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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00329



RNA: SRP_00329
Rfam family: Metazoa_SRP

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((....)))))(((((.((((((.......))).))).(((..((((((.((((((.....(((((.....((((((....((((((((((.....(((.........(((((((.(((....)))))))))).....(((((((((((...................))))(((((.(((((...............))))))))))...))))))).)))...))))))).)))))))))))))).....))))))))))))..))).))))).
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((....)))..............................((((.......(((((...((.((((((((.....(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...)))))))))))))..))..)))))......))))........
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((....))))).....................(((((.((((.((((((.((((((.(((.(((((.....(((((((......(((((((.((..((((.(((((((((((((.((((((...((((....))))...)))))).)))).......((..(((.....)))...)).(((((...............))))))))))))))..)))).))....)))))))...))))))))))))..))))))))))))))).))))..)))))
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((....))))).....................(((((.((((.((((((.((((((.....((((((.....((((((......(((((((.....((((.(((((((((((((.((((((...((((....))))...)))))).))))........((.(((.....))).)).(((....))).................)))))))))..)))).......)))))))...)))))))))))).....)))))))))))).))))..)))))
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....)))))...........))))......((((..((((.((((((.((((((.....((((((((.((..((........(((((((.((..((((.(((((((((((((.((((((...((((....))))...)))))).)))).........((((......(((....(((....)))....)))....))))..)))))))))..)))).))....))))))).))..)))))))))).....)))))))))))).))))...))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(.(((((....))))))((((.......)))).....(((((.((((.((((((.((((((.(((.(((((.....(((((((......(((((((.((..((((.(((((((((((((.((((((...((((....))))...)))))).))))......((((.(((.....)))..))))(((((........(.....)))))))))))))))..)))).))....)))))))...))))))))))))..))))))))))))))).))))..)))))
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((....))))..........((....)).....((((.(....(((((..(.((.(.((((((((((..((.....(..(.....((((((((..(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).)))).......(((((.......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..))))).)...)))))))....))))))..)))).))))).)).).)))))....)..)))).
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((....))))).........[[[)))....]]].....((((.((((((.((((((.....((((((((.(((...))).....(((((((.....((((.(((((((((((((.((((((...((((....))))...)))))).))))..........(((......(((....(((....)))....)))....)))...)))))))))..)))).......))))))).......)))))))).....)))))))))))).)))).......
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....)))))...........))))......(((((.((((.((((((.((((((.(((.(((((.....(((((((......(((((((.((..((((.(((((((((.(((.((((((...((((....))))...)))))).))).......((((.(((.....)))..))))(((((...............))))))))))))))..)))).))....)))))))...))))))))))))..))))))))))))))).))))..)))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((....))))).((((.......)))).....(((((.((((.((((((.((((((.....((((((.....((((((......(((((((.....((((.(((((((((((((.((((((...((((....))))...)))))).))))..........................((([[[[)))............]]]].)))))))))..)))).......)))))))...)))))))))))).....)))))))))))).))))..)))))
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((....))))).....((..........)).)...)).((....((((.((((((...((.((((........((((((.((...(((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((.(((((((((....))))))))).))).))).....((((....(.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))))..))))))))...)))))))).)))))...)))))))....))))))))))....)).......
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((....))))..((((.......)))).....(((((.((((.((((((.((((((..((.((((((.....((((((......(((((((.((..((((.(((((((((.(((.((((((...((((....))))...)))))).)))........(((.(((.....)))..))).((((........((.....)))))))))))))))..)))).))....)))))))...))))))))))))..)).)))))))))))).))))..)))))
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.[[[[[[..))))((((......((((.................((((((.((((((.....(((((.....(((((((......(((((((.(((((....((((((((]]]]]]((((((...((((....))))...))))))((((...................)))).....((((((...............)))))))))))))))))))........)))))))...)))))))))))).....))))))))))))..))))))))..
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................((((((...................(((.....)))((((..(((.......(((.((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).......(((.((......(((....(((....)))....)))....)))))..)))........))).))))..........................).)))))....................
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PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((....)))))............)))............((((((((....(((((...((.((((((((.....(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.((((((...).(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...)))))))))))))..))..)))))...)))))))).......
