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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00317



RNA: SRP_00317
Rfam family: Metazoa_SRP

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CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................(...(((((((((.(((((...((.((((((((.(((.((..(((((....)))))..)).))).))))........((((......(.((....(((....)))....))).....)))).)))).))....))))))))...))))))......)...............................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))....(((((....)))))....((((((((....(((((...(((((((....(((((.(((((((((...(((....(((((((((.((((......)))).(((..((((....(((((((....)))))))))))..))).........)))))).)))..)))..(((....))).((((((....(((((..(((...))).....)))))...)))))).....))))))))).)))))))))))).....)))))...)))))))).....
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........))))))).........................................(((((((...............................((((....))))...........(((((((((((.((((((....)))))).)))))))))))........(((((.............(((....)))...........)))))..................................................)))))))..........................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((......))))).......((........))......((((.......(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))......))))......
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................(((((.......(((((...(((((((....(((((.(((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).))))))).)..)))))))...)))))))...)))))))))))).)))))))))))).....)))))......))))).....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((......(((....))).....))))))............((((((((.(..(((((((.(((((((....(((((.((((((((.((((......((((((((((((((..((((.((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))))).))))....)))))))...)))))))))))).))))))))))))..)).)))))..))))))))).....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))...(((((....))))).....(((((((.(..(((((...(((((((....(((((.(((((((.(((((..(...(((((((((.(((((.((((.((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...))))))).).)))))))))))).)))))))))))).....)))))..))))))))......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((........))))).....(((........)))....((((((((....(((((...(((((((....(((((.((((((((.(((.......(((((((((.(((((.((((.((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))........(((((....(.(((....(((....)))....))).)..))))).)))).))))..)))))))...)))))))....))))))))))).)))))))))))).....)))))...)))))))).....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..(...((((()))))....)))))))............((((((((.(..(((((((.(((((((....(((((.((((((((.((((..((..((((((((((((((..((((.((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))........(((((......(((..(.(((....)))..).)))....))))).)))).))))))).))))....))))))))).)))))))))))).))))))))))))..)).)))))..))))))))).....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((............))).........(((.......)))...(((.((....(((((((.(((((((....((((((((((((((.((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..))))))))...))))))...)))))))))))))))))))))))))..)).)))))...)).))).......
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))....((((......)))).....((((.......(((((((.(((((((....(((((.(((((((.(((((..(...(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...))))))).).)))))))))))).))))))))))))..)).)))))......))))......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((...[[[..))))))....(((((....))))).]]]((((((((......((((..(((((((....(((((.((((((((.((((......((((((((((((((..((((.((((((((.((((((....(((....)))....)))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).)))))))).)))....)))))))...)))))))))))).)))))))))))).........)))))))))))).....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))....(((((....)))))....((((((((....(((((((.(((((((....(((((.((((((((.((((......((((((((((((((..((((.((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).)))))))).)))....)))))))...)))))))))))).))))))))))))..)).)))))...)))))))).....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))....(((((....)))))....((((((((....(((((((.(((((((....(((((.((((((((.((((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...)))))))...)))))))))))).))))))))))))..)).)))))...)))))))).....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))).....(((......))).))).((((((((.(..(((((((.(((((((....(((((((((((((..((((.((..((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).)))......((((...(.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))))..))))))))...))))))))))))).))))))))))))))))))))..)).)))))..))))))))....).
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))).....(((......))).))).((((((((.(..(((((((.(((((((....(((((((((((((.(((((..((..(((((((((.(((((.(.(((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).)))......((((..(....)..(((....(((....)))....))).....)))).))))))).)..))))))))...)))))))).)))))))))))))))))))))))))..)).)))))..))))))))).....
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))....(((((....)))))....((((((((....(((..((.(((((((....(((((.((((((((.((((......(((((((((..((((.((((.((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))).))...)))))))...)))))))))))).))))))))))))..))...)))...)))))))).....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.....((((..)))).....(((((....)))))....[[[[[[[[............[[[[[[[....[[[[[.[[[[[[[[[..........[[[[[[[[[[[[[......((((.......(((((....((((((....))))))))))).))))........[[[[[...[[[)))))).(((....)))..]]]......]]]]].]]]]]]]...............]]]]]]......]]]]]]]]].]]]]]]]]]]]].............]]]]]]]].....
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))....(((((....)))))..((((((((....))))..))))(((((((....(((((.((((((((.((((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...)))))))...)))))))))))).))))))))))))..........................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..(((((......)))))......(............)))).............(((((...(((((((....((((((((((.((..((((......(((((((((.(((((....((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((........(((....(((....)))....))).......))))))))).....)))))))...)))))))...)))).))))))).)))))))))))).....)))))................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((aaaaaaaaa.aaaaaaaaaah((ggggggg.gggggg.)H).((((((((...((((((...{{{{{{{..{{{{{(fffffffffffffff))))))))AAAAA((((d()A.(((((((.ii(.eeee)))))((((((((....))))))))GGGGGG.bbb([[[[[(((((((GGGGGcccc..)}}}}}AAAA.))..<<<<..))))).))D))).)].FFFFCCCCAAAAAAAAA.)EEGG.FFFFFFFFF>>>>..}}}}}}}..EEIIFF.)]]]))))))))]BBB)
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((.(...)..)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...)))))))).....
