CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00295



RNA: SRP_00295
Rfam family: Bacteria_small_SRP

GGGGGCUCUGUUGGUUCUCCCGCAACGCUACUCUGUUUACCAGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCAAGGCAGAUGACGCGUGUGCCGGGAUGUAGCUGGCAGGGCCCCCACCCAAUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((((.((((...((((((.....(((....(((....)))....)))..))))))....)))))...)))))...))))))))))))))))........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))).)).))))).).)))..)))))))))........))
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................((((.......(((....(((....)))....)))....))))............................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))).))).))))...))))))))))))))))........
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.................................(((....)))...................................))))))))))))))))........
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...)))))...................
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................(((...((((......(((((((((((....)))))))))))...))))....))).....................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))).)).))))).).))))))))))))))))........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((((((((((((((((...((((((.....(((....(((....)))....)))..))))))....)))).)).))))).).)))))))))...............
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((((.((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))))...)))))...))))))))))))))))........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((..((((((((....(((....(((....)))....))).))))))).)..)))).)).))))).).))))))))))))))))........
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((..((((...((((((............(((....))).........))))))....))))....)))))...))))))))))))))))........
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(.((((...(....((((...((((......((((....(((....)))....))))...))))....))))......).....)))).)..................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((......(((((..((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....))))....)))))........)))))))))))........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))).)).)))))...))))))))))))))))........
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((((((((((((..((((((((....(((....(((....)))....))).))))))).)..)))).)).))))).).)))..)))))))))))........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))).)).)))))...))))))))))))))))........
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((..))))))..)))))).(((..)))))).))))))).))).)))).).))))))))))))))))........
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((........((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)))))).))).)))).).))))))........))........
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).))).)))).).))))))))................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((.(((((((((.((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).))..)))).).)))).)))................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))).)).)))))...))))))))))))))))........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((..((((....(((.....)))((((..(((....)))....(((..)))...))))))))....)))))...))))))))))))))))........
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((....(((....)))....))))...................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))............................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((....(((....)))....))))...................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))............................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((....(((....)))....))))...................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................(((.....(((....))).....)))...................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((.(((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))).))).))))...)))..)))))))))))........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((((((((((.(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))))..)))).)).)))))...))))))))))))))))........
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((..((((...(((((((.............................)))))))....))))....)))))...))))))))))))))))........
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................(((....(((....)))....)))....................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))..............................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................((((......((((....(((....)))....))))...))))............................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))).)).))))).).)))..)))))))))))........
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))).)).)))))...))))))))))))))))........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))).))).)))).).)))..)))))))))))........
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((..((((((((.(..(((((((((((..))))))))))))))))))).)..)))).)).))))).).))))))))))))))))........
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.......................................(..(..(...(.....(....(.((.............))..)..)......))...).).............)....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(.(((((.(((((..((((...(((((......(((....(((....)))....)))...)))))....))))....)))))...))))).).................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))).)).))))).).)))..)))))))))))........
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((((((((...((((((.....(((....(((....)))....)))..))))))....)))).)).)))))...))))))))))))))))........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((.(((((((((((...((((..(....(((....(((....)))....))).)..))))....)))).)).)))))...)))..)))))))))))........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..(((((((.(((....(((.....))).(((...........................))).)))..)).)))))....)))))))))))))))........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((..(((((...((((((....[[[[....(((.....))).[[[.....)).))))..........)))))]]].]]]].((((((.......)))))).....)))........