|
|
|
GCCUGGCUUAUUGCUGUAACUCCGGAGGCACGAGUGUGAACAUGAGGGGGUGUAUUAGUUCGCGGGUUAGCCGCGCCUGUCUGCUGGACGUCUGAGUCGAUUGCGGGCUCUAGUGUAAGCUUGAGCUCGCGGCCGGUGCGGUUCGGCGGAACGCUCCAGGCUGGUAACAGAGCAGAGAAAAGCCGACGCUUUGACUGGCCAGCAGACCGCAGGUGUAUCUCAACCCGUCCAGACUUCAAAUGCAUUGUACCCACCAGGACAUGCUCGUAUUUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((.....)))....((..))))))(.((((((((.((((...(((((((.(.(...(((((((.(..(((((((((((((((..(((.((((((.((((((((((.(((....))).)))))))))).)).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).)))...)))))))...))))))))...).))))))).......).......).))))))).......)))).)))))))).).
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((....))))..))..))))(((((((((.......((((((((((((((..(((((((....(((((((((((((((..((((((((.....((((((((..((....))..)))))))).(((((......))))).....)))).)))).(((..((((((..............)))))))))..)))))))...)))))))).....)))))))....)))...))))))))...))).......)))))))))....... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((..)).....((((.......(((((..(((((((((((.(((((.......((((((((((((((.(.((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))........)))))...))))...))))))).....)).)))......))))......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.....((......))........)))(((((((((..(.((.(((((((((((((((.(((((((((..(((((((((((((((.((((.(((....((((((((((.(((....))).))))))))))((((.(((.(((....)))))).)).))(((....)))..................))).))).).))))))))...)))))))..)).)))))))...))))...))))))))...)))..)))..)))))))))....... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(.......).....(....))))).((((((((.......(((..(((((..(....((((((....(((((((((((((((..(((.(((......((((((((.(((....))).))))))))..............((.(.....).))...(((....)))..................))).)))...))))))))...))))))).....))))))......).....))))).....))).......))))))))........ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.......................))).((((((((.......((((((((....(((.(((((((.(..(((((((((((((((.((((.((((.....((((((((.(((....))).)))))))).((((...))))(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))).).)))))))...))))))))...).)))))))...))).......)))))...))).......))))))))........ |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(.((((....))))..)().))))(((((((((..(.((.(((((((((((((((.(((((((((..(((((((((((((((.((((.((((((.((((((((((.(((....))).))))))))))((((.(((.(((....)))))).)).))(((....))).............)))..))).))).).))))))))...)))))))..)).)))))))...))))...))))))))...)))..)))..)))))))))....... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((.....))...............(.(....((.(((...(((((((..(((.((((.(...(((((.(((((((((((((..(.(((((((((((.(((((.((.(((....))).)).))))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)...))))))...)))))))......))).))).).))))...))..))))...)))..).).)))....).)....... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....)))...[[[[...))))..]]]]..........(((.(((((((((((.(((((((....(((((((((((((((..(((....(((..(((((((((.(((....))).)))))))))..))).(((..(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))...)))...)))))))...)))))))).....)))))))...))))...)))))))....)))....................... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....)))..........))))(((((((((....((..((((((((((((((.(((((((((..(((((((((((((((((......)))....((((((((.(((....))).)))))))).(((((((((..(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))....))))))))))))...))))))))..)).)))))))...))))...)))))))....)))..))...)))))))))....... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((....))))..))..))))(((((((((....((.(((((((((((((((.(((((((((..(((((((((((((((..(((.........(((((((((.(((....))).)))))))))(((((..((...{{{{....))[[)).))).......(((((..]]....}}}}..))))))))...))))))))...)))))))..)).)))))))...))))...))))))))...)))..))...)))))))))....... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((.....)))...........)))..((((((.....((.((....((((...((...((.(......(((((((((..(((..((((((((.(((.((((((((((((....)))))))))))).))).....((((...(.....((((....(((....)))....))))...))))).))))))).)..))..))))...)))))).......)......))))......)))).......))..))....)))).....)).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((....))))..))..))))(((((((((....((..((((((((((((((.(((((((((..(((((((((((((((((......)))....((((((((.(((....))).)))))))).((((((((...(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))....)))))))))))))...)))))))..)).)))))))...))))...)))))))....)))..))...)))))))))....... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.................[[[[))))(((((((((.........(((((((.......(((((((....(((((((((((((((.(((((((((((.((((((((((............))))))))))]]]]..))))))))....)))..((((........((((((..............)))))).)))))))))))))...)))))).....))))))).................))))))).......)))))))))....... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....)))..........)))).((((((((....((..((((((((((((((.(((((((((..(((((((((((((((.((((.((((((.((((((((((.(((....))).)))))))))).)).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))).).)))))))))...))))))..)).)))))))...))))...)))))))....)))..))...))))))))........ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.................((..))))).((((((((....(((((..(((((((((((.(((((.......((((((((((((((.(((((((((((((.((((((((((((....)))))))))))).)))).....(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))........)))))