|
|
|
AUGGUCAGGUAGGGUGGAGGGUCUCGCCAGCCCUUAUACCCACAUGGCGCAACGUGGGCACCAGUAACUCCUAUGCUAUAAUACCUGCUCUUCGAGAUCCCAGUCUAACUAUGAUCAUCGCCCGACGGGGCGAGAUAGUCGUGGGUUCCCUUUCUGGAGGGAGAGGGAAUUCCACGUUGACCGGGGGAACCGGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACCGUGCCCGGCUAUCCGCGUUCGUCGGUCUCCGAUAGGAGGAAGACUGGGGGUAAAUCUCGGGGAGUAAGGGUUAUGGCAUAGGGGAGCUGACCAU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((.(..((((((((((.......))))))...(((((..........))))))))).....(((((((((((((((.(.(((((((((((.(((((((((..((....(.((((.((((((.(.((.(((((.((((((((((((((((....))))))))))).))))).)..(((.((....(((.....(((....))).....)))..))))).)))))))...))))))....)))))...)).)))))))))......))))))))))).).)))))))))))))))).))))))))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...(((((((((((.......)))))).)))))...(((.((.......)).)))....(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((...............(((((((((((.(((((.((((((((((((((((....)))))))))).))))))....(((((.(...(((.....(((....))).....)))).))))))))))))).)))))))).((((....))))..)))))))).....)))))))))))).))))))))))))))))))..)))))))) |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................(((....))).........(((((.((((((.(((....))).))))))..)))))....(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))...................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....((((((((((.......))))))...(((((..........))))))))).....(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((..(((..(((.((((((....)))))))))...((((((((((((((((....)))))))))).)))))).....(((((..((((((...((.((((.(((..........))).....)))).))..))))))))))).))).....))))))))).....))))))))))).))))))))))))))))))..)))))))) |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((....((((((((((.......))))))...((((............))))))))......(((((...(((.(((....(((((((((((((((((((..(......((((..(((((((((((.......(((((.((((((((((....))))))))))..)))))....(((.((....((((....(((....)))....))))..))))).....))).)))))))).....))).)..)..))))))))).....))))))))))....))).)))...)))))...))))))). |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...(((((((((((.......)))))).))))).(.(((.((.......)).))))...(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((..((...(((.....(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).))))).((.((((.....)))).))(((.(((..........))).)))..))))))))).)))))))).....)))...))..))))))))).....))))))))))).))))))))))))))))))..)))))))) |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................(.........)......................................(((((.(((((..............((..((((((.................(((((((((((.((((..((((((((((((((((....))))))))))).)))))....(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))).))))))).)))))))).................)))))).......))..............))))).)))))............ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...((((...((((.......))))....))))((.(((.((.......)).)))))..(((((((((((((((.(.(((((((((((.(((((((((...............((((((.(.((.(((((.((((((((((((((((....)))))))))).))))))....(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))))))))))...)))))).((((....))))..)))))))))......))))))))))).).)))))))))))))))..)))))))) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...(((((((((((.......)))))).)))))((.(((.((.......)).)))))..(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((..((.(.(((...(.(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).))))).((.((((.....)))).))(((.(((..(....)..))).)))..))))))))).)))))))).)...))).).))..))))))))).....))))))))))).))))))))))))))))))..)))))))) |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((....(((((((((.......))))))...((((............)))))))......(((((.((((((((..(..(((((((((((.((((((((..(.....((((((((((((((((((.((((..((((((((.(((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).))))))).))))))))...)))))))..)..))))))))......)))))))))))....))))))))).))))).))))))).. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...(((((((((((.......)))))).)))))...(((.............)))....(((((((((((((((...(((((((((((((((((((((.....(((...))).(((((((((((.((((((((((((((((((((((....)))))))))).))))).....((((.....)))).....(((....))).(((....)))..)))))))))).))))))))(((((....))))).)))))))).....)))))))))))))...)))))))))))))))..)))))))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((((((.......)))))).))))))).(((.((.......)).)))....(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((.((((...((.((((((....))))))))))))((((((((((((((((....)))))))))).))))))..((((((.(.((((((...((((.((..((......))...)).))))..))).)))).))))))(((....)))...)))))))).....)))))))))))).))))))))))))))))))..)))))))) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...(((((((((((.......)))))).)))))((.{{{.{{...))..}}.}}}....(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((..((...(((.....(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).))))...............(((.....(((....))).....))).....)))))))))).))))))))...[[))).]]))..)))))))).....))))))))))))).)))))))))))))))))..)))))))) |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(.((((((..(.(((((((((.......))))))...(((((..........))))))))).....((((((((((..(((.((((((((((.(((((((((((((((.....(((((((((((((((((.((((((..(((((((((((((((....))))))))))).)))).....(((((..(.(.(((....(((....)))....))))).))))))))))))).))))))))...)))))))..))))))).)))))....)))).)))))).))))).)).))))))))).)))))).). |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((...(((((((((((.......)))))).)))))...(((.((.......)).)))....(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((..((...(((.((((((....))))))))))).((((((((((((((((....)))))))))).))))))..((((((..(((((((...((((.((..((......))...)).))))..))).)))).))))))(((....)))...)))))))).....)))))))))))).))))))))))))))))))..))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...(((((((((({{{{{{{..))))).)))))...(((..[[[[[[[[...)))....(((((((((((((((...(((((((((((((((((((((...............(((((((}}}}}}}....((((((((((((((((....))))))))))).]]]]]]]].(((((....