|
|
|
AUGGUCAGGUAGGGUGGAGGGUCUCGCCAGCCCUUAUACCCACAUGGCGCAACGUGGGCACCAGUAACUCCUAUGCUAUAAUACCUGCUCUUCGAGAUCCCAGUCUAACUAUGAUCAUCGCCCGACGGGGCGAGAUAGUCGUGGGUUCCCUUUCUGGAGGGAGAGGGAAUUCCACGUUGACCGGGGGAACCGGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACCGUGCCCGGCUAUCCGCGUUCGUCGGUCUCCGAUAGGAGGAAGACUGGGGGUAAAUCUCGGGGAGUAAGGGUUAUGGCAUAGGGGAGCUGACCAU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((.(..((((((((((.......))))))...(((((..........))))))))).....(((((((((((((((.(.(((((((((((.(((((((((..((....(.((((.((((((.(.((.(((((.((((((((((((((((....))))))))))).))))).)..(((.((....(((.....(((....))).....)))..))))).)))))))...))))))....)))))...)).)))))))))......))))))))))).).)))))))))))))))).))))))))
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...(((((((((((.......)))))).)))))...(((.((.......)).)))....(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((...............(((((((((((.(((((.((((((((((((((((....)))))))))).))))))....(((((.(...(((.....(((....))).....)))).))))))))))))).)))))))).((((....))))..)))))))).....)))))))))))).))))))))))))))))))..)))))))) |
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................(((....))).........(((((.((((((.(((....))).))))))..)))))....(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))...................................................................................... |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....((((((((((.......))))))...(((((..........))))))))).....(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((..(((..(((.((((((....)))))))))...((((((((((((((((....)))))))))).)))))).....(((((..((((((...((.((((.(((..........))).....)))).))..))))))))))).))).....))))))))).....))))))))))).))))))))))))))))))..)))))))) |
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((....((((((((((.......))))))...((((............))))))))......(((((...(((.(((....(((((((((((((((((((..(......((((..(((((((((((.......(((((.((((((((((....))))))))))..)))))....(((.((....((((....(((....)))....))))..))))).....))).)))))))).....))).)..)..))))))))).....))))))))))....))).)))...)))))...))))))). |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...(((((((((((.......)))))).))))).(.(((.((.......)).))))...(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((..((...(((.....(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).))))).((.((((.....)))).))(((.(((..........))).)))..))))))))).)))))))).....)))...))..))))))))).....))))))))))).))))))))))))))))))..)))))))) |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................(.........)......................................(((((.(((((..............((..((((((.................(((((((((((.((((..((((((((((((((((....))))))))))).)))))....(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))).))))))).)))))))).................)))))).......))..............))))).)))))............ |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...((((...((((.......))))....))))((.(((.((.......)).)))))..(((((((((((((((.(.(((((((((((.(((((((((...............((((((.(.((.(((((.((((((((((((((((....)))))))))).))))))....(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))))))))))...)))))).((((....))))..)))))))))......))))))))))).).)))))))))))))))..)))))))) |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...(((((((((((.......)))))).)))))((.(((.((.......)).)))))..(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((..((.(.(((...(.(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).))))).((.((((.....)))).))(((.(((..(....)..))).)))..))))))))).)))))))).)...))).).))..))))))))).....))))))))))).))))))))))))))))))..)))))))) |
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((....(((((((((.......))))))...((((............)))))))......(((((.((((((((..(..(((((((((((.((((((((..(.....((((((((((((((((((.((((..((((((((.(((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).))))))).))))))))...)))))))..)..))))))))......)))))))))))....))))))))).))))).))))))).. |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...(((((((((((.......)))))).)))))...(((.............)))....(((((((((((((((...(((((((((((((((((((((.....(((...))).(((((((((((.((((((((((((((((((((((....)))))))))).))))).....((((.....)))).....(((....))).(((....)))..)))))))))).))))))))(((((....))))).)))))))).....)))))))))))))...)))))))))))))))..)))))))) |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((((((.......)))))).))))))).(((.((.......)).)))....(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((.((((...((.((((((....))))))))))))((((((((((((((((....)))))))))).))))))..((((((.(.((((((...((((.((..((......))...)).))))..))).)))).))))))(((....)))...)))))))).....)))))))))))).))))))))))))))))))..)))))))) |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...(((((((((((.......)))))).)))))((.{{{.{{...))..}}.}}}....(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((..((...(((.....(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).))))...............(((.....(((....))).....))).....)))))))))).))))))))...[[))).]]))..)))))))).....))))))))))))).)))))))))))))))))..)))))))) |
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(.((((((..(.(((((((((.......))))))...(((((..........))))))))).....((((((((((..(((.((((((((((.(((((((((((((((.....(((((((((((((((((.((((((..(((((((((((((((....))))))))))).)))).....(((((..(.(.(((....(((....)))....))))).))))))))))))).))))))))...)))))))..))))))).)))))....)))).)))))).))))).)).))))))))).)))))).). |
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((...(((((((((((.......)))))).)))))...(((.((.......)).)))....(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((..((...(((.((((((....))))))))))).((((((((((((((((....)))))))))).))))))..((((((..(((((((...((((.((..((......))...)).))))..))).)))).))))))(((....)))...)))))))).....)))))))))))).))))))))))))))))))..))))))). |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...(((((((((({{{{{{{..))))).)))))...(((..[[[[[[[[...)))....(((((((((((((((...(((((((((((((((((((((...............(((((((}}}}}}}....((((((((((((((((....))))))))))).]]]]]]]].(((((....((((......))))...............)))))....))))).)))))))(((((....))))).)))))))).....)))))))))))))...)))))))))))))))..)))))))) |
