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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00321



RNA: SRP_00321
Rfam family: Archaea_SRP

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((.(..((((((((((.......))))))...(((((..........))))))))).....(((((((((((((((.(.(((((((((((.(((((((((..((....(.((((.((((((.(.((.(((((.((((((((((((((((....))))))))))).))))).)..(((.((....(((.....(((....))).....)))..))))).)))))))...))))))....)))))...)).)))))))))......))))))))))).).)))))))))))))))).))))))))
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((((((((((.......)))))).)))))...(((.((.......)).)))....(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((...............(((((((((((.(((((.((((((((((((((((....)))))))))).))))))....(((((.(...(((.....(((....))).....)))).))))))))))))).)))))))).((((....))))..)))))))).....)))))))))))).))))))))))))))))))..))))))))
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................................(((....))).........(((((.((((((.(((....))).))))))..)))))....(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))......................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....((((((((((.......))))))...(((((..........))))))))).....(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((..(((..(((.((((((....)))))))))...((((((((((((((((....)))))))))).)))))).....(((((..((((((...((.((((.(((..........))).....)))).))..))))))))))).))).....))))))))).....))))))))))).))))))))))))))))))..))))))))
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((....((((((((((.......))))))...((((............))))))))......(((((...(((.(((....(((((((((((((((((((..(......((((..(((((((((((.......(((((.((((((((((....))))))))))..)))))....(((.((....((((....(((....)))....))))..))))).....))).)))))))).....))).)..)..))))))))).....))))))))))....))).)))...)))))...))))))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((((((((((.......)))))).))))).(.(((.((.......)).))))...(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((..((...(((.....(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).))))).((.((((.....)))).))(((.(((..........))).)))..))))))))).)))))))).....)))...))..))))))))).....))))))))))).))))))))))))))))))..))))))))
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...((((...((((.......))))....))))((.(((.((.......)).)))))..(((((((((((((((.(.(((((((((((.(((((((((...............((((((.(.((.(((((.((((((((((((((((....)))))))))).))))))....(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))))))))))...)))))).((((....))))..)))))))))......))))))))))).).)))))))))))))))..))))))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((((((((((.......)))))).)))))((.(((.((.......)).)))))..(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((..((.(.(((...(.(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).))))).((.((((.....)))).))(((.(((..(....)..))).)))..))))))))).)))))))).)...))).).))..))))))))).....))))))))))).))))))))))))))))))..))))))))
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((....(((((((((.......))))))...((((............)))))))......(((((.((((((((..(..(((((((((((.((((((((..(.....((((((((((((((((((.((((..((((((((.(((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).))))))).))))))))...)))))))..)..))))))))......)))))))))))....))))))))).))))).)))))))..
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((((((((((.......)))))).)))))...(((.............)))....(((((((((((((((...(((((((((((((((((((((.....(((...))).(((((((((((.((((((((((((((((((((((....)))))))))).))))).....((((.....)))).....(((....))).(((....)))..)))))))))).))))))))(((((....))))).)))))))).....)))))))))))))...)))))))))))))))..))))))))
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((((((((((.......)))))).))))))).(((.((.......)).)))....(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((.((((...((.((((((....))))))))))))((((((((((((((((....)))))))))).))))))..((((((.(.((((((...((((.((..((......))...)).))))..))).)))).))))))(((....)))...)))))))).....)))))))))))).))))))))))))))))))..))))))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((((((((((.......)))))).)))))((.{{{.{{...))..}}.}}}....(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((..((...(((.....(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).))))...............(((.....(((....))).....))).....)))))))))).))))))))...[[))).]]))..)))))))).....))))))))))))).)))))))))))))))))..))))))))
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(.((((((..(.(((((((((.......))))))...(((((..........))))))))).....((((((((((..(((.((((((((((.(((((((((((((((.....(((((((((((((((((.((((((..(((((((((((((((....))))))))))).)))).....(((((..(.(.(((....(((....)))....))))).))))))))))))).))))))))...)))))))..))))))).)))))....)))).)))))).))))).)).))))))))).)))))).).
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((...(((((((((((.......)))))).)))))...(((.((.......)).)))....(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((..((...(((.((((((....))))))))))).((((((((((((((((....)))))))))).))))))..((((((..(((((((...((((.((..((......))...)).))))..))).)))).))))))(((....)))...)))))))).....)))))))))))).))))))))))))))))))..))))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((((((((({{{{{{{..))))).)))))...(((..[[[[[[[[...)))....(((((((((((((((...(((((((((((((((((((((...............(((((((}}}}}}}....((((((((((((((((....))))))))))).]]]]]]]].(((((....((((......))))...............)))))....))))).)))))))(((((....))))).)))))))).....)))))))))))))...)))))))))))))))..))))))))
