|
|
|
GCCAGGGUAGCAAUACCUGUGUCUAUAUGUGGCAUAAACAAUGUAGGUUGUGAUAGAUAGGAUAUGAGAGUUUGAUGAGACAGUUUGCUAAGAGUGUGCCCGCUCCAAACAAUGAGUUGCUAUGGUGGUAACCUAGUAAUAGGACUCCACCAGGGCAUUAAAGAGCUAAGGAAACGCCUCAGGCUGGCAACAGAACAGGGAAAACUUGCCGCUUGUUGUGGUGGAAGGAUAACAUACUCAUUAACUGUCAAACUAAUCGGUUCUACUAUCAAAGCCAGACAUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((....)))))....(.....)))))......(...(.((((......(((((.(.(.....(((.(.(..(((((((.(....(((((((.((..((((.(((((((((((((.((((((...((((....))))...)))))).))))((...))(.((((......(((....(((....)))....)))....)))).))))))))))..)))).))....))))))).).))))))).).).)))....).).)))))..)))).)...).
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((....)))))(((((.((((((.......))).))).(((..((((((.((((((.....(((((.....((((((....((((((((((.....(((.........(((((((.(((....)))))))))).....(((((((((((...................))))(((((.(((((...............))))))))))...))))))).)))...))))))).)))))))))))))).....))))))))))))..))).))))). |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((....)))..............................((((.......(((((...((.((((((((.....(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...)))))))))))))..))..)))))......))))........ |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((....))))).....................(((((.((((.((((((.((((((.(((.(((((.....(((((((......(((((((.((..((((.(((((((((((((.((((((...((((....))))...)))))).)))).......((..(((.....)))...)).(((((...............))))))))))))))..)))).))....)))))))...))))))))))))..))))))))))))))).))))..))))) |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((....))))).....................(((((.((((.((((((.((((((.....((((((.....((((((......(((((((.....((((.(((((((((((((.((((((...((((....))))...)))))).))))........((.(((.....))).)).(((....))).................)))))))))..)))).......)))))))...)))))))))))).....)))))))))))).))))..))))) |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....)))))...........))))......((((..((((.((((((.((((((.....((((((((.((..((........(((((((.((..((((.(((((((((((((.((((((...((((....))))...)))))).)))).........((((......(((....(((....)))....)))....))))..)))))))))..)))).))....))))))).))..)))))))))).....)))))))))))).))))...)))) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(.(((((....))))))((((.......)))).....(((((.((((.((((((.((((((.(((.(((((.....(((((((......(((((((.((..((((.(((((((((((((.((((((...((((....))))...)))))).))))......((((.(((.....)))..))))(((((........(.....)))))))))))))))..)))).))....)))))))...))))))))))))..))))))))))))))).))))..))))) |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((....))))..........((....)).....((((.(....(((((..(.((.(.((((((((((..((.....(..(.....((((((((..(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).)))).......(((((.......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..))))).)...)))))))....))))))..)))).))))).)).).)))))....)..)))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((....))))).........[[[)))....]]].....((((.((((((.((((((.....((((((((.(((...))).....(((((((.....((((.(((((((((((((.((((((...((((....))))...)))))).))))..........(((......(((....(((....)))....)))....)))...)))))))))..)))).......))))))).......)))))))).....)))))))))))).))))....... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....)))))...........))))......(((((.((((.((((((.((((((.(((.(((((.....(((((((......(((((((.((..((((.(((((((((.(((.((((((...((((....))))...)))))).))).......((((.(((.....)))..))))(((((...............))))))))))))))..)))).))....)))))))...))))))))))))..))))))))))))))).))))..))))) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((....))))).((((.......)))).....(((((.((((.((((((.((((((.....((((((.....((((((......(((((((.....((((.(((((((((((((.((((((...((((....))))...)))))).))))..........................((([[[[)))............]]]].)))))))))..)))).......)))))))...)))))))))))).....)))))))))))).))))..))))) |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((....))))).....((..........)).)...)).((....((((.((((((...((.((((........((((((.((...(((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((.(((((((((....))))))))).))).))).....((((....(.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))))..))))))))...)))))))).)))))...)))))))....))))))))))....))....... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((....))))..((((.......)))).....(((((.((((.((((((.((((((..((.((((((.....((((((......(((((((.((..((((.(((((((((.(((.((((((...((((....))))...)))))).)))........(((.(((.....)))..))).((((........((.....)))))))))))))))..)))).))....)))))))...))))))))))))..)).)))))))))))).))))..))))) |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.[[[[[[..))))((((......((((.................((((((.((((((.....(((((.....(((((((......(((((((.(((((....((((((((]]]]]]((((((...((((....))))...))))))((((...................)))).....((((((...............)))))))))))))))))))........)))))))...)))))))))))).....))))))))))))..)))))))).. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................((((((...................(((.....)))((((..(((.......(((.((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).......(((.((......(((....(((....)))....)))....)))))..)))........))).))))..........................).))))).................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((....)))))............)))............((((((((....