RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00328

RNA: SRP_00328
Rfam family: Metazoa_SRP

			GCCAGGGUAGCAAUGCCUGUGACCUCGUGUGGCAUAAACAAUGUAGUUAGAAUAGUCAGAGUAUGAGAGUUUGAUGAGACAGUUUGCUAAGAGUGUGCCCGUUCCAAACAGUGAGUUGCUAUGGUGGAAACCUAGUAAUAGGACUUCACCAGGGCAUUAAAGAGCUGAGGAACCGCCUCAGGCUGGCAACAGAACAGGGAAAACUUGCCGCUUAUUGUGGUGGAAGGAUAACAUACUCAUUAACUGUCAAGCUAAUCGGUUCUGCUAUUCUGAUCAGACACU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((((....)))))....(.(.).)))))..........(.((((.....(..((.(.(.....(((.(.(..(((((((.(....(((((((.((.(((((.(((((((((((((.(((((((..((((....))))..))))))).))))((...))(.((((......(((....(((....)))....)))....)))).))))))))))..)))))))....))))))).).))))))).).).)))....).).))..).))))..).....
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.............))))....))))........(((..((((((((((.((((......(((((.....((((((....((((((((((((..((((..(((((((((((((..((((((..((((....))))..))))))..))))......((((((((.....))))).)))(((((...............))))))))))))))...))))))....))))))).))))))))))))))......))))))))))))))....)))..
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(.........)..............................(((((.....(((((((((((((.(((((...............((((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...............).)))))))))))))))))).)))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((.(((.....))).)))).....)))............((((((((((.((((((.(((.(((((.....(((((((......(((((((.((.(((((.(((((((((((((.(((((((..((((....))))..))))))).))))......((((((((.....)))))).))(((((...............))))))))))))))..)))))))....)))))))...))))))))))))..)))))))))))))))))))........
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.(((((....)))))............)).......(.(((.((((((((((.((((((.....((((((.....((((((......(((((((.((.(((((.(((((((((((((.((((((...((((....))))...)))))).))))........((((((.....)))))).(((....))).................)))))))))..)))))))....)))))))...))))))))))))....).)))))))))))))).)..))).)
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....))))).....(....)))))........(...((((((((((.((((..........(((((..(((((((.(....(((((((.((.(((((.(((((((((((((.(((((((..((((....))))..))))))).)))).........((((......(((....(((....)))....)))....))))..)))))))))..)))))))....))))))).).)))))))......))))).))))))))))))))...)....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(((.....))).))))....))))............((((((((((.((((((.(((.(((((.....(((((((......(((((((.((.(((((.(((((((((((((.(((((((..((((....))))..))))))).))))......((((((((.....)))))).))(((((........(.....)))))))))))))))..)))))))....)))))))...))))))))))))..)))))))))))))))))))........
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((....)))).....................(..((..(.(....(((((.((((.(((....(((((..(((((.........(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(..((((....))))..).))))).)))).......(((((.......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))......))))..))))))))))))))))))....).).)))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((....))))).........[[[)))....]]].....((((((((((.((((((.....((((((((.(((...))).....(((((((....(((((.(((((((((((((.(((((((..((((....))))..))))))).))))........((((((.....)))))).(((....)))..((((.....))))..)))))))))..)))))......))))))).......)))))))).....))))))))))))))))........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(((.....))).))))....))))........(((.((((((((((.(((((..(((.(((((.....(((((((......(((((((.((.(((((.(((((((((.(((.(((((((..((((....))))..))))))).))).........((((((.....)))))).(((....)))..((((.....))))..)))))))))..)))))))....)))))))...))))))))))))..))).)))))))))))))))...)))..
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((....)))))...........................((((((((((.((((((.....((((((.....((((((......(((((((.((.(((((.(((((((((((((.(((((((..((((....))))..))))))).))))........((((((.....)))))).(([[[[[.))............]]]]])))))))))..)))))))....)))))))...)))))))))))).....))))))))))))))))........
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.........))...........(...)))..........((..(.(..(((.((((..((((.....((.....(((((((.((...(((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).))).....((((....(.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))))..))))))))...)))))))).)))))))))......))).))))))))......)).))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(((.....))).))))....))))........(((.((((((((((.(((((..(((.((((((.....((((((......(((((((.((.(((((.(((((((((.(((.(((((((..((((....))))..))))))).))).........((((((.....)))))).(((....)))..((((.....))))..)))))))))..)))))))....)))))))...))))))))))))..))).)))))))))))))))...)))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((((((.............)))))..........(((((....((((((.........))))))..(((((((......(((((((....(((((.((((((((.((((.(((((((..((((....))))..))))))).))))........((((([[[[[[.)))))..((((((...............))))))))))))))..)))))......)))))))...)))))))...)))))]]]]]]))))))))))..........
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................((.((((..................(((.....)))((((..(((.......(((.((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).....(.((.((.......(((....(((....)))....))).....))))).)))........))).))))..............................)))).))................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.........)))......(...).))).............(((((.....(((((((((((((.(((((................(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...)))))).................)))))))))))))))))).)))))....
