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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00322



RNA: SRP_00322
Rfam family: Archaea_SRP

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..(((((.((((((....))))))..)))))....((((((........))))))..((((...(((((((((((((((.(..(((((((((((((((((((...((..((..(((.((((....))))..)))..(((((((((((((((((....))))))))))).))))))..((((.(((...((((....(((....)))....))))..)))....((((((....))))))...))))))..))...))))))....))))))))))))).).)))))))))))))))..)))).))).)
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............((((.(((((.......))))).....((((............))))))))..........................................................(.((.....)).).(((.(.(((((.((((((.(((....))).))))))..))))).).)))(((.....((((....(((....)))....))))..))).........................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...((((((((((.......))))))....((((((........)))))))))).....(((((((((((((((....(((((((((((((((((((.(((((...((((((........))))))((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))..))))).(((((.....)))))......))))))....)))))))))))))...))))))))))))))).)))))))))..
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.......((((((((((.......))))))....((((............))))))))......(((((...(((..(((....(((((((((((((((((((.........((((..(((((((((((.......(((((.((((((((((....))))))))))..)))))....(((.((....((((....(((....)))....))))..))))).....))).)))))))).....))))......)))))))))....))))))))))....))).)))...)))))......)))))..
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...((((((((((.......))))))....((((((........)))))))))).....(((((((((((((((....(((((((((((((((((((...((..((..((.((.((((((((((.(((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))).)))))))).))...))))..))...))))))....)))))))))))))...))))))))))))))).)))))))))..
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .................(((((.......))))).....((((((........)))))).........(((((((((((((((....(((((((((((((((((((...((......(.(((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))).))))))))....))).)...))...))))))....)))))))))))))...)))))))))))))))............
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...((((((((((.......))))))....((((((........)))))))))).....(((((((((((((((.(..(((((((((((((((((((...((......((.((.((((((.(.((.(((.((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))...))))))....))))....))...))))))....))))))))))))).).))))))))))))))).)))))))))..
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...((((((((((.......))))))....((((((........)))))))))).....(((((((((((((((..(((((((((((((((((((((...((..((..((.((.((((((((((.(((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.....((((..(.(((....)))..).))))..))))).))))))).)))))))).))...))))..))...))))))....))))))))))))).))))))))))))))))).)))))))))..
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((....(((((((((.......))))))....((((............)))))))......(((((.((.((.(((......((((((((((.((((((((..(.....((((((((((((((((((.((((..((((((((.(((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).))))))).))))))))...)))))))..)..)))))))).....)))))))))).....))).)).)).))))).)))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..(((..[[[[[[)))....]]]]]]....((((((........)))))).........(((((((((((((((....(((((((((((((((((((...........(((.((((....))))..))).((((((((((((((((((....))))))))))).))))))).((((.(((...((((....(((....)))....))))..)))....((((((....))))))...)))).........))))))....)))))))))))))...))))))))))))))).)))))))))..
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..(((((.((((((....))))))..)))))....((((((........))))))..((((...(((((((((((((((....(((((((((((((((((((...((..((..((.((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))).)))))))).))...))))..))...))))))....)))))))))))))...)))))))))))))))..))))))))..
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...((((({{{{..)).....}}}}..((([[[[[[.....)))]]]]]].))).....(((((((((((((((..(((((((((((((((((((((...((..((..((.((.((((((((((.(((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))).)))))))).))...))))..))...))))))....))))))))))))).))))))))))))))))).)))))))))..
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((...((((..(.(((((((((.......))))))....((((............)))))))).....((((((((.(.((((..((((((.(((((((.(((((((((((.....(((((((((((((((((.((((((..(((((((((((((((....))))))))))).)))).....(((((..(.(.(((....(((....)))....))))).))))))))))))).))))))))...)))))))..))))))).))))....))))))).)))))).))))))..))))))).)))...)))..
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..(((((.((((((....))))))..)))))....((((((........))))))..((((...(((((((((((((((....(((((((((((((((((((...((..((..(((.((((....))))..))).((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.....((((....(((....)))....))))..))))....(((((....)))))......).))..))...))))))....)))))))))))))...)))))))))))))))..))))))))..
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...(((((((((([[[[[[.))))))....((((((........)))))))))).....(((((((((((((((....(((((((((((((((((((.((((.......(((((...)))))))))(((.((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((......]]]]]].))))).........)))....((((..(((((((..)))))))......))))......))))))....)))))))))))))...))))))))))))))).)))))))))..