...))))...))))))).....)).)))...))))))))........ |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.................((..))))).((((((((....(((((..(((((((((((.(((((.......((((((((((((((.(((((((((((((.((((((((((((....)))))))))))).)))).....(.((((((...).(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))........)))))...))))...))))))).....)).)))...))))))))........ |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.................((..))))).(((((.((....(((((..((((((((((...((((.......((((((((((((((.((((((((.((((.((((((((((((....)))))))))))).)))).....(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))).))))))))..))))))))...))))))........)))).....)))...))))))).....)).)))...)).)))))........ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....)))..........))))(((((((((....((..((((((((((((((.(((((((((..(((((((((((((((..(((....(((..(((((((((.(((....))).)))))))))..))).(((..(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))...)))...)))))))))...))))))..)).)))))))...))))...)))))))....)))..))...)))))))))....... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...((((....))))......))))(((((((((........((((((((((((((.(((((((((..(((((((((((((((((......)))...(((((((((.(((....))).)))))))))(((((((((..(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))....)))))))))))))...)))))))..)).)))))))...))))...)))))))....))).......)))))))))....... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....................))))(((((((((.........(((((((......(((((.....)))))........(((((((..((((....((((((................((((.....(((((......))))).....))))...((((((..((((((..............))))))....))))))...))))))......))))...))))))).............))))))).......)))))))))....... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((..)).....((((.......(((((...((((((..................(((((((((((((...((((((((((..((((..((((((....))))))..))))..))).....(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...))))))........................))))))......)).)))......))))......... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....)))..........))))(((((((((..(.((..((((((((((((((.(((((((((..(((((((((((((((..(((....(((..(((((((((.(((....))).)))))))))..))).(((..(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))...)))...)))))))...))))))))..)).)))))))...))))...)))))))....)))..)))..)))))))))....... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....................))).(((((((((.......(((((((((((((((.(((((((((..(((((((((((((((..(((....(((..(((((((((.(((....))).)))))))))..))).(((..(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))...)))...)))))))...))))))))..)).)))))))...))))...))))))))...))).......)))))))))....... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....)))....(....)))))(((((((((..(.((..((((((((((((((.(((((((((..(((((((((((((.(((......)))....((((((((.(((....))).))))))))((((((((((..(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))....))))))))))))))...))))))..)).)))))))...))))...)))))))....)))..)))..)))))))))....... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......((((.((((((.(((((((..))))))).).))))).((........))((((((((((.((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((...).)))))))))))))))).....(.((((((.(((.(((((((((((..))))))))))))))))))))))))))))).).))))))))...)))))))).)).))))))).))).)..((((...))))......))))).).(........).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(..................................................................(......)............).)......(.........((...........((.(.(....((................(..(.(.........(................).....(.........((............).).....)..).)..).............)).....)).))...)).........)....... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...((((....))))......))))(((((((((..(.((..((((((((((((((.(((((((((..(((((((((((((((..(((.....((..(((((((((.(((....))).)))))))))..)).......(((((......(((....(((....)))....)))....)))))......)))...))))))))...)))))))..)).)))))))...))))...)))))))....)))..)))..)))))))))....... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....)))..........)))).((((((((....((..((((((((((((((.(((((((((..(((((((((((((((..(((.((((.....((((((((.(((....))).))))))))..((.....)).(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).)))...))))))))...)))))))..)).)))))))...))))...)))))))....)))..))...))))))))........ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....)))..........))))(((((..((....((..((((((((((((((.(((((((((..(((((((((((((((..(((....(((..(((((((((.(((....))).)))))))))..))).(((..(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))...)))...)))))))))...))))))..)).)))))))...))))...)))))))....)))..))...))..)))))....... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.....)))...(((.((......)))))....((((......))))..(((..(((((.....)))))..((((.....)))).))).(((....((((((((............)))))))).(((.....)))..(((((...((((.............)))).((((..(((....)))(((.((....)))))............))))...)))))..))).......((((.((..((....))))))))........... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....)))...(((.((......)))))<<<<<<......))))......>>>>>>((((.....(((((.((([[[..))){{{{{.......(((((((((............))))))))){{{))))).((((}}}.))))((((}}}}}........)))).((((..(((....)))(((.((....)))))...]]]......)))).))))...............((((.((.((.....))))))))........... |
