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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00301



RNA: SRP_00301
Rfam family: Fungi_SRP

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((..((((...))))..((((((.(((((((.....(((((((((..((((....((((..((((((((((.(((((..(((((.((((((....((((((((((....)))))).))))..)))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...))))))))))))...)))))..)).))).)))))...)))))))))))))..)))))))))))).)))))))))).)))))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............(((((..(((((((........................................(((.(((((((.(((((((((.......(((....(((.((....)).)))....)))............((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))))))))....)))))))....))).............................)))))))..)))))...
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............(((((..(((((((.((((.((....((((((((((.....((..(((.(((((.......))))).)))..)).((((((.((.((((((((((....)))))).)))))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...))))))))))))..................((((.((......)).)))).)))))))))))).)))))))))))..)))))...
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............(((((..(((((((.((((.((....((((((((((.........(((.((((.........)))).))).....((((((.((.(((.((((((....))))))..))))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...))))))))))))..................((((............)))).)))))))))))).)))))))))))..)))))...
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.......)).((((((..((((((.(((((.(((.(.(((((((.......(((..(((.((((.........)))).)))..)))((((((...((...((((((....)))))).))....))))))......))))...))).).))).)........(.(((((((((....((.......))...........((((.((......)).))))..))))))))).)..))))))))))..))))))..
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .............((((((..(((((((.((((.((....((((((((((....(((..(((.(((((.......))))).)))..)))((((((.((.((((((((((....)))))).)))))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...))))))))))))..................((((.((......)).)))).)))))))))))).)))))))))))..))))))..
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.......)).........(((((..................((..((.....................((((.(((.(((((((((....((.((.((((((((((....))))))).)))))))...........(.((((....((((....(((....)))....)))).)))))..))))))))..)..))).))))..................))..)).............)))))..........
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((..((((...))))..(((((((.((((.......((((((((((.((((....((((..((((((((((.(((..(((..(((((((((....((((((((((....)))))).))))..)))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...)))))))))))))))..))).....))).)))...))))))))))))))).))))))))))...))))))))))).)))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.....))).((((((..(((((((.((((.(((....(((((((((.((((....((((..((((((((((.(((..(((..((.((((((.((.((((((((((....)))))).)))))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...)))))))))))).))..))).....))).)))))...))))))))))))).)))))))))))).)))))))))))..))))))..
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.......))..(((((..(((((((.((((.((....((((((((((..........((...(((((.((((.(((..(((.....((((((.((.((((((((((....)))))).)))))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...)))))))))))).....))).....))).))))....))))).))......)))))))))))).)))))))))))..)))))...
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.....)))....(((...((.((..((............((..........))....((.(((((((((((.(((((.(((((((....(.(..(((.((((.((....)).))))..)))).)...........((((((.(..(((((..((((....)))).).))))))))))).)))).)).).)).))).)))))...)))))))).....................)).))))....))).....
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.....))).((((((..(((((((.((((.((....((((((((((.((((....(((...((((((((((.(((..(((..((.((((((.((.((((((((((....)))))).)))))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...)))))))))))).))..))).....))).)))))...))))).))))))).)))))))))))).)))))))))))..))))))..
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .............((((((..(((((((((((((((((........(((((((((((((((..)))))......((((((((.......((((((........((((((....)))))).......)))))).....((((.........)))).))))))))...[[[[[[[[[)))))))))).))))).)))))....((((............))))..]]]]]]]]].......)))))))..))))))..
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PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.....)))...((((...(((((...................................(....((((.(((((((.(((((((((....((..((....(((.((....)).)))....)).))...........((((((....((((..(.(((....)))..).)))).)))))).)))))))))....)))))))....))))..)..........................)))))...))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.....))).((..((..((((((.(((((.(((....(((((((((.((((....((((..((((((((((.(((..(((..((.((((((.((.((((((((((....)))))).)))))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...)))))))))))).))..))).....))).)))))...))))))))))))).)))))))))))).)))))))))))..))..))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((...)))).((((((..(((((((.((((.......((((((((((.((((....((((..((((((((((.((((((((.....((((((.((.((((((((((....)))))).)))))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...)))))))))))).....)))..)).))).)))))...))))))))))))).))))))))))...)))))))))))..))))))..
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((..((((...))))..((((((.(((((.......((((((((((...........(((((((.((((...((((....)))).((((((........((((((....)))))).......)))))).........(((((...((((...((((....))))...))))))))))))).))))))).........((((............)))).))))))))))...))))))))))).)))))....
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................(((.(((.....(((((((((........((....(((.((....)).)))....))..............(((((......(((....(((....)))....)))...))))).)))))))))(......))))....)))..............................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.....)))..(..((..(((((((.((((.(((....(((((((((.((((....((((..((((((((((.(((.((((..((.((((((.((.((((((((((....)))))).)))))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...)))))))))))).))..))).)...))).)))))...))))))))))))).)))))))))))).)))))))))))..))..)...
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((...)))).((((((...((((((.((((.(((....(((((((((.((((....((((..((((((((((.(((..(((..((.((((((.((.((((((((((....)))))).)))))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...)))))))))))).))..))).....))).)))))...))))))))))))).)))))))))))).))))))))))...))))))..
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.....))).((..((..((((((.(((((.(((....(((((((((.((((....((((..((((((((((.(((..(((..(((((((((.((.((((((((((....)))))).)))))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...)))))))))))))))..))).....))).)))))...))))))))))))).)))))))))))).)))))))))))..))..))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((..........)))(((((((((((.((((.(((...((((..(...((((((((((....)))..(((((((((((.((((((..(((((..((.(((((((((((..))))))).)))))).)))))..))((((.((((..(.((((((..((((..))))..)))))))))))))))....))).).).))))))))).)..)))))))....).....)))).))).)))))))))))))))......
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((...))))...........................................................................................................................................................................................(......(....).)...........(.......)......................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.....)))..(..((..((((((..((((.((....((((((((((.((((....((((..((((((((((.(((..(((..((.((((((.((.((((((((((....)))))).)))))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...)))))))))))).))..))).....))).)))))...))))))))))))).)))))))))))).)))).))))))..))..)...
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.....)))..(..((..(((((((.((((.(((....((((..(((.((((....((((..((((((((((.(((..(((..((.((((((.((.((..((((((....))))))...)))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...)))))))))))).))..))).....))).)))))...))))))))))))).)))..))))))).)))))))))))..))..)...
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((.((((.....)))).....(((((......)))))..))).(((((.((((....))))..))))).((((....)))).((((((.((.(((.((((((....))))))..))))))))))).....((((.........))))..((((....))))......(((..((........))..))).(((.(((..((......))..)))....(((((......))))).........)))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((.((((..[[[)))).....(((((......)))))..)))..(((((..((((..]]]..)))).....((((....)))).)))))...(((.((((((....))))))..))){{{{)))))....((((.}}}}....))))...(((....))).((((((((((.(((.....)))..)))......(((..((......))..)))..))))))).(((.................)))..