(((((...((.((((((((.....(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...)))))))))))))..))..)))))...))))))))....... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((....)))))............)))............((((((((....(((((...((.((((((((.....(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.((((((...).(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...)))))))))))))..))..)))))...))))))))....... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..((((....)))).............)))............(((((.((....(((((...((.(((((((.......((((......(((((((((.(((((.((((((((.((((.(((.(((((((((....))))))))).))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))).))))))))..))))))))...))))))...))))..)))))))..))..)))))...)).)))))....... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....)))))...........))))......(((((.((((.((((((.((((((.....(((((.....(((((((......(((((((.((..((((.((((..(((((((.((((((...((((....))))...)))))).)))).......((.(((......(((....(((....)))....)))....))))).)))..))))..)))).))....)))))))...)))))))))))).....)))))))))))).))))..))))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((....)))))(((((.......)))))....(((((.((((.((((((.((((((.(((.((((((.....((((((....(((((((((.....((((.(((((((((((((.((((((...((((....))))...)))))).)))).......(((.(((.....)))..))).((((.................)))))))))))))..)))).......))))))).))))))))))))))..))))))))))))))).))))..))))) |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....)))))...........))))......(((((.((((.((((((.((((((.....(((((((((.....(((((....(((((....)))))))))).......((((.((((((...((((....))))...)))))).)))).................((((.((((.((((((...............))))))))))....))))......................))))))))).....)))))))))))).))))..))))) |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................((((.......(((((...((..........................((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..)))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...))))))...................))..)))))......))))........ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....)))))...........))))......(((((.((((.((((((.((((((.....(((((.....(((((((......(((((((.((..((((.((((..(((((((.((((((...((((....))))...)))))).)))).......((.(((......(((....(((....)))....)))....))))).)))..))))..)))).))....)))))))...)))))))))))).....)))))))))))).))))..))))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((.((....))))).((((.......))))........)).((((.((((((.((((((.....(((((.....(((((((......(((((((.((..((((.((((..(((((((.((((((...((((....))))...)))))).)))).......((.(((......(((....(((....)))....)))....))))).)))..))))..)))).))....)))))))...)))))))))))).....)))))))))))).))))....... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((....)))))((((((.......((((.....)))).((((.((((((.((((((.....(((((.....(((((((......(((((((.((..((((.((((..(((((((.((((((...((((....))))...)))))).)))).....(((....(....)..))).(((((....)))..((((.....)))))))))..))))..)))).))....)))))))...)))))))))))).....)))))))))))).)))))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((....))))))((((.......))))..).)(((((((((((((((((.(((((.((((..(((.((((((((.(((.((.....((..))(((.(((((.(((.((...((((((((((((.((((....)))).))))))))))))....))..((..)).((...)).(((((.(((((.(.(.......).).)))))))))))))..))))))))))))))).)))))))))..))))((..))...))))))))))))))))).))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................................................................(.(.......)...)..............(((............(.......(...(..(........(...........................)...........((((......(.(.....((.....))...).)....).)))......)...)...).)................)))........ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((....)))))............))).......((((.((((.((((((.((((((.....(((((((.....(((((......(((((((.((..((((.((((..(((((((.((((((...((((....))))...)))))).)))).......((.(((......(((....(((....)))....)))....))))).)))..))))..)))).))....)))))))...)))))))))))).....)))))))))))).))))..)))). |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.........)))).(((.......)))........(((.((((.((((((.((((((.....((((((.....((((((......(((((((.((..((((.(((((((((.(((.((((((...((((....))))...)))))).)))........((.(((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....)))))))...)))))))))))).....)))))))))))).))))..))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....)))))...........))))......(((((.((((.((((((.((((((.....(((((.....(((((((......(((((((.((..((((.((((..((((((..((((((...((((....))))...))))))..))).......((.(((......(((....(((....)))....)))....))))).)))..))))..)))).))....)))))))...)))))))))))).....)))))))))))).))))..))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((....)))).(((((.......)))))..(((((....)))))..................((((....)))).(((((....(((((....)))))))))).....(((((((.(((((...((((....))))...))))).((((...................)))).....)))))))....((((.....))))(((((......)))))...((((..............)))).........(((............)))....... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((....))))).(((((.(((.....))).(((((....)))))....(((((....((((.((((....))))....(((.....))).((((((((........))))......(((((...((((....))))...))))).)))).......[[[[..........))))]]]].((((((...((((.....)))){{{{.)))))).}}}}...((((..............)))).((((....))))...)))))......))))).. |