|
|
|
UGACUGUAACGGUCAUAAGCCCAAGACGAGCCCACACUCCCAAUUCUUCCACUCAAAAAUCUCAAUCUAACGAUUGAAGCUACCAACAGUGCCCAGUCCGAACACCGCGGUGACAGUCCACUCGUGCGGGAAACCCACGAUGCUGGUGUUGUCUUGAGCAAUGAAGAUGAUUUCUUGAGGGAGGUUUCACUCUGCAGAGAGCUCUUCACCUUAGUGUGGCGGUAUUGAAUUACAUUUGUUGUGUGGUUUGGAGAGGGGAUUUGGGUUGGGUCUCUACUUUUGCAGUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((.......)))).((...(.(((.(((..(.((.(((.((((.(((..((.((...(.((((((....)))))).)...(..(..(.(..((((.(..((((.(.((..(..(((((.(((((.((....)))))))))..)))..)...(...)...((((((....(((((....(((......)))....))))).)))))))).).))))....).)))).....)...)..)..)....))))...))))))).))).)).)...)).).))))...))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.(((.....((((((..(((((((.(.((((.....................((((((....)))))).(((((((((((((..(((((((.((((.((...((((..(((((((((.((....))))))).).)))...))))....))..((((((...(((((.(..((((......)))).))))))..)))))).....))))..))).)))).....)).)))))).)))))..)))).)))).))))..))))))....))).)))))))).) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((..(((.....(((((......(((((...((((..((((.(((..........((((((....)))))).(((((((((((.......((.....(((((.((((((..(((.(((((.((....)))))))...)))...))))....))..((((((...(((((....((((......))))..)))))..))))))..........)))))...)).......)))))).))))).)))))))))))..))))))))))....)))..))))))).. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................(((((..((((((............................((((((....))))))...........(((.(((((((..(((((((((......((...(((((.((....)))))))....))...............((((((((...((((....(((......)))....)))))))))))))))))))))...)).)))))....))).................................))))))..)))))........ |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.(((..............(((((((....(((((.(((.((.(((.......((((((....)))))).((((((((((.........(((.((((...(((((..(....((((((.((....)))))))........(((((((........)))))))............................)....).)))))...))))..)))..............))))).)))))...))).))))).))))).)))).))).))).)))))))).. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((..................((.(((.....(((((.(((....(((.......((((((....))))))..((((((((..........((..((((...(((((........(((((.((....))))))).................................................................)))))...))))...))...............)))).))))....)))...))).)))))..)))..)).....)))))))... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.......)))).(.((..(((....(((((....(((((.(((.((.(((.......((((((....)))))).(((((((((((((.(....(((.((((.(.(((((....(((.(((((.((....)))))))...))).((((((((.(....).)))))))).((((....(((......)))....)))).....))))).).))))..)))....).....)).)))))).)))))...))).))))).))))).))))).....)))..))..)... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.(((.....))).(((..(((((((....(((((.(((.((.(((.......((((((....))))))((((((((((((((..(((((((.((((.(.(((((.((.(((.(((((.((....)))))))...))).((((((((........))))))))((((....((((......))))()))))....))))))).).))))..))).)))).....)).)))))).))))))..))).))))).))))).)))).)))..))))))))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.......))...........(..(((((......((..........................................(((((..((.((((((((.((((((((((...((((((((((((.((....))))))).).))).)))............(((((.....((((....(((......)))....))))..)))))))))))))))..))).)))))....))...)))).)................)).......)).)))..)............ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.(((.....)))......(((((((....(((((....(((.(((..(((((((((((....))))))......(((((((((.(((....((((((((((((......)))(((((.........)))))))).))))))...))).))).((((((...(((((....((((......))))..)))))..)))))).............(((......)))..))))))...))))).))).)))...))))).)))).))).....)))))))).. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.(((.....(((((......(((((...((((..((((.(((..........((((((....)))))).(((((((((((((..(((((((.((((...(((((.((.(((.(((((.((....)))))))...))).((((((((........)))))))).((((...((((......))))...))))...)))))))...))))..))).)))).....)).)))))).))))).)))))))))))..))))))))))....))).)))))))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.(((.....(((((....{{(((.....((([[.......((<<........((((((....)))))).<<...((((..............((((...(((((........(((((.((....)))))))..........(((((........))))).....................................)))))...))))....................))))..))>>....>>...)))..]])))))))).}}.))).)))))))).. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.....))))......(....(((((((.....(................(....)....................(.((((((((((((((((((.(((((((((.(((((((((.(((((.((....)))))))...))).))))))........((((((.((..(((((..((((......)))).).)))))))))))))))))))))..))).))))))...)))).)))))).......................).)).)))..).)..)....... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.(((.....(((((......(((((...((((...(((.((...........((((((....)))))).(((((((((((((..(((((((.((((...(((((....(((.(((((.((....)))))))...))).((((((((........)))))))).((((...((((......))))...)))).....)))))...))))..))).)))).....))).))))).)))))..))))).))))..))))))))))....))).)))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...)))))).((((((((((.....[[[[[[[......(((((..(((((.....((((((....))))))......(((((....(((((.....((((..)))).........