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((<(((((cc...cccccccc.)))))(({{{{.)>.((((.(((((ddddddd.(((..aaaaaaaaaaaaaaa.aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa.)))(((((...ff([[[[[[[CCCCCCCC.)))))(((((((((((((....)))))))))))))..))))).bbbb(eee.ee.))))..)EEEE...EB(((..CCDDDDDDD))).BBB)]].]]]]]FF(((((..))))))).AAAAAAAA}}}}.AAAAAAAAAAAAA.AAAAAAAAAAAAAAAAA..)))))))) |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((...((((((((((.......))))))...((((.....(.....))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((((((((((((((((......(((((((((((((((((...((..(((((.((((((((((....))))))))))..)))))....(((.((....((((...((((....)))..).))))..))))).))..))).))))))))...))))).)..)))))))))))).....))))))))))....)))))))..))))))).))))).... |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((...((((((((((.......))))))...((((.....(.....))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((((((((((((((((......(((((((((((((((((...((..(((((..(((((((((....)))))))))...)))))....(((.((....((((...((((....)))..).))))..))))).))..))).))))))))...))))).)..)))))))))))).....))))))))))....)))))))..))))))).))))).... |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...(((((((((((.......)))))).)))))...(((.((.......)).)))....(((((((((((((((.(((((((..((((((((((((((...............(((((((((((.(((((.((((((((((((((((....))))))))))).)))))....(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))))))))).)))))))).((((....))))..)))))))).....))))))..))))).)))))))))))))))))..)))))))) |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((((((.(....))))))).))))))).(((.............)))....(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((.(((...(((.((((((....))))))))))))((((((((((((((((....))))))))))).)))))..((((((..(((((((...((((.....................))))..))).)))).))))))(((....)))...)))))))).....)))))))))))).))))))))))))))))))..)))))))) |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...(((((((((((.......)))))).))))).((((......))))...........(((((((((((((((...(((((((((((((((((((((..(((((((..((((((....))))))....)))))))((((((((((....((((.......)))).......((((.....))))........))))))))))........(((((...........)))))(((((....))))).))))))))).....))))))))))))...)))))))))))))))..)))))))) |
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.....(((((((((.......))))))...((((............)))))))........((((...((.........((((((.((((((((.............((((....(((((.(((...((..(((((..(((((((((....)))))))))...)))))....(((.((....(((.....(((....))).....)))..))))).))..))).).))))(.....)))).).........))))).....))).)))))).........))...))))....)))).... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...(((((((((((.......)))))).)))))...(((.((.......)).)))....(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((...............(((((((((((.(((((.((((((((((((((((....)))))))))).))))))....(((((.(...(((.....(((....))).....)))).))))))))))))).)))))))).((((....))))..)))))))).....)))))))))))).))))))))))))))))))..)))))))) |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((........(((((((((((.......)))))).)))))...(((.((.......)).))).)).(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((...............(((((((((((.(((((.((((((((((((((((....)))))))))).))))))....(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))))))))).)))))))).((((....))))..)))))))).....)))))))))))).)))))))))))))))))).......... |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(.(((((((((((.......)))))).)))))((.(((.((.......)).)))))..(((((((((((((((.(((((((..((((((((((((((...............(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).))))..((.((((.....)))).))(((((....))).(((....))))))))))))))).))))))))(((((....))))).)))))))).....))))))..))))).)))))))))))))))))).)))))))) |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((((..(((((......).))))....(((((..........))))).)))))...(((((((((((((((.((((((((((((((.((((((((..(.(((..))).(((.(((.(((((..(((..((((((((((((((((..)..)))))))))).)))))...((((((..(((.((.((((((((..)))))))).))))))))))))))..).))))))))))(((((..))))).)))))))))......))))))))))).)))))))))))))))..))).))))))) |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................((.((......................(.....).....((....((.......((..((......(.....(.(.(.(.((((((......(....(((((((((((((....)))))))))))))........(((.((....(((.....(((....))).....)))..))))).)....)).))))).)........).)...)..)).....))..................)).....).......).))...)).. |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((...(((((((((((.......)))))).)))))...(((.((.......)).)))....(((((((((((((((.(((((((..((((((((((((((...............(((((((((((.(((((.(((((.((((((((((....))))))))))..)))))....(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))))))))).)))))))).((((....))))..)))))))).....))))))..))))).)))))))))))))))))..))))))). |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....((((((((((.......))))))...(((((..........))))))))).....(((((((((((((((.(((((((..((((((((((((((..((...(((.((((((....))))))......((((((((((((((((....)))))))))).))))))..((((((..(((((((...((((.((..((......))...)).))))..))).)))).))))))...)))...))..)))))))).....))))))..)))).))))))))))))))))))..)))))))) |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((.(((.(((((.((....)))))))...(((((..........))))).))).(((.......))).....)))))).......((((....))))..(((((((..((((((....))))))....))))))).(((((((((......))))))))).(((.((.....))..))).((((......))))........((((....(((((...........))))).((((....)))).....((((((.....))))))........))))..(((........)))...... |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.(((.<<<<<<<....)))..>>.>>>>>....(((((..........))))).)))((((aaaaa..)))).........(((((....((((........{{{{{)))).((((((....)))))).}}}}}[[[[[[((((((((((....)))))))))).(((.((.....))..))).((((......))))...))))).(((....(((((..]]]]]]...))))).((((....)))).....((((((.....))))))AAAAA...)))..(((((.........)).))). |