|
|
|
CUCCACCAGUCCGCUAGCGACCCUGCGGAAACGCGUCAGGGCCGGAAGGCAGCAGCGCACCGCCGGGUCGCUAGGUGGACAGCCUGCAGAUGUGGCGGAAUUGG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((.((.(.((((..((((((.(((((((....((((....(((....)))....)))).))).))))))))))))...)).)..)).))...............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((......(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).))))))))).)))))).(((.((....)))))......)) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).))))))))).))))))...((((.......))))...))) |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((.(((((((((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)))))))..........)).......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((((((((((.((((...(((......(((....)))....)))..)))).)))))))))).))))).(((.........)))........ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................(.((((....((((....(((....)))....)))).)))).)....................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((.(.(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).)))))))))).))))).)..)).))............... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((....(((((((((((((((.((((...(((......(((....)))....)))..)))).)))))))))).))))).(((.((....)))))))...... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.......((((((((((((((....)))).[[[[(((....))).........[[[[[))))))))))]]]]]...]]]].......)))))...... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.((..........(.((......((((....(((....)))....))))...)).)...........)).))............))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).)))))))).))))))).(((.........))))))..... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).))))))))).)))))).(((.((....))))))))..... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).))))))))).)))))).(((.((....))))))))..... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).))))))))).)))))).(((.........)))........ |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.......((((((((((((((((...(((.((((((((..))))).)))))))))))))))))))))))))))(((((.(((..))))))))...... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((((((((((((.((((..((.....((((....(((....)))....))))..))..)))).))))).))).........))...))))).)).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).))))))))).)))))).(((.((....))))))))..... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((..(((((((((((((((.((((....(((([[[[(((....)))....)))).)))).)))))))))).)))))..]]]].....))))......... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((((((...(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).))))))....................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((((((...(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).))))))....................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).)))))))))).))))).(((.((....))))))))..... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).))))))))).)))))).(((.((....))))))))..... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.......((((((((((.((((....((((..................)))).)))).)))))))))))))))....((((.......))))...... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))......................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).))))))))).)))))).(((.((....))))))))..... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).))))))))).))))))...((((....)))).)))..... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).)))))))))).))))).(((.((....))))))))..... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((.(((((((((((((((..(((...(.(((((((((((..))))))))))).))))..))))))))).)))))).)((.(((..)))))(..)).))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(................((.(..(.((.........(.(..(......((......))...)).)..................).)..)....).)))...... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).))))))))).)))))).(((.((....)))))........ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).)))))))))).))))).(((.((....))))))))..... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((.((((((.((((....)))).......(((..((..........)).))))))))).((((.....))))........))))).))))) |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....[[[[[[.((((((.((((....)))).......(((..((..........)).))))))))).[[[[)))..]]]]........]]]]]]..... |