|
|
|
CGCUGUAAUGGCUUGGUCGAAGUGUUUAGUACUCCCAAUAGUGCAUGUUCGGUGGUCUCGGGUUCGAGUCUCGCUUUCGAUCCCUCGAUCUGCCACGUCUGUUCGAAGAGUAGUCUUCGUGGCAACUGGCAGUUAAACCGUGUAGUACCGAUGGAGGUUGGAAACAAUGCACAUCACUACCGGGUCUUGGGCAGUGCGAUAGCGAUGGGAUUCACCUUCGCAGGAUGUGCAUGGAAGUAUAAACACAACGGUCGUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.((.......)).((((((..((((((.(((((.((....((((((((((.((((....((((..((((((((((.(((..(((..(((.(((((..(.(.(.((((((....)))))).)).)..)))))((...))(..((((....((((....(((....)))....)))).))))..))))..))).....))).)))...))))))))))))))).)))))))))))).)))))))))))..))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....))).((..((..(((((((.((((.(((....(((((((((.((((....((((..((((((((((.(((..(((..((.((((((.((.((((((((((....)))))).)))))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...)))))))))))).))..))).....))).)))))...))))))))))))).)))))))))))).)))))))))))..))..)).) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((..((((...))))..((((((.(((((((.....(((((((((..((((....((((..((((((((((.(((((..(((((.((((((....((((((((((....)))))).))))..)))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...))))))))))))...)))))..)).))).)))))...)))))))))))))..)))))))))))).)))))))))).))))).... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((..(((((((........................................(((.(((((((.(((((((((.......(((....(((.((....)).)))....)))............((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))))))))....)))))))....))).............................)))))))..)))))... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((..(((((((.((((.((....((((((((((.....((..(((.(((((.......))))).)))..)).((((((.((.((((((((((....)))))).)))))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...))))))))))))..................((((.((......)).)))).)))))))))))).)))))))))))..)))))... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((..(((((((.((((.((....((((((((((.........(((.((((.........)))).))).....((((((.((.(((.((((((....))))))..))))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...))))))))))))..................((((............)))).)))))))))))).)))))))))))..)))))... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.......)).((((((..((((((.(((((.(((.(.(((((((.......(((..(((.((((.........)))).)))..)))((((((...((...((((((....)))))).))....))))))......))))...))).).))).)........(.(((((((((....((.......))...........((((.((......)).))))..))))))))).)..))))))))))..)))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((..(((((((.((((.((....((((((((((....(((..(((.(((((.......))))).)))..)))((((((.((.((((((((((....)))))).)))))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...))))))))))))..................((((.((......)).)))).)))))))))))).)))))))))))..)))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.......)).........(((((..................((..((.....................((((.(((.(((((((((....((.((.((((((((((....))))))).)))))))...........(.((((....((((....(((....)))....)))).)))))..))))))))..)..))).))))..................))..)).............))))).......... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((..((((...))))..(((((((.((((.......((((((((((.((((....((((..((((((((((.(((..(((..(((((((((....((((((((((....)))))).))))..)))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...)))))))))))))))..))).....))).)))...))))))))))))))).))))))))))...))))))))))).))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....))).((((((..(((((((.((((.(((....(((((((((.((((....((((..((((((((((.(((..(((..((.((((((.((.((((((((((....)))))).)))))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...)))))))))))).))..))).....))).)))))...))))))))))))).)))))))))))).)))))))))))..)))))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.......))..(((((..(((((((.((((.((....((((((((((..........((...(((((.((((.(((..(((.....((((((.((.((((((((((....)))))).)))))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...)))))))))))).....))).....))).))))....))))).))......)))))))))))).)))))))))))..)))))... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....)))....(((...((.((..((............((..........))....((.(((((((((((.(((((.(((((((....(.(..(((.((((.((....)).))))..)))).)...........((((((.(..(((((..((((....)))).).))))))))))).)))).)).).)).))).)))))...)))))))).....................)).))))....)))..... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....))).((((((..(((((((.((((.((....((((((((((.((((....(((...((((((((((.(((..(((..((.((((((.((.((((((((((....)))))).)))))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...)))))))))))).))..))).....))).)))))...))))).))))))).)))))))))))).)))))))))))..)))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((..(((((((((((((((((........(((((((((((((((..)))))......((((((((.......((((((........