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.........)))......(...).))).............(((((.....(((((((((((((.(((((................(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.((((((...).(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...)))))).................)))))))))))))))))).)))))....
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((.........)).......(...).))).............(((((.....(((.((((((((...((((................(((((((((.(((((.((((((((.((((.(((.(((((((((....))))))))).))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))).))))))))..))))))))...)))))).................))))..)))))))).))).)))))....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((((....)))).........[[[))))............((((((((((.((((...(((.(((((.....(((((((......(((((((.((.(((((.(((((((((((((.(((((((..((((....))))..))))))).))))........((((((.....)))))).(((....)))..((((.....))))..)))))))))..)))))))....)))))))...))))))))))))..)))..))))))))))))))....]]].
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(((.....))).))))....))))........(((.((((((((((.((((((.(((.((((((.....((((((....(((((((((.((.(((((.(((((((((((((.(((((((..((((....))))..))))))).))))........((((((.....)))))).(((....)))..((((.....))))..)))))))))..)))))))....))))))).))))))))))))))..)))))))))))))))))))...)))..
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((....)))))........((((.((((.....)))).((((((((((.(((((.........(((((..(((((((......(((((((....(((((.((((((((.((((.(((((((..((((....))))..))))))).))))........((((((.....))))))..((((((...............))))))))))))))..)))))......)))))))...)))))))......))))))))))))))))))))...)))).
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................(((((....(....)...............................((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..)))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...)))))).....................................)))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(((.....))).))))....))))........(((.((((((((((.((((...(((.(((((.....(((((((......(((((((.((.(((((.(((((((((((((.(((((((..((((....))))..))))))).))))........((((((.....)))))).(((....)))..((((.....))))..)))))))))..)))))))....)))))))...))))))))))))..)))..))))))))))))))...)))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.(((.....))).))))....))).(((.....))).((((((((((.((((...(((.(((((.....(((((((......(((((((.((.(((((.(((((((((((((.(((((((..((((....))))..))))))).))))........((((((.....)))))).(((....)))..((((.....))))..)))))))))..)))))))....)))))))...))))))))))))..)))..))))))))))))))........
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(((.....))).))))....))))........(((.((((((((((.((((...(((.(((((.....(((((((......(((((((.((.(((((.(((((((((((((.(((((((..((((....))))..))))))).))))........((((((.....)))))).(((....)))..((((.....))))..)))))))))..)))))))....)))))))...))))))))))))..)))..))))))))))))))...)))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.((((.(((.......))).))))))(((...............(((((((((.((((..((((..(((.((((((((.(((.((.....((..))((.((((((.((((((...(((((((((((((((((....)))))))))))))))))....)).(((((((.(....)))))))).(((((.(.(.......).).)))))....))))..))))))))))))))).)))))))))..))))(((....)))))))))))))))).....))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(....................................................((.........)).((.......).))...............................((....((.....(.............((..(.((.(..(...((...........))....).....).))......(....(((.......(.(.....((.....))...).)......))).).)..).).............)....))..))...........
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((..(.......)..))).....)))).........((.((((((((((.((((....(..(((((((.....(((((......(((((((.((.(((((.(((((((((((((.(((((((..((((....))))..))))))).))))........((((((.....)))))).(((....)))..((((.....))))..)))))))))..)))))))....)))))))...))))))))))))...)...))))))))))))))...))...
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.........))))...((......)).............((((((((((.(((((..(((.(((((.....(((((((......(((((((.((.(((((.(((((((((.(((.(((((((..((((....))))..))))))).)))........((.(((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....)))))))...))))))))))))..))).)))))))))))))))........
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..((.....))..))))....))))........(((.((((((((((.((((...(((.(((((.....(((((((......(((((((.((.(((((.((((((((((((..(((((((..((((....))))..)))))))..)))........((((((.....)))))).(((....)))..((((.....))))..)))))))))..)))))))....)))))))...))))))))))))..)))..))))))))))))))...)))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((....)))).(((.((......))))).(((...(((................)))....((((....)))).))).(((......((((((.(((........))).......((((((..((((....))))..)))))).)))))).....((((((((.....))))).))))))..(((((.(((.....))).((((.....)))).(((..((((..............))))..(((....))))))....)))))..........
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....))))).(((([[[[[[..((((.....))))..........))))...]]]]]].((((....))))....(((.....))).((((.........(((.....)))..((((((..((((....))))..)))))).)))).........((((((.....))))))..))))..(((((.(((.....))).((((.....)))).(((..((((..............))))..(((....))))))....)))))..........

---