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..((((....)))).............)))............(((((.((....(((((...((.(((((((.......((((......(((((((((.(((((.((((((((.((((.(((.(((((((((....))))))))).))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))).))))))))..))))))))...))))))...))))..)))))))..))..)))))...)).))))).......
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....)))))...........))))......(((((.((((.((((((.((((((.....(((((.....(((((((......(((((((.((..((((.((((..(((((((.((((((...((((....))))...)))))).)))).......((.(((......(((....(((....)))....)))....))))).)))..))))..)))).))....)))))))...)))))))))))).....)))))))))))).))))..)))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((....)))))(((((.......)))))....(((((.((((.((((((.((((((.(((.((((((.....((((((....(((((((((.....((((.(((((((((((((.((((((...((((....))))...)))))).)))).......(((.(((.....)))..))).((((.................)))))))))))))..)))).......))))))).))))))))))))))..))))))))))))))).))))..)))))
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....)))))...........))))......(((((.((((.((((((.((((((.....(((((((((.....(((((....(((((....)))))))))).......((((.((((((...((((....))))...)))))).)))).................((((.((((.((((((...............))))))))))....))))......................))))))))).....)))))))))))).))))..)))))
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................((((.......(((((...((..........................((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..)))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...))))))...................))..)))))......))))........
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....)))))...........))))......(((((.((((.((((((.((((((.....(((((.....(((((((......(((((((.((..((((.((((..(((((((.((((((...((((....))))...)))))).)))).......((.(((......(((....(((....)))....)))....))))).)))..))))..)))).))....)))))))...)))))))))))).....)))))))))))).))))..)))))
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((.((....))))).((((.......))))........)).((((.((((((.((((((.....(((((.....(((((((......(((((((.((..((((.((((..(((((((.((((((...((((....))))...)))))).)))).......((.(((......(((....(((....)))....)))....))))).)))..))))..)))).))....)))))))...)))))))))))).....)))))))))))).)))).......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((....)))))((((((.......((((.....)))).((((.((((((.((((((.....(((((.....(((((((......(((((((.((..((((.((((..(((((((.((((((...((((....))))...)))))).)))).....(((....(....)..))).(((((....)))..((((.....)))))))))..))))..)))).))....)))))))...)))))))))))).....)))))))))))).)))))))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((....))))))((((.......))))..).)(((((((((((((((((.(((((.((((..(((.((((((((.(((.((.....((..))(((.(((((.(((.((...((((((((((((.((((....)))).))))))))))))....))..((..)).((...)).(((((.(((((.(.(.......).).)))))))))))))..))))))))))))))).)))))))))..))))((..))...))))))))))))))))).)))))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................(.(.......)...)..............(((............(.......(...(..(........(...........................)...........((((......(.(.....((.....))...).)....).)))......)...)...).)................)))........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((....)))))............))).......((((.((((.((((((.((((((.....(((((((.....(((((......(((((((.((..((((.((((..(((((((.((((((...((((....))))...)))))).)))).......((.(((......(((....(((....)))....)))....))))).)))..))))..)))).))....)))))))...)))))))))))).....)))))))))))).))))..)))).
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.........)))).(((.......)))........(((.((((.((((((.((((((.....((((((.....((((((......(((((((.((..((((.(((((((((.(((.((((((...((((....))))...)))))).)))........((.(((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....)))))))...)))))))))))).....)))))))))))).))))..)))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....)))))...........))))......(((((.((((.((((((.((((((.....(((((.....(((((((......(((((((.((..((((.((((..((((((..((((((...((((....))))...))))))..))).......((.(((......(((....(((....)))....)))....))))).)))..))))..)))).))....)))))))...)))))))))))).....)))))))))))).))))..)))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((....)))).(((((.......)))))..(((((....)))))..................((((....)))).(((((....(((((....)))))))))).....(((((((.(((((...((((....))))...))))).((((...................)))).....)))))))....((((.....))))(((((......)))))...((((..............)))).........(((............))).......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((....))))).(((((.(((.....))).(((((....)))))....(((((....((((.((((....))))....(((.....))).((((((((........))))......(((((...((((....))))...))))).)))).......[[[[..........))))]]]].((((((...((((.....)))){{{{.)))))).}}}}...((((..............)))).((((....))))...)))))......)))))..