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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00330



RNA: SRP_00330
Rfam family: Archaea_SRP

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (...(((((((.((.((((((.((((((..((((((((..((..........(((((((.(..((((((((((....)))).)))...)))...).))))))).........(((((((..(((((..((((((((..((((((.(.((.((((....)))).)).).))))))....((((((.....((.....(((....))).....))...)))))).))).)))).)..)))))..).))))))....))..))))))))..)))))).((....))...))...)))).)).)))))))..........)
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................(((..(.....)..))).....(((((.(.((.((((....)))).)).).))))).....(((((.....(((.....(((....))).....)).)..)))))...............................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((......(((((((..((((((..((((((((..((..........(((((((((((.(((((((((....)))).))))))).))....)))))))...(((.....(((((((((((((((((((((((((.((((......((((....))))......))))))))).((((((.....((.....(((....))).....))...))))))....))))).))))))))..))))))))))..))..))))))))..))))))...((((((..........)))))).))))))).......)))
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((...((((((((((.......))))))...((((...........))))))))......(((((...((...((...(((((((((((((((((((.........(((((..((((((((((((.....(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))).))))))))....)))))......)))))))))....))))))))))....))))...)))))......))))))...........
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((...(((((((.......)))))))......))))...............(((((((((((....)..(((((((((((.(((((((((.....((....(.(((((((((((((((((((((((.((((((.(.((.((((....)))).)).).)))))))...((((((...((.((....(((....))).))..))...)))))).))).)))).))))))))))..))))))..)).....)))))....)))).))))).)))))).....))))))).))))))))...........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .................(((((((.....)))))))..............................((((...........((((...(((.(((.....(.............((((((((((((((((((((((..((((((.(.((.((((....)))).)).).))))))....((((((.....((.....(((....))).....))...)))))).)).))))).))))))))..)))))))..........).........))).)))....))))........)))).....................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((...((((((((((.....)))))))...((((.(.......).)))))))....((((((.........((((((.((((.(((((((((.....((......(((((((((((((.(.((((((..((((((.(.((.((((....)))).)).).))))))....((((((.....((.....(((....))).....))...)))))).)))).)))...))))))..)))))))...)).....)))))....)))).))).).))))))......))))))..)))))))...........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((((.((((((((.....))))))))..))..)))))).(((.(((((((((((((((((((....)..(((((((((((.(((((((((.....((....(((((((((((((((((((((((((.((((((.(.((.((((....)))).)).).)))))))...((((((...((.((....(((....))).))..))...)))))).))).)))).))))))))))).))))))..)).....)))))....)))).))))).)))))).....))))))).))))..)))))))))))))
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((...(((((((((.......))))))...((((...........))))))).....((((((..((((...(((((((((((((...((((((((..(......(((((((((((((((((((.((..(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).))..)))).))))))))..)))))))...)..)))))))).......)))))))).)))))))))..))))))...)))))))...........
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((....((((..((((.((((((((((.(((((..........((((((((((..(((((((((....)))).)))))..)))....)))))))..(((...))).......(((((((((((((((..((((((......((((....))))......))))))....((((((............(((....)))..........)))))).))).)))).))))))))......)))))..)))...((((.....))))...)))))))..))))...))))....)))))))...........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((.(((((((.......)))))))...))).))))).(((.((((((((((((((((((........(((((((((((.(((((((((.....((......(((((((((((((((((((((((((.((((...((.((((....)))).))...)))))))...((((((.....((.....(((....))).....))...)))))).))).)))).))))))))..)))))))...)).....)))))....)))).))))).)))))).....))))))).))))..))))))))))...
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((((.((((((((.....))))))))...)).)))))).(((.((((((((((((((((((........(((((((((((.((((((((............(((((((((((((((((((((((((.((((((...((.((((....)))).))...)))))))...((((((...((.((....(((....))).))..))...)))))).))).)))).))))))))))).))))))............))))..)))).))))).)))))).....))))))).))))..)))))))))))))
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((...((.((((((.......))))))...((((...........)))).)).....(((((((.(....(((.(..(((((((((.((((((((((((.....((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))))))))).....((((((...(((((....(((....)))....))))).)))))))))).)))).))))))))..))))))))..))))))))))))....).)))))))))....))))).).)))))...)))))))...........
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((..(.((((..((((.((((((((((((((((.............)).......(((((((((....)))).)))))(((((.((...)))))))................((((((((((((((((.((((((...((.((((....)))).))...)))))))...((((((.....((.....(((....))).....))...)))))).))).)))).)))))))))))))))............((((.....))))...)))))))..))))...)))).)..)))))))...........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((....((((..((((.((((((((((((((((..(((((((......((((....))))((((......(((((..((((((........)))))).......(((((((((((((((...))))))......))))[[[[[.....))))).(((((((.((((..)))))))...)))))))))(((....)))........)))))))))))(((.......))))))))))))))..........((((.....)))).....)))))..))))...))))....)))))))....]]]]]..
