|
|
|
GCUGGGCGUGGUGGCGUGCGCCUGUAAUCUAGCUACUUGGAGGCCAGGGUGCGGGAUUUCGUGGGACCGGGAGUUCUGGCAUAUGGGUGCUCAUGUUGAUCGGGCGUCCACGCUAAGCACGGCGCCGAUAUGGAUGAGCUGUCGGAGGACGGGUUGUCCAGGUCGUCUAAGGAGGGGCGGACCGGCCCAGGGGGGAAACCCAGCAGGCAAAAGUCCCCGCGUGGUGCGGUAGCGGGAUAGCGCCUGUGAAUGGUGUCCAUGUGACAGCCCGGUUGGCGCGUGAAGACCGCCUCCUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((........)))))).((((.((((..(((.....(((((((....(((.((((.((((..((((.((...(((((((((.(((((.((((.((((((((.(((((((.(((((....))))).))))))).))))((...)).(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...))))))).)))))).)))).)))).)))))))))).......)))..)))).))))...
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..(((.(((((..((((((((.(.(((((.((..(((((...)))))..)).))))).)....(((((((....(((.((((((((..(.(((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.((((..(.(((((....))))).)..)))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...)))))))...))))..)))))))).))))))))))))))))))...))))).)))...) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...((((.....)))).....)))))).....((((((....((((((((((((.........)))))))).))))...(((..((((((((((((((((((..((((......))))...((((((((.....(((((.(((((...)))))...((((((......)))))).)))))(((..(((....))).((((((....(((((((((...)))).....)))))...))))))...))).))))))))))).)))))))))..))))))..))))))))).... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((......))))).......((........))......((((.......(((((..(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))......)))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((........)))))).............((((...))))((.((((.....((((.(((((((....(((.(((((((((((.(((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.(((((((.(((((....))))).))))))).))))........(((((......(((..(((......)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...)))))))...)))))))))))))).))))))))))..))))......)))).))..... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((........))))))....(((((....))))).......................(((((((....(((.(((((((((..((((.((...(((((((((.(((((.((((.((((((((.(((((((.(((((....))))).))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...))))))).)))))).))))))))).))))))))))........................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((........)))))).......))).....((((((.........((....((((.(((((((....(((.(((((((((..((((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.(((((((.(((((....))))).))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...)))))))...)))).))))))))).))))))))))..))))......)))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((((......)))))))........))....(((...)))(((.((((..(((((((.(((((((....(((.(((((((((((.(((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.(((((((.(((((....))))).))))))).))))........(((((......((((.(((......))).)..)))....))))).)))).))))..)))))))...)))))))...)))))))))))))).))))))))))..)))).)))..)))).))).... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((..........)))).........(((.......)))...(((......(((((((.(((((((....(((((((((((((((.(((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...)))))))))))))))))))))))))..)).)))))......)))..... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((....[[[[........))))))...]]]].((((.((((.....((((.(((((((....(((.((((((((....(((......(((((((...(((((.((((.((((((((.(((((((.(((((....))))).))))))).))))(((....)))...((((..(((....(((....)))....)))....))))..)))).))))..))))).....)))))))...)))...)))))))).))))))))))..))))......)))).))))... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((.....)))))))...)))))............((((.((((..(((((((.(((((((....(((.(((((((((((.(((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.(((((((.(((((....))))).))))))).)))).........((((......)))).(((((.....((....))......))))))))).))))..)))))))...)))))))...)))))))))))))).))))))))))..)))).)))..)))).))))... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((...((((((((...(((((.((..(((((...)))))..)).)))))......(((((((....(((.(((((((((((.(((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.(((((((.(((((....))))).))))))).))))..............(((..(((....(((....)))....)))....)))...)))).))))..)))))))...)))))))...)))))))))))))).))))))))))))))))))....)).......... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((.....))))))).....((........)).))).(((((((.(..(((((((.(((((((....(((.((.(((((.((((((.((..((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).)))......((((...(.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))))..))))))))...)))))))))))))))).)))))).))))))))))..)))).)))..)))))))).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((........))))))......................((((.((((..(((((((.(((((((....(((.(((((((((((.(((....(.(((((((((.(((((.((((.((((((((.(((((((.(((((....))))).))))))).)))).........((((......)((....(((....)))....))......)))..)))).))))..))))))))...)))))))..)))))))))))))).))))))))))..)))).)))..)))).))))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...[[[[[[[[[[[[[.............(((((...))))).((((((..)))))).[[[[[[[....[[[.[[[[[[[[[[[[.........[[[[[[[[[[[[[.....