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((........)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).))))))).)..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...)))))))).....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((.(...)..)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...)))))))).....
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((........)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((.(((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).))))))).)..)))))))...)))))))...)))))))))))).)))))))))))).....)))))...)))))))).....
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((..........)))).....(((........))))))..(((((((....(((((...(((((((....((((..(((((((..((((......(((((((((.(((((.(..(((((.((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..)))))..)..))))))))...))))))...)))).)))))))..))))))))))).....)))))...)))))))......
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))...(((((...(((....))).[[[[[[[[))))).......(((((((....(((((.((((((((.((((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.((((((..(((((....)))))..)))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...)))))))...)))))))))))).)))))))))))).............]]]]]]]].....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(((((((((...)).))))))))..(((((....)))))....(((((((((...(((((((.(((((((....(((((.((((((((.((((......(((((((....((((.((((.((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))........(((((....(.(((....(((....)))....))))...))))).)))).))))..))))......)))))))...)))))))))))).))))))))))))..)).))))).).)))))))).....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((((((((.(((((....(((((....))))).....((((((((.(((((((..(((((((...............)))))))..)))))))..(((((((((((......)))))((((.((((((.((((((....)))))).)))))).)))).........)))))))))))))).)))))...)))).((((((....(((((................)))))..((((((....))))))...))))))...........)))))))...))))..........
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))...(((((....)))))........................(((((((..........(((((((.(((((......(((((((...(((((......((((((((........((((((....))))))........))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).......))))).....)))))))...))))))))))))......)))))))..........................
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RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..(((((......)))))......(((........))))))..((((.......(((((...(((((((....(((((.(((((((..((((......(((((((((.(((((....((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))).....)))))))...)))))))...)))).))))))).)))))))))))).....)))))......))))......
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))....(((((....)))))....((((((((.(..(((..((.(((((((....(((((.((((((((.((((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.((((((.(..(((....)))..).)))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...)))))))...)))))))))))).))))))))))))..))...)))..))))))))).....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((........)))))....(((((....((((.....)))).....))))).......(((((((....(((((.((((((((.((((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.((((((..(((((....)))))..)))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...)))))))...)))))))))))).))))))))))))....))).(((........)))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))....(((((....)))))....((((((((.(..(((..((.(((((((....(((((.((((((((.((((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.((((((.(..(((....)))..).)))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))).))))..)))))))...)))))))...)))))))))))).))))))))))))..))...)))..))))))))).....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..)))))...........))))).((((..)))).(((((((..((.(((....((.(((((........))..))).)).(((((..(..((((((((((((((......)))).....((((((((((((((..)..)))))))))))).).(((((((..)))))))(((((((((((((.(((..(.(........))..)))))))).))).))))).))).(((((((((((..))))))).))))..)).)))))..)..)))))..)))))))).))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((...........................................((...((......)).))..........))...((..(.(((.....(..(.....((((...((.(((((...((.((((((((..(((((.(..(((....))).).).)))).).)))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))).))....)))))))....).)).).....................)..)........).))....)..).).......
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(((((((........)))))))...)...(((.......))).(((((.......(((((...(((((((.....((((..(..(.(.(((((...(...((((((((.(((((...((.((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))).))....)))))))...)))))).)..)))))))..)..).))).))))))).....)))))......))))).....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))....(((((....)))))....((((((((.(..(((..((.(((((((....(((((.((((((((.((((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.((((((.(..(((....)))..).)))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...)))))))...)))))))))))).))))))))))))..))...)))..))))))))).....
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))....((((......))))....((((((((....(((..((.(((((((....(((((.((((((((.((((......(((((((((..((((.((((.((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))).))...)))))))...)))))))))))).))))))))))))..))...)))...)))))))).....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))....(((((....)))))....((((((((....(((..((.(((((((....(((((.((((((((.((((......((((((((((((((..((((..((((((..((((....(((((((....)))))))))))..)))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))..)))))))).)))....)))))))...)))))))))))).))))))))))))..))...)))...)))))))).....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))....(((((....)))))..(((....))).(((..(((..(((((....))))).......((((((....))))))..((((....))))..((((((..((((.....)))).(((((((....))))))).((((..(((((......)))))..)))).)).)))).....(((.((.((.........))))))).))).....((((....(((((......))))).(((........))).(((......)))..)))).)))......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))....(((((....))))).....((((...((((.(((((((((((....)))))........(((((....))))).)))))))))).(((......))).((((.....)))).(((((((....))))))).((((..(((((......)))))..))))....((((.....(((.((.((.....[[[[)))))))..((((..((.]]]].))..))))...(((((....)))))..))))..(((......))).))))...........