|
|
|
ACUGGGCGUUGUGGCGUGCGCCUGUAAUCCAGUUACUUGGAAGUCGGGGUUGGUGGAUCGUUUGAGAGCGGGAGUUCUGUAUGUCGUCGCUCUAUGGCGAUCGGGCGUCCAUGCUAAGCUCGGCAUCGAUAUGGUUGAUUGGUCGGAGGACUGGCCAACCAGGUCGUCUAAGGAGGGACGUACUGGCCCAGGGCGGAAACGCAGCAGGCAAAAGUCCCCGUGUGGAGCAGUAGUGGGAUAGCGCCUGUGAAUAGGCGGCGGCUUGCAGCCCGUUCAACAUAGUGAGACCCAAUCCUUUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((........))))))....(((........)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((.(((((((((..........(((((((((.(((((.((((.((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))((...)).(((((....(.(((....(((....)))....))).)..))))).)))).))))..)))))))...)))))))......))))))))).)))))))))))).....)))))...)))))))).....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..((((((........))))))....(((((....)))))....((((((((.(..(((..((.(((((((....(((((.((((((((.((((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.((((((.(..(((....)))..).)))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...)))))))...)))))))))))).))))))))))))..))...)))..)))))))))....) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................(...(((((((((.(((((...((.((((((((.(((.((..(((((....)))))..)).))).))))........((((......(.((....(((....)))....))).....)))).)))).))....))))))))...))))))......)............................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((........))))))....(((((....)))))....((((((((....(((((...(((((((....(((((.(((((((((...(((....(((((((((.((((......)))).(((..((((....(((((((....)))))))))))..))).........)))))).)))..)))..(((....))).((((((....(((((..(((...))).....)))))...)))))).....))))))))).)))))))))))).....)))))...))))))))..... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((........))))))).........................................(((((((...............................((((....))))...........(((((((((((.((((((....)))))).)))))))))))........(((((.............(((....)))...........)))))..................................................))))))).......................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((......))))).......((........))......((((.......(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))......))))...... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................(((((.......(((((...(((((((....(((((.(((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).))))))).)..)))))))...)))))))...)))))))))))).)))))))))))).....)))))......)))))..... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......(((....))).....))))))............((((((((.(..(((((((.(((((((....(((((.((((((((.((((......((((((((((((((..((((.((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))))).))))....)))))))...)))))))))))).))))))))))))..)).)))))..)))))))))..... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((........)))))))...(((((....))))).....(((((((.(..(((((...(((((((....(((((.(((((((.(((((..(...(((((((((.(((((.((((.((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...))))))).).)))))))))))).)))))))))))).....)))))..))))))))...... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((........))))).....(((........)))....((((((((....(((((...(((((((....(((((.((((((((.(((.......(((((((((.(((((.((((.((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))........(((((....(.(((....(((....)))....))).)..))))).)))).))))..)))))))...)))))))....))))))))))).)))))))))))).....)))))...))))))))..... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((..(...((((()))))....)))))))............((((((((.(..(((((((.(((((((....(((((.((((((((.((((..((..((((((((((((((..((((.((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))........(((((......(((..(.(((....)))..).)))....))))).)))).))))))).))))....))))))))).)))))))))))).))))))))))))..)).)))))..)))))))))..... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((............))).........(((.......)))...(((.((....(((((((.(((((((....((((((((((((((.((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..))))))))...))))))...)))))))))))))))))))))))))..)).)))))...)).)))....... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((........))))))....((((......)))).....((((.......(((((((.(((((((....(((((.(((((((.(((((..(...(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...))))))).).)))))))))))).))))))))))))..)).)))))......))))...... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((...[[[..))))))....(((((....))))).]]]((((((((......((((..(((((((....(((((.((((((((.((((......((((((((((((((..((((.((((((((.((((((....(((....)))....)))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).)))))))).)))....)))))))...)))))))))))).)))))))))))).........))))))))))))..... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((........))))))....(((((....)))))....((((((((....(((((((.(((((((....(((((.((((((((.((((......((((((((((((((..((((.((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).)))))))).)))....)))))))...)))))))))))).))))))))))))..)).)))))...))))))))..... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((........))))))....(((((....)))))....((((((((....(((((((.(((((((....(((((.((((((((.((((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...)))))))...)))))))))))).))))))))))))..)).)))))...))))))))..... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......))))))).....(((......))).))).((((((((.(..(((((((.(((((((....(((((((((((((..((((.((..((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).)))......((((...(.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))))..))))))))...))))))))))))).))))))))))))))))))))..)).)))))..))))))))....). |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......))))))).....(((......))).))).((((((((.(..(((((((.(((((((....(((((((((((((.(((((..((..(((((((((.(((((.(.(((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).)))......((((..(....)..(((....(((....)))....))).....)))).))))))).)..))))))))...)))))))).)))))))))))))))))))))))))..)).)))))..)))))))))..... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((........))))))....(((((....)))))....((((((((....(((..((.(((((((....(((((.((((((((.((((......(((((((((..((((.((((.((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))).))...)))))))...)))))))))))).))))))))))))..))...)))...))))))))..... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((.....((((..)))).....(((((....)))))....[[[[[[[[............[[[[[[[....[[[[[.[[[[[[[[[..........[[[[[[[[[[[[[......((((.......(((((....((((((....))))))))))).))))........[[[[[...[[[)))))).(((....)))..]]]......]]]]].]]]]]]]...............]]]]]]......]]]]]]]]].]]]]]]]]]]]].............]]]]]]]]..... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((........))))))....(((((....)))))..((((((((....))))..))))(((((((....(((((.((((((((.((((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...)))))))...)))))))))))).)))))))))))).......................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..(((((......)))))......(............)))).............(((((...(((((((....((((((((((.((..((((......(((((((((.(((((....((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((........(((....(((....)))....))).......))))))))).....)))))))...)))))))...)))).))))))).)))))))))))).....)))))................ |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((aaaaaaaaa.aaaaaaaaaah((ggggggg.gggggg.)H).((((((((...((((((...{{{{{{{..{{{{{(fffffffffffffff))))))))AAAAA((((d()A.(((((((.ii(.eeee)))))((((((((....))))))))GGGGGG.bbb([[[[[(((((((GGGGGcccc..)}}}}}AAAA.))..<<<<..))))).))D))).)].FFFFCCCCAAAAAAAAA.)EEGG.FFFFFFFFF>>>>..}}}}}}}..EEIIFF.)]]]))))))))]BBB) |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((.(...)..)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...))))))))..... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((........)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).))))))).)..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...))))))))..... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((.(...)..)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...))))))))..... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((........)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((.(((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).))))))).)..)))))))...)))))))...)))))))))))).)))))))))))).....)))))...))))))))..... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((..........)))).....(((........))))))..(((((((....(((((...(((((((....((((..(((((((..((((......(((((((((.(((((.(..(((((.((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..)))))..)..))))))))...))))))...)))).)))))))..))))))))))).....)))))...)))))))...... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((........))))))...(((((...(((....))).[[[[[[[[))))).......(((((((....(((((.((((((((.((((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.((((((..(((((....)))))..)))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...)))))))...)))))))))))).)))))))))))).............]]]]]]]]..... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((((((((...)).))))))))..(((((....)))))....(((((((((...(((((((.(((((((....(((((.((((((((.((((......(((((((....((((.((((.((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))........(((((....(.(((....(((....)))....))))...))))).)))).))))..))))......)))))))...)))))))))))).))))))))))))..)).))))).).))))))))..... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((((((.(((((....(((((....))))).....((((((((.(((((((..(((((((...............)))))))..)))))))..(((((((((((......)))))((((.((((((.((((((....)))))).)))))).)))).........)))))))))))))).)))))...)))).((((((....(((((................)))))..((((((....))))))...))))))...........)))))))...)))).......... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((........)))))))...(((((....)))))........................(((((((..........(((((((.(((((......(((((((...(((((......((((((((........((((((....))))))........))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).......))))).....)))))))...))))))))))))......))))))).......................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................(((........))).....((((.......(((((....((((((..............................((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..)))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...))))))..(......)............))))))......)))))......))))...... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..(((((......)))))......(((........))))))..((((.......(((((...(((((((....(((((.(((((((..((((......(((((((((.(((((....((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))).....)))))))...)))))))...)))).))))))).)))))))))))).....)))))......))))...... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((........))))))....(((((....)))))....((((((((.(..(((..((.(((((((....(((((.((((((((.((((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.((((((.(..(((....)))..).)))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...)))))))...)))))))))))).))))))))))))..))...)))..)))))))))..... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((........)))))....(((((....((((.....)))).....))))).......(((((((....(((((.((((((((.((((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.((((((..(((((....)))))..)))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...)))))))...)))))))))))).))))))))))))....))).(((........))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((........))))))....(((((....)))))....((((((((.(..(((..((.(((((((....(((((.((((((((.((((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.((((((.(..(((....)))..).)))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))).))))..)))))))...)))))))...)))))))))))).))))))))))))..))...)))..)))))))))..... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..)))))...........))))).((((..)))).(((((((..((.(((....((.(((((........))..))).)).(((((..(..((((((((((((((......)))).....((((((((((((((..)..)))))))))))).).(((((((..)))))))(((((((((((((.(((..(.(........))..)))))))).))).))))).))).(((((((((((..))))))).))))..)).)))))..)..)))))..)))))))).)))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((...........................................((...((......)).))..........))...((..(.(((.....(..(.....((((...((.(((((...((.((((((((..(((((.(..(((....))).).).)))).).)))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))).))....)))))))....).)).).....................)..)........).))....)..).)....... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((((((........)))))))...)...(((.......))).(((((.......(((((...(((((((.....((((..(..(.(.(((((...(...((((((((.(((((...((.((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))).))....)))))))...)))))).)..)))))))..)..).))).))))))).....)))))......)))))..... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((........))))))....(((((....)))))....((((((((.(..(((..((.(((((((....(((((.((((((((.((((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.((((((.(..(((....)))..).)))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...)))))))...)))))))))))).))))))))))))..))...)))..)))))))))..... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((........))))))....((((......))))....((((((((....(((..((.(((((((....(((((.((((((((.((((......(((((((((..((((.((((.((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))).))...)))))))...)))))))))))).))))))))))))..))...)))...))))))))..... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((........))))))....(((((....)))))....((((((((....(((..((.(((((((....(((((.((((((((.((((......((((((((((((((..((((..((((((..((((....(((((((....)))))))))))..)))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))..)))))))).)))....)))))))...)))))))))))).))))))))))))..))...)))...))))))))..... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((........))))))....(((((....)))))..(((....))).(((..(((..(((((....))))).......((((((....))))))..((((....))))..((((((..((((.....)))).(((((((....))))))).((((..(((((......)))))..)))).)).)))).....(((.((.((.........))))))).))).....((((....(((((......))))).(((........))).(((......)))..)))).)))...... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((........))))))....(((((....))))).....((((...((((.(((((((((((....)))))........(((((....))))).)))))))))).(((......))).((((.....)))).(((((((....))))))).((((..(((((......)))))..))))....((((.....(((.((.((.....[[[[)))))))..((((..((.]]]].))..))))...(((((....)))))..))))..(((......))).))))........... |