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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00323



RNA: SRP_00323
Rfam family: Archaea_SRP

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((.(((((.......))))).....((((((......)))))))))).....(((((((((((((((.(((.((((((((((((((((((.........((((((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.(...(((.....(((....))).....)))).))))).))))))).))))))))....))))))......))))))).....)))))))))))..))))))))))))))))))..)))).)).)
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((((((((.......))))))....(((............)))))))............(..............)...............................((.....))...(...(.(((((.((((((.(((....))).))))))..))))).)...)(((.....(((.....(((....))).....)))..))).........................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((((((.......))))))....((((((......)))))))))).....(((((((((((((((.((..((((((((((((((((((.........((((((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))).))))))).))))))))....))))))......)))))))).....))))))))))...)))))))))))))))))..)))))))..
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((((((.......))))))....((((..........))))))))......(((((...(((.(((....(((((((((((((((((((........(((((..(((((((((((.......(((((.((((((((((....))))))))))..)))))....((((.(....((((....(((....)))....))))..))))).....))).)))))))).....))))).....))))))))).....))))))))))....))).)))...)))))...)))))))..
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((((((.......))))))....((((((......)))))))))).....(((((((((((((((.(((.((((((((((((((((((...(.....((((((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))).))))))).))))))))....))))))..)...)))))))).....))))))))))..))))))))))))))))))..)))))))..
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((((((.......))))))....((((((......)))))))))).....(((((((((((((((.(...(((((((((.((((((((...(.....((((((.((((((.(.((.(((((((((((.((((((((((....))))))))))..))))))...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))))))))))...))))))....))))))..)...))))))))......)))))))))...).)))))))))))))))..)))))))..
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((((((.......))))))....((((((......)))))))))).....(((((((((((((((.(((.((((((((((((((((((...(.....((((((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))).))))))).))))))))....))))))..)...)))))))).....))))))))))..))))))))))))))))))..)))))))..
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((....(((((((((.......))))))....(((............))))))......(((((((((.(((((....(((((((((...((((((((..(.....((((((((((((((((((.((((..((((((((.(((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).))))))).))))))))...)))))))..)..))))))))........)))))))))....))))).))))))))).)))))))...
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((((((.......))))))....((((((......)))))))))).....(((((((((((((((.(((.((((((((((((((((((.........((((((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))).))))))).))))))))....))))))......))))))).....)))))))))))..))))))))))))))))))..)))))))..
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((.(((.((...)).))).)).(((...((((((......))))))...)))...(((((((((((((((.(((.((((((((((((((((((.........((((((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.....(((.....(((.....)))....)))..))))).))))))).))))))))....))))))......))))))).....)))))))))))..))))))))))))))))))..)))))))..
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((((((.......))))))....((((((......)))))))))).....(((((((((((((((.(((.((((((((((((((((((.........((((((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))...((((.....(([[.....((....)).......))..))))]]))))))).))))))))....))))))......))))))).....)))))))))))..))))))))))))))))))..)))))))..
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...((((((((((.......))))))....((((..........)))))))).....(((((((((.(((((.((((((((((((.(((((((((((((.....((((((((((((((((((.((((..((((((((((((((((....))))))))).)))))))....(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))).))))))))...)))))))..))))))))).)))....))).))))))).)))))))).))))))))).))))))))..
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((.(((.(.....).))).)).(((...((((((......))))))...)))...(((((((((((((((.(((.((((((((((((((((((.........((((((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.....(((.....(((.....)))....)))..))))).))))))).))))))))....))))))......))))))).....)))))))))))..))))))))))))))))))..)))))))..
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((....{{{{{{{(.{{{{{.....((((((......)))))))))).....(((((((((((((((.(((.(((((((((((((((((((((((.....(((((..))))).)}}}}}}}.((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))...((((.....(((((.....(((...}}}}}..))).....))))))))))))))(((((...)))))........))))))).....)))))))))))..))))))))))))))))))..)))))))..