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((<(((((cc...cccccccc.)))))(({{{{.)>.((((.(((((ddddddd.(((..aaaaaaaaaaaaaaa.aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa.)))(((((...ff([[[[[[[CCCCCCCC.)))))(((((((((((((....)))))))))))))..))))).bbbb(eee.ee.))))..)EEEE...EB(((..CCDDDDDDD))).BBB)]].]]]]]FF(((((..))))))).AAAAAAAA}}}}.AAAAAAAAAAAAA.AAAAAAAAAAAAAAAAA..))))))))
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PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((...((((((((((.......))))))...((((.....(.....))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((((((((((((((((......(((((((((((((((((...((..(((((..(((((((((....)))))))))...)))))....(((.((....((((...((((....)))..).))))..))))).))..))).))))))))...))))).)..)))))))))))).....))))))))))....)))))))..))))))).)))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((((((((((.......)))))).)))))...(((.((.......)).)))....(((((((((((((((.(((((((..((((((((((((((...............(((((((((((.(((((.((((((((((((((((....))))))))))).)))))....(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))))))))).)))))))).((((....))))..)))))))).....))))))..))))).)))))))))))))))))..))))))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((((((((((.(....))))))).))))))).(((.............)))....(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((.(((...(((.((((((....))))))))))))((((((((((((((((....))))))))))).)))))..((((((..(((((((...((((.....................))))..))).)))).))))))(((....)))...)))))))).....)))))))))))).))))))))))))))))))..))))))))
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((((((((((.......)))))).))))).((((......))))...........(((((((((((((((...(((((((((((((((((((((..(((((((..((((((....))))))....)))))))((((((((((....((((.......)))).......((((.....))))........))))))))))........(((((...........)))))(((((....))))).))))))))).....))))))))))))...)))))))))))))))..))))))))
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.....(((((((((.......))))))...((((............)))))))........((((...((.........((((((.((((((((.............((((....(((((.(((...((..(((((..(((((((((....)))))))))...)))))....(((.((....(((.....(((....))).....)))..))))).))..))).).))))(.....)))).).........))))).....))).)))))).........))...))))....))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((((((((((.......)))))).)))))...(((.((.......)).)))....(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((...............(((((((((((.(((((.((((((((((((((((....)))))))))).))))))....(((((.(...(((.....(((....))).....)))).))))))))))))).)))))))).((((....))))..)))))))).....)))))))))))).))))))))))))))))))..))))))))
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((........(((((((((((.......)))))).)))))...(((.((.......)).))).)).(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((...............(((((((((((.(((((.((((((((((((((((....)))))))))).))))))....(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))))))))).)))))))).((((....))))..)))))))).....)))))))))))).))))))))))))))))))..........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(.(((((((((((.......)))))).)))))((.(((.((.......)).)))))..(((((((((((((((.(((((((..((((((((((((((...............(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).))))..((.((((.....)))).))(((((....))).(((....))))))))))))))).))))))))(((((....))))).)))))))).....))))))..))))).)))))))))))))))))).))))))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((..(((((......).))))....(((((..........))))).)))))...(((((((((((((((.((((((((((((((.((((((((..(.(((..))).(((.(((.(((((..(((..((((((((((((((((..)..)))))))))).)))))...((((((..(((.((.((((((((..)))))))).))))))))))))))..).))))))))))(((((..))))).)))))))))......))))))))))).)))))))))))))))..))).)))))))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................((.((......................(.....).....((....((.......((..((......(.....(.(.(.(.((((((......(....(((((((((((((....)))))))))))))........(((.((....(((.....(((....))).....)))..))))).)....)).))))).)........).)...)..)).....))..................)).....).......).))...))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((...(((((((((((.......)))))).)))))...(((.((.......)).)))....(((((((((((((((.(((((((..((((((((((((((...............(((((((((((.(((((.(((((.((((((((((....))))))))))..)))))....(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))))))))).)))))))).((((....))))..)))))))).....))))))..))))).)))))))))))))))))..))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....((((((((((.......))))))...(((((..........))))))))).....(((((((((((((((.(((((((..((((((((((((((..((...(((.((((((....))))))......((((((((((((((((....)))))))))).))))))..((((((..(((((((...((((.((..((......))...)).))))..))).)))).))))))...)))...))..)))))))).....))))))..)))).))))))))))))))))))..))))))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((.(((.(((((.((....)))))))...(((((..........))))).))).(((.......))).....)))))).......((((....))))..(((((((..((((((....))))))....))))))).(((((((((......))))))))).(((.((.....))..))).((((......))))........((((....(((((...........))))).((((....)))).....((((((.....))))))........))))..(((........)))......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((.(((.<<<<<<<....)))..>>.>>>>>....(((((..........))))).)))((((aaaaa..)))).........(((((....((((........{{{{{)))).((((((....)))))).}}}}}[[[[[[((((((((((....)))))))))).(((.((.....))..))).((((......))))...))))).(((....(((((..]]]]]]...))))).((((....)))).....((((((.....))))))AAAAA...)))..(((((.........)).))).