RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00300

RNA: SRP_00300
Rfam family: Metazoa_SRP

			GCCGGACGUAGCGGUGUGCGUCUGUAAUCCAACUACUAGGAGGCCGGGUAUAUGAAUGGUUUGAGAUGAGGAGUUCUGUGAGCAUUGCGCCUAUGUAGAUCGGAUGUCCACAGUAAGCUUGGCGUCAACAUGGUUAUAUUGUCGGAGGAUAGAAUACCCAGGUUGUUUAAUGAGAGAGGUAACGGCUCAGGGGAGAAAUCCUGCAGGCAAAACUCUCCACGUCAUUCGGUAUUGGGAUAGCAUCUGUGAAUAGAGCAGUGUUGGCAGCCUCAUCAAUAUGACCAGACUCGUACCUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((((......)))))))....(((........)))))).((((((..(..(((((...(((((((....((((.((((((((.(.....(....(((((((((.(((((.(..((((((((((.(((.(((.(((((....))))).))).))).))))(.....).(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))..)..)))))))...))))))).)....).)))))))).))))))))))).....)))))..)..))))))...
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((((......)))))).....(((........)))))).((((((.....(((((...(((((((....((((..(((((((...(((((((((....(((((.(((((....((((((.(((((((.(((..((((....))))..))).)))...))))......(((((.(....(((...((((....))))...)))...)))))).)))))).....))))))))))..))))))..)))..)))))))..))))))))))).....))))).....))))))...
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((......))))).......((........))......((((......(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))......))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((........)))))))....((........)).....((((((.....(((((...(((((((....((((.((((((((..((((......(((((((((.(((((.(..((((((((((.(((.(((.(((((....))))).))).))).))))........(((((......((((((((......)))))..)))....))))).))))))..)..))))))))...))))))...)))).)))))))).))))))))))).....))))).....))))))...
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((........))))))....(((........))))))...(.((..(..(((((...(((((((....((((.((((((((..((((......(((((((((.(((((.(..((((((((((.(((.(((.(((((....))))).))).))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))..)..)))))))...)))))))...)))).)))))))).))))))))))).....)))))..)..)).).....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......)))))))....(((........)))))).((((((.....(((((...(((((((....((((.(((((((...((((.(....(((((((((.......(((.((((.((((.(((.(((.(((((....))))).))).))).))))......(((((........(((....(((....)))....)))....)))))..)))...).)))....))...))))))).).))))..))))))).))))))))))).....))))).....))))))...
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......))))))))...(((........))).)).((((((..(..(((((...(((((((....((((.((((((((..(((((.....(((((((((.(((((.(..((((((((((.(((.(((.(((((....))))).))).))).))))........(((((......((((((((......)))))..)))....))))).))))))..)..))))))))...)))))))..)))).)))))))).))))))))))).....)))))..)..))))))...
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((..........)))).........(((.......))).....(......(((((((.(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...)))))))))))))))))))))))))..)).)))))......).......
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((......)))))))(((.[[[...)))..]]]....((((((.....(((((...(((((((....((((.((((((((..((((.(((((....(((((.(((((....((((((((((.(((.(((.(((((....))))).))).))).))))........(((((......(((...((((....))))...)))....))))).)))))).....))))))))))..)))))...)))).)))))))).))))))))))).....))))).....))))))...
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......)))))))....(((........)))))).((((((.....(((((...(((((((....((((.((((((((..((((......(((((((((.(((((....((((((((((.(((.(((.(((((....))))).))).))).))))........(((((......((((((((......)))))..)))....))))).)))))).....)))))))...)))))))...)))).)))))))).))))))))))).....))))).....))))))...
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((([[......))))))....(((..]]....)))))).((((((.....(((((...(((((((....((((.((((((((..((((......(((((((((.(((((....((((((((((.(((.(((.(((((....))))).))).))).))))........(((((......((((((((......)))))..)))....))))).)))))).....))))))))...))))))...)))).)))))))).))))))))))).....))))).....))))))...
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......))))))).....((........)).)))..((((((.(..(((((((.(((((((....(((((((((((.((.((((.((..((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).)))......((((...(.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))))..))))))))...)))))))))))))))).)))))))))))))))))..)).)))))..)).)))))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......))))))))...(((........))).)).((((((.....(((((...(((((((....((((.((((((((..((((......(((((((((.(((((....((((((((((.(((.(((.(((((....))))).))).))).))))........(((((......((((((((......)))))..)))....))))).)))))).....))))))))...))))))...)))).)))))))).))))))))))).....))))).....))))))...
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......)))))))).............((((((.(((((.......(((((...(((((((....((((.((((((((..((((((......((((((............)))))).)))))).........((((......((((((..(((((((.............)))))))..((((((......(((..)))...)))))).........)))))).........))))........)))))))).))))))))))).....))))).)))))..))))))
