|
|
|
UAUUGCCAGACUUGGCCGGGGGGUUAGGCGUCCCCUGUACCCGAAGUCUAGAUGCGGGGGCGACAGCCCGGUGAGACCACCUGGGUUUCUGCCAGGCCCUGCGGAAUCAAUGAUCUCCUGUCCCUCUGGAUCGGAGGCCCAUGGACACGAUCUCAAAGGAGAACGCGCCCAUGGCUUGCCAGGGGAACGCGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACGACACCCUGGACUCUCGAUGCUGGAGGGGUGCGGGGGUGAGAGGAAACAGGGGGUACCUGACAGGACGCCCAGACCGAACCGGGUGUGUCUGGCUUCUGAUCGGC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
....(((((((.(.((((((((((.....)))))))...((((...........))))))).)..(((((((..(..(...(((..(((((.((((.(((.(.(..((......(((((((((((((.(.(((((((.((((((.(.((.((((....)))).)).).)))))).)..((((((.....((.....(((....))).....))...)))))).))).))))...))))))..)))))))...)).....).).)))..)))).)))))...))))..)..)))))))..)))))))...........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(...(((((((.((.((((((.((((((..((((((((..((..........(((((((.(..((((((((((....)))).)))...)))...).))))))).........(((((((..(((((..((((((((..((((((.(.((.((((....)))).)).).))))))....((((((.....((.....(((....))).....))...)))))).))).)))).)..)))))..).))))))....))..))))))))..)))))).((....))...))...)))).)).)))))))..........) |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................(((..(.....)..))).....(((((.(.((.((((....)))).)).).))))).....(((((.....(((.....(((....))).....)).)..)))))............................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((......(((((((..((((((..((((((((..((..........(((((((((((.(((((((((....)))).))))))).))....)))))))...(((.....(((((((((((((((((((((((((.((((......((((....))))......))))))))).((((((.....((.....(((....))).....))...))))))....))))).))))))))..))))))))))..))..))))))))..))))))...((((((..........)))))).))))))).......))) |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((...((((((((((.......))))))...((((...........))))))))......(((((...((...((...(((((((((((((((((((.........(((((..((((((((((((.....(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))).))))))))....)))))......)))))))))....))))))))))....))))...)))))......))))))........... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((...(((((((.......)))))))......))))...............(((((((((((....)..(((((((((((.(((((((((.....((....(.(((((((((((((((((((((((.((((((.(.((.((((....)))).)).).)))))))...((((((...((.((....(((....))).))..))...)))))).))).)))).))))))))))..))))))..)).....)))))....)))).))))).)))))).....))))))).))))))))........... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(((((((.....)))))))..............................((((...........((((...(((.(((.....(.............((((((((((((((((((((((..((((((.(.((.((((....)))).)).).))))))....((((((.....((.....(((....))).....))...)))))).)).))))).))))))))..)))))))..........).........))).)))....))))........))))..................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((...((((((((((.....)))))))...((((.(.......).)))))))....((((((.........((((((.((((.(((((((((.....((......(((((((((((((.(.((((((..((((((.(.((.((((....)))).)).).))))))....((((((.....((.....(((....))).....))...)))))).)))).)))...))))))..)))))))...)).....)))))....)))).))).).))))))......))))))..)))))))........... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((.((((((((.....))))))))..))..)))))).(((.(((((((((((((((((((....)..(((((((((((.(((((((((.....((....(((((((((((((((((((((((((.((((((.(.((.((((....)))).)).).)))))))...((((((...((.((....(((....))).))..))...)))))).))).)))).))))))))))).))))))..)).....)))))....)))).))))).)))))).....))))))).))))..))))))))))))) |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((...(((((((((.......))))))...((((...........))))))).....((((((..((((...(((((((((((((...((((((((..(......(((((((((((((((((((.((..(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).))..)))).))))))))..)))))))...)..)))))))).......)))))))).)))))))))..))))))...)))))))........... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((....((((..((((.((((((((((.(((((..........((((((((((..(((((((((....)))).)))))..)))....)))))))..(((...))).......(((((((((((((((..((((((......((((....))))......))))))....((((((............(((....)))..........)))))).))).)))).))))))))......)))))..)))...((((.....))))...)))))))..))))...))))....)))))))........... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((.(((((((.......)))))))...))).))))).(((.((((((((((((((((((........(((((((((((.(((((((((.....((......(((((((((((((((((((((((((.((((...((.((((....)))).))...)))))))...((((((.....((.....(((....))).....))...)))))).))).)))).))))))))..)))))))...)).....)))))....)))).))))).)))))).....))))))).))))..))))))))))... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((.((((((((.....))))))))...)).)))))).(((.((((((((((((((((((........(((((((((((.((((((((............(((((((((((((((((((((((((.((((((...((.((((....)))).))...)))))))...((((((...((.((....(((....))).))..))...)))))).))).)))).))))))))))).))))))............))))..)))).))))).)))))).....))))))).))))..))))))))))))) |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((...((.((((((.......))))))...((((...........)))).)).....(((((((.(....(((.(..(((((((((.((((((((((((.....((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))))))))).....((((((...(((((....(((....)))....))))).)))))))))).)))).))))))))..))))))))..))))))))))))....).)))))))))....))))).).)))))...)))))))........... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((..(.((((..((((.((((((((((((((((.............)).......(((((((((....)))).)))))(((((.((...)))))))................((((((((((((((((.((((((...((.((((....)))).))...)))))))...((((((.....((.....(((....))).....))...)))))).))).)))).)))))))))))))))............((((.....))))...)))))))..))))...)))).)..)))))))........... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((....((((..((((.((((((((((((((((..(((((((......((((....))))((((......