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................(((((..(((((.(((.........(((.....(((((((...)).)))))......))).....((((((....(((.....(((....))).....))).))))))......)).).))))).....))))).............................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..(((((((...jjjjjj(..cccc((((([[[[(..hhh.)))).eeeeee{..((..iiiiiiiiiiiiiiiii(.aaaaaaaaaaaaaaaaaa(...fffff....)))}))).)]]]]((bbbbb.((((((((((((((((((....))))))))))).))))))).)FFFFF.((AAA)AACCCCggggg.)JJJJ)).HHH)AAAAAA)AA((((((()))))))))..)A.BBBBB.JJ....GGGGG<<..AAAAIIIIIIIII...IIIIIIII)EEEEEE.)))))))))>>
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PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((......((((((((((.......))))))....((((.....(.....))))))))).....(((((((..((((.(((....((((((((((((((((((((((......(((((((((((((((((...((..(((((..(((((((((....)))))))))...)))))....(((.((....((((...((((....)))..).))))..))))).))..))).))))))))...))))))...))))))))))))....))))))))))....)))))))..)))))))....)))))...
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((((....))))))...(((((((((((....)).)))))).)))..)).....(((((((((((((((..(((((((((((((((((((((...((..((..(((.((((....))))..))).((((((((((((((((((....))))))))))).))))))).((((.(((...((((....(((....)))....))))..)))....((((((....))))))...))))))..))...))))))....))))))))))))).)))))))))))))))))..))))))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..(((((.((((((....))))))..)))))....((((((........))))))..((((...(((((((((((((((..(((((((((((((((((((((...........(((.((((....))))..))).((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((...(.((((....(((....)))....))))).)))))...(((((....))))).................))))))....))))))))))))).)))))))))))))))))..))))))))..
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...((((((((..........)))))))).((((((........)))))).........(((((((((((((((....(((((((((((((....................(((((.((((.((((....((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.............)))))....))))..))))..((((..((((((....))))))......))))..........))))).)))))))))))))...))))))))))))))).)))))))))..
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((........(((((((((.......))))))....((((............)))))))........((((........((.....((((((.((((((((.............((((....(((((.(((...((..(((((..(((((((((....)))))))))...)))))....(((.((....((((....(((....)))....))))..))))).))..))).).))))(.....)))))..........)))))....))).)))))).....)).......)))).......))))...
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((((....))))))...(((((((((((....)).)))))).)))..)).....(((((((((((((((.(..(((((((((((((((((((...((..((..(((.((((....))))..))).((((((((((((((((((....))))))))))).))))))).((((.(((...((((....(((....)))....))))..)))....((((((....))))))...))))))..))...))))))....))))))))))))).).)))))))))))))))..))))))))..
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((..(((((.((((((....))))))..)))))....((((((........))))))..........))).((((((((((..(((((((((((((((((((((...((..((..(((.((((....))))..))).((((((((((((((((((....))))))))))).))))))).((((.(((...((((....(((....)))....))))..)))....((((((....))))))...))))))..))...))))))....))))))))))))).))))))))))))..((((.....))))..
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((((....))))))...(((((((((((....)).)))))).)))..)).....(((((((((((((((.(..(((((((((((((((((((...((..((..(((.((((....))))..))).((((((((((((((((((....))))))))))).))))))).((((.(((...((((....(((....)))....))))..)))....((((((....))))))...))))))..))...))))))....))))))))))))).).)))))))))))))))..))))))))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((((((((..))).)))..))).))..((((((........))))))........((((((((((((((((..(((((((((((((((((((((((((((..(..(.(((((((((.((((((((((.(((((((((((((((((..)..)))))))))).))))))..((((.............((((((..))))))))))(........))))))).)))))))))..).)))))..))))))))))))..)..)))))))))))).)))))))))))))))))).))))))))..
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................(.(.(...................(.(.(...)...).)......((((((..(......(............(.((.(((((((((.(.((((..(((((..(((((((((....)))))))))...)))))....(((.((....((((....(((....)))....))))..))))).)))).)).))))))))........)))......)..................)..))))).................)...).).)
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...(((................(((((((((((....)).)))))).))).))).....(((((((((((((((.(..(((((((((((((((((((...((..((..(((.((((....))))..))).((((((((((((((((((....))))))))))).))))))).......((...((((....(((....)))....))))..))............................))..))...))))))....))))))))))))).).))))))))))))))).)))))))))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((((....))))))...(((((((((((....)).)))))).)))..)).....(((((((((((((((..(((((((((((((((((((((...((..((..(((.((((....))))..))).((((((((((((((((((....))))))))))).))))))).((((.(((...((((....(((....)))....))))..)))....((((((....))))))...))))))..))...))))))....))))))))))))).)))))))))))))))))..))))))))..
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((.((((((....))))))..))))).((((((....)).))))...((((((((...............)))))))).(((....))).((((.((((.((......))))))......(((((.....((((((((((((((((((....))))))))))).))))))).(((((.....)))))..)))))....))))....((((((((....((((((....))))))......((((.......)))).....(((((....)))))))).))))).....((((.....))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(((((.((((((....))))))..))))).((((((....)).))))...[[[[[[[[...))))).......]]]]]]]]((((....)))).(((.((((.((......))))))(((....{{{{))).}}}}.((((((((((((((....))))))))))).))).(((..<<<<<...)))(((....>>>>>.........)))..((((....((((((....))))))......((((.......)))).....(((((....)))))))))...aaaaa..))).....AAAAA..