((((((....)))))).......)))))).....((((.........)))).))))))))...[[[[[[[[[)))))))))).))))).)))))....((((............))))..]]]]]]]]].......)))))))..)))))).. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....)))...((((...(((((...................................(....((((.(((((((.(((((((((....((..((....(((.((....)).)))....)).))...........((((((....((((..(.(((....)))..).)))).)))))).)))))))))....)))))))....))))..)..........................)))))...)))).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....)))...((((...(((((...................................(....((((.(((((((.(((((((((....((..((....(((.((....)).)))....)).))...........((((((....((((..(.(((....)))..).)))).)))))).)))))))))....)))))))....))))..)..........................)))))...)))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....))).((..((..((((((.(((((.(((....(((((((((.((((....((((..((((((((((.(((..(((..((.((((((.((.((((((((((....)))))).)))))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...)))))))))))).))..))).....))).)))))...))))))))))))).)))))))))))).)))))))))))..))..)).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))).((((((..(((((((.((((.......((((((((((.((((....((((..((((((((((.((((((((.....((((((.((.((((((((((....)))))).)))))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...)))))))))))).....)))..)).))).)))))...))))))))))))).))))))))))...)))))))))))..)))))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((..((((...))))..((((((.(((((.......((((((((((...........(((((((.((((...((((....)))).((((((........((((((....)))))).......)))))).........(((((...((((...((((....))))...))))))))))))).))))))).........((((............)))).))))))))))...))))))))))).))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................(((.(((.....(((((((((........((....(((.((....)).)))....))..............(((((......(((....(((....)))....)))...))))).)))))))))(......))))....))).............................................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....)))..(..((..(((((((.((((.(((....(((((((((.((((....((((..((((((((((.(((.((((..((.((((((.((.((((((((((....)))))).)))))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...)))))))))))).))..))).)...))).)))))...))))))))))))).)))))))))))).)))))))))))..))..)... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))).((((((...((((((.((((.(((....(((((((((.((((....((((..((((((((((.(((..(((..((.((((((.((.((((((((((....)))))).)))))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...)))))))))))).))..))).....))).)))))...))))))))))))).)))))))))))).))))))))))...)))))).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....))).((..((..((((((.(((((.(((....(((((((((.((((....((((..((((((((((.(((..(((..(((((((((.((.((((((((((....)))))).)))))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...)))))))))))))))..))).....))).)))))...))))))))))))).)))))))))))).)))))))))))..))..)).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((..........)))(((((((((((.((((.(((...((((..(...((((((((((....)))..(((((((((((.((((((..(((((..((.(((((((((((..))))))).)))))).)))))..))((((.((((..(.((((((..((((..))))..)))))))))))))))....))).).).))))))))).)..)))))))....).....)))).))).)))))))))))))))...... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...))))...........................................................................................................................................................................................(......(....).)...........(.......)...................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....)))..(..((..((((((..((((.((....((((((((((.((((....((((..((((((((((.(((..(((..((.((((((.((.((((((((((....)))))).)))))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...)))))))))))).))..))).....))).)))))...))))))))))))).)))))))))))).)))).))))))..))..)... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....)))..(..((..(((((((.((((.(((....((((..(((.((((....((((..((((((((((.(((..(((..((.((((((.((.((..((((((....))))))...)))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...)))))))))))).))..))).....))).)))))...))))))))))))).)))..))))))).)))))))))))..))..)... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.((((.....)))).....(((((......)))))..))).(((((.((((....))))..))))).((((....)))).((((((.((.(((.((((((....))))))..))))))))))).....((((.........))))..((((....))))......(((..((........))..))).(((.(((..((......))..)))....(((((......))))).........)))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.((((..[[[)))).....(((((......)))))..)))..(((((..((((..]]]..)))).....((((....)))).)))))...(((.((((((....))))))..))){{{{)))))....((((.}}}}....))))...(((....))).((((((((((.(((.....)))..)))......(((..((......))..)))..))))))).(((.................))).. |