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PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((..((((((((((.......))))))...((((....(.....))))))))).....(((((((..((...((...((((((((((((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((..(((((((((....)))))))))..)))))....((((((....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))..)))))))...))))))))))))....))))))))))....))))..)))))))....))))).............
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((...[[[[[...((((((..((((((((..((..........((((((((((..(((((((((....)))).)))))..))))....))))))...........((((((((((((((((((((((..((((((...((.((((....)))).))...))))))....((((((...((.((....(((....))).))..))...)))))).))).)))).))))))))..))))))).....))..))))))))..))))))...((((((..........)))))))))))))......]]]]]
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((....((((..((((.((((((((((((((........................(((((((((....)))).)))))((((..........))))................(((((((((((((((((.(((((......((((....))))......)))))))...((((((............(((....)))..........)))))).))).)))).)))))))))))))))............((((.....))))...)))))))..))))...))))....)))))))...........
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((....((((..((((.(((((((....(((((...((((........((((....))))....))))..(((((..((((((........)))))).......(((((.((((....)))).))))).((((((......((((....))))......))))))....)))))....((((((....((((..(((((...............)))))....))))...)))))).)))))........((((.....))))...)))))))..))))...))))....)))))))...........
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((....(((((((((.......))))))...((((...........)))))))........((((........((...((((((.((((((((.............(((((....(((((.(((..((..(((((..(((((((((....)))))))))..)))))....((((((....(((.....(((....))).....)))..)))))).))...))).).))))(....))))))..........)))))....))).))))))....)).....)))).......)))).............
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((.((.((((.((((((((..((((((((..((..........(((((((.(..((((((((((....)))).)))...)))...).))))))).......(.(((((((..(((((..((((((((..((((((.(.((.((((....)))).)).).))))))....((((((...((.((....(((....))).))..))...)))))).))).)))).)..)))))..).)))))).)..))..))))))))..)))))).((....))...))...)))).)).)))))))...........
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.((........(((.((((((.((((.((((((((.............))))))))....(((((((((....)))).)))))..)))).)))))).)))..((......((((((((((((((((((((((..((((((...((.((((....)))).))...))))))....((((((...((.((....(((....))).))..))...)))))).))).)))).))))))))..)))))))......))....)).))).((.(((((((.(((((.(((......))).))...)))))))).)))).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((((.(((((((.......)))))))...)).)))))).(((.(((((((....))))(((.(((((((((((((((((....(.((((((((((((...))).)))..((((((..(((((((((.((((((.(.((.((((....)))).)).).)))))))...((((((...((.((....(((....))).))..))...)))))).))).)))).)..)))))).)))))).)....)))))).(((.((.((.....)))).)))........))))))).)))).))).)))))))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(.(((((((((((((((((...))..)))))).).)).)))))))(((.((((((.((((((((((((....(..(((((((((((.((((((((.(..)(((...)))((((((((((((((((((((((.(((((((.(.((((((((..)))))))).).))))))(..).((((((..(.((.((((((((..)))))))).)))).))))).)))).)))).))))))))..)))))))(((((..)))))))))...)))).))))).)))))))...))))))))).)))...)))))))))...
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................(.(..(.(......................).).(.(.(......(..........(....(......(.((((..(((((((((((..((..(((..(.......(............)....).)))....((((((.....((.....(((....))).....))...)))))).))...))).)))))))).....)))).)...)..........)..............)..........)..))...).)...............
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((..(.((((..(((....((.......................((((((......((((((((....)))).))))..........))))))..........(((((((..(((((..((((((((..((((((.(.((.((((....)))).)).).))))))....((((((.....((.....(((....))).....))...)))))).))).)))).)..)))))..).))))))............................)).....)))...)))).)..)))))))...........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.(((((((.(((((((.......)))))))...)).)))))..(((.(((..(((((((((((((........(((((((((((.(((((((((.....((....(((((((..(((((..((((((((..((((((...((.((((....)))).))...))))))....((((((.....((.....(((....))).....))...)))))).))).)))).)..)))))..).))))))..)).....)))))....)))).))))).)))))).....))))))).))))..))..)))))))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((......)))..(((((........)))))...((((...........))))(((....))).((((....)))).(((((.......))))).((((.............)))).(((((.....)))))(((..........((((....)))).(((((((..(((((((...........)).)))))....((((..........))))...((((.......))))))))))).)))..(((((...((((.....)))).((((((((((..........)))))).)))).))))).......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((......)))..(((((.aaaaa..)))))...((((..AAAAA....))))(((....))).((((....)))).((((.bbbbb...)))).BBBBB........((((((((((....)))(((..<<<<.<<<<...)))((((....))))..ccc.>>>>>>>>...))))))).CCC((((((((((..((((..........))))...{{{{{{..((([[[..))).))))..]]]}}}....((((.....)))).....((((((..........)))))).)))))).}}}.......