|
|
|
AGAGAUAUGGUUGUGCCAAGUUUAGUCAUGUGCAAUAGCGAAUAUGGUGUAGAUCAUUGAGGCAUCUGCUUAAUGUGAUGGGGAAUGCGUCAGGACGGCAACGUAGCAGCGAGUAACCGUCAGCAUGAUUAGUACCGUGGAAUAACAUAACCUAGUUUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(..(.(...(((((.(...((((((((((((...((.((....(((((....)))))....))))..........((((((....(.(((....(((....)))....))).)...)))))))))))))))).)).)....)))))...).)...).....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...((((((((((.((((((((((((..........((((...(((((((......).))))))...))))(((((......(((....(((....)))....))).....))))).)))))))))).))..))).....)))))))....))))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((..((((((((((...(((((((((((((..((((.....(((((...........)))))))))...)))(((((...((.(((....(((....)))....))).))..))))).)))))))))).....))).....)))))))..)))))). |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((((.....(((((((((........................((((((.......))))))...................(((((..((((....))..))..))))).))))))))).......)).....)))))))......... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................((((((...............................................................(((((..................)))))..))))))................................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...(((((((......(.((.((.((((..........(((((....)))))....)))).)))).)((((....((.....(((....(((....)))....))).....))....))))...................)))))))....))))) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((.((((((((((((((....))...............(((((((.(....)))))))).((((.......))))..(((((..((((....))..))..))))).)))))))))).))..))).....)))))))......... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((...((((((((((............(((((....)))))..((((....))))....((((((......(((....(((....)))....))).....)))))))))))))))).....))).....)))))))......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((..((((((((((.((((((((((((((....))....(((((....))))).((.((((...((((......))))..)))).))..(((((...(((....))).....))))).)))))))))).))..))).....)))))))..)))))). |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((..((((((((((.((((((((((((..........((((...(((((((......).))))))...))))(((((..(...(((....(((....)))....)))..)..))))).)))))))))).))..))).....)))))))..)))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...((((((((((...((((((((((............................................((((((......(((....(((....)))....))).....)))))))))))))))).....))).....)))))))...)))... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(.((((((.((((((((((.((((((((((............(((((....)))))((((((....))))))..((((((((((.(((((..)))).)............).)))))))))))))))))))...)))))))))))))))))......... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((..((((((((((.((((((((((((((....))....(((((....))))).((.((((...(((........)))..)))).))..(((((...(((....))).....))))).)))))))))).))..))).....)))))))..))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((...((((((((((.............(((((((...(((((((.......)))))))..........))))))).(((((..................))))).)))))))))).....))).....)))))))......... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((..(((((((...............(((....)))..(((((((..((((((..((((....))))....((((((......(((....(((....)))....))).....))))))..))))))..)))))))......)))))))..)))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.(((((((((((.((((((((((((............(((((....)))))(((.(((((..((((......))))).)))).))).(((((...(((....))).....))))).)))))))))).))..))).....))))))).))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((..(((((((......((((((((((.....................(((((..((((....))))...)))))..............(((((..................))))).)))))))))).............)))))))..)))))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((..((((((((((.((((((((((((..........((((...(((((((......).))))))...))))(((((..(...(((....(((....)))....)))..)..))))).)))))))))).))..))).....)))))))..)))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...(((((((...............(((....)))..(((((((..((((((..((((....))))....((((((......(((....(((....)))....))).....))))))..))))))..)))))))......))))))).....)))) |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((..((((((((((.((((((((((((((....))..((((...(((((((......).))))))...))))(((((..(...(((....(((....)))....)))..)..))))).)))))))))).))..))).....)))))))..)))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(...((((.((.(((((((((((((((((((((((.((.............).))))))((((((..........))))))...((...))(((((((.((((......))))).)))))))))))))))).)).)))))).))))))....)....... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((..((((((((((...((((((((((.............................................(((((..(...(((....(((....)))....)))..)..))))).)))))))))).....))).....)))))))..))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((..((((((((((.(((((((((((((((...((....(((((....)))))....))...)))......((((((......(((....(((....)))....))).....)))))))))))))))).))..))).....)))))))..)))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((..........)).)).)))))....(((((....)))))..((((....)))).((((((((.......))))..(((((..................)))))..((((........)))).....))))............. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((.....)))........(((((..........))))).)))..(((((..((((....))))...)))))......(((((...[[[[[..)))))...........]]]]]..(((({{{{{...))))............}}}}}..... |