.((((((((.((((..)))).)).))))))))).))))..))))))).((..((...))(((((((..))))))))))))))))).).)))......
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...)))))................................................................................................................................................................................................................................................(..(.(...........(............(.(................)..).....)..........(.....(...(.(...(......)...).)..).....)....(..(((......(.(..((..............(..((....))...)........................))............).)...)))...)...............).)..).......................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.......)).......(((...(((((((.........((..(((((((((.......))))))..)))..))......(((.....)))..(((((((....))))))).........((((...((((..(((((..(((((((((.........(((.(((((((....))))))))))))))))))).(((((.((((.......................(((((((...((.......(((((((((((.((....)))))))).)))))...))..)))))))......(((((((((....(((((.(((...........))))))))........((....)).)))).)))))............................)))))))))....................................))))).)))).))))...............((((((....))))))...)))))))...)))......
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((((..(((((((((.(((((((((.(..(....((..(((((((((.......))))))..)))..))..((.(((.....(((((.((.((((.........)))).)).)))))....))))).((((...((((((((((.........(((.(((((((....))))))))))))))))))))..)))))..).))))))).((((((.(((((((.....(((..((((((((.(((((((((((.((....)))))))).)))))....)))).......(((((((((((((((.(((...((((((....((((.....(((......))).....)))).)))))).))).))).)).)))..))))))).((((.((((.....))))...))))..))))..))).....))))))).)))))).)).))))))))).....)))))))))).((((....))))........................

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