((((......))))...............)))))....))))).)))))))(((((....))))).)))))))).....)))))))))))))...)))))))))))))))..)))))))) |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((<(((((cc...cccccccc.)))))(({{{{.)>.((((.(((((ddddddd.(((..aaaaaaaaaaaaaaa.aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa.)))(((((...ff([[[[[[[CCCCCCCC.)))))(((((((((((((....)))))))))))))..))))).bbbb(eee.ee.))))..)EEEE...EB(((..CCDDDDDDD))).BBB)]].]]]]]FF(((((..))))))).AAAAAAAA}}}}.AAAAAAAAAAAAA.AAAAAAAAAAAAAAAAA..)))))))) |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((...((((((((((.......))))))...((((.....(.....))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((((((((((((((((......(((((((((((((((((...((..(((((.((((((((((....))))))))))..)))))....(((.((....((((...((((....)))..).))))..))))).))..))).))))))))...))))).)..)))))))))))).....))))))))))....)))))))..))))))).))))).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((...((((((((((.......))))))...((((.....(.....))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((((((((((((((((......(((((((((((((((((...((..(((((..(((((((((....)))))))))...)))))....(((.((....((((...((((....)))..).))))..))))).))..))).))))))))...))))).)..)))))))))))).....))))))))))....)))))))..))))))).))))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...(((((((((((.......)))))).)))))...(((.((.......)).)))....(((((((((((((((.(((((((..((((((((((((((...............(((((((((((.(((((.((((((((((((((((....))))))))))).)))))....(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))))))))).)))))))).((((....))))..)))))))).....))))))..))))).)))))))))))))))))..)))))))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((((((.(....))))))).))))))).(((.............)))....(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((.(((...(((.((((((....))))))))))))((((((((((((((((....))))))))))).)))))..((((((..(((((((...((((.....................))))..))).)))).))))))(((....)))...)))))))).....)))))))))))).))))))))))))))))))..)))))))) |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...(((((((((((.......)))))).))))).((((......))))...........(((((((((((((((...(((((((((((((((((((((..(((((((..((((((....))))))....)))))))((((((((((....((((.......)))).......((((.....))))........))))))))))........(((((...........)))))(((((....))))).))))))))).....))))))))))))...)))))))))))))))..)))))))) |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.....(((((((((.......))))))...((((............)))))))........((((...((.........((((((.((((((((.............((((....(((((.(((...((..(((((..(((((((((....)))))))))...)))))....(((.((....(((.....(((....))).....)))..))))).))..))).).))))(.....)))).).........))))).....))).)))))).........))...))))....)))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...(((((((((((.......)))))).)))))...(((.((.......)).)))....(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((...............(((((((((((.(((((.((((((((((((((((....)))))))))).))))))....(((((.(...(((.....(((....))).....)))).))))))))))))).)))))))).((((....))))..)))))))).....)))))))))))).))))))))))))))))))..)))))))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((........(((((((((((.......)))))).)))))...(((.((.......)).))).)).(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((...............(((((((((((.(((((.((((((((((((((((....)))))))))).))))))....(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))))))))).)))))))).((((....))))..)))))))).....)))))))))))).)))))))))))))))))).......... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(.(((((((((((.......)))))).)))))((.(((.((.......)).)))))..(((((((((((((((.(((((((..((((((((((((((...............(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).))))..((.((((.....)))).))(((((....))).(((....))))))))))))))).))))))))(((((....))))).)))))))).....))))))..))))).)))))))))))))))))).)))))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((((..(((((......).))))....(((((..........))))).)))))...(((((((((((((((.((((((((((((((.((((((((..(.(((..))).(((.(((.(((((..(((..((((((((((((((((..)..)))))))))).)))))...((((((..(((.((.((((((((..)))))))).))))))))))))))..).))))))))))(((((..))))).)))))))))......))))))))))).)))))))))))))))..))).))))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................((.((......................(.....).....((....((.......((..((......(.....(.(.(.(.((((((......(....(((((((((((((....)))))))))))))........(((.((....(((.....(((....))).....)))..))))).)....)).))))).)........).)...)..)).....))..................)).....).......).))...)).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((...(((((((((((.......)))))).)))))...(((.((.......)).)))....(((((((((((((((.(((((((..((((((((((((((...............(((((((((((.(((((.(((((.((((((((((....))))))))))..)))))....(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))))))))).)))))))).((((....))))..)))))))).....))))))..))))).)))))))))))))))))..))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....((((((((((.......))))))...(((((..........))))))))).....(((((((((((((((.(((((((..((((((((((((((..((...(((.((((((....))))))......((((((((((((((((....)))))))))).))))))..((((((..(((((((...((((.((..((......))...)).))))..))).)))).))))))...)))...))..)))))))).....))))))..)))).))))))))))))))))))..)))))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((.(((.(((((.((....)))))))...(((((..........))))).))).(((.......))).....)))))).......((((....))))..(((((((..((((((....))))))....))))))).(((((((((......))))))))).(((.((.....))..))).((((......))))........((((....(((((...........))))).((((....)))).....((((((.....))))))........))))..(((........)))...... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.(((.<<<<<<<....)))..>>.>>>>>....(((((..........))))).)))((((aaaaa..)))).........(((((....((((........{{{{{)))).((((((....)))))).}}}}}[[[[[[((((((((((....)))))))))).(((.((.....))..))).((((......))))...))))).(((....(((((..]]]]]]...))))).((((....)))).....((((((.....))))))AAAAA...)))..(((((.........)).))). |