(((((.........))))).))))))))))..)))))....))))).....))))).....)))))....((((((((..(((((((....]]]]]]]........((((((((.....)))))))))))))))((((((((...))))))))...)))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.....)))........((((...(((((..................................................((...(((.(((((((..(((((((((....((((...(((((.((....)))))))....))..))............((((((....((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))))))))...)).)))))....)))....))...........................)))))...))))......... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.....)))........((((...(((((..................................................((...(((.(((((((..(((((((((....((((...(((((.((....)))))))....))..))............((((((....((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))))))))...)).)))))....)))....))...........................)))))...))))......... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.(((.....)))......(((((((....(((((.((.(((.(((.......((((((....)))))).(((((((((((((..(((((((.((((.((...((((..(((.(((((.((....)))))))...)))...))))....))..((((((...((((.((..((((......)))).))))))..)))))).....))))..))).)))).....)))).)))).)))))...))).))))).))))).)))).))).....)))))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.(((.....(((((......(((((...((((..(((..(((..........((((((....))))))((((((((((((((..(((((((.((((...(((((....(((.(((((.((....)))))))...))).((((((((........)))))))).(((((..((((......)))).).)))).....)))))...))))..))).)))).....))).))))).))))))))).)))))))..))))))))))....))).)))))))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.........((((((..............(((((.(((((...(((((....((((((....)))))).........(((((((...((((........((((......))))....))))....(((((.....((((.......((((....((((.....))))...((((......)))).......))))..))))....))))).)))))))...((((.....))))...)))))...))))).)))))))))))........)))))))).. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................................(((((....)))))............(((.(((......(((((((((......((...(((((.((....)))))))....))................(((((......(((....(((......)))....)))...))))).)))))))))(......))))....)))...................................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.(((.....)))......(((((((....(((((.(((.((.(((.......((((((....)))))).(((((((((((((..(((((((.((((.((...((((..(((((((((.((....))))))).).)))...))))....))..((((((...(((((.(..((((......)))).))))))..)))))).....))))..))).)))).....)).)))))).)))))...))).))))).))))).)))).))).....)))))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((...))))).((((....((..(((((((....(((((.(((.((.(((.......((((((....)))))).(((((((((((((..(((((((.((((.((...((((..(((.(((((.((....)))))))...)))...))))....))..((((((...((((.((..((((......)))).))))))..)))))).....))))..))).)))).....)).)))))).)))))...))).))))).))))).)))).)))..))))))....... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.(((.....((((((..(((((((.(.((((((((.((.((((.........((((((....)))))).((((.......(((.(((..(.((((((((((((......)))(((((.((....)))))))))).)))))))..))).))).((((((...((((.((..((((......)))).))))))..))))))...)))))))).)).))))((((((((.....)))))))).)))).)))).))))..))))))....))).)))))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...)))))).((((((((((.((((((.....(((((..(((((.((((((((((((((((....))))))......(((((((((........).)))(......)(((..((..((((.(((..))))))).))))).)))))((((........))))..)))))))))))))))...(((((((((((.((..)).(((...................(...((..))...)))).)))))))))))...)))))..))).)))...))))).))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((...))))).....................................................................................................((.............................................(.(......)..).....................................(.((..(.(.........)...)......))......................).........)...)......... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((..((......((((......................................((((((....)))))).((((((((((.....(((((((.((((................(((((.((....))))))).......................................((((......))))....................))))..))).)))).........))))).)))))...................)))).....))..)))))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.(((.....)))......(((((((....(((((.(((.((.(((.......((((((....)))))).(((((((((((((..(((((((.((((.((...((((..(((.(((((.((....)))))))...)))...))))....))..((((((...(((((.(..((((......)))).))))))..)))))).....))))..))).)))).....)).)))))).)))))...))).))))).))))).)))).))).....)))))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.....))))........((((..................)))).((((........((((((....))))))..........)))).(((((............(((......))).((((.((....))))))..))))).(((((.....))))).((((.....))))....(((......))).(((((...(((.((((......)))).......(((((((((.....))))))))).))).((((((((.....))))))))...)))))...... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.....)))))...((((.(((..................))).(((..........((((((....))))))....((((.(((((((.......(((((((..(((......))).((((.((....))))))....))))))).....((((....((((.....)))){{{((((......)))).......))))..(((}}}...)))..)))))))....(((.....))).)))).)))...[[[[[[[.))))..]]]]]]].............. |