(((((..((((((........)))))).......(((((((((((((((...))))))......))))[[[[[.....))))).(((((((.((((..)))))))...)))))))))(((....)))........)))))))))))(((.......))))))))))))))..........((((.....)))).....)))))..))))...))))....)))))))....]]]]].. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((..((((((((((.......))))))...((((....(.....))))))))).....(((((((..((...((...((((((((((((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((..(((((((((....)))))))))..)))))....((((((....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))..)))))))...))))))))))))....))))))))))....))))..)))))))....)))))............. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((..((((((((((.......))))))...((((....(.....))))))))).....(((((((..((...((...((((((((((((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((..(((((((((....)))))))))..)))))....((((((....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))..)))))))...))))))))))))....))))))))))....))))..)))))))....)))))............. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((...[[[[[...((((((..((((((((..((..........((((((((((..(((((((((....)))).)))))..))))....))))))...........((((((((((((((((((((((..((((((...((.((((....)))).))...))))))....((((((...((.((....(((....))).))..))...)))))).))).)))).))))))))..))))))).....))..))))))))..))))))...((((((..........)))))))))))))......]]]]] |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((....((((..((((.((((((((((((((........................(((((((((....)))).)))))((((..........))))................(((((((((((((((((.(((((......((((....))))......)))))))...((((((............(((....)))..........)))))).))).)))).)))))))))))))))............((((.....))))...)))))))..))))...))))....)))))))........... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((....((((..((((.(((((((....(((((...((((........((((....))))....))))..(((((..((((((........)))))).......(((((.((((....)))).))))).((((((......((((....))))......))))))....)))))....((((((....((((..(((((...............)))))....))))...)))))).)))))........((((.....))))...)))))))..))))...))))....)))))))........... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((....(((((((((.......))))))...((((...........)))))))........((((........((...((((((.((((((((.............(((((....(((((.(((..((..(((((..(((((((((....)))))))))..)))))....((((((....(((.....(((....))).....)))..)))))).))...))).).))))(....))))))..........)))))....))).))))))....)).....)))).......))))............. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((.((.((((.((((((((..((((((((..((..........(((((((.(..((((((((((....)))).)))...)))...).))))))).......(.(((((((..(((((..((((((((..((((((.(.((.((((....)))).)).).))))))....((((((...((.((....(((....))).))..))...)))))).))).)))).)..)))))..).)))))).)..))..))))))))..)))))).((....))...))...)))).)).)))))))........... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.((........(((.((((((.((((.((((((((.............))))))))....(((((((((....)))).)))))..)))).)))))).)))..((......((((((((((((((((((((((..((((((...((.((((....)))).))...))))))....((((((...((.((....(((....))).))..))...)))))).))).)))).))))))))..)))))))......))....)).))).((.(((((((.(((((.(((......))).))...)))))))).)))). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((.(((((((.......)))))))...)).)))))).(((.(((((((....))))(((.(((((((((((((((((....(.((((((((((((...))).)))..((((((..(((((((((.((((((.(.((.((((....)))).)).).)))))))...((((((...((.((....(((....))).))..))...)))))).))).)))).)..)))))).)))))).)....)))))).(((.((.((.....)))).)))........))))))).)))).))).))))))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(.(((((((((((((((((...))..)))))).).)).)))))))(((.((((((.((((((((((((....(..(((((((((((.((((((((.(..)(((...)))((((((((((((((((((((((.(((((((.(.((((((((..)))))))).).))))))(..).((((((..(.((.((((((((..)))))))).)))).))))).)))).)))).))))))))..)))))))(((((..)))))))))...)))).))))).)))))))...))))))))).)))...)))))))))... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................(.(..(.(......................).).(.(.(......(..........(....(......(.((((..(((((((((((..((..(((..(.......(............)....).)))....((((((.....((.....(((....))).....))...)))))).))...))).)))))))).....)))).)...)..........)..............)..........)..))...).)............... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((..(.((((..(((....((.......................((((((......((((((((....)))).))))..........))))))..........(((((((..(((((..((((((((..((((((.(.((.((((....)))).)).).))))))....((((((.....((.....(((....))).....))...)))))).))).)))).)..)))))..).))))))............................)).....)))...)))).)..)))))))........... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.(((((((.(((((((.......)))))))...)).)))))..(((.(((..(((((((((((((........(((((((((((.(((((((((.....((....(((((((..(((((..((((((((..((((((...((.((((....)))).))...))))))....((((((.....((.....(((....))).....))...)))))).))).)))).)..)))))..).))))))..)).....)))))....)))).))))).)))))).....))))))).))))..))..))))))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((......)))..(((((........)))))...((((...........))))(((....))).((((....)))).(((((.......))))).((((.............)))).(((((.....)))))(((..........((((....)))).(((((((..(((((((...........)).)))))....((((..........))))...((((.......))))))))))).)))..(((((...((((.....)))).((((((((((..........)))))).)))).)))))....... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((......)))..(((((.aaaaa..)))))...((((..AAAAA....))))(((....))).((((....)))).((((.bbbbb...)))).BBBBB........((((((((((....)))(((..<<<<.<<<<...)))((((....))))..ccc.>>>>>>>>...))))))).CCC((((((((((..((((..........))))...{{{{{{..((([[[..))).))))..]]]}}}....((((.....)))).....((((((..........)))))).)))))).}}}....... |