(((((.((((((.........)))))).(((((...)))))..)))))........((((......))))...[[[[[..)))))).........]]]]]]]]]]]...............]]]]]]].....]]]]]]]]]]]].]]]]]]]]]]]]]]]]]]....]]]]]....... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((.(...)..))))))..(((((((....(((((..(((((((....((((((((.((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))).))))))))))))))).....)))))...))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((.(...)..))))))..(((((((....(((((..(((((((....((((((((.((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))).))))))))))))))).....)))))...))))))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.[[[[[..))))))........]]]]].........((((.((((..(((((((.(((((((....(((.(((((((..((.(((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.(((((((.(((((....))))).))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...)))))))...)))))..))))))).))))))))))..)))).)))..)))).))))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((......)))))))......................((((.((((..(((((((.(((((((....(((.(((((((((((.(((....(.(((((((((.(((((.((((.((((((((.(((((((.(((((....))))).))))))).))))...................(((....(((....)))....)))..........)))).))))..))))))))...)))))))..)))))))))))))).))))))))))..)))).)))..)))).))))... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...((((.....)))).....))))))............((((.((((.....((((.(((((((........((((((((((((.........(((((((...(((((.((((.((((((((.(((((((.(((((....))))).))))))).)))).........((((......))))..(((((..................))))))))).))))..))))).....))))))).....))))))))))))....)))))))..))))......)))).))))... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................(((........))).....((((.......(((((...((((((..............................((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..)))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...))))))..(......)............))))))......)))))......)))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.(((((..((((((((.(.(((((.((..(((((...)))))..)).))))).)....(((((((....(((.((((((((..(.(((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.((((..(.(((((....))))).)..)))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...)))))))...))))..)))))))).))))))))))))))))))...))))).))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.(((((........)))))((.(((((.((..(((((...)))))..)).))))).))..)).(((((....(((.(((((((..((.(((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.(((((((.(((((....))))).))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...)))))))...)))))..))))))).))))))))..((((.((....))))))....... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.(((((..((((((((.(.(((((.((..(((((...)))))..)).))))).)....(((((((....(((.((((((((..(.(((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.((((..(.(((((....))))).)..)))).))))..........((.((((..(((....(((....)))....)))....)))))))))).))))..)))))))...)))))))...))))..)))))))).))))))))))))))))))...))))).))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((........))))))))(((((((((((((((...)))))))))))))))....((((((...))))))..((..))...((((((((((..(((.((.((...........)))))))..))))))))))....(((((((((((((((((((((((((((..)))))).))))(((((((((((..)))))(((((((.((...((((((((...)))).)..))).))..)))))))..))).)))..)).))))))))))))(((((......).))))))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((................................................(((......)))..........))...(...(...(..(.((........((.(((.((.(((((...((.(((.((((.(((...(((...(........))))..))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))).))).))....)))))))....)))).)........................)))).........)........)..... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((..(((((..((((((((.(.(((((.((..(((((...)))))..)).))))).)....(((((((....(((.((((((((..(.(((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.((((..(.(((((....))))).)..)))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...)))))))...))))..)))))))).))))))))))))))))))...)))))..)).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((..(((((..(..(((((.(.((((..((..(((((...)))))..))..)))).)....(((((((....(((.((((((((..(.(((......(((((((((.(((((.((((..((((((..((((..(.(((((....))))).)..))))..)))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))..))))..)))))))...)))))))...))))..)))))))).)))))))))))))))..)...)))))..)).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((....))))..((((((.(((..((..((((.....))))..))..))).....(((.((((.....)))).((((((....)))))).....((((......(((......))).((((((.........)))))).((((.....)))).((((((((......)))).)))).))))..........))).))))))........((((.....))))...((((.....(((.......)))(((.....)))..))))...((((.((....))))))....... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((...aaaaa))))))....(((.<<<.((((..{{{))))..((((....))))))).((((.}}}.)))).((((((....))))))..(((((.((((.>>>AA......)))))))))...(((..[[[)))...((((.]]].)))).((((((((..ccc.)))).)))).CCC....(((((.................)))))bbb.bbbbb...)))......BBBBBBBB..(((.....)))..(((......)))((((.((....))))))AAA.... |