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......)))))))....(((.(...)..)))))).((((((((...(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...))))))))...
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......)))))))....(((.(...)..)))))).((((((((...(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...))))))))...
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.[[[[[[[))....]]]]]]]....(((........)))....((((((.....(((((...(((((((....((((.((((((((..((((.(((((....(((((.(((((....((((((((((.(((.(((.(((((....))))).))).))).))))........(((((......(((...((((....))))...)))....))))).)))))).....))))))))))..)))))...)))).)))))))).))))))))))).....))))).....))))))...
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((.(...)))))))))...(((........)))....((((((.....(((((((.(((((((....((((.((((((((..((((......(((((((((.(((((....((((((((((.(((.(((.(((((....))))).))).))).))))......(.(((((.(....((((((((......)))))..)))...))))))))))))).....))))))))...))))))...)))).)))))))).)))))))))))..)).))))).....))))))...
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......)))))))).....................((((((.....(((((...(((((((....((((.((((((((..((((......(((((((...(((((....((((((.............(((((....))))).....................(((((.........(((((......))))).........))))).)))))).....))))).....)))))))...)))).)))))))).))))))))))).....))))).....))))))...
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................(((........))).....((((......(((((....((((((...(....).....................((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..)))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...))))))......................))))))......)))))......))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((((......)))))).....(((........)))))).((((((..(..(((((...(((((((....((((.((((((((..((((.(((((.(..(((((.(((((.(..((((((((((.(((.(((.(((((....))))).))).))).))))........(((((......(((...((((....))))...)))....))))).))))))..)..)))))))))).))))))...)))).)))))))).))))))))))).....)))))..)..))))))...
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....((((.......))))..(((........)))..)))).(((.....(((((...(((((((....((((.((((((((..((((.(((((....(((((.(((((....((((((((((.(((.(((.(((((....))))).))).))).))))........(((((......(((...((((....))))...)))....))))).)))))).....))))))))))..)))))...)))).)))))))).))))))))))).....))))).....)))......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......)))))))....(((........)))))).((((((..(..(((((...(((((((....((((.((((((((..((((......(((((((((.(((((.(..((((((((((.(((.(((.(((((....))))).))).))).))))......(.(((((......(((...((((....))))...)))....))))))))))))..)..)))))))...)))))))...)))).)))))))).))))))))))).....)))))..)..))))))...
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(..).((((((((...........).))).))))(((((((((((((((((..))......(((.(...).)))((((.(((((.(((........).))))))).)))).(((((.............)))))((((.((..))))))..)))))).)))))))))....((((((((..(.(...((((..))).)(((((((((.(((((((((((.((........))..(((..))))))).).)))))).)))))))))..(((......)))....))...))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(..........................................(......)...(......))...(((...(......(.(..(....(.(..(...(((..((((.(((((......((((((((.((((..(.(.(((....)))).)..)).)).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))).)......)))))))...)).)).)...............).).).).)...).........)...).....))...
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......)))))))....(((........)))))).((((((..(..(((((...(((((((....((((.((((((((..((((......(((((((((.(((((.(..((((((((((.(((.(((.(((((....))))).))).))).))))........(((((.......(((((((......))))).))......))))).))))))..)..))))))))...))))))...)))).)))))))).))))))))))).....)))))..)..))))))...
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((((......)))))).....(((........)))))).((((((.....(((((...(((((((....(((..((((((((..((((......(((((((((.(((((....((((((((((.(((.(((..((((....))))..))).))).))))........(((((......((((((((......)))))..)))....))))).)))))).....)))))))...)))))))...)))).))))))))..)))))))))).....))))).....))))))...
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))...............(((((.((((((..((((...............)))).(((.((((.......))))......((((((............))))))..))).......(((((....))))).))))))...(((((...((((...........)))).((((....))))...))))).....((((.............)))).(((((.((((.......)))))))))...))))).....(((((......)))))......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((..<<<.))))))))..........>>>...((((((..........))))))..(((((((.(((.....))).....((((..........(((((.((.((....)))))))))......[[[[(...((({{{{))).((((((....)).))))..aaaa....}}}})..AAAA.((((....))))..))))......]]]]..((((.(((....)))....(((.((((.......)))))))))))..)))))))..(((((......)))))......

---