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((...((((((((((.......))))))....((((....(....))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((((((((((((((((.....((((((((((((((((((...((..(((((.((((((((((....))))))))))..)))))....((((.(....((((...((((....)))..).))))..))))).))..))).))))))))...)))))))..)))))))))))).....))))))))))....)))))))..))))))).))))).....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((...((((((((((.......))))))....((((....(....))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((((((((((((((((.....((((((((((((((((((...((..(((((.((((((((((....))))))))))..)))))....((((.(....((((...((((....)))..).))))..))))).))..))).))))))))...)))))))..)))))))))))).....))))))))))....)))))))..))))))).))))).....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((.(((((.......))))).....((((((......)))))))))).....(((((((((((((((.(((.((((((((((((((((((.........((((((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))).))))))).))))))))....))))))......))))))).....)))))))))))..))))))))))))))))))..)))))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(....(((.........)))....(((...((((((......))))))...)))...(((((((((((((((.(((.((((((((((((((((((.........((((((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.....(((.....(((.....)))....)))..))))).))))))).))))))))....))))))......))))))).....)))))))))))..)))))))))))))))))).))))))))..
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((....))))))...........((((((......)))))).........(((((((((((((((.....((((((((((((((((((.........((((((.((((((((........((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))...((((.....(((((..........................)))))))))..))))))))....))))))......)))))))).....)))))))))).....)))))))))))))))..)))))))..
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.....(((((((((.......))))))....((((..........)))))))........((((...((.........((((((.((((((((............(((((....(((((.(((...((..(((((..(((((((((....)))))))))...)))))....((((.(....(((.....(((....))).....)))..))))).))..))).).))))(.....)))))).........))))).....))).)))))).........))...))))....)))).....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((.(((((.......))))).....((((((......)))))))))).....(((((((((((((((.(((.((((((((((((((((((.........((((((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.(...(((.....(((....))).....)))).))))).))))))).))))))))....))))))......))))))).....)))))))))))..))))))))))))))))))..)))))))..
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((..((...((((((....))))))....)).....((((((......)))))).))).((..(((((((((((((((.(((.((((((((((((((((((.........((((((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))).))))))).))))))))....))))))......))))))).....)))))))))))..)))))))))))))))))).....))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(..((((((((((.......))))))....((((((......)))))))))).....(((((((((((((((.(((.((((((((((((((((((.........((((((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.(...(((.....(((....))).....)))).))))).))))))).))))))))....))))))......))))))).....)))))))))))..))))))))))))))))))).)))))))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(.(((((((......).))).)))(((...((((.(......).))))...)))...(((((((((((((((.(((.((((((((((.(((((((...(....)(((((((((((((.(((((.((.(((((((..(((((((((..)..))))))))...)))))))))(((((.....(((.((((((((..)))))))).)))..)))))......)))))))))))..).))))))......)))))))......))))))))).).)))))))))))))))))).))))))))..
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................((.........................................((........((..((......(..((((((.(.(..(((((..(((((.(((((..(((((((((....)))))))))...)))))....((((.(....(((.....(((....))).....)))..)))))))))).)).))).).)....).)))))).....)).....))........................))..............))...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((.(((((.......))))).....((((((......)))))))))).....(((((((((((((((.(((.((((((((((((((((((.........((((((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.(...(((.....(((....))).....)))).))))).))))))).))))))))....))))))......))))))).....)))))))))))..))))))))))))))))))..)))))))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((.(((((.......))))).....((((((......)))))))))).....(((((((((((((((.(((.((((((((((((((((((.........((((((.((((((..(((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))).)))))))...))))))....))))))......))))))).....)))))))))))..))))))))))))))))))..)))))))..
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((.((((((.......))))))....((((((......)))))).))).....(((((((((((((((.....((((((((((((((.................(((((....))))).....((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.............)))))..)))).........(((((((.........(((((.....))))).......)))))))......)))))))))).....)))))))))))))))..)))))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.((((.((((.(((((.((....)))))))...)))).((((((((..((.((....))..))..))))))))...))))...((((....(((..(((((...........(((((....))))).....((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..{{{{{....)))))....}}}}}...))).....((((...[[[....))))...((((]]]..))))..))))...)))..((((..((((..........))))...(((........))).))))..